请问real-time PCR negative control的Ct值的问题# Biology - 生物学
s*a
1 楼
要做qRT-PCR检测一个gene expression level,请问negative control Ct要比sample
Ct大多少才能接受?我要检测一个gene的alternative spliced isoform,其中一个
isoform 1 的扩增结果会被平时用的plasmid污染,另一个 isoform 2 可能会受
genomic DNA污染。如果检测isoform 1,RT minus control的Ct value只比样品晚3个
cycle(Ct sample=26, Ct RT minus control=29, Ct GAPDH=17),相当于污染物是样
品target gene的1/8,这个污染程度能否接受?
另外我的total RNA做过turbo DNase digestion,如果要检测可能受到genomic DNA 污
染的isoform 2, 请问RT minus control的Ct值比样品大几个cycle才能接受?
补充一点,negative control melting peak已经确定不是primer-dimer而是target
gene contamination.
Ct大多少才能接受?我要检测一个gene的alternative spliced isoform,其中一个
isoform 1 的扩增结果会被平时用的plasmid污染,另一个 isoform 2 可能会受
genomic DNA污染。如果检测isoform 1,RT minus control的Ct value只比样品晚3个
cycle(Ct sample=26, Ct RT minus control=29, Ct GAPDH=17),相当于污染物是样
品target gene的1/8,这个污染程度能否接受?
另外我的total RNA做过turbo DNase digestion,如果要检测可能受到genomic DNA 污
染的isoform 2, 请问RT minus control的Ct值比样品大几个cycle才能接受?
补充一点,negative control melting peak已经确定不是primer-dimer而是target
gene contamination.