h*2
2 楼
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前段时间热议的nsa-320的升级版
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n*8
3 楼
想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
modEncode的数据)。
请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
种处理条件下的profile:
extended cold, 4-day adult
cold shock, 4-day adult
heat shock, 4-day adult
Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 12 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 48 hrs, 4-day adult
Cadmium 100 mM 48 hrs, 4-day adult
Copper 0.5 mM 12 hrs, larvae L3
Copper 15 mM 48 hrs, 4-day adult
Zinc 5 mM 12 hrs, larvae L3
Zinc 4.5 mM 48 hrs, 4-day adult
Ethanol 2.5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 10% 3 hrs, larvae L3
Caffeine 1.5 mg/ml 4 hrs, larvae L3
Caffeine 2.5 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Caffeine 25 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 5 mM 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 10 mM 48 hrs, 4-day adult
Rotenone 2 μg 12 hrs, larvae L3
Rotenone 8 μg 12 hrs, larvae L3
可是我觉得好像这些处理都没有比较合理的对照 (正常培养条件,不加或者mock处理
的profile), 比方说,很难下结论说cold shock 或者 heat shock 提高、降低了X基
因的表达。最多只能说cold shock 跟heat shock时的表达水平不一样。
本人菜鸟,请版上的大侠指点指点!
不甚感激!
况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
modEncode的数据)。
请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
种处理条件下的profile:
extended cold, 4-day adult
cold shock, 4-day adult
heat shock, 4-day adult
Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 12 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 48 hrs, 4-day adult
Cadmium 100 mM 48 hrs, 4-day adult
Copper 0.5 mM 12 hrs, larvae L3
Copper 15 mM 48 hrs, 4-day adult
Zinc 5 mM 12 hrs, larvae L3
Zinc 4.5 mM 48 hrs, 4-day adult
Ethanol 2.5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 10% 3 hrs, larvae L3
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Caffeine 2.5 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Caffeine 25 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 5 mM 48 hrs, 4-day adult
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可是我觉得好像这些处理都没有比较合理的对照 (正常培养条件,不加或者mock处理
的profile), 比方说,很难下结论说cold shock 或者 heat shock 提高、降低了X基
因的表达。最多只能说cold shock 跟heat shock时的表达水平不一样。
本人菜鸟,请版上的大侠指点指点!
不甚感激!
d*l
5 楼
HOT.
w*a
6 楼
弱弱问一下,你确认没有好的对照吗?
p*r
7 楼
Very detailed review, FYI
http://www.smallnetbuilder.com/nas/nas-reviews/31906-zyxel-nsa3
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 h**2 的大作中提到】
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n*8
8 楼
多谢回复!
因为不确认,所以上来发贴问一下。。。大侠如有答案请指点指点
(当然,用什么样的对照可能取决于要回答什么样的问题)
因为不确认,所以上来发贴问一下。。。大侠如有答案请指点指点
(当然,用什么样的对照可能取决于要回答什么样的问题)
p*r
9 楼
对比下功能发现synology性价比渣渣了
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s*o
10 楼
你这是不是两个问题啊?
先说正常对照组,在flybase上面还有development的gene expression profile,上面
列有
adult male 01day
adult male 05day
adult male 30day
adult female 01day
adult female 05day
adult female 30day
之类。
因为数据表达方式和Treatment expression data的一样,应该可以直接比较。
要说不同treatment对基因表达的影响,单看这个表我觉得都不能说明,只能说在不同
条件下表达量产生了变化,不能说这些不同条件就是表达变化的直接原因。
不知道有没有解决你的问题
【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
: modEncode的数据)。
: 请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
: 2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
: 种处理条件下的profile:
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
先说正常对照组,在flybase上面还有development的gene expression profile,上面
列有
adult male 01day
adult male 05day
adult male 30day
adult female 01day
adult female 05day
adult female 30day
之类。
因为数据表达方式和Treatment expression data的一样,应该可以直接比较。
要说不同treatment对基因表达的影响,单看这个表我觉得都不能说明,只能说在不同
条件下表达量产生了变化,不能说这些不同条件就是表达变化的直接原因。
不知道有没有解决你的问题
【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
: modEncode的数据)。
: 请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
: 2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
: 种处理条件下的profile:
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
a*e
11 楼
草,miss了
是个好东西,就是有一阵子firmware有问题DOA,得用USB强行刷最新版
还有就是太吵了
【在 h**2 的大作中提到】
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还有就是太吵了
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n*8
12 楼
多谢回复!
1.)这个当然不能说这些不同条件就是表达变化的"直接"原因。但是说检测这些
treatment对某基因表达是否有影响应该是可以的吧。 我想查找的是在某种条件下某基
因的表达是如何变化的(上调还是下降), 这好像需要一个基本的对照。
2.)development的gene expression profile 取的是day1, day5, day30 adults,而
treatment组是day 4 adult (好像性别不详。。。?),这个好像不能直接比较。
1.)这个当然不能说这些不同条件就是表达变化的"直接"原因。但是说检测这些
treatment对某基因表达是否有影响应该是可以的吧。 我想查找的是在某种条件下某基
因的表达是如何变化的(上调还是下降), 这好像需要一个基本的对照。
2.)development的gene expression profile 取的是day1, day5, day30 adults,而
treatment组是day 4 adult (好像性别不详。。。?),这个好像不能直接比较。
n*8
14 楼
可惜实验室不做果蝇,手头没有材料,要不然自己做个qRT-PCR测一下就行了
l*n
16 楼
那啥,你确定没有对照么?为什么这些profile会被发出来,是因为有人试图考察个中
treatment的效果,不然花钱单把treatment的profile做出来有何用?印象中,任何和
gene expr有关的研究都是上传的一个data set而不是单个profile,最起码要搞几个重
复来保证能做统计吧?
【在 n**8 的大作中提到】
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: 2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
: 种处理条件下的profile:
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
treatment的效果,不然花钱单把treatment的profile做出来有何用?印象中,任何和
gene expr有关的研究都是上传的一个data set而不是单个profile,最起码要搞几个重
复来保证能做统计吧?
【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
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: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
n*8
17 楼
多谢回复。
这也是我疑惑的地方。点了所有链接,好像没有找到对照。。。本人菜鸟,对
bioinformatics, database什么的不了解, 所以来问问对flybase熟悉的大侠。。
这也是我疑惑的地方。点了所有链接,好像没有找到对照。。。本人菜鸟,对
bioinformatics, database什么的不了解, 所以来问问对flybase熟悉的大侠。。
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