l*5
2 楼
大家好！！我有20年的小提琴学习和演奏经验，师从旧金山音乐学院教授、中央音
乐学院教授、青岛交响乐团首席。11岁小提琴10级，专业小提琴演奏硕士毕业，曾任职
于国内职业交响乐团，目前居住在加州mountain view。来美国半年多了，一直在带学
生，大家反响还不错嘿嘿，今年秋季会在Palo Alto和Mountain View的中文学校教授小
提琴课。
音乐可以带给我们快乐，能够抒发自己的情感，在我们学习新知识的同时，陶冶人
的情操，对于小朋友来讲，更是开发智力的一种有效方法。对于我来说，孩子们天真无
邪的笑声是最美妙的音乐旋律。欢迎有兴趣学琴的孩子和家长联系我：）
我的email:z***********[email protected]
电话：650-210-6023 张老师（女）
乐学院教授、青岛交响乐团首席。11岁小提琴10级，专业小提琴演奏硕士毕业，曾任职
于国内职业交响乐团，目前居住在加州mountain view。来美国半年多了，一直在带学
生，大家反响还不错嘿嘿，今年秋季会在Palo Alto和Mountain View的中文学校教授小
提琴课。
音乐可以带给我们快乐，能够抒发自己的情感，在我们学习新知识的同时，陶冶人
的情操，对于小朋友来讲，更是开发智力的一种有效方法。对于我来说，孩子们天真无
邪的笑声是最美妙的音乐旋律。欢迎有兴趣学琴的孩子和家长联系我：）
我的email:z***********[email protected]
电话：650-210-6023 张老师（女）
t*z
3 楼
用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
注意的吗？
只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
注意的吗？
只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
w*4
4 楼
nail the interview
z*c
5 楼
听上去很牛叉啊，为什么不去那种Music Acadamy当个老师呐？ 我们这里就有这种集中
让孩子练音乐的学校。
让孩子练音乐的学校。
t*o
6 楼
你想想为啥有ramdisk这个东西，或者你做计算为啥要避开swap memory.
1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
raid0上来,成本，可靠性都成啥了
2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
raid0上来,成本，可靠性都成啥了
2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
l*8
7 楼
我google "nail the interview", 有很多结果，不知道是哪一个？
有没有人给个链接？ 谢谢！
有没有人给个链接？ 谢谢！
M*A
8 楼
人家愿意在家教孩子，非得去学校才是牛人吗？
l*1
9 楼
按写内存的频率写，就算有trim,SSD也很快就得完蛋了吧？
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
c*p
10 楼
看review，没有看到有很好的评价啊。
l*5
11 楼
呵呵谢谢你的建议，我想如果是个为学生负责的老师，在哪都是一样的。
a*o
12 楼
显然你程序架构有严重问题，如果size matters，speed does not，那你显然根本就不
应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
c*t
13 楼
Cracking The Coding Interview.
就是所谓的 career cup 150题
我想楼主想问的是这本？
就是所谓的 career cup 150题
我想楼主想问的是这本？
a*a
14 楼
可惜不在我们这里
n*7
15 楼
你用什么assembler？
还是改进算法更实际
搜搜memory efficient genome assembly很多结果
不过我都没用过
还是改进算法更实际
搜搜memory efficient genome assembly很多结果
不过我都没用过
m*n
16 楼
到底是哪一本？
Thanks。
Thanks。
M*A
17 楼
不在学校学费可以更affordable
去学校学的又被学校扒一层皮
去学校学的又被学校扒一层皮
g*t
18 楼
想法有问题， 内存不是用来存储数据的，
内存一般是放代码，放临时数据，堆栈，
内存一般是放代码，放临时数据，堆栈，
v*s
19 楼
programming interview exposed 也不错。
【在 m****n 的大作中提到】
: 到底是哪一本？
: Thanks。
【在 m****n 的大作中提到】
: 到底是哪一本？
: Thanks。
s*2
20 楼
张老师，可不可以推荐下给初学儿童用的小提琴品牌型号？如果是国内的正好我可以回
去背个过来。赫赫。
你觉得Amazon上这种琴可以作为孩子的初学琴吗？
http://www.amazon.com/Mendini-Violin-Finish-Shoulder-Strings/dp
Thanks~~!
【在 l*******5 的大作中提到】
: 呵呵谢谢你的建议，我想如果是个为学生负责的老师，在哪都是一样的。
去背个过来。赫赫。
你觉得Amazon上这种琴可以作为孩子的初学琴吗？
http://www.amazon.com/Mendini-Violin-Finish-Shoulder-Strings/dp
Thanks~~!
【在 l*******5 的大作中提到】
: 呵呵谢谢你的建议，我想如果是个为学生负责的老师，在哪都是一样的。
h*u
21 楼
可以
现在有公司在做
很贵
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
现在有公司在做
很贵
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
g*v
22 楼
Mark
z*c
23 楼
感觉小提琴挺难。 整上一年的，还锯不出来个全音。 不象钢琴，能弹个赏心悦目的小
曲了。
曲了。
t*z
24 楼
谢谢！你说的对我很有帮助。
【在 t******o 的大作中提到】
: 你想想为啥有ramdisk这个东西，或者你做计算为啥要避开swap memory.
: 1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
: raid0上来,成本，可靠性都成啥了
: 2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
:
: 256GB
【在 t******o 的大作中提到】
: 你想想为啥有ramdisk这个东西，或者你做计算为啥要避开swap memory.
: 1. ssd大概是ram速度的1%，access time, ssd是几十ms, ram是几个ns, 这个靠
: raid0上来,成本，可靠性都成啥了
: 2. 现在的cpu体系，你可以从ram pre-load到cpu, 不能i/o pre-load啊，大改系统？
:
: 256GB
M*A
25 楼
哈哈！哈哈哈！
跟我想的一样。我是不喜欢小提琴的音色。
【在 z**c 的大作中提到】
: 感觉小提琴挺难。 整上一年的，还锯不出来个全音。 不象钢琴，能弹个赏心悦目的小
: 曲了。
跟我想的一样。我是不喜欢小提琴的音色。
【在 z**c 的大作中提到】
: 感觉小提琴挺难。 整上一年的，还锯不出来个全音。 不象钢琴，能弹个赏心悦目的小
: 曲了。
t*z
26 楼
速度也是需要的，只是不是最关键的因素，但也不能降低到磁盘的水平。
【在 a*o 的大作中提到】
: 显然你程序架构有严重问题，如果size matters，speed does not，那你显然根本就不
: 应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
:
: 256GB
【在 a*o 的大作中提到】
: 显然你程序架构有严重问题，如果size matters，speed does not，那你显然根本就不
: 应该有一大堆数据在memory里，弄个数据库做bankend才靠谱。
:
: 256GB
l*5
27 楼
国内的牌子有很多，德音牌小提琴、凤灵牌小提琴、红棉牌小提琴、百灵牌小提琴、金
星牌小提琴、金音牌小提琴、田园牌小提琴、森林牌小提琴、金雀牌小提琴、金声牌小
提琴。大都小孩子会用红棉和金音的琴，我个人是喜欢金音的，不仅外观有点仿古雅光
的，重要的是音色也比红棉的要好一些，不过你不能奢求初级琴能发出多好的音呵呵。
当然价格也稍微贵一点，你选用SIZE不一样，价格也就不一样。网上买有一点不好就是
你不能试用，比如有些做工问题，或者细节问题你不可能通过图片看的到，就算是一样
的牌子的琴，琴和琴的音色也是不一样，试拉一下，感觉感觉音色是否是自己喜欢的再
决定比较稳妥。还有一点要说明的是，要注意从国内带琴过来会对琴造成一点的损坏，
我去年带琴过来的时候，面板和侧板有一点开胶，估计是气压造成的。回来修一修就好
了。
【在 s******2 的大作中提到】
: 张老师，可不可以推荐下给初学儿童用的小提琴品牌型号？如果是国内的正好我可以回
: 去背个过来。赫赫。
: 你觉得Amazon上这种琴可以作为孩子的初学琴吗？
: http://www.amazon.com/Mendini-Violin-Finish-Shoulder-Strings/dp
: Thanks~~!
星牌小提琴、金音牌小提琴、田园牌小提琴、森林牌小提琴、金雀牌小提琴、金声牌小
提琴。大都小孩子会用红棉和金音的琴，我个人是喜欢金音的，不仅外观有点仿古雅光
的，重要的是音色也比红棉的要好一些，不过你不能奢求初级琴能发出多好的音呵呵。
当然价格也稍微贵一点，你选用SIZE不一样，价格也就不一样。网上买有一点不好就是
你不能试用，比如有些做工问题，或者细节问题你不可能通过图片看的到，就算是一样
的牌子的琴，琴和琴的音色也是不一样，试拉一下，感觉感觉音色是否是自己喜欢的再
决定比较稳妥。还有一点要说明的是，要注意从国内带琴过来会对琴造成一点的损坏，
我去年带琴过来的时候，面板和侧板有一点开胶，估计是气压造成的。回来修一修就好
了。
【在 s******2 的大作中提到】
: 张老师，可不可以推荐下给初学儿童用的小提琴品牌型号？如果是国内的正好我可以回
: 去背个过来。赫赫。
: 你觉得Amazon上这种琴可以作为孩子的初学琴吗？
: http://www.amazon.com/Mendini-Violin-Finish-Shoulder-Strings/dp
: Thanks~~!
t*z
28 楼
我大概都看过一遍。我们所买的CLC就是很节省内存，速度还很快，在笔记本上都能拼
接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
算法。
算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
【在 n******7 的大作中提到】
: 你用什么assembler？
: 还是改进算法更实际
: 搜搜memory efficient genome assembly很多结果
: 不过我都没用过
接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
算法。
算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
【在 n******7 的大作中提到】
: 你用什么assembler？
: 还是改进算法更实际
: 搜搜memory efficient genome assembly很多结果
: 不过我都没用过
s*2
29 楼
Thanks~~~~ :-)
【在 l*******5 的大作中提到】
: 国内的牌子有很多，德音牌小提琴、凤灵牌小提琴、红棉牌小提琴、百灵牌小提琴、金
: 星牌小提琴、金音牌小提琴、田园牌小提琴、森林牌小提琴、金雀牌小提琴、金声牌小
: 提琴。大都小孩子会用红棉和金音的琴，我个人是喜欢金音的，不仅外观有点仿古雅光
: 的，重要的是音色也比红棉的要好一些，不过你不能奢求初级琴能发出多好的音呵呵。
: 当然价格也稍微贵一点，你选用SIZE不一样，价格也就不一样。网上买有一点不好就是
: 你不能试用，比如有些做工问题，或者细节问题你不可能通过图片看的到，就算是一样
: 的牌子的琴，琴和琴的音色也是不一样，试拉一下，感觉感觉音色是否是自己喜欢的再
: 决定比较稳妥。还有一点要说明的是，要注意从国内带琴过来会对琴造成一点的损坏，
: 我去年带琴过来的时候，面板和侧板有一点开胶，估计是气压造成的。回来修一修就好
: 了。
【在 l*******5 的大作中提到】
: 国内的牌子有很多，德音牌小提琴、凤灵牌小提琴、红棉牌小提琴、百灵牌小提琴、金
: 星牌小提琴、金音牌小提琴、田园牌小提琴、森林牌小提琴、金雀牌小提琴、金声牌小
: 提琴。大都小孩子会用红棉和金音的琴，我个人是喜欢金音的，不仅外观有点仿古雅光
: 的，重要的是音色也比红棉的要好一些，不过你不能奢求初级琴能发出多好的音呵呵。
: 当然价格也稍微贵一点，你选用SIZE不一样，价格也就不一样。网上买有一点不好就是
: 你不能试用，比如有些做工问题，或者细节问题你不可能通过图片看的到，就算是一样
: 的牌子的琴，琴和琴的音色也是不一样，试拉一下，感觉感觉音色是否是自己喜欢的再
: 决定比较稳妥。还有一点要说明的是，要注意从国内带琴过来会对琴造成一点的损坏，
: 我去年带琴过来的时候，面板和侧板有一点开胶，估计是气压造成的。回来修一修就好
: 了。
a*f
30 楼
基因组拼接搜寻空间太大了，不能从算法上解决吗？比如搞成类似MapR的结构速度成本
都能优化
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
都能优化
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
a*o
31 楼
我也觉得还是算法的问题，不可能一定要搁内存里才能解决。
要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
【在 a*f 的大作中提到】
: 基因组拼接搜寻空间太大了，不能从算法上解决吗？比如搞成类似MapR的结构速度成本
: 都能优化
:
: 256GB
要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
【在 a*f 的大作中提到】
: 基因组拼接搜寻空间太大了，不能从算法上解决吗？比如搞成类似MapR的结构速度成本
: 都能优化
:
: 256GB
t*z
32 楼
你是说UlltraDIMM吗？
【在 h*******u 的大作中提到】
: 可以
: 现在有公司在做
: 很贵
:
: 256GB
【在 h*******u 的大作中提到】
: 可以
: 现在有公司在做
: 很贵
:
: 256GB
t*z
33 楼
你说得有道理。算法一直跟不上去。好在即使最传统的基因组拼接算法，内存需求量只
跟基因组复杂度有关，而跟数据量无关。所以即使以后数据越来越多了，内存这个问题
也不会更加严重。
Anyway, good data beat good algorithm. 只要有大数据，什么算法都不重要。
【在 a*o 的大作中提到】
: 我也觉得还是算法的问题，不可能一定要搁内存里才能解决。
: 要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
跟基因组复杂度有关，而跟数据量无关。所以即使以后数据越来越多了，内存这个问题
也不会更加严重。
Anyway, good data beat good algorithm. 只要有大数据，什么算法都不重要。
【在 a*o 的大作中提到】
: 我也觉得还是算法的问题，不可能一定要搁内存里才能解决。
: 要按这个说法google的搜索服务器还不得弄个几光年的内存啊。
h*u
34 楼
类似的
还有更猛的，容量几百T
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你是说UlltraDIMM吗？
还有更猛的，容量几百T
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你是说UlltraDIMM吗？
j*o
35 楼
你的方向不太对，从来只有内存替代磁盘的，从来没有反过来的。从架构上，你可以直
接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。
接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。
a9
36 楼
一直就有，windows叫虚拟内存，linux叫swap。哈 哈
【在 j******o 的大作中提到】
: 你的方向不太对，从来只有内存替代磁盘的，从来没有反过来的。从架构上，你可以直
: 接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。
【在 j******o 的大作中提到】
: 你的方向不太对，从来只有内存替代磁盘的，从来没有反过来的。从架构上，你可以直
: 接访问内存，但是没办法直接访问磁盘。弄到最后你的成本可能比直接上大内存更高。
L*s
37 楼
你们这个什么de Brujin graph，是全部要存在内存里么？
有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我大概都看过一遍。我们所买的CLC就是很节省内存，速度还很快，在笔记本上都能拼
: 接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
: 术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
: 原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
: 算法。
: 算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
: 结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我大概都看过一遍。我们所买的CLC就是很节省内存，速度还很快，在笔记本上都能拼
: 接人类基因组。但是，大家总觉得不靠谱。为了结果尽可能精确，我们还是倾向于用学
: 术界的assembler。我用的是IDBA-UD和SPAdes。
: 原则上，耗费内存的量跟de Brujin graph的复杂度有关，这一道坎过不去，不管什么
: 算法。
: 算法上是有人在改进。最近的几个程序都用了Bloom filter来节省内存，内存下去了，
: 结果精确度不一定上来。我也需要调查下。
d*s
38 楼
不差钱的话关注EMC的DSSD产品。还有一段时间才能开始卖。具体参数不能说，但是产
品就是你这个思路，解决的就是你这样的问题。
品就是你这个思路，解决的就是你这样的问题。
t*z
39 楼
现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
也许想得不够清楚。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 L***s 的大作中提到】
: 你们这个什么de Brujin graph，是全部要存在内存里么？
: 有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
: 你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
也许想得不够清楚。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 L***s 的大作中提到】
: 你们这个什么de Brujin graph，是全部要存在内存里么？
: 有没有其他像B＋树一样基于硬盘的数据结构可选？
: 你们这个行业，其他组是怎么做的，调研过么？
L*s
40 楼
不干这行，我不懂。
不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
t*z
41 楼
既然你不是这行的，请不要断言我闭门造车。
【在 L***s 的大作中提到】
: 不干这行，我不懂。
: 不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
: 你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
:
: k-
【在 L***s 的大作中提到】
: 不干这行，我不懂。
: 不过还是建议你调研一些你们bioinformatics业界主流做法是什么，不要闭门造车。
: 你肯定不是第一个碰到此类问题的人，解决方案可能早就有了。
:
: k-
c*p
42 楼
全放在虚存里，然后一部分一部分处理呗。处理的那部分在物理内存里，剩下的在硬盘。
总不可能同时处理256GB的数据吧……
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
总不可能同时处理256GB的数据吧……
k-
【在 t*****z 的大作中提到】
: 现在绝大多数人用de Brujin graph（少数人用overlap graph），需要把大量数据（k-
: mer）全放在内存里，从原理上说我也想不出不放内存的方法。但是我并不是CS出身，
: 也许想得不够清楚。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
d*a
43 楼
我的建议是买一个配大内存的server，价格也不是特别贵，比软件开发或系
统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
配16x16GB的内存，不到6000美元。
软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
配16x16GB的内存，不到6000美元。
软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
y*0
44 楼
我们用128g内存加2*k20c的显卡，已经是2年前的东西了。我们这暂时不会更新，因为
在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 既然你不是这行的，请不要断言我闭门造车。
在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 既然你不是这行的，请不要断言我闭门造车。
v*e
45 楼
GPU运算呀，羡慕。这个k20强在双精度浮点吧，做基因组是不是不需要浮点？
【在 y*****0 的大作中提到】
: 我们用128g内存加2*k20c的显卡，已经是2年前的东西了。我们这暂时不会更新，因为
: 在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
: 你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
: 内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
【在 y*****0 的大作中提到】
: 我们用128g内存加2*k20c的显卡，已经是2年前的东西了。我们这暂时不会更新，因为
: 在等新的xeon，ddr4内存和volta显卡，pascal。
: 你的算法估计是找一个算一个，瓶颈都在内存上，估计改进的余地也不大了，直接上大
: 内存吧，ebay上有128g的，不知道你能不能改变一下数据结构之类的，省一半bits。
y*0
46 楼
不太懂基因组，问问楼主。
nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
【在 v*******e 的大作中提到】
: GPU运算呀，羡慕。这个k20强在双精度浮点吧，做基因组是不是不需要浮点？
nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
【在 v*******e 的大作中提到】
: GPU运算呀，羡慕。这个k20强在双精度浮点吧，做基因组是不是不需要浮点？
t*z
47 楼
我还没遇到过需要GPU的。以前做进化分析可以用到。现在唯一跟GPU有关的是BLAST的
某些特殊变种，但是应用不广泛。至于基因组拼接，因为涉及大内存，恐怕不可能用
GPU。
【在 y*****0 的大作中提到】
: 不太懂基因组，问问楼主。
: nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
某些特殊变种，但是应用不广泛。至于基因组拼接，因为涉及大内存，恐怕不可能用
GPU。
【在 y*****0 的大作中提到】
: 不太懂基因组，问问楼主。
: nvidia变化太猛了，不得不转型。如果不用双精度，titan x就完胜k20了。
t*z
48 楼
我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
【在 d***a 的大作中提到】
: 我的建议是买一个配大内存的server，价格也不是特别贵，比软件开发或系
: 统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
: 配16x16GB的内存，不到6000美元。
: 软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
: 持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
: 正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
: 用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
:
: 256GB
买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
【在 d***a 的大作中提到】
: 我的建议是买一个配大内存的server，价格也不是特别贵，比软件开发或系
: 统维护的人工费用便宜多了。比如说Dell Tower Server T630，
: 配16x16GB的内存，不到6000美元。
: 软件开发或系统维护的费用，动不动就是十万美元以上。就算是在学校，支
: 持一个PhD学生一年少说也要四五万美元，支持一个postdoc要十万美元。所以
: 正规的做法就是上大内存。花人工来省内存，是不省钱的。
: 用SSD当内存用的想法不可行，前面的人已经说过了。
:
: 256GB
t*z
49 楼
你可以想象一个超大的hash table。。。
盘。
【在 c****p 的大作中提到】
: 全放在虚存里，然后一部分一部分处理呗。处理的那部分在物理内存里，剩下的在硬盘。
: 总不可能同时处理256GB的数据吧……
:
: k-
盘。
【在 c****p 的大作中提到】
: 全放在虚存里，然后一部分一部分处理呗。处理的那部分在物理内存里，剩下的在硬盘。
: 总不可能同时处理256GB的数据吧……
:
: k-
V*r
50 楼
如果算法没有改进余地，租机器行不行？不一定要自己装机的
t*z
51 楼
我并不真的准备装机，只是好奇下这件事情。我们单位有1TB内存的机器让我用（需要
排队但不是很紧张）。
【在 V*********r 的大作中提到】
: 如果算法没有改进余地，租机器行不行？不一定要自己装机的
排队但不是很紧张）。
【在 V*********r 的大作中提到】
: 如果算法没有改进余地，租机器行不行？不一定要自己装机的
h*v
52 楼
如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
欢midtower。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
欢midtower。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
c*g
53 楼
如果对交换速率要求不太高，当然可以。我这里有个SSD虚拟出512G内存，用起来还可
以。
而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
以。
而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
t*z
54 楼
这方面我并不了解哎，不好意思
那种
太喜
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
那种
太喜
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【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
t*z
55 楼
谢谢你的正能量！你是说10个20个SSD组RAID吗？一般主板都没有那么多SATA接口呢。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 c*****g 的大作中提到】
: 如果对交换速率要求不太高，当然可以。我这里有个SSD虚拟出512G内存，用起来还可
: 以。
: 而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
: 今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
:
: 256GB
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【在 c*****g 的大作中提到】
: 如果对交换速率要求不太高，当然可以。我这里有个SSD虚拟出512G内存，用起来还可
: 以。
: 而且如果需要的话，可以弄上10台20台做阵列。
: 今年2TB的SSD应该价格降到大家可以接受的程度。
:
: 256GB
c*g
56 楼
不是，是用网络搭建阵列，这样理论上可以无限拓展
要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢你的正能量！你是说10个20个SSD组RAID吗？一般主板都没有那么多SATA接口呢。
:
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要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢你的正能量！你是说10个20个SSD组RAID吗？一般主板都没有那么多SATA接口呢。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
d*a
58 楼
你记错了吧，我推荐过价格低廉的个人电子产品。
但这种用几百G内存的需求，个人计算中很少见。
用SSD代替，简单不可行。买大内存机器，是正常的做法，
也是工作中性价比好的做法，如此而已。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
但这种用几百G内存的需求，个人计算中很少见。
用SSD代替，简单不可行。买大内存机器，是正常的做法，
也是工作中性价比好的做法，如此而已。
吗？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，如果我有钱了，也会给自己买一台这样的工作站。现在我不在其位，不可能要求
: 买这种设备。你的建议向来都是让公家买好机器，是因为你的工作大量涉及这些事务吗？
t*z
59 楼
我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
己的机房能不能用呢。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 不是，是用网络搭建阵列，这样理论上可以无限拓展
: 要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
: 所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
己的机房能不能用呢。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 不是，是用网络搭建阵列，这样理论上可以无限拓展
: 要是自己的机房，互相之间1Gbps的网速，我自己实测SSD的读写速度大概是280 MBps，
: 所以用1Gbps应该不会形成瓶颈。当然要做适当的网络优化。
L*s
60 楼
内存往大了挑，16G起步，推荐32G
见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
n*7
61 楼
我们这里是56.6 Gbps Infiniband connection
我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
1x
15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
16x
252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
1x
15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
16x
252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
m*n
62 楼
不需要吧。photoshop，8000X6000像素的图片，8G的内存都足够了。你非要建立50个层
，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
【在 L***s 的大作中提到】
: 内存往大了挑，16G起步，推荐32G
: 见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
:
: 那种
: 太喜
，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
【在 L***s 的大作中提到】
: 内存往大了挑，16G起步，推荐32G
: 见附件，正常打开几个程序，这还没开虚拟机，就已经24G了
:
: 那种
: 太喜
m*n
63 楼
lightroom对内存吃的也不厉害。不过lightroom 和photoshop都是对多核心利用的相当
好的软件。堆核吧。
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
好的软件。堆核吧。
那种
太喜
【在 h**v 的大作中提到】
: 如果是跑lightroom和photoshop处理照片，大牛有啥电脑配置建议？我比较喜欢NUC那种
: 特小的form factor的，或者比NUC大点。前面帖子提到的alienware看着不错啊。不太喜
: 欢midtower。
:
: 吗？
L*s
64 楼
就算是“建立50个层，同时开20个这样的图片处理”，那也是工作需要。
我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
【在 m*****n 的大作中提到】
: 不需要吧。photoshop，8000X6000像素的图片，8G的内存都足够了。你非要建立50个层
: ，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
【在 m*****n 的大作中提到】
: 不需要吧。photoshop，8000X6000像素的图片，8G的内存都足够了。你非要建立50个层
: ，同时开20个这样的图片处理，那是自己管理不好。
h*u
65 楼
你们用infiniband是什么类型的应用？
【在 n******7 的大作中提到】
: 我们这里是56.6 Gbps Infiniband connection
: 我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
: 不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
: wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
: 1x
: 15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
: 16x
: 252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
【在 n******7 的大作中提到】
: 我们这里是56.6 Gbps Infiniband connection
: 我不知道node-to-node是不是能独享这个带宽，还是要share
: 不过如果没有别人用multiple node的代码的话，应该区别不大吧
: wiki了一下PCIE 4，确实在一个级别：
: 1x
: 15.754 Gbit/s (1969.2 MB/s)
: 16x
: 252.064 Gbit/s (31.508 GB/s)
d*a
66 楼
分布式计算，数据交换通过网络I/O进行。网络I/O的延迟比内存访问慢了四五个数据量
，所以对于需要以随机方式访问大内存的程序来说，分布式计算不是一个选项。
就象是骑自行车和坐高铁之间的差别。:)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
，所以对于需要以随机方式访问大内存的程序来说，分布式计算不是一个选项。
就象是骑自行车和坐高铁之间的差别。:)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我想，这种分布式计算的编程应该比较麻烦吧，在基因组拼接方面，只有很少的程序支
: 持分布式。对了，我听说超算节点之间的通讯可以达到PCI express的水平，不知道自
: 己的机房能不能用呢。
n*7
67 楼
就是inter-node communication啊
很多软件可以用上multiple nodes
【在 h*******u 的大作中提到】
: 你们用infiniband是什么类型的应用？
很多软件可以用上multiple nodes
【在 h*******u 的大作中提到】
: 你们用infiniband是什么类型的应用？
h*u
68 楼
计算为主？
【在 n******7 的大作中提到】
: 就是inter-node communication啊
: 很多软件可以用上multiple nodes
【在 n******7 的大作中提到】
: 就是inter-node communication啊
: 很多软件可以用上multiple nodes
n*7
69 楼
我看了一下我们计算节点到储存节点也是40Gbps的速度，应该也是这个东西
【在 h*******u 的大作中提到】
: 计算为主？
【在 h*******u 的大作中提到】
: 计算为主？
m*n
70 楼
一个图片要建立50个层，肯定不是一个好的图片工作者。你图片搞了50个层，不论计算
机速度多快，都会发现做起来一团糟。什么艺术性也都扯淡了，就看着到处是层，找不
到。
这和码工们强调算法才是提高速度的关键一个道理。
【在 L***s 的大作中提到】
: 就算是“建立50个层，同时开20个这样的图片处理”，那也是工作需要。
: 我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
: 最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
机速度多快，都会发现做起来一团糟。什么艺术性也都扯淡了，就看着到处是层，找不
到。
这和码工们强调算法才是提高速度的关键一个道理。
【在 L***s 的大作中提到】
: 就算是“建立50个层，同时开20个这样的图片处理”，那也是工作需要。
: 我就是一个普通用户，凭啥要我费心思去“管理”这些劳什子事。
: 最好的“管理”，就是给足资源放心用，“不用管理”。
c*z
71 楼
考虑用多节点吧。比如MATLAB处理巨型矩阵单机内存不够就可以用多机，具体各节点是
用mpi，物理连接可能是ib也可能是10gige，具体看你的需求了。如果数据可以分开处
理最后集中就用不着ib之类低延迟的网络。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
用mpi，物理连接可能是ib也可能是10gige，具体看你的需求了。如果数据可以分开处
理最后集中就用不着ib之类低延迟的网络。
256GB
【在 t*****z 的大作中提到】
: 用固态硬盘阵列代替物理内存的可行性
: 我现在的工作内容中，有一个关键环节（基因组拼接）是需要超大内存的，至少256GB
: 起，多多益善，而内存交换速率并不很看中。这种规模的物理内存是十分昂贵的。我想
: ，可不可以用数个PCIe接口的SSD组成RAID0，然后把它们用作swap/ramdisk/virtual
: ram什么的。如果可以的话，它们的速度和物理内存相比如何？设置的时候有什么需要
: 注意的吗？
: 只是理论探讨。不要问我为什么不让单位买2TB物理内存之类的。
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