2023年6月1日-6月30日，全国31个省（自治区、直辖市）及新疆生产建设兵团报告新增重症病例1968例、死亡病例239例（其中新冠病毒感染导致呼吸功能衰竭死亡病例2例、基础疾病合并新冠病毒感染死亡病例237例）。

全国31个省（自治区、直辖市）及新疆生产建设兵团发热门诊（诊室）诊疗量从2023年6月1日的28.8万波动下降至6月30日的16.4万。全国哨点医院流感样病例占门（急）诊就诊人数比例从2023年第22周（5月29日-6月4日）的5.5%持续下降至第26周（6月26日-7月2日）的4.4%。

2023年6月1日-6月30日，全国31个省（自治区、直辖市）及新疆生产建设兵团共报送12431例本土病例新冠病毒基因组有效序列，均为奥密克戎变异株，涵盖141个进化分支，主要流行株为XBB系列变异株，占比前三位的分别为XBB.1.9及其亚分支、XBB.1.16及其亚分支、XBB.1.22及其亚分支。