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如何分析Agilent array CGH raw data

如何分析Agilent array CGH raw data# Biology - 生物学

v*32010-08-02 07:08

1 楼

本人博士期间在Virginia州曾经用过e-file as non-resident alien，网上直接递交的。
今年博士后在New Jersey第一年，是否也可以网络直接递交，还是一定要用手写版邮寄
的？
还有，如果不可以e-file，是否需要填不同的表格，还是Tubrotax打应的直接可以搞定
？谢谢谢谢。

y*u2010-08-02 07:08

2 楼

没有任何bioinfor的背景，以前的facility提供分析，可现在新用的一家不提供，只好
自己试试。有人建议用dChip.我得到的raw data 好像是用Agilent Feature
Extraction Software 做的，txt file 包含结果。
里面的logRatio 是base 10的。我的土问题就是，是不是应该把这个结果先转换成base
2的。还有这个data 是不是已经经过牛normalized?
我知道我的问题实在是很弱，很土，见笑了，希望这里的牛牛们给点帮助吧，我整天对
着这些data大眼瞪小眼的，很难受。
谢谢！！！

t*d2010-08-02 07:08

3 楼

没有必要换成log 2. 因为信号小或者大一倍并不表示真正的copy number 少或多一倍。
查查 Feature Extraction software 的软件吧。记得他们好像用什么方法normalized
了一下。最好把图画出来，自己看看。比如那些应该不变的chromosome 的均值是不是
在 0 左右。
自己做的话，如果研究的基因组变化不是太多的话，用median值进行 normalize 就好
了。