next gen sequencing的data analysis需要的统计知识多吗？ - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

next gen sequencing的data analysis需要的统计知识多吗？

next gen sequencing的data analysis需要的统计知识多吗？# Biology - 生物学

a*r2011-01-21 08:01

1 楼

上周在上海签H1B被check，以前签过3次H1B，都很顺利，这次就这么被check了
原来订的是3周返回美国的机票，现在在考虑如果改机票，请问最近的H1B的check大概
多久能clear？我担心如果现在延期一周，万一拿不到还得延期，每延期一次都要交不
少改签费和机票费，挺折腾的。

s*r2011-01-21 08:01

2 楼

从九月开始，江北的明军就不断向淮阳方向移动，十月初杰书和江北明军形成对峙后，
双方虽然还没有爆发大战，但激烈的斥候战已经开始。川军引以为傲的对列冲锋在斥候
交锋中并没有什么优势，双方会在各种地形下突然遭遇，而且交战目的也不是驱逐对方
出战场，而是阻止对方渗透或传递消息。
因此斥候战更重要的还是凭着个人的经验以及通过复杂地形的能力，还有单兵作战的能
力和骑术。而邓名把蒙古籍、以前的御前侍卫都带去山东了，这让明军在斥候交锋中始
终处于下风。幸好斥候不是情报的唯一来源，两江官兵只是杰书名义上的友军和部署，
江北的江湖好汉们理论上也支持官府，所以就算杰书能在斥候战中占到上风，整场情报
战中依旧是一败涂地。
邓名认为自己成功的基础是能够在战场上击败强敌，从对阵谭弘开始就是如此，其他的
所有手段都是辅助，真正重要的是自己决一死战的勇气。不过除了邓名本人对此深信不
疑外，其他人没有一个是这么看的，对此邓名也不是没有了解。这次在山东击败祖泽溥
后，卫队向邓名恭贺胜利时，邓名还发出一声长叹：“不会有人记住我今日战场上的勇
敢，他们津津乐道的永远是我化妆成鞑子去偷营。”
就是邓名的卫队，闻言都陷入了一片沉默，几个军官干巴巴地安慰邓名，说他们一向认
为邓名的勇气比他的诡计发挥了更大的作用，不过他们说这几句话的时候嘴边露出了笑
意，听上去不像是真心实意的。
两江战场上的情报优势给明军带来不少的便利，在享受这种便利的同时，川军和夔东军
议论纷纷，都认为这还是要归功于邓名各种神出鬼没的奇谋——还是和邓名的勇敢无关
，而厚道的浙军领袖张煌言则保持沉默。
十月底，闽军从山东送回了消息，邓名告诉他的盟友们，称自己在山东进展相当顺利，
正在整编部队准备进攻潍县然后席卷莱州，要江北明军戒骄戒躁，等清军实在呆不下去
后再趁胜追击。
“可怜的祖泽溥。”看到邓名的来信后，任堂就对同僚们点评起此战：“提督先是化妆
成鞑子去切断驿路，让祖泽溥耳聋眼瞎；然后充分发挥以前和甘陕绿营的交情，在提督
选定的战场上进行了一场单方面的屠杀，提督真是胜之不武！”
任堂说出了不少人的心声，只不过他们大都没有任堂这么胆大而已。信件前半部是邓名
在炫耀自己武功的，后半部则是一些命令，邓名让四川商人尽快推选代表到山东去一趟
，接下扶清灭明军的军火购买合同，在这些信中，邓名也叙述了一遍自己的政策和当下
山东的局面。
“自古以来，争霸天下就是磨一把快刀，然后拿着它出去混江湖，服了就跟我一起砍去
，不服就砍到服为止。”穆谭自认为跟随邓名以来，视野、见识也是一日千里了。穆谭
认为邓名就是磨一把刀，然后把他亮给别人看——看见没？我能用它砍你，你要是服了
就掏银子，让我能买更多的铁，磨一把更大的刀出来：“提督轻易不砍人，尤其不砍穷
人，以前的甘陕绿营掏不起银子，提督就要想办法帮人家发家致富，然后再提着刀子上
。而这次山东人也没钱，提督肯定是觉得有这时间在山东赚几个辛苦小钱，还不如多在
东南溜溜。”
而邓名在山东的策略，穆谭就把它理解为：邓名又磨了一把刀，然后给山东的缙绅看：
“喏，好刀吧？你们买下它，不然我就把它卖给你们隔壁的强盗邻居。”
穆谭的理解变成了四川人对邓名山东之行的共识，很快就有人打包上路，从银行家、运
货商到铁匠代理商都有。
四川现在执行的积分政策导致大批人在城市成为工人，工农人口比例是其他地区的好几
倍，甚至十倍以上，再加上邓名不遗余力地从全国各地收集工匠，使得四川已经可以向
外出售旧军火了——比如以前从湖广、两江缴获的旧式盔甲就打算处理掉，在重庆当做
废品收购的绿营军火在山东应该也可以卖出不错的价钱；等过些年，成都的铁匠行生产
出更多、更好的盔甲和鸟铳后，张长庚给的装备迟早也会被逐步淘汰。
“等山东的乱子彻底闹大，杰书退兵时我们就衔尾追击，到时候肯定还可以缴获一大批
我们用不到的兵器，也可以卖给山东人。”邓名信末还交代了这么一句，指示川西商人
们应该有提供更多武器的信心和底气，他们的信心能够给扶清灭明军更好的鼓励，加速
山东清军的瓦解，这样杰书就可能撤兵更急，导致他的失败更凄惨，从而让川军缴获到
更多可以出售给山东的装备。
这种指示无疑就是邓提督总是挂在嘴头上的良性循环，不过邓名大概忘记他已经想把这
些武器卖一些给周培公的长江剿邓总队了，所以赵天霸等人也不得不回信提醒邓名注意
承诺时要留有余地，起码要向扶清灭明军说明，他们需要和长江剿邓总队竞争明军手中
的多余装备。
在回信提醒邓名的同时，赵天霸他们也仿效邓名的风格，给周布政使去信，告诉他邓名
又引入了新的竞争机制。当然，因为剿邓总理和邓名的交情，川西方面认为长江剿邓总
队和扶清灭明军出价相当时，前者会有武器的优先购买权；教官也是一样，因为扶清灭
明军这个新主顾出现，所以川西派出的教官恐怕也需要更多的租借费和培训费。
现在明军统帅是李来亨，巩焴是军师兼任川西军的协调人，因为遭到张煌言的激烈反对
，所以巩焴无法在盟军中任职——现在联军打着的依旧是明军旗号，张煌言虽然不会再
发出什么以“李贼倡乱”为首的檄文，但说什么也不同意让烧神主牌的巩焴有职务、差
遣。
在邓名去山东前，赵天霸被提拔为上校，成为了川西五中校中第一个被提拔到这个军衔
上的人。邓名要周开荒、任堂等人平时多和赵天霸商议，关键时刻需要一言而决时，一
定要坚决服从赵上校的命令。如果他们能做到这点的话，邓名保证等他从山东回来后，
就把他们和远在四川的李星汉也都提拔为上校。
虽然在川军中只是校尉阶，不过夔东军和浙军中没有人会把赵天霸等人视同于他们手下
的校尉，经过巩焴的协调，李来亨传令全军，宣布赵天霸的命令仅次于他本人的命令，
而周开荒等人的命令也相当于李来亨手下挂将军印的总兵——李来亨手下有几十人被永
历朝廷授予总兵衔，挂将军印的还有五个之多，无论是李来亨本人还是其他夔东军将领
，都不会认为他们手下挂将军印的总兵的实力能够和川军中校相比。而川军的少校，现
在也被等同于夔东军的总兵或是浙军的副将。若以实力而言，这种等同关系其实还是川
军校尉给了夔东军和浙军面子。
在联军与清军中央军对峙，等待更好的决战时机时，扶清灭明军在山东继续高歌猛进。
从二十三日发起攻击后，莱州府的县城在月底前就被扶清灭明军尽数攻破。控制县城后
，高云轩等大侠得到了不少补充，而且让更多缙绅加入了山东扶清议院——如果不参加
议院，扶清灭明军就不保证他的安全。如果是邓名威胁说哪个缙绅不支持他的军队就号
召大盗去洗劫他家，多半会名声名狼藉；但现在是山东缙绅议院的决议，那就完全不一
样了，上了贼船的缙绅们和大侠们颇有同仇敌忾之感：大家一起下水，一起等招安，谁
也别想在边上闲着。
在扶清议院中，邓名竭力宣传他那套“要想当大清的县令，就要攻破大清的县城；要想
当大清的知府，就要攻陷大清的府城！大丈夫顶天立地，就算拿不下整个山东当总督，
也要全取胶东捞个巡抚耍耍。”
很多缙绅因为被议院宣布为“不受大清律保护的人”，不得不加入扶清议院，然后也生
出了一不做、二不休的感觉，既然都扶清灭明了，那也只有和明军干到底了，用刀逼着
清廷不得不宽大处理自己。
因此扶清议院通过的决议越来越激烈，十一月六日，扶清灭明大军包围了清军占据的莱
州首府。
城内绿营总兵派人出城请求投降，表示愿意充当中间人，替扶清议院和扶清灭明大军向
朝廷传达他们想被招安的诚意。确实有几个人因此产生了动摇，但邓名立刻告诉他们，
一个总兵的分量不够，而且这么一点位置也不够大伙儿分的；邓名更进一步指出，如果
不消灭了正牌的清廷莱州知府和莱州绿营，那扶清议院的缙绅就不用指望清廷用莱州知
府来招安他们，而等待扶清灭明大军的也只能是解散，而不是变成货真价实的莱州绿营。
扶清议院和扶清灭明军痛感大明保国公的看法极有见地，于是通过决议不与清廷地方军
政机构议和，坚决消灭大清莱州知府衙门和绿营。
七日，扶清灭明大军在炸开城墙后，不费吹灰之力就打垮了城内的清军——无论是大侠
还是缙绅，都是扶清灭明军的支持和赞助者，与这个同盟比起来，大清莱州知府的力量
实在是弱不禁风。看到城墙被破后，早已经和大侠有联系或是和缙绅有关系的绿营军官
，纷纷阵前倒戈，然后如愿以偿地被整编为扶清灭明军，等时机成熟，还可以指望一起
被招安，恢复正牌绿营的身份。
攻破莱州后，扶清灭明军的形势一片大好，缙绅发现祖泽溥在失去督标和提标后已经外
强中干，除了嚷嚷要朝廷派援兵外更无一策。扶清议院在莱州城中通过新的决议，凡是
在规定时间内不参加扶清议院的缙绅，从此以后不仅仅是被宣布为“不受大清律保护的
人”，而是要被视为“扶清”大业的敌人，要出动扶清灭明大军把这些通邓的嫌疑份子
予以剿灭。
在当天的会议上，缙绅议院还征求了邓名的意见，询问他对登州清军的实力判断。当从
邓名口中得到登州军可以被击败的保证后，扶清议院就宣布，在栖霞包围于七的登州清
军为叛贼、涉嫌通邓，因为他们居然不承认扶清灭明军的正义性和合法性，还在与莱州
府的通信中蔑称议院为贼。扶清议院在决定出兵剿灭通邓的登州清军的同时，还宣布于
七是被小人陷害的扶清同道，扶清议院此行的目的之一就是解决于七和他的十几万义军
，欢迎他加入到轰轰烈烈的扶清大业中来。
八日，陈情奏章在欢呼声中离开莱州城的西城门，由快马送往济南。在奏章里，扶清议
院向山东总督祖泽溥解释了他们的不得已，揭露了登州绿营假忠诚、真通邓的面目。在
奏章被送走的同时，扶清灭明军就从东门开出，浩浩荡荡地前去登州，讨伐背叛朝廷的
文武官员，拯救大清忠臣于七等人。

d*y2011-01-21 08:01

3 楼

学统计专业的，可以做这个吗？
感觉这个是个方向。

a*l2011-01-21 08:01

4 楼

1周到6个月不等，平均4到5周，所以不要现在就改签，等issue 了再说

l*o2011-01-21 08:01

5 楼

正名总督现在可以号称天下第一混乱了

s*j2011-01-21 08:01

6 楼

前及个月去参加workshop, 一个屋子里讨论next gen sequencing.
我也听不懂, 就问说我什么统计也不懂, 要入这行, 是读本50页"statistics for
biologiest"就行了, 还是得回学校去读统计.
一屋子人都笑, 我说你们笑什么? 大家说其实我们都不太懂统计.

【在 d******y 的大作中提到】

: 学统计专业的，可以做这个吗？
: 感觉这个是个方向。

a*r2011-01-21 08:01

7 楼

问题是目前机票是3周回，如果不改的话到日期就过期了，到时候就必须重新买单程的
票了，有什么好的办法呢？

【在 a*******l 的大作中提到】

: 1周到6个月不等，平均4到5周，所以不要现在就改签，等issue 了再说

n*22011-01-21 08:01

8 楼

要是扶清灭明搞的弄假成真了怎么办

d*y2011-01-21 08:01

9 楼

这个也能理解吧，估计公司开发机器的时候已经把需要用到的算法和程序都做好了，只
需要按照程序去做，就可以得到数据。
但是感觉这个方向才刚开始起步，做的人还少，数据分析还处于初级阶段，所以用不上
太多的统计知识。但是一旦技术成熟，推向市场，特别是可以应用到临床诊断的时候，
也许需要的统计知识就会大增。
自己的一点猜想，欢迎拍。

【在 s*****j 的大作中提到】

: 前及个月去参加workshop, 一个屋子里讨论next gen sequencing.
: 我也听不懂, 就问说我什么统计也不懂, 要入这行, 是读本50页"statistics for
: biologiest"就行了, 还是得回学校去读统计.
: 一屋子人都笑, 我说你们笑什么? 大家说其实我们都不太懂统计.

a*l2011-01-21 08:01

10 楼

你觉得还能有什么方法？我自从被check过一次后，回国都买单程的机票

【在 a**********r 的大作中提到】

: 问题是目前机票是3周回，如果不改的话到日期就过期了，到时候就必须重新买单程的
: 票了，有什么好的办法呢？

S*C2011-01-21 08:01

11 楼

扶清灭明拥邓

【在 n******2 的大作中提到】

: 要是扶清灭明搞的弄假成真了怎么办

w*y2011-01-21 08:01

12 楼

统计背景的话, 你可以找几篇wing wong的paper读一读
但总体来说NGS主要是CS的三亩地, 因为对效率的要求太高了
一般统计的人不善长这个

【在 d******y 的大作中提到】

:
: 这个也能理解吧，估计公司开发机器的时候已经把需要用到的算法和程序都做好了，只
: 需要按照程序去做，就可以得到数据。
: 但是感觉这个方向才刚开始起步，做的人还少，数据分析还处于初级阶段，所以用不上
: 太多的统计知识。但是一旦技术成熟，推向市场，特别是可以应用到临床诊断的时候，
: 也许需要的统计知识就会大增。
: 自己的一点猜想，欢迎拍。

k*i2011-01-21 08:01

13 楼

我周围几个data point是两周多一点status update，三周Issue 九月到十月的几个
case
感觉现在比六月的时候快了一些

p*a2011-01-21 08:01

14 楼

木炭不是尼玛福建人，是香港人，旺角的！

s*22011-01-21 08:01

15 楼

接触过一些，没看出数据有什么特别的地方。现有的统计分析方法够用了。

【在 d******y 的大作中提到】

: 学统计专业的，可以做这个吗？
: 感觉这个是个方向。

a*r2011-01-21 08:01

16 楼

wy2011-01-21 08:01

17 楼

有后备手段啊，现在这帮人的所有后勤都卡在川军手里。
人被邓名洗脑，没那么容易啊。而且只要香菇还在发展
没道理跟他为敌

【在 n******2 的大作中提到】

: 要是扶清灭明搞的弄假成真了怎么办

d*e2011-01-21 08:01

18 楼

你要是只作应用的话，会写简单的code用别人现成的软件就够了，不需要多少统计。
如果做算法，和统计关系也不大，除非做非常基本的建模。

【在 d******y 的大作中提到】

: 学统计专业的，可以做这个吗？
: 感觉这个是个方向。

a*l2011-01-21 08:01

19 楼

1周到6个月不等，平均4到5周，所以不要现在就改签，等issue 了再说

wy2011-01-21 08:01

20 楼

要想当大清的县令，就要攻破大清的县城；要想
当大清的知府，就要攻陷大清的府城！

【在 s********r 的大作中提到】

: 从九月开始，江北的明军就不断向淮阳方向移动，十月初杰书和江北明军形成对峙后，
: 双方虽然还没有爆发大战，但激烈的斥候战已经开始。川军引以为傲的对列冲锋在斥候
: 交锋中并没有什么优势，双方会在各种地形下突然遭遇，而且交战目的也不是驱逐对方
: 出战场，而是阻止对方渗透或传递消息。
: 因此斥候战更重要的还是凭着个人的经验以及通过复杂地形的能力，还有单兵作战的能
: 力和骑术。而邓名把蒙古籍、以前的御前侍卫都带去山东了，这让明军在斥候交锋中始
: 终处于下风。幸好斥候不是情报的唯一来源，两江官兵只是杰书名义上的友军和部署，
: 江北的江湖好汉们理论上也支持官府，所以就算杰书能在斥候战中占到上风，整场情报
: 战中依旧是一败涂地。
: 邓名认为自己成功的基础是能够在战场上击败强敌，从对阵谭弘开始就是如此，其他的

d*y2011-01-21 08:01

21 楼

统计硕士不就是干这个的嘛？

【在 d*******e 的大作中提到】

: 你要是只作应用的话，会写简单的code用别人现成的软件就够了，不需要多少统计。
: 如果做算法，和统计关系也不大，除非做非常基本的建模。

a*r2011-01-21 08:01

22 楼

问题是目前机票是3周回，如果不改的话到日期就过期了，到时候就必须重新买单程的
票了，有什么好的办法呢？

【在 a*******l 的大作中提到】

: 1周到6个月不等，平均4到5周，所以不要现在就改签，等issue 了再说

k*n2011-01-21 08:01

23 楼

要当大清的皇帝。。就攻破北京城！

f*e2011-01-21 08:01

24 楼

同意，需要统计和计算机的混合背景。高效 sequence alignment
还是 assembly 都需要 CS (q-gram? Smith-waterman?
Hashing? db graph? overlapping?), 解读 aligned 过的
资料（最简单的：这个 mismatch 是 sequencing error 还是
variant? 如果 3X 的 coverage 分不出来，多大的 coverage
才中？）
我两个背景都没有，所以俺才能干这行。 :)

【在 w******y 的大作中提到】

: 统计背景的话, 你可以找几篇wing wong的paper读一读
: 但总体来说NGS主要是CS的三亩地, 因为对效率的要求太高了
: 一般统计的人不善长这个

a*l2011-01-21 08:01

25 楼

你觉得还能有什么方法？我自从被check过一次后，回国都买单程的机票

【在 a**********r 的大作中提到】

: 问题是目前机票是3周回，如果不改的话到日期就过期了，到时候就必须重新买单程的
: 票了，有什么好的办法呢？

s*t2011-01-21 08:01

26 楼

actually, i like his idea
the one who steals stuff is a thief
the one who steals a country is crowned

【在 k**n 的大作中提到】

: 要当大清的皇帝。。就攻破北京城！

n*g2011-01-21 08:01

27 楼

funny

【在 s*****j 的大作中提到】

k*i2011-01-21 08:01

28 楼

我周围几个data point是两周多一点status update，三周Issue 九月到十月的几个
case
感觉现在比六月的时候快了一些

k*o2011-01-21 08:01

29 楼

做这个有需要自己写代码的情形吗？

k*c2011-01-21 08:01

30 楼

做好5,6周的准备。不同使馆时间不一样

d*e2011-01-21 08:01

31 楼

不可能你自己一行程序都不写吧

【在 k****o 的大作中提到】

: 做这个有需要自己写代码的情形吗？

f*s2011-01-21 08:01

32 楼

至少3周

【在 a**********r 的大作中提到】

: 上周在上海签H1B被check，以前签过3次H1B，都很顺利，这次就这么被check了
: 原来订的是3周返回美国的机票，现在在考虑如果改机票，请问最近的H1B的check大概
: 多久能clear？我担心如果现在延期一周，万一拿不到还得延期，每延期一次都要交不
: 少改签费和机票费，挺折腾的。

f*e2011-01-21 08:01

33 楼

yes. a lot of it.

【在 k****o 的大作中提到】

: 做这个有需要自己写代码的情形吗？

y*62011-01-21 08:01

34 楼

刚回来拿到护照要五周

d*y2011-01-21 08:01

35 楼

医学院用到这个玩意的应该很多吧？
感觉做这个方向也可以进公司，也可以进医学院，出路是不是相对来说要好些？
毕竟现在做这个的人少，而需求却会稳步上升。

S*k2011-01-21 08:01

36 楼

我朋友12月份回国的F1签证，整整三周clear的

B*t2011-01-21 08:01

37 楼

搞这个统计知识没啥用，会写点code比统计知识有用多了，除非像自己搞算法

H*e2011-01-21 08:01

38 楼

Agree on this.
只会统计，但是coding不好的人做这个反而吃力。

【在 d*******e 的大作中提到】

: 你要是只作应用的话，会写简单的code用别人现成的软件就够了，不需要多少统计。
: 如果做算法，和统计关系也不大，除非做非常基本的建模。