真心求教：如果每周用同位素连续两年，对健康会有影响吗？ - 未名空间MITBBS历史存档

真心求教：如果每周用同位素连续两年，对健康会有影响吗？# Biology - 生物学

l*g2011-05-01 07:05

1 楼

800-323-6252
打过去之后说是pending
然后和advisor说Is there anything I can do to help it getting approved
然后转给另一个说话死气沉沉半死不活的advisor，告知decline
问原因说是信用历史太短
然后直接挂了电话，连Goodbye都没有，我直接愣了……
挂了电话才骂出F**k来……BS我自己
Chase的卡老子以后不申了！

m*u2011-05-01 07:05

2 楼

记牌，稳赢

w*72011-05-01 07:05

3 楼

版主及各位前辈好，我是刚来的新人，现在有个关于项目问题十分困扰我，希望各位给
一些指点和建
议。发言没有经验，若有欠妥之处请谅解。
我现在是PhD第二年，去年rotation之后加入现在的实验室。老板是个美国人，年长，
算是个牛
人。老板去年末给我一个项目，genome-wide screening,方法纯粹是Northern来找我们
兴趣
的基因。当时老板给这个项目的时候，我并不是很喜欢，因为本能地觉得做筛选风险性
会比较高，筛
到筛不到都是未知。但是碍于老板多次建议，所以就答应下来了。
但是现在发现这个项目有多么的tedious，并且如果要如期--按照我老板的话说1年内--
完成筛
选，就以为着我每周要跑六个胶，做六个Northern,并且周周都要用同位素。tedious我
还是可以
接受的。但是我最担心的就是每周都要用同位素，并且连续两年甚至以上。这让我对自
己的健康很担
忧。
当初接这个项目的时候，老板说我会和另外一个人一起做，但是目前来看那个人一直
focus自己的两
一个东西，根本只是我在做。最近老板找我谈，说我做的慢，让我加快进度，每周筛96
个基因，一年
内要完成。我听之后真的压力非常之大。我跟老板说出了我的顾虑，但是老板说自己一
辈子都做这
个，根本没有多大伤害，P32发出的贝塔粒子是非常温和的. 但是我觉得自己要长期连
续使用对健康
的积累性影响也许真的会很大。
也许有人会和我老板一样，觉得我无知，尽管拍砖无妨。。我也知道很多医生或者
factory的工人比
我受的辐射多的多了，但是我是事关健康，所以我真心求教。而且版上肯定有熟悉做
Northern 的
人，比我经验多得多，所以我想问我这种情况如何看待和处理？多谢多谢。

J*n2011-05-01 07:05

4 楼

叫你BSO

n*r2011-05-01 07:05

5 楼

你想的太简单了，赌场不是吃素的
偶尔赢个几万块没事
多了赌场就会盯上，礼送出门，不合作的话有狠招等着你
之前有数学家研究出赌场概率上的漏洞，捞了几百万之后被各大赌场拒绝入场

e*t2011-05-01 07:05

6 楼

这个真的是生物实验的精华体现。。。
那就是labor intensive，毫无creative的东西。
如果你不喜欢，还是趁早跟老板说，或者换实验室。你们老板估计也是把外国学生当
cheap labor使，这么高强度的活，最少要1-2个tech来干。
还有，现在genome wide的东西还用这么原始的手段吗？最少也是先用microarry或者
sequencing,找到significant的结果在验证一下。
怀疑你们老板的水平。。。

M*s2011-05-01 07:05

7 楼

Chase的客服估计是最烂的了

【在 l********g 的大作中提到】

: 800-323-6252
: 打过去之后说是pending
: 然后和advisor说Is there anything I can do to help it getting approved
: 然后转给另一个说话死气沉沉半死不活的advisor，告知decline
: 问原因说是信用历史太短
: 然后直接挂了电话，连Goodbye都没有，我直接愣了……
: 挂了电话才骂出F**k来……BS我自己
: Chase的卡老子以后不申了！

x*i2011-05-01 07:05

8 楼

MIT 以前有个小组，好像带头的是个华裔，他们很会算，帮MIT赢了很多钱，后来被赌
场禁足了，不许他们再去，好像那个华裔后来去了花街，把他们的事情写了本书

w*72011-05-01 07:05

9 楼

谢谢ericfit的回复。
用Northern来做genome-wide的东西确实很原始，我和我的committee 上的其他老板聊
，他们没有
一个喜欢的这项目的。
但是老板觉得它的好处是便宜，并且能显示我们做的这个RNA 从primary transcript
到 mature
RNA 每个阶段的量。我们也可以用RT-PCR，但是贵，并且只能看到这个RNA processing
的其中一
个阶段。所以老板就让我这么做。
老板说如果我真的不喜欢，就换项目给我。但是我觉得老板肯定会很不爽我了。我也很
后悔当时没有坚
持拒绝做这个项目，当时太没有经验，没有考虑这么多。

【在 e*****t 的大作中提到】

: 这个真的是生物实验的精华体现。。。
: 那就是labor intensive，毫无creative的东西。
: 如果你不喜欢，还是趁早跟老板说，或者换实验室。你们老板估计也是把外国学生当
: cheap labor使，这么高强度的活，最少要1-2个tech来干。
: 还有，现在genome wide的东西还用这么原始的手段吗？最少也是先用microarry或者
: sequencing,找到significant的结果在验证一下。
: 怀疑你们老板的水平。。。

a*w2011-05-01 07:05

10 楼

哎

T*i2011-05-01 07:05

11 楼

几百万还不够啊

【在 n******r 的大作中提到】

: 你想的太简单了，赌场不是吃素的
: 偶尔赢个几万块没事
: 多了赌场就会盯上，礼送出门，不合作的话有狠招等着你
: 之前有数学家研究出赌场概率上的漏洞，捞了几百万之后被各大赌场拒绝入场

j*x2011-05-01 07:05

12 楼

Northern for genome-wide, no way!
花2年的时候做这个screening，浪费的时间和人力成本远高过于其他方法，这个道理你
老板不会不懂，他可能只是不在乎而已。高通量的方法初筛然后结合Northern来确认，
相信这是理性的PI会做的选择。现在的现实是，如果PI不在乎学生的这两年时间而更在
乎钱的话，你也没有必要违心去迎合他。
既然老板都提到如果不喜欢就换题，我想你也没必要想的太多了，move on。其实他心
知肚明这是个不讨人喜欢的项目，拒绝是自然的事情。如果因此而嫉恨，呵呵，这人的
rp有问题尽快闪吧。
其实，现在无论是基于芯片还是qPCR的高通量方法，成本早就下降很多了。芯片不说了
，qPCR目前发展到384孔甚至1536孔板都渐渐成为常规方法了，3万个基因筛下来成本没
多少，不是吗？

l*k2011-05-01 07:05

13 楼

我也是，原因是最近一段申卡太多，杯具
确实最近刚拿到三张新卡

【在 l********g 的大作中提到】

: 800-323-6252
: 打过去之后说是pending
: 然后和advisor说Is there anything I can do to help it getting approved
: 然后转给另一个说话死气沉沉半死不活的advisor，告知decline
: 问原因说是信用历史太短
: 然后直接挂了电话，连Goodbye都没有，我直接愣了……
: 挂了电话才骂出F**k来……BS我自己
: Chase的卡老子以后不申了！

e*G2011-05-01 07:05

14 楼

还拍了电影呢

【在 x*****i 的大作中提到】

: MIT 以前有个小组，好像带头的是个华裔，他们很会算，帮MIT赢了很多钱，后来被赌
: 场禁足了，不许他们再去，好像那个华裔后来去了花街，把他们的事情写了本书

l*l2011-05-01 07:05

15 楼

忍不住上来说一句，如果你不是那么喜欢生物，还是不要这么做了，这个真的是有点过
分。你老板明显就是把你当cheap labor来使的。
真的希望有朝一日，我们的同胞，新来的学生学者，不要再受这种折磨，做生物和实验
能真正让人觉得很有趣。

l*g2011-05-01 07:05

16 楼

唉

【在 J*******n 的大作中提到】

: 叫你BSO

s*n2011-05-01 07:05

17 楼

是的，赌场有权不服务任何人。常赢的都被禁止入门了

【在 n******r 的大作中提到】

: 你想的太简单了，赌场不是吃素的
: 偶尔赢个几万块没事
: 多了赌场就会盯上，礼送出门，不合作的话有狠招等着你
: 之前有数学家研究出赌场概率上的漏洞，捞了几百万之后被各大赌场拒绝入场

w*72011-05-01 07:05

18 楼

非常感谢juzbox你的回复。
我觉得老板肯定很在乎钱，并且老板觉得卖苦力是正常的，因为她自己年轻的时候就是
个工作狂，成
天在cold room里做Northern。她劝我说她自己刚有实验室的时候（七十年代）之前就
做过和我
现在这个非常类似的项目一年半，然后找到了个非常重要的发现。
在我之前有两个学生做过这个项目，后来他们做了一点后都渐渐把方向转移到他们的另
外一个项目
了。但是我的问题是老板就给一个这个项目我，另外还有一个非常小的课题不在她的
grant下，纯
粹是她的兴趣。我自己平时还是很hard-working的，但是由于赶着修课和当TA，所以最
近进度慢
了下来而被批评。
另外非常感谢你关于芯片和qPCR的建议，我觉得其实在我之前的两个人肯定也想过，也
许被老板否
定了吧。我去找相关文献以及成本看一下。

【在 j****x 的大作中提到】

: Northern for genome-wide, no way!
: 花2年的时候做这个screening，浪费的时间和人力成本远高过于其他方法，这个道理你
: 老板不会不懂，他可能只是不在乎而已。高通量的方法初筛然后结合Northern来确认，
: 相信这是理性的PI会做的选择。现在的现实是，如果PI不在乎学生的这两年时间而更在
: 乎钱的话，你也没有必要违心去迎合他。
: 既然老板都提到如果不喜欢就换题，我想你也没必要想的太多了，move on。其实他心
: 知肚明这是个不讨人喜欢的项目，拒绝是自然的事情。如果因此而嫉恨，呵呵，这人的
: rp有问题尽快闪吧。
: 其实，现在无论是基于芯片还是qPCR的高通量方法，成本早就下降很多了。芯片不说了
: ，qPCR目前发展到384孔甚至1536孔板都渐渐成为常规方法了，3万个基因筛下来成本没

p*e2011-05-01 07:05

19 楼

昨天申请没有当时APPROVE 今天打电话CHECK STATUS。 APPROVED。

P*g2011-05-01 07:05

20 楼

嗯，赌场应该招聘请他们做顾问。

【在 n******r 的大作中提到】

: 你想的太简单了，赌场不是吃素的
: 偶尔赢个几万块没事
: 多了赌场就会盯上，礼送出门，不合作的话有狠招等着你
: 之前有数学家研究出赌场概率上的漏洞，捞了几百万之后被各大赌场拒绝入场

h*42011-05-01 07:05

21 楼

这个同位素只要不吃下去对你身体影响不大（或是没有），
但是目前看来不是同位素对你的影响了，而是这个课题本身给你带来的烦恼了。好好跟
老板谈一下，能不能换个课题
bless

l*y2011-05-01 07:05

22 楼

需要多久的信用记录？

r*n2011-05-01 07:05

23 楼

他们不止是算，主要是训练配合通牌，玩儿single deck, 坐同桌，还有假装围观的负
责通讯，事先定好各种小动作，绝对算出老千。即使你不出老千，或者赌场查不出啥，
只要一直赢大钱，人家还是能不做你的生意，再把你加入全球黑名单。

【在 x*****i 的大作中提到】

: MIT 以前有个小组，好像带头的是个华裔，他们很会算，帮MIT赢了很多钱，后来被赌
: 场禁足了，不许他们再去，好像那个华裔后来去了花街，把他们的事情写了本书

j*x2011-05-01 07:05

24 楼

这个可以想象，正是由于老板自身的经历，才会觉得这些都是无比正常的事情。
如果我是你，也许我会和老板说，如果我现在还处在30多年前的条件下，我也许会和您
一样接受这个挑战。而今30多年过去了，我却还需要用几乎同样的低效率的方法和路线
再重复您当年的老路，我觉得这是这个课题的悲哀，也是我们两代biologist的悲哀。
如果我做这个课题，首选方法是RNA Sequencing和exon array。Northern能带给你的信
息，测序结果或者exon array都能呈现，你自己也能借此学到比较前沿的实验和数据分
析方法。更为重要的是，整个初步结果也许你一个月都拿到手了。我是无法理解，这1-
2万美金的实验花费会比这2年的时间成本更重要。。。当然，也许你老板并没有把握做
完这个screening一定会有类似当年的重要发现，而不愿意冒这个成本的风险，那实话
说，你就更没有必要冒这个风险了。呵呵，可以建议老板花钱雇个technician来完成这
个项目，你可以坦白告诉她，你需要的是PHD training。

【在 w**********7 的大作中提到】

: 非常感谢juzbox你的回复。
: 我觉得老板肯定很在乎钱，并且老板觉得卖苦力是正常的，因为她自己年轻的时候就是
: 个工作狂，成
: 天在cold room里做Northern。她劝我说她自己刚有实验室的时候（七十年代）之前就
: 做过和我
: 现在这个非常类似的项目一年半，然后找到了个非常重要的发现。
: 在我之前有两个学生做过这个项目，后来他们做了一点后都渐渐把方向转移到他们的另
: 外一个项目
: 了。但是我的问题是老板就给一个这个项目我，另外还有一个非常小的课题不在她的
: grant下，纯

J*n2011-05-01 07:05

25 楼

我也没approve，话说你3个月ssn，有fidelity那张就知足吧大哥

【在 l********g 的大作中提到】

: 唉

y*i2011-05-01 07:05

26 楼

帮MIT赢了很多钱
学校能明着拿这种钱？

i*l2011-05-01 07:05

27 楼

跟她谈，不要说你对健康的担心
就说你认为这个做法对Project本身不是最好的策略，还有别的横好更有效的办法。。
。。。
先查文献，有的放矢，Frimly地表达你的意愿，定东西，做点小实验，开始新的试验方
法，show他结果
只要你move On ，你来引导他，引导Project的走向

【在 w**********7 的大作中提到】

: 版主及各位前辈好，我是刚来的新人，现在有个关于项目问题十分困扰我，希望各位给
: 一些指点和建
: 议。发言没有经验，若有欠妥之处请谅解。
: 我现在是PhD第二年，去年rotation之后加入现在的实验室。老板是个美国人，年长，
: 算是个牛
: 人。老板去年末给我一个项目，genome-wide screening,方法纯粹是Northern来找我们
: 兴趣
: 的基因。当时老板给这个项目的时候，我并不是很喜欢，因为本能地觉得做筛选风险性
: 会比较高，筛
: 到筛不到都是未知。但是碍于老板多次建议，所以就答应下来了。

l*y2011-05-01 07:05

28 楼

3个月就申，好胆量~

【在 J*******n 的大作中提到】

: 我也没approve，话说你3个月ssn，有fidelity那张就知足吧大哥

w*72011-05-01 07:05

29 楼

Thanks for your support.

【在 l****l 的大作中提到】

: 忍不住上来说一句，如果你不是那么喜欢生物，还是不要这么做了，这个真的是有点过
: 分。你老板明显就是把你当cheap labor来使的。
: 真的希望有朝一日，我们的同胞，新来的学生学者，不要再受这种折磨，做生物和实验
: 能真正让人觉得很有趣。

k*s2011-05-01 07:05

30 楼

靠。。。chase不足六个月基本秒据的吧

【在 l****y 的大作中提到】

: 3个月就申，好胆量~

w*72011-05-01 07:05

31 楼

如果真的影响不大的话那我就放心了。
如您和其他各位所说，现在确实是这个项目本身的问题了。

【在 h*****4 的大作中提到】

: 这个同位素只要不吃下去对你身体影响不大（或是没有），
: 但是目前看来不是同位素对你的影响了，而是这个课题本身给你带来的烦恼了。好好跟
: 老板谈一下，能不能换个课题
: bless

d*72011-05-01 07:05

32 楼

我家ld去年11月拿到的ssn，instant approved，4800的cl。。。。

【在 k********s 的大作中提到】

: 靠。。。chase不足六个月基本秒据的吧

w*72011-05-01 07:05

33 楼

非常感谢。第一次上来发帖就得到这么多人的建议和支持，真是感激不尽。
你说的这些方法我会去尽力了解下，如果真的能做，并且老板愿意出钱的话就太好了，
以前对这些技术
知之甚少。
说到钱，我们实验室之前只有个学姐做microarray，花过几万刀。其他人的项目都没有
花过这么多
钱。老板最近申的NIH funding一直没有下来，如果今年能拿到钱也许会答应，如果拿
不到就没有可能
了。

1-

【在 j****x 的大作中提到】

: 这个可以想象，正是由于老板自身的经历，才会觉得这些都是无比正常的事情。
: 如果我是你，也许我会和老板说，如果我现在还处在30多年前的条件下，我也许会和您
: 一样接受这个挑战。而今30多年过去了，我却还需要用几乎同样的低效率的方法和路线
: 再重复您当年的老路，我觉得这是这个课题的悲哀，也是我们两代biologist的悲哀。
: 如果我做这个课题，首选方法是RNA Sequencing和exon array。Northern能带给你的信
: 息，测序结果或者exon array都能呈现，你自己也能借此学到比较前沿的实验和数据分
: 析方法。更为重要的是，整个初步结果也许你一个月都拿到手了。我是无法理解，这1-
: 2万美金的实验花费会比这2年的时间成本更重要。。。当然，也许你老板并没有把握做
: 完这个screening一定会有类似当年的重要发现，而不愿意冒这个成本的风险，那实话
: 说，你就更没有必要冒这个风险了。呵呵，可以建议老板花钱雇个technician来完成这

A*r2011-05-01 07:05

34 楼

如果之前挂在你卡下面拿副卡也算记录的。

【在 d*********7 的大作中提到】

:
: 我家ld去年11月拿到的ssn，instant approved，4800的cl。。。。

s*i2011-05-01 07:05

35 楼

还是小心点吧

d*02011-05-01 07:05

36 楼

re，3个月连freedom都不一定能申到

【在 l****y 的大作中提到】

: 3个月就申，好胆量~

c*r2011-05-01 07:05

37 楼

非常对。
这种传统方式的screening其实很不经济。
从老板的角度来说，有几个原因应该选择high throughput screening methods：
1. time。多数时候这些project都有competition。时间是决定这篇paper发cell还是
pnas，甚至进垃圾堆的决定性因素。而手动screening是无论如何无法与high
throughput的方法比的。
2. economy。选择比较成熟的high throughput的方法的话，使用的人很多，说明经济
上是比较合算的，大家都不是傻瓜，都很在乎钱。比如说microarray，其实做一次才几
百块。而isotope，一瓶也要上百。如果需要超过5瓶的isotopes，那就不合算了。
3. big picture。你做northern，不会想把所有基因都做一遍吧？如果发现了一个有意
思的是不是就停止了？而high throughput的方法会screen所有的基因，保证你不会
miss掉一个更有意思的。
4. sensitivity。northern很不敏感。靠band的深浅能分辨的差别需要很大才行。而
microarray等方法的sensitivity要高很多，而pcr可以区分超过20%的差别。最有意义
的基因未必是差别最大的基因。
5. consistency。你做northern应该知道，一张张胶之间的可比性，一致性是非常差的
，很难比较两张胶的bands。而high throughput的方法由于是一次完成的，非常
consistent。另外有很多内置的参数可以保证每个样本之间的可比性。数据因而更容易
发现有意义的基因，也更准确。
当然很多老板不愿意用新方法，主要是习惯，和不熟悉而产生的造假担心。新方法多数
得到的都是一堆数据，而不是切实的条带，更容易作假。而如果老板不熟悉也比较难发
现。所有老板都是这样的，所以需要跟老板好好探讨一下。

1-

【在 j****x 的大作中提到】

: 这个可以想象，正是由于老板自身的经历，才会觉得这些都是无比正常的事情。
: 如果我是你，也许我会和老板说，如果我现在还处在30多年前的条件下，我也许会和您
: 一样接受这个挑战。而今30多年过去了，我却还需要用几乎同样的低效率的方法和路线
: 再重复您当年的老路，我觉得这是这个课题的悲哀，也是我们两代biologist的悲哀。
: 如果我做这个课题，首选方法是RNA Sequencing和exon array。Northern能带给你的信
: 息，测序结果或者exon array都能呈现，你自己也能借此学到比较前沿的实验和数据分
: 析方法。更为重要的是，整个初步结果也许你一个月都拿到手了。我是无法理解，这1-
: 2万美金的实验花费会比这2年的时间成本更重要。。。当然，也许你老板并没有把握做
: 完这个screening一定会有类似当年的重要发现，而不愿意冒这个成本的风险，那实话
: 说，你就更没有必要冒这个风险了。呵呵，可以建议老板花钱雇个technician来完成这

y*x2011-05-01 07:05

38 楼

猛

【在 l********g 的大作中提到】

: 800-323-6252
: 打过去之后说是pending
: 然后和advisor说Is there anything I can do to help it getting approved
: 然后转给另一个说话死气沉沉半死不活的advisor，告知decline
: 问原因说是信用历史太短
: 然后直接挂了电话，连Goodbye都没有，我直接愣了……
: 挂了电话才骂出F**k来……BS我自己
: Chase的卡老子以后不申了！

w*72011-05-01 07:05

39 楼

真的非常感谢clonebar各方面细致的分析，这是现阶段的我如何也想不到的。我现在知
道自己该往什么
方向上考虑并且如何和老板谈了，你的分析对真的非常helpful。
现在我需要看文献做调查，自己算一笔证据有力的帐出来。
非常感谢！

【在 c******r 的大作中提到】

: 非常对。
: 这种传统方式的screening其实很不经济。
: 从老板的角度来说，有几个原因应该选择high throughput screening methods：
: 1. time。多数时候这些project都有competition。时间是决定这篇paper发cell还是
: pnas，甚至进垃圾堆的决定性因素。而手动screening是无论如何无法与high
: throughput的方法比的。
: 2. economy。选择比较成熟的high throughput的方法的话，使用的人很多，说明经济
: 上是比较合算的，大家都不是傻瓜，都很在乎钱。比如说microarray，其实做一次才几
: 百块。而isotope，一瓶也要上百。如果需要超过5瓶的isotopes，那就不合算了。
: 3. big picture。你做northern，不会想把所有基因都做一遍吧？如果发现了一个有意

s*r2011-05-01 07:05

40 楼

没有必要和chase赌气。
有优惠当然要去申，管他客服好不好干什么，对自己有好处就行。

【在 l********g 的大作中提到】

: 800-323-6252
: 打过去之后说是pending
: 然后和advisor说Is there anything I can do to help it getting approved
: 然后转给另一个说话死气沉沉半死不活的advisor，告知decline
: 问原因说是信用历史太短
: 然后直接挂了电话，连Goodbye都没有，我直接愣了……
: 挂了电话才骂出F**k来……BS我自己
: Chase的卡老子以后不申了！

d*h2011-05-01 07:05

41 楼

我曾经做P32持续两年，有的时候差不多每周一次
中国老板，做mapping和做亚克隆做转基因的检测都要求用同位素
转基因都不用PCR初筛的，不管多少样品，一律上southern
更2的是有了Wb结果都还非得要northern
做了两年，现在感觉影响不大，但是心里非常抵触
后来做emsa，因为我坚持要用生物素

g*92011-05-01 07:05

42 楼

i would say yes.
personally I did once a week Southern for about 2 months. I was very tired
at that time. Maybe because of P32, or maybe because of the pressure of
working with P32......You could not spill, you wear double gloves, you need
to check bench before and after.......
And it is very likely to get depression when you do the same work for 2
years.
And even you get the result, how many years left to do any further work for
you PhD?

n*n2011-05-01 07:05

43 楼

1. The project is ridiculous! Period.
2. The amount of P32 you use will not hurt you a bit as long as you properly
protect yourself. uCi are nothing.

m*52011-05-01 07:05

44 楼

问个无关问题，你们那里PCR初筛是用long range PCR，一端在长短臂外一端在转进的
特异序列上，还是用都在转入序列上的？

【在 d****h 的大作中提到】

: 我曾经做P32持续两年，有的时候差不多每周一次
: 中国老板，做mapping和做亚克隆做转基因的检测都要求用同位素
: 转基因都不用PCR初筛的，不管多少样品，一律上southern
: 更2的是有了Wb结果都还非得要northern
: 做了两年，现在感觉影响不大，但是心里非常抵触
: 后来做emsa，因为我坚持要用生物素

c*r2011-05-01 07:05

45 楼

多数转基因不知道插到什么地方吧？

【在 m******5 的大作中提到】

: 问个无关问题，你们那里PCR初筛是用long range PCR，一端在长短臂外一端在转进的
: 特异序列上，还是用都在转入序列上的？

p*n2011-05-01 07:05

46 楼

second this.
same experience, same feeling...

need
for

【在 g*********9 的大作中提到】

: i would say yes.
: personally I did once a week Southern for about 2 months. I was very tired
: at that time. Maybe because of P32, or maybe because of the pressure of
: working with P32......You could not spill, you wear double gloves, you need
: to check bench before and after.......
: And it is very likely to get depression when you do the same work for 2
: years.
: And even you get the result, how many years left to do any further work for
: you PhD?

m*52011-05-01 07:05

47 楼

oh,我以为你说target
如果是transgenic的话确实不知道插到哪里

【在 c******r 的大作中提到】

: 多数转基因不知道插到什么地方吧？

j*r2011-05-01 07:05

48 楼

这么说吧，有可能按照你们老板的方法，经过2年的筛选，你能找到一个重要的基因，
就像你老板当年那样，但是这么做能成功的可能性是多大？如果做不出来呢？你两年
几乎什么也没有学到。你可以在自己的简历上写下你是NORTHERN的绝对EXPERT，但是用
两年的时间获得这么一点，这实在是太浪费了。
换个老板吧，这行里有很多老板没有一点创造力，他们之所以能做到AP就是纯运气。

【在 w**********7 的大作中提到】

: 非常感谢juzbox你的回复。
: 我觉得老板肯定很在乎钱，并且老板觉得卖苦力是正常的，因为她自己年轻的时候就是
: 个工作狂，成
: 天在cold room里做Northern。她劝我说她自己刚有实验室的时候（七十年代）之前就
: 做过和我
: 现在这个非常类似的项目一年半，然后找到了个非常重要的发现。
: 在我之前有两个学生做过这个项目，后来他们做了一点后都渐渐把方向转移到他们的另
: 外一个项目
: 了。但是我的问题是老板就给一个这个项目我，另外还有一个非常小的课题不在她的
: grant下，纯

w*72011-05-01 07:05

49 楼

谢谢你，你分析的有道理，我也都考虑过这些得与失。
老板当AP是上世纪七十年代，你可以想象他们年轻时候是怎么做研究的。她现在已经是我们研究的这个
领域里的名人了，我觉得她肯定也考虑过用northern耗费的精力和时间吧。

【在 j***r 的大作中提到】

: 这么说吧，有可能按照你们老板的方法，经过2年的筛选，你能找到一个重要的基因，
: 就像你老板当年那样，但是这么做能成功的可能性是多大？如果做不出来呢？你两年
: 几乎什么也没有学到。你可以在自己的简历上写下你是NORTHERN的绝对EXPERT，但是用
: 两年的时间获得这么一点，这实在是太浪费了。
: 换个老板吧，这行里有很多老板没有一点创造力，他们之所以能做到AP就是纯运气。

w*72011-05-01 07:05

50 楼

clonebar, 从你的分析觉得你对high throughput了解很多，所以能请教你个问题吗？
如能得
到回复，非常感谢。
通常我们在用high throughput array时，是已知A(A=某基因或某种condition),然后改
变A
（delete/mutateA基因）或者改变condiation（stress/starvation）,然后看gemonez几
千个基因中哪些表达发生改变。简单点说，改变A是原因，我们来找谁是结果。
但是在我的case里，我是已知我要的结果或者说是phenotype，即某RNA processing不
正常时
的状态。我需要找的是所有会导致这个状态的基因。换句话说，也就是为我感兴趣的结
果找原因。
我今天和lab里了解array的人谈，他们给不出好的建议，因为他们都说现在array都是
用来做上述
的第一种情况。所以如果你对相关技术有所了解，能恳请你给我一些信息吗？

【在 c******r 的大作中提到】

: 非常对。
: 这种传统方式的screening其实很不经济。
: 从老板的角度来说，有几个原因应该选择high throughput screening methods：
: 1. time。多数时候这些project都有competition。时间是决定这篇paper发cell还是
: pnas，甚至进垃圾堆的决定性因素。而手动screening是无论如何无法与high
: throughput的方法比的。
: 2. economy。选择比较成熟的high throughput的方法的话，使用的人很多，说明经济
: 上是比较合算的，大家都不是傻瓜，都很在乎钱。比如说microarray，其实做一次才几
: 百块。而isotope，一瓶也要上百。如果需要超过5瓶的isotopes，那就不合算了。
: 3. big picture。你做northern，不会想把所有基因都做一遍吧？如果发现了一个有意

L*s2011-05-01 07:05

51 楼

You have fallen into the abyss of cheap and fatal labor..

m*52011-05-01 07:05

52 楼

我觉得你的case应该做deep-sequencing,似乎现在deep sequencing 一个反应也才3千
左右吧,你做半年实验用的光同位素1000就很难打住,加上美国配胶配试剂用的盐也不是
省油的灯,还有RNAse out,还有电费………… 怎么算都比deep sequencing贵
楼主要不把case再说详细点大家一起看看？

gemonez几

【在 w**********7 的大作中提到】

: clonebar, 从你的分析觉得你对high throughput了解很多，所以能请教你个问题吗？
: 如能得
: 到回复，非常感谢。
: 通常我们在用high throughput array时，是已知A(A=某基因或某种condition),然后改
: 变A
: （delete/mutateA基因）或者改变condiation（stress/starvation）,然后看gemonez几
: 千个基因中哪些表达发生改变。简单点说，改变A是原因，我们来找谁是结果。
: 但是在我的case里，我是已知我要的结果或者说是phenotype，即某RNA processing不
: 正常时
: 的状态。我需要找的是所有会导致这个状态的基因。换句话说，也就是为我感兴趣的结

c*r2011-05-01 07:05

53 楼

具体的实验背景不是很了解，所以瞎说几句，错了概不负责哦
你说的第一种情况确实比较简单。只要array就可以了。当然也取决于你的A基因是什么
。如果是个transcription factor，可以做oligo array。如果是个kinase也可以做
phosphoprotein array。这完全取决于你的具体情况。数据分析也比较简单，因为因已
经知道了，所有发生的都是果，只需要知道这个果的cascade就可以了。
你说的第二种情况就比较复杂点，但是也不是不可解决的。我不太理解你没有
manipulation那么哪里来的phenotype，不过假定你完全不知道这个manipulation，那
么当你做array或者其他screen的时候，你发现的改变可能是这个phenotype的因，也可
能是这个phenotype的果。但无论如何，通过screen你可以把这个可能基因的list缩小
到几十甚至十几个。这个时候可以再在这个list里面二次screen。这时候由于比较有限
的范围，就可以直接siRNA或者overexpression啥的，看你发现的情况来决定了。
如果你说具体点儿，班上热心大牛很多，帮你看看，我也能借机学一手儿。

gemonez几

【在 w**********7 的大作中提到】

: clonebar, 从你的分析觉得你对high throughput了解很多，所以能请教你个问题吗？
: 如能得
: 到回复，非常感谢。
: 通常我们在用high throughput array时，是已知A(A=某基因或某种condition),然后改
: 变A
: （delete/mutateA基因）或者改变condiation（stress/starvation）,然后看gemonez几
: 千个基因中哪些表达发生改变。简单点说，改变A是原因，我们来找谁是结果。
: 但是在我的case里，我是已知我要的结果或者说是phenotype，即某RNA processing不
: 正常时
: 的状态。我需要找的是所有会导致这个状态的基因。换句话说，也就是为我感兴趣的结

p*i2011-05-01 07:05

54 楼

七十年代，LOL
你87年的？快點QUIT吧

因为她自己年轻的时候就是

【在 w**********7 的大作中提到】

: clonebar, 从你的分析觉得你对high throughput了解很多，所以能请教你个问题吗？
: 如能得
: 到回复，非常感谢。
: 通常我们在用high throughput array时，是已知A(A=某基因或某种condition),然后改
: 变A
: （delete/mutateA基因）或者改变condiation（stress/starvation）,然后看gemonez几
: 千个基因中哪些表达发生改变。简单点说，改变A是原因，我们来找谁是结果。
: 但是在我的case里，我是已知我要的结果或者说是phenotype，即某RNA processing不
: 正常时
: 的状态。我需要找的是所有会导致这个状态的基因。换句话说，也就是为我感兴趣的结

g*t2011-05-01 07:05

55 楼

这念头都转到RNA-seq，microarray都快被淘汰了。如果是牛人，不应该在乎这点钱吧
。

m*o2011-05-01 07:05

56 楼

对健康肯定不好
我老板一直说做Northern没事，结果现在41岁，得了脑瘤（而且医生这种脑瘤一般是放
疗的结果），所以肯定是他老做Northern的结果

f*n2011-05-01 07:05

57 楼

有人作了2年的放射性试验，大家都支持他，都觉得是他老板不对。
可是我默默地做了，是已经做了4年的放射性试验了！也没个人鼓励一下我。
同样的试验，别的文章都是用的公司KIT，我问老板，我们怎么不用KIT阿？
他说，如果要用KIT，科研经费很快就会花光光了的，你还是用这个放射性的方法吧。
他也不是不改进新方法，要找人改进新方法，结果改进了3年都换了3个人了，到现在新
方法还没有成功。
（他本来要我改进新方法再接着我现在的实验的，要是这样的话，我的PHD可能要读9年
了。）
感觉生物博士，纯粹是廉价的低等外国劳动力，很努力的完成了工作，将来前途也很灰
暗。

f*n2011-05-01 07:05

58 楼

把外国人当廉价劳动力用就等于是对他们的PHD training阿，
不然干嘛本国人很少愿意读生物的，来美国读生物的都是些落后国家来的？

1-

【在 j****x 的大作中提到】

: 这个可以想象，正是由于老板自身的经历，才会觉得这些都是无比正常的事情。
: 如果我是你，也许我会和老板说，如果我现在还处在30多年前的条件下，我也许会和您
: 一样接受这个挑战。而今30多年过去了，我却还需要用几乎同样的低效率的方法和路线
: 再重复您当年的老路，我觉得这是这个课题的悲哀，也是我们两代biologist的悲哀。
: 如果我做这个课题，首选方法是RNA Sequencing和exon array。Northern能带给你的信
: 息，测序结果或者exon array都能呈现，你自己也能借此学到比较前沿的实验和数据分
: 析方法。更为重要的是，整个初步结果也许你一个月都拿到手了。我是无法理解，这1-
: 2万美金的实验花费会比这2年的时间成本更重要。。。当然，也许你老板并没有把握做
: 完这个screening一定会有类似当年的重要发现，而不愿意冒这个成本的风险，那实话
: 说，你就更没有必要冒这个风险了。呵呵，可以建议老板花钱雇个technician来完成这

f*n2011-05-01 07:05

59 楼

常在河边走，哪有不湿脚的阿。
这个放射线的东西，根本就看不见，
你做久了，都麻痹了，有时候出门前检测也作的不会特别用心了，
难保作上万次，没有一次疏忽的。

【在 w**********7 的大作中提到】

: 如果真的影响不大的话那我就放心了。
: 如您和其他各位所说，现在确实是这个项目本身的问题了。

n*t2011-05-01 07:05

60 楼

一年半没结果呢，三年没结果呢？老板就算要让你当苦工业要有个备用方案，万一你这
个课题就是没结果，你应该怎么毕业，否则这个老板不合格

【在 w**********7 的大作中提到】

: 非常感谢juzbox你的回复。
: 我觉得老板肯定很在乎钱，并且老板觉得卖苦力是正常的，因为她自己年轻的时候就是
: 个工作狂，成
: 天在cold room里做Northern。她劝我说她自己刚有实验室的时候（七十年代）之前就
: 做过和我
: 现在这个非常类似的项目一年半，然后找到了个非常重要的发现。
: 在我之前有两个学生做过这个项目，后来他们做了一点后都渐渐把方向转移到他们的另
: 外一个项目
: 了。但是我的问题是老板就给一个这个项目我，另外还有一个非常小的课题不在她的
: grant下，纯

p*g2011-05-01 07:05

61 楼

>300 northern blots over 6 years, and I am still standing here talking to you
. You will be just fine following all regulations.