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请教!!!!!!!!! ChIP中formaldehyde crosslink的问题
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请教!!!!!!!!! ChIP中formaldehyde crosslink的问题# Biology - 生物学
x*i
1
新年,随便吃点素的:)
拍照技术不好,炒菜也一般般。
凑合着看吧
1.素火腿炒青椒胡萝卜丝
做法简单,油盐而已。
2.韭菜香干
韭菜一定要后放,否则不绿了。
3.盐水花生
放了点萝卜丁,这个菜从小就爱吃,可以当小吃一样,也可以餐前拌点麻油吃。
做法就是开水煮花生,放盐。呵呵
4.冬季素补汤
非常爱吃这个
材料:白萝卜,山药,金针菇,白菜,粉丝。
先用水将白萝卜和山药小火熬汤,半小时后,汤成淡白色,放粉丝,白菜,金针菇。
调料就是油,盐,小包斋汤精华料(在越南的素食超市有卖)
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n*3
2
大公司, 还是忍着。 怕影响印象分。
嗡嗡的, 头晕。 严重影响我的工作热情和工作 PRODUCTIVITY。
可能我对 NOISE 比较敏感, 不是讲话声, 估计哪个空调。 但我看同事好像也吵。
是不是这样刚去不大好, 另外公司CUBICL 好像紧张, 旁边一个小印还没来报道, 但
RESERVE了,能抢过来吗?
谢谢!
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e*n
5
TBA
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s*i
6
刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
大家帮忙看看!!多谢~~~
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s*i
7
赞,看得我竟然饿了,我去吃点宵夜
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m*u
8
Got a good noise cancelling headphone. Something like this.
http://www.costco.com/Bose%C2%AE-QuietComfort%C2%AE-15-Acoustic
The downside is you can not hear even if someone is behind you. So make sure
you don't visit the website you don't want your boss/coworkers to see :-)

【在 n*****3 的大作中提到】
: 大公司, 还是忍着。 怕影响印象分。
: 嗡嗡的, 头晕。 严重影响我的工作热情和工作 PRODUCTIVITY。
: 可能我对 NOISE 比较敏感, 不是讲话声, 估计哪个空调。 但我看同事好像也吵。
: 是不是这样刚去不大好, 另外公司CUBICL 好像紧张, 旁边一个小印还没来报道, 但
: RESERVE了,能抢过来吗?
: 谢谢!

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H*7
9
不如人家北京 900万元公寓, 一句话就震住了
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h*n
11
link?

【在 e**********n 的大作中提到】
: TBA
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z*a
12
又来一sunnyweiwei。
我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。
sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须
证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。
后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
啦。
一而再,再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀?拜托赐教
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R*s
13
很棒, MM能把菜名放入标题么。。
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p*r
14
没用, 我带耳塞了。
不舒服也没有完全去掉噪音。
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Z*o
16
关心用gsm还是cdma,前者有好机的话可以带回国用。
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T*i
17


【在 e**********n 的大作中提到】
: TBA
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d*7
18
书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人
室温crosslink,有些人37度,有些人在formaldehyde之前还用其他crosslinker(e.g.
EGS, DSG, DMA),然后reverse crosslink基本上都是65度overnight。

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
: 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看!!多谢~~~

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s*i
19
我第一喜欢韭菜香干,第二喜欢冬季素补汤,第三喜欢素火腿炒青椒胡萝卜丝
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M*O
20
等几天再说吧,工作忙起来了不太会注意噪音。实在受不了了当然可以申请换。
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M*8
21
我喜欢看别人晒家底。
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p*m
22

以后都是国际型的像tp2,都支持啊

【在 Z*****o 的大作中提到】
: 关心用gsm还是cdma,前者有好机的话可以带回国用。
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N*w
23
haha 落井下石

【在 e**********n 的大作中提到】
: TBA
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s*i
24
太高深了,看不懂哎。
不过还是要谢谢你,
头像是画。

也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦,很没创意。
一线,三点成一面,是公理,不须
针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂

【在 z*******a 的大作中提到】
: 又来一sunnyweiwei。
: 我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。
: 来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。
: 然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。
: sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须
: 证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。
: 后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。
: 此处略除一万字。
: 再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
: 啦。

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x*i
25
遵命

【在 R*****s 的大作中提到】
: 很棒, MM能把菜名放入标题么。。
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T*i
27
死透了

【在 N****w 的大作中提到】
: haha 落井下石
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s*i
28
多谢!
我还看到有人在做reverse crosslink的那步加盐,不知道是什么作用。。
因为实验室木有人做ChIP要自己学,所以好多都不懂。。

protein

【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
: 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
: crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
: 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
: nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人

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x*i
29
哈哈,又看到你了

【在 s*******i 的大作中提到】
: 我第一喜欢韭菜香干,第二喜欢冬季素补汤,第三喜欢素火腿炒青椒胡萝卜丝
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R*a
30

赫赫,对阿,我等没有啥家底的,还真不敢这样晒。否则,人家晒真金白银,
我晒破铜烂铁,贻笑大方哈。
不过呢,这位楼主,有点奇怪,喜欢晒自己,就晒贝,为什么要把别人的家
底也问个清楚?是不是等别人晒出来,发现不如自己,就可以舒坦一下?
那,要是别人晒出来,比她好,岂不得怄气两天?

【在 e********t 的大作中提到】
: 一般出来晒得还是有点家底的……
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q*j
31
假新闻。吧sponsor也拼对了再忽悠吧。

【在 e**********n 的大作中提到】
: TBA
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t*d
32
不带这么吓人的。敢情 ChIP 是个比中国房地产还大的 bubble。

protein

【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
: 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
: crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
: 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
: nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人

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l*i
33
金针菇一般怎么处理?切掉根部以后水里泡泡就可以了么?
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R*a
34
是啊,其实华人那个家居版上,有钱人挺多的。
不过呢,有人买了一个米的house,也最多就是秀秀照片,说说是cash付清的,
听听大家的赞美而已。
这个楼主可好,知道自己银子比我等房奴多些些,晒了自己之后,还要打听
我们房奴们的家底。我真想回她一个:“legendary dream house, 我们
南加贝弗里山庄和马里布的不错,要不你们下来买吧”。
后来一想,算了,懒得动。
还是回到我们mitbbs living,大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
哈哈。

【在 i******m 的大作中提到】
: 看了,懒得回
: 没见过有钱人,跟我们房奴叫什么版

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m*i
35
check this paper.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
: 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看!!多谢~~~

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t*z
36
赞!
mm盘子国内带来的?
有点眼熟呢
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z*n
37
美国一大好处就是我们这些普通小人物也能买house也能折腾折腾,呵呵

【在 R**a 的大作中提到】
: 是啊,其实华人那个家居版上,有钱人挺多的。
: 不过呢,有人买了一个米的house,也最多就是秀秀照片,说说是cash付清的,
: 听听大家的赞美而已。
: 这个楼主可好,知道自己银子比我等房奴多些些,晒了自己之后,还要打听
: 我们房奴们的家底。我真想回她一个:“legendary dream house, 我们
: 南加贝弗里山庄和马里布的不错,要不你们下来买吧”。
: 后来一想,算了,懒得动。
: 还是回到我们mitbbs living,大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
: 哈哈。

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s*i
38
谢谢啊 :)

【在 m******i 的大作中提到】
: check this paper.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
: the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
:
: 。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
: ,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: (但是reference????)
: 后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
: 想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

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J*a
39
赞好吃的素菜!
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i*m
40
不喜欢华人
最喜欢一窝蜂拍马屁
有个人贴个啥圣诞树,挤死了,好多人纷纷叫好
都是雇人或者contractor做的东西,偏偏搞得成自己做的,太爱bso了
还是mit 赞,女的都能自己装抽油烟机
那个一个米的, 你说的对, 就想炫富而已,一点技术成分也没有

【在 R**a 的大作中提到】
: 是啊,其实华人那个家居版上,有钱人挺多的。
: 不过呢,有人买了一个米的house,也最多就是秀秀照片,说说是cash付清的,
: 听听大家的赞美而已。
: 这个楼主可好,知道自己银子比我等房奴多些些,晒了自己之后,还要打听
: 我们房奴们的家底。我真想回她一个:“legendary dream house, 我们
: 南加贝弗里山庄和马里布的不错,要不你们下来买吧”。
: 后来一想,算了,懒得动。
: 还是回到我们mitbbs living,大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
: 哈哈。

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y*o
41
看完很口水……
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M*8
42
你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗?通过结婚,搞来北京一套房,15万美金。

【在 R**a 的大作中提到】
: 是啊,其实华人那个家居版上,有钱人挺多的。
: 不过呢,有人买了一个米的house,也最多就是秀秀照片,说说是cash付清的,
: 听听大家的赞美而已。
: 这个楼主可好,知道自己银子比我等房奴多些些,晒了自己之后,还要打听
: 我们房奴们的家底。我真想回她一个:“legendary dream house, 我们
: 南加贝弗里山庄和马里布的不错,要不你们下来买吧”。
: 后来一想,算了,懒得动。
: 还是回到我们mitbbs living,大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
: 哈哈。

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n*w
43
我爱素炒干子
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y*h
44
成不成功还要看这个女的长啥样,毕竟这张脸要看几十年呢,15万美金很快就能花完。

【在 M***8 的大作中提到】
: 你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗?通过结婚,搞来北京一套房,15万美金。
avatar
F*t
45
介几个素菜我爱吃
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i*m
46
上北卡买几套家具,15万就没了

【在 y*h 的大作中提到】
: 成不成功还要看这个女的长啥样,毕竟这张脸要看几十年呢,15万美金很快就能花完。
avatar
Y*e
47
喜欢吃最后一个
avatar
d*2
48
现在流行国内套现美国买房,看来泡泡吹的很好很强大。
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l*t
49
我也喜欢素菜。
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l*d
50
华人什么时尚版家居版之类的都是眼热嘴酸之女流,面子上叫得亲热,私下背地里还不
知道怎么八别人,还不是冲着别人有银子花有凯子傍。
其实见得多了,且不说鱼龙混杂秀假货的主儿,就那些所谓的出来BSO的,自以为很牛
逼,伊不知其实大家也就看着一乐,懒得跟丫纠缠而已。有人爱现,就让丫现呗。

【在 i******m 的大作中提到】
: 不喜欢华人
: 最喜欢一窝蜂拍马屁
: 有个人贴个啥圣诞树,挤死了,好多人纷纷叫好
: 都是雇人或者contractor做的东西,偏偏搞得成自己做的,太爱bso了
: 还是mit 赞,女的都能自己装抽油烟机
: 那个一个米的, 你说的对, 就想炫富而已,一点技术成分也没有

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l*d
51
这楼主腆着脸想要别人赏丫一句赞美的漂亮话儿,急切之情溢于言表。
发信人: Rata (Ratatouille), 信区: Living
标 题: Re: 房奴们,你们谁能这么大方的晒家底阿?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 11 12:57:11 2009, 美东)

赫赫,对阿,我等没有啥家底的,还真不敢这样晒。否则,人家晒真金白银,
我晒破铜烂铁,贻笑大方哈。
不过呢,这位楼主,有点奇怪,喜欢晒自己,就晒贝,为什么要把别人的家
底也问个清楚?是不是等别人晒出来,发现不如自己,就可以舒坦一下?
那,要是别人晒出来,比她好,岂不得怄气两天?

【在 e********t 的大作中提到】
: 一般出来晒得还是有点家底的……
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s*8
52
国内刚来的都喜欢比。暗BSO不过瘾,就想找人单挑。在美国日子长了自然会知道什么
叫山外有山了,也就学会低调了。
avatar
l*d
53

我呢在北京美资企业(提名大家都知道就不说了)
现在在南旧金山附近生物公司(提名大家都知道所以也不说了)

就不说,说出来羡慕死你们丫的。
青楼出来卖的,一般也是犹抱琵琶半遮面的。
avatar
l*d
54
这种80卡边儿的,能混成这样儿不容易,看看伊说道85后那话的时候,优越之情那叫一
个自得其乐啊。

【在 s******8 的大作中提到】
: 国内刚来的都喜欢比。暗BSO不过瘾,就想找人单挑。在美国日子长了自然会知道什么
: 叫山外有山了,也就学会低调了。

avatar
m*y
55
You just can't imagine what people can do for a couple of cheap claps.
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m*y
57
两口子? I just saw her hubby working his ass off, smart Asian woman!

【在 I*****M 的大作中提到】
: 看到这里我不得不推荐一下华人上eggsoup mm两口子自己DIY flip的房子,虽然不如雇
: contractor来得快,可是人家这个动力,这个干劲,真的不的不服:
: http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&Id=606574

avatar
H*7
58
报着学习的态度看到第二段就不想看了:呼唤专家
对于地板还是地毯,我纠结了好久。地板显然比地毯易于清洁,但地板比较娇贵,很容
易敲出坑或者有划痕,而我们家还有个划痕制造能狗:糖瓜同学。所以我非常纠结。一
直到知道了Laminate Floor。应该就是国内的强化地板。
avatar
r*s
59
棉套你得另外起一个话题。

【在 H******7 的大作中提到】
: 报着学习的态度看到第二段就不想看了:呼唤专家
: 对于地板还是地毯,我纠结了好久。地板显然比地毯易于清洁,但地板比较娇贵,很容
: 易敲出坑或者有划痕,而我们家还有个划痕制造能狗:糖瓜同学。所以我非常纠结。一
: 直到知道了Laminate Floor。应该就是国内的强化地板。

avatar
H*7
60
这两天通过家居版已解决了不少问题,捞到了很大的便宜。目前暂时想不出什么话题可
起啊。老三对此有何看法?

【在 r********s 的大作中提到】
: 棉套你得另外起一个话题。
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z*n
61
收费咨询

【在 H******7 的大作中提到】
: 这两天通过家居版已解决了不少问题,捞到了很大的便宜。目前暂时想不出什么话题可
: 起啊。老三对此有何看法?

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T*J
62
我连标题都没看全

【在 H******7 的大作中提到】
: 报着学习的态度看到第二段就不想看了:呼唤专家
: 对于地板还是地毯,我纠结了好久。地板显然比地毯易于清洁,但地板比较娇贵,很容
: 易敲出坑或者有划痕,而我们家还有个划痕制造能狗:糖瓜同学。所以我非常纠结。一
: 直到知道了Laminate Floor。应该就是国内的强化地板。

avatar
K*S
64
hehe, nice summary

【在 M***8 的大作中提到】
: 你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗?通过结婚,搞来北京一套房,15万美金。
avatar
K*S
65
genentech?
master w/ 3 yr can early 140k?

【在 l******d 的大作中提到】
: “
: 我呢在北京美资企业(提名大家都知道就不说了)
: 现在在南旧金山附近生物公司(提名大家都知道所以也不说了)
: ”
: 就不说,说出来羡慕死你们丫的。
: 青楼出来卖的,一般也是犹抱琵琶半遮面的。

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d*a
67

今天一早发现SPACE里的头像照被删除了,还以为丫想出名想疯了,本还想帮她一把呢。

【在 d******a 的大作中提到】
: 吼吼,终于见着这位奶奶了。
: http://tbh784.spaces.live.com/default.aspx

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