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Start to learn coding as a beginner of bioinformatics

Start to learn coding as a beginner of bioinformatics# Biology - 生物学

w72011-06-29 07:06

1 楼

在填写employment application表时有一项是：
If requested, can you provide your last pay stub or W-2?
Yes/No
好像以前没怎么听说有公司要看你的pay stub的，是不是有点too much？如果我不提供
pay stub的话是不是显得不够有诚意或想隐藏什么。
请指点一下，谢谢。

b*e2011-06-29 07:06

2 楼

我从小在姥姥家长大，跟我姨和我舅的感情特别好。他们最近都是刚刚退休呆着没什么
事情，我想邀请他们到这边玩。可是我舅妈前几年去世了，我舅现在单身，不知道这种
情况下他能不能签过呢？是跟我姨一起签比较好还是自己去签呢？我现在没什么主意，
请大家多少给点意见。看到版上有人的姑姑没签过让我心里更没底......

r*s2011-06-29 07:06

3 楼

现在这个时代就是网红称霸的时代，网红多是女孩子居多，所以说，现在这个时代是女
网红称霸的时代。网红是什么呢，就是胸大无脑矫情到家的小婊砸！至少大多数是这样
的吧。
我就认识一网红，我初中同学，没什么文化，初中读完就出来混社会了。刚出去那会子
她是跟着她那些网友混，认那些网友作干哥哥，混日子。也是因为她没什么其他特长，
就是腿特长，于是给人家卖衣服的店主见了给招去作网店模特了。入了模特圈后她就发
现其实她还可以做网红这个职业，于是她辞了工作跑去做专业主播。其实说得好听而已
，她压根就是在摄像头面前穿得暴露一些，表情妩媚些，给屏幕前的饥渴男人看看自己
是怎么上床睡觉的，是怎么换睡衣的，都是这些行当。
她在挣到自己的第一桶金后毅然决然地去外国做了丰胸手术，把原来的B杯升级到F杯，
吓得我下巴都掉地上了。做了丰胸手术后她格外自信了，挣的钱也多了。于是她继续投
资到削下巴，割双眼皮，抽脂肪和垫鼻子这些整容手术里面。我看着她的样子滑稽得可
笑，可是想不明白怎么还有那么多人这么爱看她做主播呢……

y*u2011-06-29 07:06

4 楼

故事节奏掌握的不错，表演画面都水准以上，但故事情节没有特别的张力，技术角度也
绝对没有Avatar那样突破性或者特别惊艳的东西。
调整了期望值去看的，感觉Ok。

u*12011-06-29 07:06

5 楼

I'm starting to learn coding;
Though I'm reading some python books page by page, but most of time is still
spent on project and google coding; ie. according to the demand of the
project, I post lots of questions on biostar or stack overflow and get lots
of responses and learn a lot.
I'm just wondering, is this a correct way to learn coding? Have most people
like me been through like this?
thx

G*i2011-06-29 07:06

6 楼

Just answer YES if you want to apply the position

【在 w7 的大作中提到】

: 在填写employment application表时有一项是：
: If requested, can you provide your last pay stub or W-2?
: Yes/No
: 好像以前没怎么听说有公司要看你的pay stub的，是不是有点too much？如果我不提供
: pay stub的话是不是显得不够有诚意或想隐藏什么。
: 请指点一下，谢谢。

F*e2011-06-29 07:06

7 楼

我觉得相当ok

u*12011-06-29 07:06

8 楼

ddddddddd

still
lots
people

【在 u*********1 的大作中提到】

: I'm starting to learn coding;
: Though I'm reading some python books page by page, but most of time is still
: spent on project and google coding; ie. according to the demand of the
: project, I post lots of questions on biostar or stack overflow and get lots
: of responses and learn a lot.
: I'm just wondering, is this a correct way to learn coding? Have most people
: like me been through like this?
: thx

w72011-06-29 07:06

9 楼

看来想把自己工资说高点也是不可能了。

S*l2011-06-29 07:06

10 楼

我发现我们实验室一个本科生learn coding是这么搞得。他改一个比较大的package,改
来改去，自己就会coding了。

still
lots
people

【在 u*********1 的大作中提到】

d*y2011-06-29 07:06

11 楼

我也是這麼幹的。用別人的，然後自己改，不懂得上網搜，基本能搞定了。

【在 S**********l 的大作中提到】

: 我发现我们实验室一个本科生learn coding是这么搞得。他改一个比较大的package,改
: 来改去，自己就会coding了。
:
: still
: lots
: people

g*t2011-06-29 07:06

12 楼

多练，多看别人写的module。一般开发module/library的人编程风格比较好，python算
是比较好看懂的语言。少看bioinformatician写的standalone program。有很多
bioinformatician半路出家的，编程风格很怪异（比如我）。比如我就看过一个人写的
C++ code不用面向对象，通篇全局变量。看了两分钟就吐了。
如果为了快速开发，就多用别人写的module，比如biopython。可极大提高编程效率，
缺点是module有时候有莫名奇妙的bug，需要多测试。

n*72011-06-29 07:06

13 楼

被module坑过不少次了，现在容易实现的都自己搞定，还灵活一些。
很多bioinfo的是风格怪异，也包括我，没有系统训练的缘故，看看别人的module是可
以学一些入门书上没有的东西

【在 g**********t 的大作中提到】

: 多练，多看别人写的module。一般开发module/library的人编程风格比较好，python算
: 是比较好看懂的语言。少看bioinformatician写的standalone program。有很多
: bioinformatician半路出家的，编程风格很怪异（比如我）。比如我就看过一个人写的
: C++ code不用面向对象，通篇全局变量。看了两分钟就吐了。
: 如果为了快速开发，就多用别人写的module，比如biopython。可极大提高编程效率，
: 缺点是module有时候有莫名奇妙的bug，需要多测试。

y*u2011-06-29 07:06

14 楼

我想自学bioinfo, 一般什么语言用的较多呢？我学了一点C++, 有人说犯不着，不知到
是不是该继续。

【在 g**********t 的大作中提到】

n*72011-06-29 07:06

15 楼

python吧

【在 y**u 的大作中提到】

: 我想自学bioinfo, 一般什么语言用的较多呢？我学了一点C++, 有人说犯不着，不知到
: 是不是该继续。

n*t2011-06-29 07:06

16 楼

语言本身不是问题，反而是数据结构和算法重要，这两样学好了，大部分语言不过是简
单看一下语法而已。反之，语言学得再好，一个不好的数据结构或者算法可以让你写的
东西根本没法用。当然编程习惯也很重要，不过这个自学有点困难。

y*u2011-06-29 07:06

17 楼

数据结构和算法如何学习呢？在实践中找个project，还是从看书学起？我大学好像也
上过数据结构，全忘了。
我其实有点想找个bioinfo得实验室做个postdoc学学，不过看广告人家不要bench出身
得。像我这种有可能吗？

【在 n********t 的大作中提到】

: 语言本身不是问题，反而是数据结构和算法重要，这两样学好了，大部分语言不过是简
: 单看一下语法而已。反之，语言学得再好，一个不好的数据结构或者算法可以让你写的
: 东西根本没法用。当然编程习惯也很重要，不过这个自学有点困难。

n*72011-06-29 07:06

18 楼

很多人这样说，但是就我不成熟的看法，这个取决于你的定位。做bioinfo的其实分两
大部分，一部分做理论，方法，应用，这部分主要是计算机，统计的人在做；一部分结
合具体的数据做分析，挖掘生物学意义，这部分适合有生物背景的人做。就第二部分的
工作而言，数据结构，算法这些CS的基础课程可以边做边学，平时做的最多的其实就是
parsing数据...编程习惯什么的，就更次之了。毕竟人时间有限，很难做到面面俱到，
要根据自己定位来。

【在 n********t 的大作中提到】

n*72011-06-29 07:06

19 楼

找个要分析数据的bench实验室可能比较现实。我隔壁lab的bench出身postdoc，一年了
没做过实验，就是在分析数据。当然，他是做遗传的，以前多少有点训练。

【在 y**u 的大作中提到】

: 数据结构和算法如何学习呢？在实践中找个project，还是从看书学起？我大学好像也
: 上过数据结构，全忘了。
: 我其实有点想找个bioinfo得实验室做个postdoc学学，不过看广告人家不要bench出身
: 得。像我这种有可能吗？

y*u2011-06-29 07:06

20 楼

就你说得第二种，需要之前有CS背景吗？我看到得广告都是要bioinfo,biostat或math
的。我其实cs,stat都学过点，但是到底算纯生物背景了。想申请试试，有机会吗？一
般这种实验室要biology的人吗，还是就与别人合作了？谢谢！

【在 n******7 的大作中提到】

: 很多人这样说，但是就我不成熟的看法，这个取决于你的定位。做bioinfo的其实分两
: 大部分，一部分做理论，方法，应用，这部分主要是计算机，统计的人在做；一部分结
: 合具体的数据做分析，挖掘生物学意义，这部分适合有生物背景的人做。就第二部分的
: 工作而言，数据结构，算法这些CS的基础课程可以边做边学，平时做的最多的其实就是
: parsing数据...编程习惯什么的，就更次之了。毕竟人时间有限，很难做到面面俱到，
: 要根据自己定位来。

n*t2011-06-29 07:06

21 楼

旁听计算机本科二年级的课，bioinfo用到的那里多数会提及。自学看书当然没问题，
俺本科的时候就是这么做的。。。
俺们这边bench出身的postdoc很吃香啊，当然前提是你也得干点bench的活。

【在 y**u 的大作中提到】

n*t2011-06-29 07:06

22 楼

这个当然，俺指的是想彻底脱离bench的做bioinfo，如果只是对别人分析出来的数据作
些汇总/深挖生物意义啥的，learning by doing就可以。不过这样的话以后基本
bioinfo是技能而不是自己的方向

【在 n******7 的大作中提到】

n*t2011-06-29 07:06

23 楼

要那些背景的基本上是做方法，而不是数据分析。

math

【在 y**u 的大作中提到】

: 就你说得第二种，需要之前有CS背景吗？我看到得广告都是要bioinfo,biostat或math
: 的。我其实cs,stat都学过点，但是到底算纯生物背景了。想申请试试，有机会吗？一
: 般这种实验室要biology的人吗，还是就与别人合作了？谢谢！

y*u2011-06-29 07:06

24 楼

谢谢！我只想做数据分析就好了。这么说来我要试试，之前看了几个lab了。

【在 n********t 的大作中提到】

: 要那些背景的基本上是做方法，而不是数据分析。
:
: math

d*r2011-06-29 07:06

25 楼

if just data analysis, you don't really need C++
R or Matlab, or Python etc will do.

【在 y**u 的大作中提到】

: 谢谢！我只想做数据分析就好了。这么说来我要试试，之前看了几个lab了。

n*t2011-06-29 07:06

26 楼

R是俺学的第二累的语言（仅次于SML）。。。效率低，特别是循环，变量作用域混乱。
。。不过用它做统计运算很方便

【在 d*****r 的大作中提到】

: if just data analysis, you don't really need C++
: R or Matlab, or Python etc will do.

e*t2011-06-29 07:06

27 楼

you can avoid using loops if you are really good at R. r loop is only used
when loops R is statistics and some plotting and bioconductor, which is good enough for
most bioinfo.

【在 n********t 的大作中提到】

: R是俺学的第二累的语言（仅次于SML）。。。效率低，特别是循环，变量作用域混乱。
: 。。不过用它做统计运算很方便

y*u2011-06-29 07:06

28 楼

嗯，matlab也可以吗？我看了一多半了。以前学的fortune(?)加现在这点C++，凑一起
勉强能用。看样子我应该找个小project先熟悉一下。有什么资料，网站可以建议的吗？
我只用matlab做过图像处理，graph和stat, 没有很复杂的东西。

【在 d*****r 的大作中提到】

: if just data analysis, you don't really need C++
: R or Matlab, or Python etc will do.

g*t2011-06-29 07:06

29 楼

脚本语言要学一种(perl/python)，用来处理文本文件。Matlab分析数据没有R强。个人
认为perl/python+R是比较合适的语言组合。如果要做算法再学C++/java。Fortran基本
上没人用。
算法没必要花太多工夫，有时间不如多学点统计。
Project可以找你现在相关的领域的文章读一读,想个idea做一做。没idea就重复一下，
或者换个物种/clade/gene做一做。

吗？

【在 y**u 的大作中提到】

: 嗯，matlab也可以吗？我看了一多半了。以前学的fortune(?)加现在这点C++，凑一起
: 勉强能用。看样子我应该找个小project先熟悉一下。有什么资料，网站可以建议的吗？
: 我只用matlab做过图像处理，graph和stat, 没有很复杂的东西。

y*u2011-06-29 07:06

30 楼

谢谢！看过网上关于R的材料，写的好难懂，是不是买书要好些？我看的C++ primer（
书）很好懂啊。
还是我没看进去？

【在 g**********t 的大作中提到】

: 脚本语言要学一种(perl/python)，用来处理文本文件。Matlab分析数据没有R强。个人
: 认为perl/python+R是比较合适的语言组合。如果要做算法再学C++/java。Fortran基本
: 上没人用。
: 算法没必要花太多工夫，有时间不如多学点统计。
: Project可以找你现在相关的领域的文章读一读,想个idea做一做。没idea就重复一下，
: 或者换个物种/clade/gene做一做。
:
: 吗？

o*h2011-06-29 07:06

31 楼

Introductory statistics with R
C++的书也可以写得不好懂，比如The C++ programming language

【在 y**u 的大作中提到】

: 谢谢！看过网上关于R的材料，写的好难懂，是不是买书要好些？我看的C++ primer（
: 书）很好懂啊。
: 还是我没看进去？

S*l2011-06-29 07:06

32 楼

千万别用matlab,原来我们lab有个学生老用matlab,他一上来，机器就转不动了。

吗？

【在 y**u 的大作中提到】

y*u2011-06-29 07:06

33 楼

谢谢！重新点燃了我的希望。。。

【在 o*****h 的大作中提到】

: Introductory statistics with R
: C++的书也可以写得不好懂，比如The C++ programming language

y*u2011-06-29 07:06

34 楼

哈哈，有那么惨？我做图像处理常用matlab，没问题啊。倒是我爸爸用matlab做
simulation什么的，说是几个月就跑坏了一台高配置的机子。

【在 S**********l 的大作中提到】

: 千万别用matlab,原来我们lab有个学生老用matlab,他一上来，机器就转不动了。
:
: 吗？

d*e2011-06-29 07:06

35 楼

R的帮助说明在几大编程语言里面基本上是最差的，这里并不是责怪的意思。
除非你有具体的project，许多细枝末节的地方自学是不可能注意到的。一般性的浏览
和学习的话R网站自带的教程就够了。

【在 y**u 的大作中提到】

: 谢谢！看过网上关于R的材料，写的好难懂，是不是买书要好些？我看的C++ primer（
: 书）很好懂啊。
: 还是我没看进去？

y*u2011-06-29 07:06

36 楼

Good to know. 本来觉得我脑子还不错的，那个一下子就把我看迷糊了。

【在 d*******e 的大作中提到】

: R的帮助说明在几大编程语言里面基本上是最差的，这里并不是责怪的意思。
: 除非你有具体的project，许多细枝末节的地方自学是不可能注意到的。一般性的浏览
: 和学习的话R网站自带的教程就够了。

y*u2011-06-29 07:06

37 楼

统计一般用到什么程度？
我弄了本厚厚的statistical inference, 看了一点，发现高数全忘了，又回头看
calculus 和 linear algebra, 看完了又把统计扔那儿了。。。。
还是要一样一样来。finish matlab, then R, then python...
。。。其实我自娱自乐的成分居多。

【在 g**********t 的大作中提到】

s*s2011-06-29 07:06

38 楼

而且因为是免费自助餐，里面有的package可能有问题

【在 d*******e 的大作中提到】

n*72011-06-29 07:06

39 楼

R文档差也就算了，还超级慢，今天写个20多M的文件硬是花了我了10分钟:
write.XStringSet(trimmed,file="trimmed.fna")

【在 s******s 的大作中提到】

: 而且因为是免费自助餐，里面有的package可能有问题

G*y2011-06-29 07:06

40 楼

Matlab is more than enough for most applications. The clear help document
and the customer support is more important for me.

【在 y**u 的大作中提到】

: 谢谢！看过网上关于R的材料，写的好难懂，是不是买书要好些？我看的C++ primer（
: 书）很好懂啊。
: 还是我没看进去？

S*l2011-06-29 07:06

41 楼

那本太难了，纯搞bioinfo的放在书架上装装样子就行了

【在 y**u 的大作中提到】

: 统计一般用到什么程度？
: 我弄了本厚厚的statistical inference, 看了一点，发现高数全忘了，又回头看
: calculus 和 linear algebra, 看完了又把统计扔那儿了。。。。
: 还是要一样一样来。finish matlab, then R, then python...
: 。。。其实我自娱自乐的成分居多。

y*u2011-06-29 07:06

42 楼

这么说来我装样子的已经有了。。。。我还有一本carnegie mellon 的all about
statistics （好像是这个名字）, 看了1／3，那个简单很多，估计就够了？

【在 S**********l 的大作中提到】

: 那本太难了，纯搞bioinfo的放在书架上装装样子就行了