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RNA-seq结果分析求助# Biology - 生物学
g*r
1
刚看到中国第一狗仔卓伟的专访。卓伟发现郭德纲虽然是天津人但从来不提他在天津的
事,觉得有问题,就去调查。发现郭德纲在天津红桥文化馆工作的时候,曾经贪污了一
万多单位的装修款,他爹是公安局的,把他保下来了。后来郭德纲被他师父介绍到别的
公司工作,又发现他偷人家抽屉里的钱,又被开除了。
这新闻咋没看过?应该被老郭买下了吧。
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A*e
2
请问诸位,RNA-SEQ结果该用什么软件分析,五千万个reads左右,需要什么样的运行平
台和硬件配置? 我是做bench的,粗通bioinfo,NGS刚刚开始接触,请各位多指点。
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g*r
3
看了他的访谈才知道,原来几乎所有比较有名的明星八卦都是他拍的。敢情中国现在就
他们一家狗仔队。
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z*8
4
现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的!
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I*S
5
以前听说过。
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s*x
6
use tophat to map, and cufflinks to call rpkm on gene expression.
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t*d
7
现在是个带 8G 内存的台式机都可以跑。没有什么难的。
如果要跑的快,可以买个带更多 CPU,更高内存的机器。
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S*l
8
这个在笔记本上跑一下就行了。

【在 A*******e 的大作中提到】
: 请问诸位,RNA-SEQ结果该用什么软件分析,五千万个reads左右,需要什么样的运行平
: 台和硬件配置? 我是做bench的,粗通bioinfo,NGS刚刚开始接触,请各位多指点。

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A*e
9
真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还
没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆
fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了
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S*s
10
这么贵的实验都做了,你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求
买一台牛的!

【在 A*******e 的大作中提到】
: 真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还
: 没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆
: fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了

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d*y
11
比对软件有。也有免费得软件包。我们用python作为主程序来算的。你去论坛之类的地
方泡一泡。对硬件要求较高。看看学校啊能接CS系的服务器算一下。
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s*2
12
请教下这用什么软件在什么操作系统下?谢谢

【在 S**********l 的大作中提到】
: 这个在笔记本上跑一下就行了。
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s*2
13
您是指 Genomics Workbench 还是 Main Workbench?谢谢

【在 z*********8 的大作中提到】
: 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的!
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M*n
14
用CLC作RNA=seq是不是一个专门的module?
俺们有CLC不过是做genome分析的,要作RNA-seq是不是还要买这个功能?

【在 z*********8 的大作中提到】
: 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错,就是要钱的!
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b*n
15
可以试试google trinity,只要会用几个程序就可以用了。
我现在做ChIPseq,也是NGS,不过一般都连到学校cluster上面处理数据。
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A*e
16
说来话长, 实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了,他是从来不原意在我的
实验上花什么钱的,这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就
会找上我,这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混,肯定要用到这些,还
不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点,熬过这阵子,以后就好过多了

【在 S*****s 的大作中提到】
: 这么贵的实验都做了,你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求
: 买一台牛的!

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z*8
17
我自己没有用过,看到别人用过,clc genomic workbench station. 我自己大概看了
下网站,好像可以有免费30天的试用,就是不知道是不是同样功能的。
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S*s
18
你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的
是时间,多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相
关的软件免费提供,建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你,运气
好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验,不过我们学校的 core 可以
做,我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成
,如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。

多了

【在 A*******e 的大作中提到】
: 说来话长, 实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了,他是从来不原意在我的
: 实验上花什么钱的,这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就
: 会找上我,这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混,肯定要用到这些,还
: 不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点,熬过这阵子,以后就好过多了

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e*e
19
how many cores does your laptop have?
for fastx and bowtie, 50M reads is barely OK, if you do tophat, it's not
enough...

【在 A*******e 的大作中提到】
: 真的吗? 如此则有指望了,我的电脑刚升级过,4G的内存看样也能勉强。 测得结果还
: 没有回来,想自己也找点练练,从GEO下载了SRA file练手,这个下载后转换了一堆
: fastq,下一步我就不知道怎么办了,要从零开始了

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e*e
20
right, better use ubuntu or unix in mac.
things like galaxy is not powerful enough to handle 50M reads.

【在 S*****s 的大作中提到】
: 你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的
: 是时间,多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相
: 关的软件免费提供,建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你,运气
: 好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验,不过我们学校的 core 可以
: 做,我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成
: ,如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。
:
: 多了

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y*e
21
这贴一定要mark~~~~
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A*e
22
去年在我的万般要求下,老板配了一台linux,配置还算可以。我这里的facility 还没
有做到这块,等他们出马那也要到猴年马月。现在看来我的硬件配置勉强吧,打算刚开
始学的时候把总reads数人工减少,等学会了再折腾大的
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