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ChIP-seq on H3K4me3

ChIP-seq on H3K4me3# Biology - 生物学

c*l2011-11-06 07:11

1 楼

家里有一台带wifi的Brother的打印机，发现wifi这个功能实现得非常糟糕
1. 不能自动识别channel，必须令router指定一个固定的channel号
2. 不能通过USB连线对打印机的WIFI参数做设置，必须用有线的LAN作设置
3. 不能自动识别TKIP/AES的加密，必须手动指定，而且必须指定正确。
偏巧我的wifi router不告诉我究竟用的是TKIP还是AES

g*32011-11-06 07:11

2 楼

刚刚拿到了tumor Vs. normal tissue的H3K4me3 ChIP-seq data,分别做了peak
calling(没有让normal tissue作为control做normalization)，用IGV看了下peak，发
现和预期有差距。很多在microarray中高表达的两者的peak基本看不出差距，我猜测是
不是promoter在这两者中一直是active的，差距在enhancer...
1. 不知道大家的H3K4me3数据是怎样的？这正常么？
2. 虽然很多peak差不多，但也发现了有一些是不同的，在IGV中逐个看肯定是不可能的
，大家有没有什么好的工具。【我本人倾向于用normal tissue作normalization，但老
板说回引入bias...不是很懂】
谢谢大家了。

B*e2011-11-06 07:11

3 楼

是相当破。我只用有线连。无线不稳定。

【在 c********l 的大作中提到】

: 家里有一台带wifi的Brother的打印机，发现wifi这个功能实现得非常糟糕
: 1. 不能自动识别channel，必须令router指定一个固定的channel号
: 2. 不能通过USB连线对打印机的WIFI参数做设置，必须用有线的LAN作设置
: 3. 不能自动识别TKIP/AES的加密，必须手动指定，而且必须指定正确。
: 偏巧我的wifi router不告诉我究竟用的是TKIP还是AES

Z*52011-11-06 07:11

4 楼

H3K4me3 ChIP-seq data是有没有的问题，还是强弱的问题啊？
去UCSC上找找有没有Pol 2的可以参考一下？

h*x2011-11-06 07:11

5 楼

我的ROUTER更是BROTHER的绝配，IP不断换，每次打印前要重新找BROTHER在哪。

j*p2011-11-06 07:11

6 楼

1. UCSC genome browser has many ChIP-seq tracks including TFs, Pol2 and
Histone modifications (H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3, etc) on different cell
lines(through Encode/Gencode project). You can just active these tracks and
compare with what you have to see if your H3K4me3 data looks normal or not.
2. I suggest you normalize your ChIP-seq signals. For example, your normal
tissue ChIP-seq has total number mappable reads = 10M, your tumor sample has
20M mappable reads, then divide any signal from tumor by 2, so that tumor
signal is comparable with normal signal.
3. After normalization, I will be surprised to see on the promoter of those
different expressed genes, your ChIP signal will be the same. You can do an
average diagram of tumor ChIP vs normal ChIP signal on +-5kb window centered
at TSS of significant genes. The average diagram of up-regulated genes, you
should see a stronger H3K4me3 signal, vice versa.

【在 g*********3 的大作中提到】

: 刚刚拿到了tumor Vs. normal tissue的H3K4me3 ChIP-seq data,分别做了peak
: calling(没有让normal tissue作为control做normalization)，用IGV看了下peak，发
: 现和预期有差距。很多在microarray中高表达的两者的peak基本看不出差距，我猜测是
: 不是promoter在这两者中一直是active的，差距在enhancer...
: 1. 不知道大家的H3K4me3数据是怎样的？这正常么？
: 2. 虽然很多peak差不多，但也发现了有一些是不同的，在IGV中逐个看肯定是不可能的
: ，大家有没有什么好的工具。【我本人倾向于用normal tissue作normalization，但老
: 板说回引入bias...不是很懂】
: 谢谢大家了。

c*l2011-11-06 07:11

7 楼

我的也是，这么用大概2年了，每次打印前需要添加新打印机
不过这倒是make sense，你可以让打印机用静态IP，问题就能解决

【在 h*******x 的大作中提到】

: 我的ROUTER更是BROTHER的绝配，IP不断换，每次打印前要重新找BROTHER在哪。