学术贴：关于microarray analysis样品，统计意义和实际上，哪种方法更好？# Biology - 生物学
g*0
1 楼
实际情况是：
我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
合并成3个呢？还是随机选3个？
所有的样品都已经预检测过，都没问题。
我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
合并成3个呢？还是随机选3个？
所有的样品都已经预检测过，都没问题。
s*s
2 楼
没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
否则MM里面还要墨迹半天
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
否则MM里面还要墨迹半天
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
T*t
3 楼
如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
g*0
4 楼
请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
MM是什么？
【在 s******s 的大作中提到】
: 没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
: 否则MM里面还要墨迹半天
MM是什么？
【在 s******s 的大作中提到】
: 没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
: 否则MM里面还要墨迹半天
g*0
5 楼
是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
计吗？
【在 T**********t 的大作中提到】
: 如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
: 这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
: 如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
计吗？
【在 T**********t 的大作中提到】
: 如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
: 这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
: 如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
T*t
6 楼
如果是几个individual在一组，那么它们就是biological replicates
生物之间存在biological variation（个体差异）
如果你pool了，就看不到这样的差异
这个问题你应该弄明白
设计的实验的时候 应该有biological replicates和technique replicates
【在 g****0 的大作中提到】
: 是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
: 计吗？
生物之间存在biological variation（个体差异）
如果你pool了，就看不到这样的差异
这个问题你应该弄明白
设计的实验的时候 应该有biological replicates和technique replicates
【在 g****0 的大作中提到】
: 是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
: 计吗？
K*4
7 楼
随机各选3个
不要混合，
不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
吧。
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
不要混合，
不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
吧。
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
c*g
8 楼
没错。
microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
个体。
【在 g****0 的大作中提到】
: 请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
: MM是什么？
microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
个体。
【在 g****0 的大作中提到】
: 请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
: MM是什么？
g*0
9 楼
谢谢提醒，这些RNA样品是用realtime pcr检验过的（已知下游），所以已经留了cDNA
了。
【在 K**4 的大作中提到】
: 随机各选3个
: 不要混合，
: 不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
: 吧。
了。
【在 K**4 的大作中提到】
: 随机各选3个
: 不要混合，
: 不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
: 吧。
g*0
10 楼
是的，我不打算作technical duplicates。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 没错。
: microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
: 两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
: 个体。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 没错。
: microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
: 两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
: 个体。
c*g
11 楼
你听我的，两两pool。我可以肯定的说统计上，这个是比随机选三个更好的设计，你的
统计power要大不少。原因就是你讲的，variation减小了。
【在 g****0 的大作中提到】
: 是的，我不打算作technical duplicates。
统计power要大不少。原因就是你讲的，variation减小了。
【在 g****0 的大作中提到】
: 是的，我不打算作technical duplicates。
d*y
12 楼
microarray sucks.用RNAseq吧
g*0
13 楼
能否展开说说RNAseq？好在哪里？有推荐的公司吗？测6个样品（3X2组），要花多少钱？
我听说不同的样品之间定量不好，是吗？
【在 d***y 的大作中提到】
: microarray sucks.用RNAseq吧
我听说不同的样品之间定量不好，是吗？
【在 d***y 的大作中提到】
: microarray sucks.用RNAseq吧
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