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细菌budding是由那些蛋白质或基因控制的?
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细菌budding是由那些蛋白质或基因控制的?# Biology - 生物学
y*1
1
请教大家在iPad 上装windows 7 还是 windows Xp? 我 没有接触过Windows 8 ?
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F*Q
2
大多数细菌是通过binary fission来产生新个体的,其中对fission起主要作用的一个蛋白质叫FtsZ。同时有些细菌(alpha-proteobactria)是通过budding来产生新个体的,我想知道是哪个或哪些蛋白或基因对budding起主导作用。有人知道相关信息吗?
切题的回复有包子答谢
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I*t
3
windows太弱了,装os/2正好。

【在 y**1 的大作中提到】
: 请教大家在iPad 上装windows 7 还是 windows Xp? 我 没有接触过Windows 8 ?
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l*1
4
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21423173
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22308393
NB:
To
FAQ,
before you gave more details about the target you want to know i can not hit
above general cell membrane budding:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21145455
and its paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22067154
then Bottom to Top searching for getting above both papers.
Do you really think that all of them was not relative to your topic?
Conversion from Type B to Type A
It has been shown that lanthanides can act on membranes to change the surface potential and lateral
pressure. They can induce membrane fusion and regulate certain membrane channels (31–35).
//www.life.umd.edu/biology/colombini/pubs/Bax%20channels%202011.pdf

【在 F*Q 的大作中提到】
: 大多数细菌是通过binary fission来产生新个体的,其中对fission起主要作用的一个蛋白质叫FtsZ。同时有些细菌(alpha-proteobactria)是通过budding来产生新个体的,我想知道是哪个或哪些蛋白或基因对budding起主导作用。有人知道相关信息吗?
: 切题的回复有包子答谢

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a*y
5
我们都装Ubuntu

【在 y**1 的大作中提到】
: 请教大家在iPad 上装windows 7 还是 windows Xp? 我 没有接触过Windows 8 ?
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F*Q
6
多谢回复。它们好像和细菌的budding没什么关系呀?

【在 l**********1 的大作中提到】
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21423173
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22308393
: NB:
: To
: FAQ,
: before you gave more details about the target you want to know i can not hit
: above general cell membrane budding:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21145455
: and its paper:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22067154

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o*n
7
虽然我觉得楼主不是真心问问题,但我还是回答一下吧。如果真的要在ipad上用
windows,可以装onlive desktop。或者装个teamviewer远程登录到你的pc上面

【在 y**1 的大作中提到】
: 请教大家在iPad 上装windows 7 还是 windows Xp? 我 没有接触过Windows 8 ?
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I*a
8
什么细菌budding?
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l*1
9
plus ftsQ
please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21642457
Ps: how to get it?
Searching Pathway:
Bottom to Top:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17098054
//www.springerlink.com/content/xl31814q3765h4g8/
//www.google.com
with key words:
then upper floor hint then upper floor of upper floor hint etc..

【在 F*Q 的大作中提到】
: 多谢回复。它们好像和细菌的budding没什么关系呀?
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F*Q
10
辛苦你了,发了这么多连接!虽然这些和baterial budding的调制机制没有什么联系(
根据我的调研,好像目前还没有人做过bacterial budding机制研究的,所以regulator
还没人知道),你助人为乐的精神还是值得鼓励的。等我有时间给你转一个包子吧(包
子不多,还得留着点以备需要)。

【在 l**********1 的大作中提到】
: plus ftsQ
: please go to
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21642457
: Ps: how to get it?
: Searching Pathway:
: Bottom to Top:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17098054
: //www.springerlink.com/content/xl31814q3765h4g8/
: //www.google.com
: with key words:

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K*4
11
How about this list of references?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=ftsz%2C%20bacteria%2C%2
Seriously,are you working on bacterial budding or fission?

个蛋白质叫FtsZ。同时有些细菌(alpha-proteobactria)是通过budding来产生新个体的
,我想知道是哪个或哪些蛋白或基因对budding起主导作用。有人知道相关信息吗?

【在 F*Q 的大作中提到】
: 大多数细菌是通过binary fission来产生新个体的,其中对fission起主要作用的一个蛋白质叫FtsZ。同时有些细菌(alpha-proteobactria)是通过budding来产生新个体的,我想知道是哪个或哪些蛋白或基因对budding起主导作用。有人知道相关信息吗?
: 切题的回复有包子答谢

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F*Q
12
Thanks a lot for the list! Some of them may be related to bacterial budding.
However, I am not convinced that any of them is directly associated with
the molecular pathway (or regulators) of bacterial budding.
By the way, I am not working on bacterial budding or fission, not even close
. That's why I came here to ask.

【在 K**4 的大作中提到】
: How about this list of references?
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=ftsz%2C%20bacteria%2C%2
: Seriously,are you working on bacterial budding or fission?
:
: 个蛋白质叫FtsZ。同时有些细菌(alpha-proteobactria)是通过budding来产生新个体的
: ,我想知道是哪个或哪些蛋白或基因对budding起主导作用。有人知道相关信息吗?

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I*a
13
包子不是金贵的东西哈,
查了一下ftsZ应该是必须的,比如Caulobacter,
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F*Q
14
在我更新的帖子里特意提到了FtsZ,那是binary fission的主要调控基因,但是没有证
据表明FtsZ也是budding的调控因子。我没查到专门研究bacterial budding机制的工作
。也许是太偏而无人问津吧,如果是我漏了,希望版上有人知道。

【在 I***a 的大作中提到】
: 包子不是金贵的东西哈,
: 查了一下ftsZ应该是必须的,比如Caulobacter,

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I*a
15
Caulobacter是你说的budding细菌之一,
差不多就是用Ecoli那一套东西。
挺有意思的,
2分裂菌用的东西,难道budding的就不能用?
只不过细节有点差别而已。
有多少细菌能逃脱fts,min,par 这几个系统,
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F*Q
16
从你的角度来理解, 你说得没错。也许是我的没说清楚,FtsZ的主要作用是pinch off
。对于budding 来说,pinch off 之前还有一系列的过程,比如说在什么时候bud开始
形成,长到什么时候bud就该pinch off,还有也许更重要的是为什么是bud而不是更普
遍的binary fission那种生长方式,我想知道是这些过程的调控机制的信息。 换句话说吧,哪个基因被敲除后bud就不长了,但细胞的其它进程不受影响。

【在 I***a 的大作中提到】
: Caulobacter是你说的budding细菌之一,
: 差不多就是用Ecoli那一套东西。
: 挺有意思的,
: 2分裂菌用的东西,难道budding的就不能用?
: 只不过细节有点差别而已。
: 有多少细菌能逃脱fts,min,par 这几个系统,

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l*1
17
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15738949
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16980487
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18045498
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19959579

off
话说吧,哪个基因被敲除后bud就不长了,但细胞的其它进程不受影响。

【在 F*Q 的大作中提到】
: 从你的角度来理解, 你说得没错。也许是我的没说清楚,FtsZ的主要作用是pinch off
: 。对于budding 来说,pinch off 之前还有一系列的过程,比如说在什么时候bud开始
: 形成,长到什么时候bud就该pinch off,还有也许更重要的是为什么是bud而不是更普
: 遍的binary fission那种生长方式,我想知道是这些过程的调控机制的信息。 换句话说吧,哪个基因被敲除后bud就不长了,但细胞的其它进程不受影响。

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l*1
18
BAOZI got
Merci.
Ps: Did not go deeper sea(under 6000 m) how biologist can meet those new ocean bacterial living there only
whom only by budding reproduce:
then without material now biologist can NGS her/them?
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21629664
and
1977 paper:
//www.springerlink.com/content/h1v358w717158273/

regulator

【在 F*Q 的大作中提到】
: 辛苦你了,发了这么多连接!虽然这些和baterial budding的调制机制没有什么联系(
: 根据我的调研,好像目前还没有人做过bacterial budding机制研究的,所以regulator
: 还没人知道),你助人为乐的精神还是值得鼓励的。等我有时间给你转一个包子吧(包
: 子不多,还得留着点以备需要)。

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F*Q
19
多谢啦!这个 list中有一两篇文献好像很close,我好好看看。

【在 l**********1 的大作中提到】
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15738949
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16980487
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18045498
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19959579
:
: off
: 话说吧,哪个基因被敲除后bud就不长了,但细胞的其它进程不受影响。

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l*1
20
De rien
plus
PNAS 2011 paper
Topoisomerase II binds nucleosome-free DNA and acts redundantly with topoisomerase I to enhance
recruitment of RNA Pol II in budding yeast.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21771901
Ps: Thanks for your question from it and his answer might be my later
proposal contents.

【在 F*Q 的大作中提到】
: 多谢啦!这个 list中有一两篇文献好像很close,我好好看看。
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D*a
21
lotkaeuler11每个回复都是狂发链接,几乎没有解释。。。
我都怀疑他是不是个程序。。。也许还是计算机网络自主进化出来的。。
楼主我歪楼了,因为他给我你这个帖子链接,我也木看懂跟我的回复有神马关系。。。
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l*1
22
Oui, je suis 计算机网络自主进化出来的程序员plus 程序 Matrix.
plus RE LZ:
Your Budding life dynamics is 100% not relative to below both papers?
//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0031320396001203
//arxiv.org/abs/1107.1594

【在 D*a 的大作中提到】
: lotkaeuler11每个回复都是狂发链接,几乎没有解释。。。
: 我都怀疑他是不是个程序。。。也许还是计算机网络自主进化出来的。。
: 楼主我歪楼了,因为他给我你这个帖子链接,我也木看懂跟我的回复有神马关系。。。

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F*Q
23
说的也是,每个连接我都辛辛苦苦地去试一下,有些是我自己事先看到过的,有些基本
是没有关联的,但有些确实是相关的而且我事先没查到过的。所以,总的来说还是有帮
助的。不过我问的问题好像还没有确切答案的,也就是没有人专门针对那个问题研究过
。也许我可以让它成为一个重要问题。如果有人做相近研究的,欢迎和我联络,也许我
们可以合作。

【在 D*a 的大作中提到】
: lotkaeuler11每个回复都是狂发链接,几乎没有解释。。。
: 我都怀疑他是不是个程序。。。也许还是计算机网络自主进化出来的。。
: 楼主我歪楼了,因为他给我你这个帖子链接,我也木看懂跟我的回复有神马关系。。。

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l*1
24
Thanks for your patient
Anyway, Diamond even true Blood Diamond
likes in film:
//en.wikipedia.org/wiki/Blood_Diamond_(film)
and science diamond both are not free lunch, both need your effort and DIY.

【在 F*Q 的大作中提到】
: 说的也是,每个连接我都辛辛苦苦地去试一下,有些是我自己事先看到过的,有些基本
: 是没有关联的,但有些确实是相关的而且我事先没查到过的。所以,总的来说还是有帮
: 助的。不过我问的问题好像还没有确切答案的,也就是没有人专门针对那个问题研究过
: 。也许我可以让它成为一个重要问题。如果有人做相近研究的,欢迎和我联络,也许我
: 们可以合作。

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l*1
25
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1847380/
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3088571/
all from above mentioned paper:
//arxiv.org/abs/1107.1594
its References No. 25

【在 F*Q 的大作中提到】
: 说的也是,每个连接我都辛辛苦苦地去试一下,有些是我自己事先看到过的,有些基本
: 是没有关联的,但有些确实是相关的而且我事先没查到过的。所以,总的来说还是有帮
: 助的。不过我问的问题好像还没有确切答案的,也就是没有人专门针对那个问题研究过
: 。也许我可以让它成为一个重要问题。如果有人做相近研究的,欢迎和我联络,也许我
: 们可以合作。

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l*1
26
“阿尔文”号深海潜艇 采样上来后 2013Y 可能有新的发现 Budding mechanisms
全新深海潜艇下潜6500米
“阿尔文”号深海潜艇剖面图。自1964年起,许多重大深海科学发现都是由“阿尔
文”号深海潜艇取得的。“阿尔文”号深海潜艇好像是一个可爱的钛球体,可以将科学
家们带到海面以下数英里深的海底实施科考。“阿尔文”号曾经在北大西洋中发现“泰
坦尼克”号,在加拉帕戈斯附近发现海底热液出口。不过,在经历了40多年深海探索后
,“阿尔文”号早该升级了。在过去14个月中,“阿尔文”号上的工程师和驾驶员们正
在美国马萨诸塞州一家工厂内着力打造升级版的“阿尔文”号。届时,新“阿尔文”号
将拥有全新的浮力泡沫和钛球体、更高级的相机系统以及更多的房间和更大的窗户。经
过第二轮升级后,新“阿尔文”号将可以潜入到水面之下6500米深的海底。
//www.6park.com/news/messages/63095.html

【在 F*Q 的大作中提到】
: 多谢啦!这个 list中有一两篇文献好像很close,我好好看看。
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F*Q
27
刚和一个专门做FtsZ的牛人谈了,他认为FtsZ在细菌的budding中不起作用。

【在 I***a 的大作中提到】
: Caulobacter是你说的budding细菌之一,
: 差不多就是用Ecoli那一套东西。
: 挺有意思的,
: 2分裂菌用的东西,难道budding的就不能用?
: 只不过细节有点差别而已。
: 有多少细菌能逃脱fts,min,par 这几个系统,

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l*1
28
So how about TubZ
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3132758/
C Moriscot - 2011
8 Jul 2011 – The phylum Crenarchaeota lacks the FtsZ cell division hallmark of bacteria ... cytokinesis and
budding of some enveloped viruses, little is known about the ...... Lowe J. Filament structure of bacterial
tubulin homologue TubZ.
//zh.wikipedia.org/wiki/泉古菌門
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20974911
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20818414
more below figure
or go to
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31637205.html
2nd and 3rd floor
Ps: if LZ you are satisfied with this replied BAOZI one please transfer to my account.

【在 F*Q 的大作中提到】
: 刚和一个专门做FtsZ的牛人谈了,他认为FtsZ在细菌的budding中不起作用。
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F*Q
29
多谢你的信息!可惜,这些文献还是没有直接回答我想知道的问题。
我想知道那种确证了对细菌budding(而不是对bud从母体的分离)起调控作用的分子,
象我前面说的,那种分子的功能至少要包括决定某些细菌的增生是通过budding而不是
二分法或别的方式来实现。所以相关文献需要包含对该分子的机制研究,比如说敲除该
分子(基因)会导致细菌不长出bud(但是不影响细菌的其它生物属性)。

hallmark of bacteria ... cytokinesis and
. Filament structure of bacterial

【在 l**********1 的大作中提到】
: So how about TubZ
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3132758/
: C Moriscot - 2011
: 8 Jul 2011 – The phylum Crenarchaeota lacks the FtsZ cell division hallmark of bacteria ... cytokinesis and
: budding of some enveloped viruses, little is known about the ...... Lowe J. Filament structure of bacterial
: tubulin homologue TubZ.
: //zh.wikipedia.org/wiki/泉古菌門
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20974911
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20818414
: more below figure

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l*1
30
cdvC or cdvA gene:
cdvC
Nitrosopumilus maritimusmmi
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21923770
cdvA:
Caldiarchaeum subterraneum
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21169198
details please refer
Swedish Uppsala Univ PhD thesis 2012:
full text link:
//uu.diva-portal.org/smash/record.jsf?pid=diva2:464718
its pp25
Yet another indication of essential
gene function comes from production of gene knockout mutated cell lines.
Attempts to delete the cdvC gene have not been successful (Hobel et al.,
2008). While negative results like these are unsuitable as direct evidence, the
difficulties observed for cdvC knockout production still serves as an indication
of an essential function for the genes, especially when viewed in the
light of the full body of gathered observations.
A classical road to study the inner workings of the cell is disruption of specific
cellular processes with antibiotics.
ps: not 敲除该cdv 基因 but disruption of cdv 会导致古细菌不长出bud(但是不影响古细菌的
其它生物属性)
---

【在 F*Q 的大作中提到】
: 多谢你的信息!可惜,这些文献还是没有直接回答我想知道的问题。
: 我想知道那种确证了对细菌budding(而不是对bud从母体的分离)起调控作用的分子,
: 象我前面说的,那种分子的功能至少要包括决定某些细菌的增生是通过budding而不是
: 二分法或别的方式来实现。所以相关文献需要包含对该分子的机制研究,比如说敲除该
: 分子(基因)会导致细菌不长出bud(但是不影响细菌的其它生物属性)。
:
: hallmark of bacteria ... cytokinesis and
: . Filament structure of bacterial

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F*Q
31
真的很感激你热心提供的信息!Cdv 蛋白也许在budding细菌中有homolog,但毕竟不是
在细菌里做的,所以对我还说还是远水解不了近渴啊。似乎你做的就是相关的领域的东
西,如果有兴趣,我们可以私下聊聊,看是否有可能合作。

【在 l**********1 的大作中提到】
: cdvC or cdvA gene:
: cdvC
: Nitrosopumilus maritimusmmi
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21923770
: cdvA:
: Caldiarchaeum subterraneum
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21169198
: details please refer
: Swedish Uppsala Univ PhD thesis 2012:
: full text link:

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l*1
32
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21050804
浮黴菌門
Isosphaera屬
//hamap.expasy.org/proteomes/ISOPI.html
Species: Isosphaera pallida (strain ATCC 43644 / DSM 9630 / IS1B)
Species code: ISOPI
Taxonomy: Bacteria; Planctomycetes; Planctomycetia; Planctomycetales; Planctomycetaceae; Isosphaera
(TaxID: 575540) [NEWT/ NCBI]
Description: Isosphaera pallida strain IS1B was isolated from a hot spring in Kah-nee-tah, Oregon, USA.
It is the only budding bacterium known to glide and the only heterotrophic bacterium known to be
phototactic. Cells are spherical (2.5 to 3 um) in diameter, with cell growth and division occurring by
intercalary budding, resulting in filaments. The cells are salmon-colored (caused by carotenoids) and
contain gas vesicles. The cells contain numerous pili but no flagella. Under some conditions cells form
motile, macroscopic aggregates,or "comets". Aggregation and motility were observed in both the light and
the dark, however comets were strongly phototactic. I. pallida has an unusual cell wall ultrastructure and is
resistant to beta-lactam antibiotics, suggesting that it does not have a peptidoglycan cell wall, and indeed
cells stain Gram-negative but lack an outer membrane (adapted from PMID 3584067 and 21475588).
its full Genome sequence report:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21475588
//zh.wikipedia.org/wiki/浮黴菌門
浮黴菌門
科學分類
域: 細菌域 Bacteria
門: 浮黴菌門 Planctomycetes
綱: 浮黴菌綱 Planctomycetacia

Blastopirellula
Candidatus Jettenia
Isosphaera
浮黴菌屬 Planctomyces
小梨形菌屬 Pirellula
出芽菌屬 Gemmata
紅小梨形菌屬Rhodopirellula
我不做这个
你有兴趣 可以和
Stand Genomic Sci. 2011 Feb 20;4(1):63-
Complete genome sequence of Isosphaera pallida type strain (IS1B).
Corresponding author: Hans-Peter Klenk 联系
his mail address:
//old.dsmz.de/dsmz/main.php?contentleft_id=13
Regular mail or sample address:
DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH
Braunschweig,
Germany
BTW, BAOZI another one please transfer to my account
if you are satisfied with this answer.

【在 F*Q 的大作中提到】
: 真的很感激你热心提供的信息!Cdv 蛋白也许在budding细菌中有homolog,但毕竟不是
: 在细菌里做的,所以对我还说还是远水解不了近渴啊。似乎你做的就是相关的领域的东
: 西,如果有兴趣,我们可以私下聊聊,看是否有可能合作。

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l*1
33
看图索骥 啊
from
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21050804
pdf file its pp750
that Table 1

【在 F*Q 的大作中提到】
: 真的很感激你热心提供的信息!Cdv 蛋白也许在budding细菌中有homolog,但毕竟不是
: 在细菌里做的,所以对我还说还是远水解不了近渴啊。似乎你做的就是相关的领域的东
: 西,如果有兴趣,我们可以私下聊聊,看是否有可能合作。

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