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有没有同学用过一个叫GSEA（gene set enrichment analysis）的分析软件

有没有同学用过一个叫GSEA（gene set enrichment analysis）的分析软件# Biology - 生物学

h*32012-03-30 07:03

1 楼

没找到bioinformatics版，就发在这里了。是这学期RA的一个事情。但是我本身既不懂
bioinformatics，也不懂GSEA。
看GSEA的介绍是用来分析gene expression的。可是那个老师的数据是gwas的snp data
。我想是不是搞错了啊？而且gwas的数据那么大。。。光loading就不知道会不会成功。
把plink format的数据改成GSEA的format是件麻烦的事情，不想做无用功。所以用过
GSEA的同学请comment几句。多谢～

j*p2012-03-30 07:03

2 楼

what are you trying to do? in other words, what is your question?

g*y2012-03-30 07:03

3 楼

GSEA can be applied as long as you have a ranked gene list, not limited to
gene expression.
I have used it for mutation analysis.

h*32012-03-30 07:03

4 楼

My question is whether GSEA can be used to analyze GWAS snp data. and if so, whether there is a limit on the size of input data.
I am also curious how the program is going to recognize the snp id if it
is not designed for snp data...
If you have an idea, please let me know.Thanks so much~~

【在 j*p 的大作中提到】