b*r
2 楼
假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
的binding 能力）。
我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
的binding 能力）。
我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
i*e
3 楼
premium process or no？
【在 p*****h 的大作中提到】
: 两周前file的H1B，大概要什么时候能拿到结果呢？ 最近拿到结果的朋友大概都是什么
: 时候交的申请啊？
: 希望心里有个数，谢谢啦！
【在 p*****h 的大作中提到】
: 两周前file的H1B，大概要什么时候能拿到结果呢？ 最近拿到结果的朋友大概都是什么
: 时候交的申请啊？
: 希望心里有个数，谢谢啦！
s*s
4 楼
应该吧。
是不是最好在找个和A无关的C做一下control
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
是不是最好在找个和A无关的C做一下control
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
x*p
5 楼
Normally 4-5 months.
g*n
6 楼
借题发挥一下。我见过很多这样的实验,就是搞不明白。
这个方法能回答“binding 能力（affinity)”的问题吗？用ChiP所测出来的DNA量的增
高能说明B蛋白的“binding 能力”的增强吗？我觉得，这表明含有B蛋白binding的细
胞增多了。也就是说，A刺激了B在更多的细胞里表达。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
这个方法能回答“binding 能力（affinity)”的问题吗？用ChiP所测出来的DNA量的增
高能说明B蛋白的“binding 能力”的增强吗？我觉得，这表明含有B蛋白binding的细
胞增多了。也就是说，A刺激了B在更多的细胞里表达。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
p*h
7 楼
好吧。不是说现在速度快点了吗？
【在 x*****p 的大作中提到】
: Normally 4-5 months.
【在 x*****p 的大作中提到】
: Normally 4-5 months.
l*e
8 楼
这种最好用cell free system / in vitro translated protein 和sythesized DNA
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
z*a
9 楼
non-specific binding by protein B can be used as internal control
O*e
10 楼
这个实验设计太粗放了，结果不好解释。你至少要结合knockdown的实验才能大体知道
个方向。做overexpression的实验，mock transfection是个非常不好的control.最起码
你得转个空质粒做对照。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
个方向。做overexpression的实验，mock transfection是个非常不好的control.最起码
你得转个空质粒做对照。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
w*e
11 楼
估计你是想问input control吧？一般用genomic DNA. 细胞数尽量parallel就行了，因
为你可能很难控制得那么好，但是得保证细胞密度尽量相近，因为会影响crosslinking
的效果。
这个实验很容易false results.多设几个negative control. 上面一个提到用不相关抗
体是个通用的方法。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
为你可能很难控制得那么好，但是得保证细胞密度尽量相近，因为会影响crosslinking
的效果。
这个实验很容易false results.多设几个negative control. 上面一个提到用不相关抗
体是个通用的方法。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是：我用293细胞，分两组： 一个做mock transfection，一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP（用抗转录因子B蛋白的抗体），用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region（看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力）。
: 我现在的问题是，我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量？我可以通过控制开始的细胞总数一致吗？
b*r
12 楼
是的，overexpression只是第一步，后面肯定要做KD，不然文章估计都发不了
我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
起码
【在 O******e 的大作中提到】
: 这个实验设计太粗放了，结果不好解释。你至少要结合knockdown的实验才能大体知道
: 个方向。做overexpression的实验，mock transfection是个非常不好的control.最起码
: 你得转个空质粒做对照。
:
: 力。
: region
: input
我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
起码
【在 O******e 的大作中提到】
: 这个实验设计太粗放了，结果不好解释。你至少要结合knockdown的实验才能大体知道
: 个方向。做overexpression的实验，mock transfection是个非常不好的control.最起码
: 你得转个空质粒做对照。
:
: 力。
: region
: input
O*e
13 楼
作为第一步，我觉得控制细胞总数是可以接受的
【在 b****r 的大作中提到】
: 是的，overexpression只是第一步，后面肯定要做KD，不然文章估计都发不了
: 我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
: 同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
:
: 起码
【在 b****r 的大作中提到】
: 是的，overexpression只是第一步，后面肯定要做KD，不然文章估计都发不了
: 我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
: 同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
:
: 起码
w*r
14 楼
细胞数目大概一样就可以。固定超声之后都取1%的whole cell extract提gDNA，可以测
DNA浓度。剩下的细胞做ChIP，完了以后算IP下来的DNA里，target sequence是1%Input
的多少倍，再根据ctrl IgG算enrichment fold
【在 b****r 的大作中提到】
: 是的，overexpression只是第一步，后面肯定要做KD，不然文章估计都发不了
: 我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
: 同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
:
: 起码
DNA浓度。剩下的细胞做ChIP，完了以后算IP下来的DNA里，target sequence是1%Input
的多少倍，再根据ctrl IgG算enrichment fold
【在 b****r 的大作中提到】
: 是的，overexpression只是第一步，后面肯定要做KD，不然文章估计都发不了
: 我主要想问的还是ChIP怎么控制input 的问题。我是打算就同时铺细胞，靠细胞总数相
: 同控制input 总material，不知道是不是可以被接受
:
: 起码
u*d
15 楼
fold enrichment可以不用做吧
Input
【在 w********r 的大作中提到】
: 细胞数目大概一样就可以。固定超声之后都取1%的whole cell extract提gDNA，可以测
: DNA浓度。剩下的细胞做ChIP，完了以后算IP下来的DNA里，target sequence是1%Input
: 的多少倍，再根据ctrl IgG算enrichment fold
Input
【在 w********r 的大作中提到】
: 细胞数目大概一样就可以。固定超声之后都取1%的whole cell extract提gDNA，可以测
: DNA浓度。剩下的细胞做ChIP，完了以后算IP下来的DNA里，target sequence是1%Input
: 的多少倍，再根据ctrl IgG算enrichment fold
相关阅读
IEEE member fee大家发文章用standard deviation，还是standard error？请大家帮忙说说我是不是太过分了？ (转载)如何确定某中药植物的有效成分？please help with a paper请教大家学术界和工业界的待遇分别怎么样，到底差多少GRE subject Biology 题Brian Kobilka的HHMI只搞了一届？坑爹啊, 4,5篇中档(5-6分影响) 的文章,回去只给副教授?psu的bioinformatics怎么样？新科诺贝尔奖背后的华裔医生太太Yamanaka做报告都得照着笔记念啊，这文章咋写出来的？chem转bioengineering,如何？悲剧复旦大学双胞胎姐妹花爆红网络！成宅男屌丝杀手！！Baby's cord blood and cord tissue尴尬的博士后。。。（代朋友转）paper wanted.Thanks没有最无耻，只有更无耻TopScience 自然科学基金编辑