博后想转NGS测序数据分析和软件开发，可行吗？ - 未名空间MITBBS历史存档

博后想转NGS测序数据分析和软件开发，可行吗？# Biology - 生物学

k*g2012-10-23 07:10

1 楼

review好像不太好？说win7不稳定？有人做过这个板子的功课没有，稳定性有问题么到
底
http://www.newegg.com/Product/Product.aspx?Item=N82E16813138365

q*r2012-10-23 07:10

2 楼

生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

m*n2012-10-23 07:10

3 楼

AMD的板子
没有双网口
没有dvi

【在 k***g 的大作中提到】

: review好像不太好？说win7不稳定？有人做过这个板子的功课没有，稳定性有问题么到
: 底
: http://www.newegg.com/Product/Product.aspx?Item=N82E16813138365

s*92012-10-23 07:10

4 楼

"转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。

k*g2012-10-23 07:10

5 楼

你的意思是稳定性没有问题？缺点只这些？

【在 m******n 的大作中提到】

: AMD的板子
: 没有双网口
: 没有dvi

q*r2012-10-23 07:10

6 楼

你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

【在 s******9 的大作中提到】

: "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
: 要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
: 于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。

m*n2012-10-23 07:10

7 楼

AMD的cpu==稳定性有问题

【在 k***g 的大作中提到】

: 你的意思是稳定性没有问题？缺点只这些？

b*r2012-10-23 07:10

8 楼

我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

k*g2012-10-23 07:10

9 楼

哦，原来是这样

【在 m******n 的大作中提到】

: AMD的cpu==稳定性有问题

b*r2012-10-23 07:10

10 楼

我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

a*e2012-10-23 07:10

11 楼

贵了$20
不过考虑到现在内存涨价，还行
biostar的rebate大家不要指望拿到

【在 k***g 的大作中提到】

: review好像不太好？说win7不稳定？有人做过这个板子的功课没有，稳定性有问题么到
: 底
: http://www.newegg.com/Product/Product.aspx?Item=N82E16813138365

y*j2012-10-23 07:10

12 楼

估计饱和还不会，如果能搞算法很好，如果就搞搞帮别人弄个pipeline，做做应用，没
啥太大意思，一般的master就能干。

【在 q****r 的大作中提到】

: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

k*g2012-10-23 07:10

13 楼

没明白，送8G内存，79刀还贵了20？你的意思是应该59刀送8G内存？
另外，这个没涉及rebate啊？

【在 a***e 的大作中提到】

: 贵了$20
: 不过考虑到现在内存涨价，还行
: biostar的rebate大家不要指望拿到

a*n2012-10-23 07:10

14 楼

从Bioinformatics跳到分子模拟这个坑里面来真是吃饱了撑的

a*e2012-10-23 07:10

15 楼

去年11月份一摸一样的东西，gshill的内存条8G 59.99 after rebate.

【在 k***g 的大作中提到】

: 没明白，送8G内存，79刀还贵了20？你的意思是应该59刀送8G内存？
: 另外，这个没涉及rebate啊？

f*e2012-10-23 07:10

16 楼

感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.

【在 q****r 的大作中提到】

: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

k*g2012-10-23 07:10

17 楼

哦，所以说是内存涨价的结果。那去年这个东西有人反映不稳定吗？

【在 a***e 的大作中提到】

: 去年11月份一摸一样的东西，gshill的内存条8G 59.99 after rebate.

s*92012-10-23 07:10

18 楼

你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
programming很难走得远。

【在 q****r 的大作中提到】

: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

c*u2012-10-23 07:10

19 楼

这么说的人一般自己有问题。。。。

【在 m******n 的大作中提到】

: AMD的cpu==稳定性有问题

q*r2012-10-23 07:10

20 楼

以前硕士做过一些生物实验，就是想不做实验转到Bioinformatics。NGS什么语言用的
最多？目前看到的软件大部分是C/C++,不过也有用到java的比如samtools的java版本
Picard。用java因为java比C/C++简单，容易上手。

【在 f*******e 的大作中提到】

: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.

k*g2012-10-23 07:10

21 楼

我简单看的网友评价是说这板子的bios设定有些是不合理的，需要调整才能跑win7稳定
，不过biostar给我感觉好像产品硬件质量就很差，不知道是不是真的

【在 c***u 的大作中提到】

: 这么说的人一般自己有问题。。。。

q*r2012-10-23 07:10

22 楼

从我的经验来看，做结构算法的需要很强的物理和数学知识，没有多少年的沉淀很难独
立开发新算法和软件。通常大型软件如蛋白结构预测软件rosetta，分子模拟软件amber
都需要多个groups联合开发十几年。最重要的是目前蛋白结构相关软件的精度还太差，
还不能足以指导实验研究，所以用处不大。并且能够再做的新领域不多，因此感觉短期
来看这个方向没有什么大的发展前途了。
测序就不太一样，数据分析是必不可少甚至比本身的实验还重要的一环。感觉做序列分
析的地位要比做结构信息学得高好多。搞结构信息学说实在可有可无，但做序列分析的
却不可缺少。而且测序的应用远远强于做结构，能够直接跟疾病，遗传，发育等关联，
感觉用处很大。目前就是苦于没有办法转到NGS这个领域，主要是没有机会去做这个领
域的东西。所以希望大家能给点建议。

【在 b****r 的大作中提到】

: 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
: 只能供大概参考
: 我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
: 遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
: 人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
: 近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
: 我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
: 来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
: 。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

c*u2012-10-23 07:10

23 楼

biostar别的不好说，没听谁说过什么好话。it的rebate肯定是拿不回来的。

【在 k***g 的大作中提到】

: 我简单看的网友评价是说这板子的bios设定有些是不合理的，需要调整才能跑win7稳定
: ，不过biostar给我感觉好像产品硬件质量就很差，不知道是不是真的

q*r2012-10-23 07:10

24 楼

跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
非最终目的。

【在 s******9 的大作中提到】

: 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
: 和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
: programming很难走得远。

w*c2012-10-23 07:10

25 楼

俺买了，吗的10块钱的rebate一直没拿到，打电话过去一直没人接。
货用着还行，不过俺是用来装nas用的，半年了还没出过问题。

【在 k***g 的大作中提到】

: review好像不太好？说win7不稳定？有人做过这个板子的功课没有，稳定性有问题么到
: 底
: http://www.newegg.com/Product/Product.aspx?Item=N82E16813138365

x*m2012-10-23 07:10

26 楼

多学data mining吧

a*e2012-10-23 07:10

27 楼

going to BBB this stupid company.

【在 w******c 的大作中提到】

: 俺买了，吗的10块钱的rebate一直没拿到，打电话过去一直没人接。
: 货用着还行，不过俺是用来装nas用的，半年了还没出过问题。

N*n2012-10-23 07:10

28 楼

方向不一样呀，做MD的用到的tool少，比如charmm, 后续的分析少，应用的范围就小。
做科研，编程是次要的，主要的是algorithm,或者是 multiple source data
integration.
当然，做MD的也可以做bioinformatics, 比如：Wang Wei in UCSD.

【在 q****r 的大作中提到】

: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

a92012-10-23 07:10

29 楼

估计早就bbb过几千遍了。置顶几年没变了？

【在 a***e 的大作中提到】

: going to BBB this stupid company.

q*r2012-10-23 07:10

30 楼

生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

d*02012-10-23 07:10

31 楼

Bioster和ECS，MSI相比，哪个最差？

s*92012-10-23 07:10

32 楼

"转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。

c*n2012-10-23 07:10

33 楼

为什么会有人说MSI差？怎么也比另外两家强啊

q*r2012-10-23 07:10

34 楼

你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

【在 s******9 的大作中提到】

: "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
: 要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
: 于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。

b*r2012-10-23 07:10

35 楼

我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

b*r2012-10-23 07:10

36 楼

我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

y*j2012-10-23 07:10

37 楼

估计饱和还不会，如果能搞算法很好，如果就搞搞帮别人弄个pipeline，做做应用，没
啥太大意思，一般的master就能干。

【在 q****r 的大作中提到】

: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

a*n2012-10-23 07:10

38 楼

从Bioinformatics跳到分子模拟这个坑里面来真是吃饱了撑的

f*e2012-10-23 07:10

39 楼

感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.

【在 q****r 的大作中提到】

: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

s*92012-10-23 07:10

40 楼

你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
programming很难走得远。

【在 q****r 的大作中提到】

: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？

q*r2012-10-23 07:10

41 楼

以前硕士做过一些生物实验，就是想不做实验转到Bioinformatics。NGS什么语言用的
最多？目前看到的软件大部分是C/C++,不过也有用到java的比如samtools的java版本
Picard。用java因为java比C/C++简单，容易上手。

【在 f*******e 的大作中提到】

: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.

q*r2012-10-23 07:10

42 楼

从我的经验来看，做结构算法的需要很强的物理和数学知识，没有多少年的沉淀很难独
立开发新算法和软件。通常大型软件如蛋白结构预测软件rosetta，分子模拟软件amber
都需要多个groups联合开发十几年。最重要的是目前蛋白结构相关软件的精度还太差，
还不能足以指导实验研究，所以用处不大。并且能够再做的新领域不多，因此感觉短期
来看这个方向没有什么大的发展前途了。
测序就不太一样，数据分析是必不可少甚至比本身的实验还重要的一环。感觉做序列分
析的地位要比做结构信息学得高好多。搞结构信息学说实在可有可无，但做序列分析的
却不可缺少。而且测序的应用远远强于做结构，能够直接跟疾病，遗传，发育等关联，
感觉用处很大。目前就是苦于没有办法转到NGS这个领域，主要是没有机会去做这个领
域的东西。所以希望大家能给点建议。

【在 b****r 的大作中提到】

: 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
: 只能供大概参考
: 我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
: 遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
: 人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
: 近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
: 我觉得NGS最需要的是超大规模数据库基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
: 来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
: 。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西

q*r2012-10-23 07:10

43 楼

跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
非最终目的。

【在 s******9 的大作中提到】

: 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
: 和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
: programming很难走得远。

x*m2012-10-23 07:10

44 楼

多学data mining吧

N*n2012-10-23 07:10

45 楼

方向不一样呀，做MD的用到的tool少，比如charmm, 后续的分析少，应用的范围就小。
做科研，编程是次要的，主要的是algorithm,或者是 multiple source data
integration.
当然，做MD的也可以做bioinformatics, 比如：Wang Wei in UCSD.

【在 q****r 的大作中提到】

: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！

h*c2012-10-23 07:10

46 楼

data mining (machine learning)
high dimensional data analysis
probability theory
statistics
graph theory
popular programming/analysis tools:
python, matlaab, r, java, perl (less popular), c++
most of the NGS software is written in c++, java and python.
Some p[ossible directions if you are interested in software development:
RNA-seq data analysis
ChIP-seq data analysis
data visualization tool
server-based data analysis pipeline
user-friendly GUI development --- for bench folks

b*y2012-10-23 07:10

47 楼

I think it is a good idea. Much better than MD simulation, which is pretty
much useless. Even the stuff from David Shaw is so so, in my opinion.

【在 q****r 的大作中提到】

: 跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
: 不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
: 非最终目的。

q*r2012-10-23 07:10

48 楼

要学得东西还真不少。关键是如何能够先找一些projects先做做？在做projects的同时
学这些东西，要不真不知道怎么学，也学不好。

【在 h*********c 的大作中提到】

: data mining (machine learning)
: high dimensional data analysis
: probability theory
: statistics
: graph theory
: popular programming/analysis tools:
: python, matlaab, r, java, perl (less popular), c++
: most of the NGS software is written in c++, java and python.
: Some p[ossible directions if you are interested in software development:
: RNA-seq data analysis

q*r2012-10-23 07:10

49 楼

同感！

【在 b******y 的大作中提到】

: I think it is a good idea. Much better than MD simulation, which is pretty
: much useless. Even the stuff from David Shaw is so so, in my opinion.

c*e2012-10-23 07:10

50 楼

NGS的工资太低了，linux or Java 精通一样就行了。
你应该好好学Java, LAMP, database 找web develop 工作.

【在 q****r 的大作中提到】

: 同感！

c*e2012-10-23 07:10

51 楼

You can learn all these skills without a lab. Just retrieve raw data from
NCBI and run pipelines by yourself. But if you do not know what research
question you want to answer, it is so boring!

【在 q****r 的大作中提到】

: 要学得东西还真不少。关键是如何能够先找一些projects先做做？在做projects的同时
: 学这些东西，要不真不知道怎么学，也学不好。

q*r2012-10-23 07:10

52 楼

好好研究一下你说的东西，谢谢！

【在 c********e 的大作中提到】

:
: You can learn all these skills without a lab. Just retrieve raw data from
: NCBI and run pipelines by yourself. But if you do not know what research
: question you want to answer, it is so boring!
:

w*m2012-10-23 07:10

53 楼

如果core java的基础不错，可以考虑看一框架了，比如Struts2， Spring，
Hibernate。有服务器的话，自己搭一下。
后台的数据库，比如MySQL，oracle，一定要熟悉一种.
前台的jQuery, HTML5可以了解一下

l*72012-10-23 07:10

54 楼

目前这一领域过热，请慎重，已经有很多人在做了！预计很快会饱和。

t*22012-10-23 07:10

55 楼

问题是ngs这风马上就结束了啊，哪有那么多病需要做测序的？测完了就完了，不会有
第二个人再做一样的病。

x*m2012-10-23 07:10

56 楼

无语了，genetic variation不考虑了？一个样品测完了，这个病的机理就清楚了？

【在 t*****2 的大作中提到】

: 问题是ngs这风马上就结束了啊，哪有那么多病需要做测序的？测完了就完了，不会有
: 第二个人再做一样的病。

q*r2012-10-23 07:10

57 楼

MySQL看了一些。Struts2，Spring，Hibernate重要吗？主要用在什么方面？

【在 w********m 的大作中提到】

: 如果core java的基础不错，可以考虑看一框架了，比如Struts2， Spring，
: Hibernate。有服务器的话，自己搭一下。
: 后台的数据库，比如MySQL，oracle，一定要熟悉一种.
: 前台的jQuery, HTML5可以了解一下

l*12012-10-23 07:10

58 楼

one Bio/Medi application,
Bio macromolecular 3D/4D/5D ?? backbone docking simulation,
pls check,
protein-ligand docking soft,
http://docking.sce.ntu.edu.sg/covcloud/jobs/new/
or
http://docking.sce.ntu.edu.sg/covcloud/
or other bioinformatic application,
likes disease gene identification,
http://www1.i2r.a-star.edu.sg/~xlli/PUDI/PUDI.html
more pls go to,
http://www.ntu.edu.sg/home/asckkwoh/
or refer David Baker his ‘Rosetta’
http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/
which noted on one former post of mitbbs Bio Ban,
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31631075/

【在 q****r 的大作中提到】

: MySQL看了一些。Struts2，Spring，Hibernate重要吗？主要用在什么方面？

o*r2012-10-23 07:10

59 楼

Picard is a commonly used java based SAM manipulation tool.

【在 f*******e 的大作中提到】

: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.

l*12012-10-23 07:10

60 楼

Sure !
plus RedeR
PMID 22521049,
cited
Here we present RedeR, an R/Bioconductor package combined with a Java core
engine for representing modular networks. The functionality of RedeR is
demonstrated in two different scenarios: hierarchical and modular
organization in gene co-expression networks and nested structures in time-
course gene expression subnetworks. Our results demonstrate RedeR as a new
framework to deal with the multiple network levels that are inherent to
complex biological systems.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22531049

【在 o********r 的大作中提到】

: Picard is a commonly used java based SAM manipulation tool.

W*o2012-10-23 07:10

61 楼

thanks for the info

【在 l**********1 的大作中提到】

: Sure !
: plus RedeR
: PMID 22521049,
: cited
: Here we present RedeR, an R/Bioconductor package combined with a Java core
: engine for representing modular networks. The functionality of RedeR is
: demonstrated in two different scenarios: hierarchical and modular
: organization in gene co-expression networks and nested structures in time-
: course gene expression subnetworks. Our results demonstrate RedeR as a new
: framework to deal with the multiple network levels that are inherent to

w*w2012-10-23 07:10

62 楼

Do you mind sending me a copy of your CV? l*****[email protected]
We have one opening in NGS. Depending on the competence, previous experience
with NGS is not the most important thing.

【在 q****r 的大作中提到】

: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！