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求推荐找transcrition factor binding site的软件

求推荐找transcrition factor binding site的软件# Biology - 生物学

y*c2012-11-08 08:11

1 楼

问个事儿
我这到最近的mc要俩小时我在mc官网上选了我这的这个店然后只要网上能看到的这个
店里一定有么如果是的话我打算周末去一趟
如果不是 mc的in store pickup 要多久能ready？我还没下单想明后天就去下周末
不一定有空了
谢谢

G*h2012-11-08 08:11

2 楼

http://www.engadget.com/2012/04/03/windows-8-metro-style-firefo

s*82012-11-08 08:11

3 楼

在线的线下的都行.多谢了!

H*i2012-11-08 08:11

4 楼

NO。下单以后要等email。一般最多15分钟。有没货的时候

【在 y*****c 的大作中提到】

: 问个事儿
: 我这到最近的mc要俩小时我在mc官网上选了我这的这个店然后只要网上能看到的这个
: 店里一定有么如果是的话我打算周末去一趟
: 如果不是 mc的in store pickup 要多久能ready？我还没下单想明后天就去下周末
: 不一定有空了
: 谢谢

g*g2012-11-08 08:11

5 楼

How do you spell ugly?

D*g2012-11-08 08:11

6 楼

Try this one:
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess

S*r2012-11-08 08:11

7 楼

他自己说是 <18 分钟

s*82012-11-08 08:11

8 楼

试了下,找出来一堆啊,这个会不会有很多false positive?
有没有人用过这个Mulan:
http://mulan.dcode.org/
It identifies transcription factor binding sites evolutionarily conserved
across multiple species.
但是我没搞明白怎么用啊,请高手指点.

【在 D****g 的大作中提到】

: Try this one:
: http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess

R*y2012-11-08 08:11

9 楼

有货挺快的。
如果15分钟没有准备好，会给你打电话的。

y*j2012-11-08 08:11

10 楼

必然很多false positive

s*82012-11-08 08:11

11 楼

所以要结合genome alignment以后才比较准确吧.那位同学做过类似的分析的说一说该
怎么弄?

S*s2012-11-08 08:11

12 楼

这玩意确实有很多false positive
一般不用它做discovery,只能用于验证，或者candidate approach.
流程如下：
1.如果我要找的TF，或experimentally有点hint在mouse, human,rat等都conserve
那么我就在conserved region找conserved promoter region
UCSC genome.ucsc.edu
2.还是用TESS,或者原来的Transfac
google transfac，transfac是德国哥廷根大学bioinfo系主任wingande拉了一些做
motif识别的人搞的，一般就用他们的academia version.
他们有个收费的professional version，号称有很多实验
验证过的数据，穷人没用过。
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
这个把transfac前几版本的数据库都包括了，可用。
找出一些candidate之后，再到UCSC里面去看，现有有一些Ch-IP的data available,再
筛一下。
或者你觉得可能是哪几种TFBS, 把conserved motif找出来，看看是否在你的promoter
region,这个region是否conserve.
最后还是有实验数据里的hint,再来找。
不过，基本上很困难。可以做Figure7，补补data。
Good luck.

【在 s********8 的大作中提到】

: 在线的线下的都行.多谢了!