z*9
2 楼
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
的更强大的align软件,谢谢!!
办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
的更强大的align软件,谢谢!!
g*t
3 楼
等写入文件时就抓狂了, 慢死了,,
z*8
6 楼
MEGA4,还不错,但是跟选的什么方法有关。你要选那个什么maximum likelihood好像就
十分慢,如果选那个什么neighbor-joining好像就快点。不懂的人乱说的啊,你再跟
别人求证下
十分慢,如果选那个什么neighbor-joining好像就快点。不懂的人乱说的啊,你再跟
别人求证下
j*x
8 楼
如果我没有理解错的话,你需要对3000条长度3kb左右的序列进行多序列比对,是这样
吧?
这里的计算量不小,普通PC处理起来并不轻松,尤其是使用经典的clustal算法(
bioedit和mega应该都用的这种算法),由于存在两两比对并建树的过程,时间/空间复
杂度很高,内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle,如果序列之间的相似度较高(既然都是来自病毒的
同种片段),可以采用“最快”模式(牺牲一定的准确性),时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作,不到半个
钟头就能搞定了。当然,由于空间复杂度仍然较高,对内存还是有很高的要求,anyway
,眼下内存早都白菜价了。
【在 z*******9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件,谢谢!!
吧?
这里的计算量不小,普通PC处理起来并不轻松,尤其是使用经典的clustal算法(
bioedit和mega应该都用的这种算法),由于存在两两比对并建树的过程,时间/空间复
杂度很高,内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle,如果序列之间的相似度较高(既然都是来自病毒的
同种片段),可以采用“最快”模式(牺牲一定的准确性),时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作,不到半个
钟头就能搞定了。当然,由于空间复杂度仍然较高,对内存还是有很高的要求,anyway
,眼下内存早都白菜价了。
【在 z*******9 的大作中提到】
![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件,谢谢!!
H*g
10 楼
If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
的更........
【在 z*******9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件,谢谢!!
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
的更........
【在 z*******9 的大作中提到】
![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件,谢谢!!
H*g
12 楼
The public CIPRES parallel computation server also has built-in MUSCLE and
others that you could manually adjust the alignment parameters. It also
have
some downstream phylogenetic analysis tool, such as RaxML and MrBayes. I
personally find it very helpful.
If I were u,for the computation power,
【在 H*g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更........
others that you could manually adjust the alignment parameters. It also
have
some downstream phylogenetic analysis tool, such as RaxML and MrBayes. I
personally find it very helpful.
If I were u,for the computation power,
【在 H*g 的大作中提到】
![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更........
p*m
13 楼
被 70块的r7000秒杀
j*x
14 楼
CIPRES server看起来很不错
【在 H*g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更........
【在 H*g 的大作中提到】
![](/moin_static193/solenoid/img/up.png)
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段(~3kb),我一直用BioEdit,(没
: 办法,实验室没钱,),现在用它做这个分析时,经常down机,请问还有没有其他免费
: 的更........
l*1
16 楼
z*9
18 楼
多谢大家!!
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