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求助，批量引物设计：如何指定产物的GC content？

求助，批量引物设计：如何指定产物的GC content？# Biology - 生物学

w*22013-01-17 08:01

1 楼

和导师一起work, 发了会议论文A，然后导师离开学校去工业界了，我自己在A基础上做
了generalization成为一个框架，发了会议论文B。考虑到工作与A的关联性，而且又是
在导师留下fund支持下完成，所以B文作者照常是我跟导师，尽管他没有写一个字也没
有给任何的comments。毕业后再次扩充B到一个top journal，过程中导师了也是没有任
何参与，发给他了但没有回复。
在犹豫这个journal是不是还要继续挂导师的名字。如果不挂导师，自己一个人作者，
然后在致谢中提到导师以前的帮助和fund 支持，会不会不妥？或者，一个人作者也并
没有什么好处？还有，原来导师走了之后找了系里一个老师作挂靠导师毕业的，他不
是做我的方向，自然也没有给任何实质性的建议，要不要也把他挂上表示感谢。现在
找教职过程中，两位导师都很支持地给我写推荐信。
求版上faculty给予指点.

G*y2013-01-17 08:01

2 楼

一个是手势，一个是按键，呼出后台运行程序的list

j*x2013-01-17 08:01

3 楼

需要设计50对基因组扩增引物，要求是PCR产物片段大小在2Kb左右，amplicon的GC
Content需要设定在48%上下浮动5%。自用的网上的引物设计工具都没有找到针对产物GC
Content的参数设定，哪位能给指点一下？
谢谢！

n*l2013-01-17 08:01

4 楼

我觉得既然是一个系列的文章，挂上导师的名字是很自然的。

【在 w*****2 的大作中提到】

: 和导师一起work, 发了会议论文A，然后导师离开学校去工业界了，我自己在A基础上做
: 了generalization成为一个框架，发了会议论文B。考虑到工作与A的关联性，而且又是
: 在导师留下fund支持下完成，所以B文作者照常是我跟导师，尽管他没有写一个字也没
: 有给任何的comments。毕业后再次扩充B到一个top journal，过程中导师了也是没有任
: 何参与，发给他了但没有回复。
: 在犹豫这个journal是不是还要继续挂导师的名字。如果不挂导师，自己一个人作者，
: 然后在致谢中提到导师以前的帮助和fund 支持，会不会不妥？或者，一个人作者也并
: 没有什么好处？还有，原来导师走了之后找了系里一个老师作挂靠导师毕业的，他不
: 是做我的方向，自然也没有给任何实质性的建议，要不要也把他挂上表示感谢。现在
: 找教职过程中，两位导师都很支持地给我写推荐信。

m*t2013-01-17 08:01

5 楼

前者是RTOS，后者不是。

w*e2013-01-17 08:01

6 楼

APE 软件就有这个功能选项，免费的直接下载

w*22013-01-17 08:01

7 楼

谢谢楼上建议。我也比较趋向于把两个都挂上，到PHD后期导师对文章什么都不参与的
，想必也算正常吧。

j*x2013-01-17 08:01

8 楼

哥们，你说的APE是“A plasmid Editor”这个软件吧。我知道几乎左右的MB软件都能
计算GC content，用MS WORD也很方便，但是我急需的其实是引物设计工具中的一个输
出filter功能，而无需后续一个个手工选取/验证。
还是谢谢你！

【在 w*e 的大作中提到】

: APE 软件就有这个功能选项，免费的直接下载

l*s2013-01-17 08:01

9 楼

phd期间的work都应该挂老师的名字吧，你花人家的钱怎么也得把PI名字写上啊。我们
学校的政策貌似是如果老板名字不在paper上，那注册费之类的花销是不能走这个
funding的

s*e2013-01-17 08:01

10 楼

用命令行的 primer3
Primer3 picks primers for PCR reactions, considering as criteria:
o oligonucleotide melting temperature, size, GC content, and primer-dimer
possibilities,

w*22013-01-17 08:01

11 楼

谢谢以上两位的建议，我打算都加上。没有他们经济上的支持，不可能完成这个工作。

p*p2013-01-17 08:01

12 楼

Online version has GC content setting too:
http://frodo.wi.mit.edu/

【在 s******e 的大作中提到】

: 用命令行的 primer3
: Primer3 picks primers for PCR reactions, considering as criteria:
: o oligonucleotide melting temperature, size, GC content, and primer-dimer
: possibilities,