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请教RNA-seq里面,reads是怎么计数的

请教RNA-seq里面,reads是怎么计数的# Biology - 生物学

w*42013-04-16 07:04

1 楼

【以下文字转载自 Parenting 讨论区】
发信人: wyx1014 (滴答滴答), 信区: Parenting
标题: halloween fun food
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 18 14:57:38 2012, 美东)
http://www.skivacationwithkids.com/2012/08/30/cute-ideas-for-ha
觉得很容易上手，看起来也还凑合，有需要带吃的去学校的可以参考下。

i*i2013-04-16 07:04

2 楼

马上要开始做了，还有一些疑问，比较初级，望大侠赐教。
我问了Genomic Core，他们说HiSeq2000 的output是180M reads，
我觉得他们说的是单向，pair End 应该是360M，是不是这样？
另外有些文献讨论多少reads是合适的，目前比较一致的结论好像是30M reads对于人类
基因组就差不太多了。我想知道这里的30M是指单向的，还是pair end的？
对于pair end的数据不了解，希望大家帮助。

l*e2013-04-16 07:04

3 楼

有点意思！而且不是做的恶心的那种！

j*p2013-04-16 07:04

4 楼

1. 180M估计是HiSeq2000 pair-end。pair-end 会产生两个文件，每一个文件大概有
100M reads，每一对read都互相对应。有时候能产生更多的数据，我反正是没见过有
380M这么多的。
2. 如果只想知道普通gene表达，30M reads应该是足够多了。那些做HiSeq的多数是想
要知道例如LncRNA，eRNA之类低表达的基因（需要ChIPseq），或者是想看看有没有不
同alternative splicing， circular RNA等。一般讲数据多，read长，分析后得出的
结果越靠谱。
3. 不同的library construction也会有影响，总的来说，polyA selection会比Ribo 0
，数据看上去要平滑，缺点就是不能够detect没有polyA的gene（废话）。
4. 具体问题具体对待吧。

i*i2013-04-16 07:04

5 楼

谢谢JCP的帮忙。
因为我们的RNA质量不是很高，担心ployA筛选丢掉的东西比较多，目前倾向于用ribo-
zero。

s*y2013-04-16 07:04

6 楼

我们最近的hiseq一般都稳定在200M pairs 左右，就是有400M的single end reads.
30M 一般指的是paired end的。不过30M低表达的基因就很难了。
个人认为biological replicates比reads数目更重要，我情愿要30M有3个重复也不要
100M没有重复的结果来做数据分析。
RNA质量你的RIN score是多少，很多地方小于7或8就不收了。å