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想在HepG2细胞系里敲除一个基因，用TALEN还是CRISPR容易？

想在HepG2细胞系里敲除一个基因，用TALEN还是CRISPR容易？# Biology - 生物学

b*62013-05-17 07:05

1 楼

我的BOOST MOBILE 的6S已经激活了，用了2个多月了，现在想解锁。
之前看到有朋友说，boost mobile 的6S 不要激活可以解锁，但不知道解完了，以后
还没有被锁的可能。现在我已经激活了，用了两个多月了，现在想要解锁，不知道还
可不可以了。
所以特此来请教明白的朋友，谢谢。

L*t2013-05-17 07:05

2 楼

想要研究某个蛋白的功能，HepG2里有这个蛋白完整的代谢通路但是这个蛋白本身也有
表达。现在想敲除本底表达后用Flp-FRT引入突变体。只是单纯的敲除，TALEN和CRISPR
哪一个更合适？

h*z2013-05-17 07:05

3 楼

以前大家都是拿到不拆封就eBay解锁，你已经用了俩月，似乎听说解锁政策也改了

【在 b*********6 的大作中提到】

: 我的BOOST MOBILE 的6S已经激活了，用了2个多月了，现在想解锁。
: 之前看到有朋友说，boost mobile 的6S 不要激活可以解锁，但不知道解完了，以后
: 还没有被锁的可能。现在我已经激活了，用了两个多月了，现在想要解锁，不知道还
: 可不可以了。
: 所以特此来请教明白的朋友，谢谢。

g*02013-05-17 07:05

4 楼

co-ask!

CRISPR

【在 L*****t 的大作中提到】

: 想要研究某个蛋白的功能，HepG2里有这个蛋白完整的代谢通路但是这个蛋白本身也有
: 表达。现在想敲除本底表达后用Flp-FRT引入突变体。只是单纯的敲除，TALEN和CRISPR
: 哪一个更合适？

l*42013-05-17 07:05

5 楼

当bad esn解试试，可能要花费至少$100

s*g2013-05-17 07:05

6 楼

用TALEN吧，敲除单个基因的话CRISPR没有优势，而且还可能有off-target

b*62013-05-17 07:05

7 楼

好像要12个月后才能解，昨天问了下客服。。

L*t2013-05-17 07:05

8 楼

谢谢，那我就准备买TALEN的质粒了

【在 s*****g 的大作中提到】

: 用TALEN吧，敲除单个基因的话CRISPR没有优势，而且还可能有off-target

q*s2013-05-17 07:05

9 楼

去哪裡解鎖呢？我也想買一台。。

【在 l***4 的大作中提到】

: 当bad esn解试试，可能要花费至少$100

d*i2013-05-17 07:05

10 楼

我也不了解，但是看文章说CRISPR的off target远远低于前者。。

b*62013-05-17 07:05

11 楼

Ebay上有，但不知道是不是国内所谓的黑解，解完不能刷机什么的，刷机还会被锁上
。如果是官解就不会了，和无锁一样。。

【在 q*******s 的大作中提到】

: 去哪裡解鎖呢？我也想買一台。。

s*g2013-05-17 07:05

12 楼

不太可能，CRISPR的特异识别序列只有14bp，很容易target到其他genomic region
TALEN的特异识别序列有30-60bp,远远高于CRISPR

h*y2013-05-17 07:05

13 楼

用TALEN和ZFN的话off target的可能性也是有的。TALEN单侧靶位点一般设计16-18个碱
基，但是由于任何一个TALEN domain对相邻TALEN domain与靶碱基的结合是有影响的，
所以TALEN是可能结合到imperfect match的位点上去的。
由于TALEN的设计要在蛋白质水平进行，可以想象合成4^16种TALEN蛋白，从而对TALEN与
靶位点之间的特异性结合进行完全充分的研究是不可能的。所以实际上还没有文章像CR
ISPER那样对TALEN靶位点的每个碱基的重要性进行过系统的研究。相反，CRISPER只需要
合成oligo，单个碱基的突变很容易实现，所以能发现前面12-14个碱基最重要。但是这
并不等于说CRISPER只需要12-14个碱基，只是其余碱基的重要性相对较低而已。

【在 s*****g 的大作中提到】

: 不太可能，CRISPR的特异识别序列只有14bp，很容易target到其他genomic region
: TALEN的特异识别序列有30-60bp,远远高于CRISPR

s*x2013-05-17 07:05

14 楼

我个人倾向于crispr ，速度比talen快很多，不用合成那些dna repeats。
说到突变，细胞培养的突变恐怕更多，而且也没有那么巧就影响实验。
我做遗传，用enu ems 化学诱变背景突变不知道多少，还不是一样分析。

d*i2013-05-17 07:05

15 楼

按照碱基的长度看的话确实是CRISPR稍微差一点。我主要是看了Qi的那篇cell文章，他
们用了RFP作为target，也可能是RFP在细菌和细胞内本身就是一个外源基因，内源
genomic DNA里面同源的序列比较少或没有，，因此看起来特异性就高了很多。

【在 s*****g 的大作中提到】

: 不太可能，CRISPR的特异识别序列只有14bp，很容易target到其他genomic region
: TALEN的特异识别序列有30-60bp,远远高于CRISPR

s*g2013-05-17 07:05

16 楼

TALENs function in pairs，所以总的识别长度要乘以2，非常的长，即使有的RVD特异
性不够高，但也基本上不可能有off-target effect

TALEN与
CR
需要

【在 h******y 的大作中提到】

: 用TALEN和ZFN的话off target的可能性也是有的。TALEN单侧靶位点一般设计16-18个碱
: 基，但是由于任何一个TALEN domain对相邻TALEN domain与靶碱基的结合是有影响的，
: 所以TALEN是可能结合到imperfect match的位点上去的。
: 由于TALEN的设计要在蛋白质水平进行，可以想象合成4^16种TALEN蛋白，从而对TALEN与
: 靶位点之间的特异性结合进行完全充分的研究是不可能的。所以实际上还没有文章像CR
: ISPER那样对TALEN靶位点的每个碱基的重要性进行过系统的研究。相反，CRISPER只需要
: 合成oligo，单个碱基的突变很容易实现，所以能发现前面12-14个碱基最重要。但是这
: 并不等于说CRISPER只需要12-14个碱基，只是其余碱基的重要性相对较低而已。

h*y2013-05-17 07:05

17 楼

理论上当然是这样，但是两个TALEN可以形成三种二聚体（AA,AB,BB)，在极端条件下，
一端位点强结合，另一端弱结合也能造成Off-Target的剪切。

【在 s*****g 的大作中提到】

: TALENs function in pairs，所以总的识别长度要乘以2，非常的长，即使有的RVD特异
: 性不够高，但也基本上不可能有off-target effect
:
: TALEN与
: CR
: 需要

s*g2013-05-17 07:05

18 楼

你说的很对。不过已经报道了通过引入FokI突变体可以彻底避免 AA, BB的形成，大大
降低off-target effect

【在 h******y 的大作中提到】

: 理论上当然是这样，但是两个TALEN可以形成三种二聚体（AA,AB,BB)，在极端条件下，
: 一端位点强结合，另一端弱结合也能造成Off-Target的剪切。

l*12013-05-17 07:05

19 楼

mark.

【在 s*****g 的大作中提到】

: 你说的很对。不过已经报道了通过引入FokI突变体可以彻底避免 AA, BB的形成，大大
: 降低off-target effect

g*52013-05-17 07:05

20 楼

mark;求科普

s*g2013-05-17 07:05

21 楼

Heterodimeric TALEN, 请参见
http://nar.oxfordjournals.org/content/40/16/8001.short
关于TALEN technology, 有兴趣的可以看看最新的两篇review
http://www.nature.com/nrm/journal/v14/n1/abs/nrm3486.html
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.24890/abstract;j

【在 l**********1 的大作中提到】

: mark.

l*12013-05-17 07:05

22 楼

Mark again and thx.
--from FDU Alumni

发信人: giantbird05 (大鸟), 信区: Biology
标题: Re: 想在HepG2细胞系里敲除一个基因，用TALEN还是CRISPR容易？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun May 26 01:39:25 2013, 美东)
mark;求科普

【在 s*****g 的大作中提到】

: Heterodimeric TALEN, 请参见
: http://nar.oxfordjournals.org/content/40/16/8001.short
: 关于TALEN technology, 有兴趣的可以看看最新的两篇review
: http://www.nature.com/nrm/journal/v14/n1/abs/nrm3486.html
: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.24890/abstract;j