Chip-Seq 样品制备求助 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

Chip-Seq 样品制备求助

Chip-Seq 样品制备求助# Biology - 生物学

w*o2013-05-24 07:05

1 楼

一共有N个机器，每个机器上有N个数。每个机器最多存O(N)个数并对它们操作。如何找
到N^2个数的中数(median)？
我只能想到一种方法：如果知道数的总range，就把数划分成N个range，每个机器都算
自己range里面的数的个数，这样就知道median在哪个range的第K大。然后再把那个
range的拿出来同样分布到N个机器上处理，这样递归下去直到数目很小可以直接一台机
器sort找到。
但是这样只能对均匀分布才行，如果某个range的数特别多，一台机器都放不下就不行
了。

j*r2013-05-24 07:05

2 楼

帮朋友问下，有人知道或者做过从国内转钱到这里么，金额估计几w刀吧？是怎么操作
的？哪家的手续费低些，他说，查了西联的，觉得比较贵？我看到有人做现金的交易，
不知道可靠么？不知道做这种交易有什么风险？谢谢了。

O*e2013-05-24 07:05

3 楼

如何解读这个表？
http://www.travel.state.gov/pdf/WaitingListItem.pdf
Employment-based Preferences
Increase/Decrease
From 2011 Totals
Category FY 2011 FY 2012 (and % of change)
EMPLOYMENT FIRST 2,961 2,118 -843 (- 28.5%)
EMPLOYMENT SECOND 6,738 6,888 +150 (+ 2.2%)
EMPLOYMENT THIRD TOTAL 119,183 112,023 -7,160 (- 6.0%)
Skilled Workers: 102,395 97,060 -5,335 (- 5.2%)
Other Workers: 16,788 14,963 -1,825 (- 10.9%)
EMPLOYMENT FOURTH TOTAL 554 498 -56 (- 10.1%)
EMPLOYMENT FIFTH TOTAL 1,183 1,806 +623 (+52.7%)
TOTAL
130,619 123,333 -7,286 (- 5.6%)
GRAND TOTAL

l*p2013-05-24 07:05

4 楼

15天之内
一次触摸板出问题换了一个
这个又是同样问题
触摸板地下空了
随便click scroll都听到响声
再去换一个人家会不会不干？
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 11

l*i2013-05-24 07:05

5 楼

1，2，3使用10m细胞，Covaris超声30min，三个样品的Bioanalyzer Ultra Sensitive
DNA分析图谱。
4，5，6是对应于1，2，3，使用Millipore的Magana Chip kit，抗体CHIP后得到的结果。
请问为什么会得到这么烂的CHIP DNA？
超声片段的图谱有问题么（大小在300－400之间）？
多谢

h*32013-05-24 07:05

6 楼

一个笨办法是：
每台机器放n个数，然后排序。
然后挨个数，直到找到median.

【在 w****o 的大作中提到】

: 一共有N个机器，每个机器上有N个数。每个机器最多存O(N)个数并对它们操作。如何找
: 到N^2个数的中数(median)？
: 我只能想到一种方法：如果知道数的总range，就把数划分成N个range，每个机器都算
: 自己range里面的数的个数，这样就知道median在哪个range的第K大。然后再把那个
: range的拿出来同样分布到N个机器上处理，这样递归下去直到数目很小可以直接一台机
: 器sort找到。
: 但是这样只能对均匀分布才行，如果某个range的数特别多，一台机器都放不下就不行
: 了。

z*e2013-05-24 07:05

7 楼

大额的还是直接银行电汇，有凭有据，不怕被查。
西联会以安全防洗钱的名义要求你提供一大堆东西，很麻烦。找人做现金交易超过一
万的话万一被银行报上去给IRS，解释不清。

l*i2013-05-24 07:05

8 楼

附件
Sensitive DNA分析图谱。
果。

l*a2013-05-24 07:05

9 楼

你做得就是正解
为啥没有信心呢

【在 w****o 的大作中提到】

i*02013-05-24 07:05

10 楼

借宝地一问, 如果直接银行电汇的话需不需要交税给IRS? 这种赠予需要交税吗?

k*n2013-05-24 07:05

11 楼

1－3，我没用过covaris，而且检测sonication效果的话一般都是琼脂糖胶。不过根据
你的bioanalyzer的结果，如果是library preparation之前的话，size偏大且范围偏窄
。这不是个好兆头。如果是pcr后的文库的话，大小还算合适
至于4－6，chip下来的dna量太少，没有任何检测size的意义。

c*n2013-05-24 07:05

12 楼

My thought on this issue:
To generalize the problem, let say, for machine i, it has an array A[i], A[i
+1] ... A[j]. The initial state is i = 0; j = N-1;
Assuming there is a controller machine C.
1) Sort N numbers on each machine.
2) For each machine, randomly pick up a number A[k] (i<=k<=j) and send it to
the controller C. The Controller C calculates the median M from these N
numbers
3) Controller sends M back to each machine and let them report P[i] back
which is number of data that are less than M on the machine i.
let T = P[0]+P[1]+...+P[n],
M = lower(N*N/2) + 1
if T = M, then we find the median;
if T > M, then the problem becomes finding the median in N machines, for
ith machine, the array is A[i]...A[i+P[i]-1]
if T < M, then the problem becomes finding the (M-T)th item in N machine,
for ith machine, the array is A[i+P[i]+1]..A[j]
so the problem can be solved recursively.
The time complexity should be O(N*N), since each number should only be
visited once.

l*i2013-05-24 07:05

13 楼

1-3是刚刚Sonication之后的DNA（冻在－80有一个星期）。条带太大，可以延长
Sonication时间么？范围窄要怎么解决？多谢！
CHIP下来的DNA太少是不是基本没救了？我用的是Millipore的CHIP Magana kit，是不
是被坑了？

【在 k*****n 的大作中提到】

: 1－3，我没用过covaris，而且检测sonication效果的话一般都是琼脂糖胶。不过根据
: 你的bioanalyzer的结果，如果是library preparation之前的话，size偏大且范围偏窄
: 。这不是个好兆头。如果是pcr后的文库的话，大小还算合适
: 至于4－6，chip下来的dna量太少，没有任何检测size的意义。

g*y2013-05-24 07:05

14 楼

你说的办法对非均匀分布也可以用，就是动态地去re-range，要求scheduler比较智能
可以根据动态信息重新schedule job.

【在 w****o 的大作中提到】

k*n2013-05-24 07:05

15 楼

1-3，重新跑个电泳胶吧
4-6，chip本来拉下来的dna就少，没有检测size的意义

h*32013-05-24 07:05

16 楼

为啥是正解呢？把数按range分到各个机器的时候，不就已经统计出在这个range有多
少个数了吗？那么为什么还需要在每个机器上统计各个range有多少个数呢？不如就把
这些数存在本机的disk上？

【在 l*****a 的大作中提到】

: 你做得就是正解
: 为啥没有信心呢

g*y2013-05-24 07:05

17 楼

不是，加入知道这些数range是0-1000，那假设是均匀分布的，如果有10台机器，
那就按0-100，100-200，分给这些机器处理。每个机器负责数range内的个数。
如果分着分着发现有的机器明显overload,有的underloda,那scheduler可以再进行
re-range, load balancing..

【在 h*********3 的大作中提到】

: 为啥是正解呢？把数按range分到各个机器的时候，不就已经统计出在这个range有多
: 少个数了吗？那么为什么还需要在每个机器上统计各个range有多少个数呢？不如就把
: 这些数存在本机的disk上？

h*32013-05-24 07:05

18 楼

当你分得时候，你就已经统计出来各个range里的数目了吧。
何必还需要各个机器在统计数目呢？

【在 g***y 的大作中提到】

: 不是，加入知道这些数range是0-1000，那假设是均匀分布的，如果有10台机器，
: 那就按0-100，100-200，分给这些机器处理。每个机器负责数range内的个数。
: 如果分着分着发现有的机器明显overload,有的underloda,那scheduler可以再进行
: re-range, load balancing..

g*y2013-05-24 07:05

19 楼

当然没有。加入有1000个数放在network file system上面，10台机器都去读这些数，
机器1只负责数0-100内的数，加入读到range外面的，ignore。

【在 h*********3 的大作中提到】

:
: 当你分得时候，你就已经统计出来各个range里的数目了吧。
: 何必还需要各个机器在统计数目呢？

h*32013-05-24 07:05

20 楼

题目是n台机器，没台n个数吧。
如果是你说的这种情况（有1000个数放在network file system上面),也不需要每台
机器都读阿。如果10台都读，那就读了1000*10次，还不如就一台读，那就是1000次，
一样得到了分布情况阿。

【在 g***y 的大作中提到】

: 当然没有。加入有1000个数放在network file system上面，10台机器都去读这些数，
: 机器1只负责数0-100内的数，加入读到range外面的，ignore。

g*y2013-05-24 07:05

21 楼

n台机器每个n个数同样可以用类似的办法，分m个range(noted as 0,1,2,..m-1),每
台机器负责数自己的n个数，输出m个，key是0,1...m-1, value包括range
内出现的个数，和一个pointer指向local n个数中range内的那部分数。
全部弄完后，n台机器在进行aggregation,产生最终,这时候value是
aggregated value, 到这时候，可以看出median具体在哪个range内。剩下的工作就是
告诉n台机器去找这个range内的第X个数了。

【在 h*********3 的大作中提到】

: 题目是n台机器，没台n个数吧。
: 如果是你说的这种情况（有1000个数放在network file system上面),也不需要每台
: 机器都读阿。如果10台都读，那就读了1000*10次，还不如就一台读，那就是1000次，
: 一样得到了分布情况阿。

R*i2013-05-24 07:05

22 楼

随机一个数字, 发送到每台机器上
每台电脑返回大于次数的数字个数x, 以及小于此数的数字个数y
如果X1+X2+...+Xn == Y1+Y2+...Yn, 则找到median
不然就用二分法生产一个新的数字继续发送到每台电脑上，循环