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illumina hiseq 2000（2*75PE）包lane，最大能够包含几个barcode啊？

illumina hiseq 2000（2*75PE）包lane，最大能够包含几个barcode啊？# Biology - 生物学

n*u2013-08-17 07:08

1 楼

http://www.illumina.com/systems/sequencing.ilmn
HiSeq 2500/2000 包一个lane 大概有30G的通量，0.3billion的reads，里面可以加
muliplexing index barcode 用来区分每一个样品，如果加一百个barcode的话，理论
上每个样品就有3million个reads,如果我这个是针对16sRNA 全长测序的话（比如说700
好了），也足够放在一起overlap成数量可观的tags了（有人有经验吗？3million
reads 可以reconstruct into how many tags?）但是 barcode 测序有偏向性的风险，
实际上如 10 个 barcode样品，一共测 1G 数据量，并不能保证每个 barcode 样品数
据均为 100M。 Barcode 越多，样品越混乱，越容易产生 Bias。有做过的人吗？包
lane的话最多能放进几个barcode呢？

y*32013-08-17 07:08

2 楼

用dual index可以pool 96个不同的barcodes
pool的时候仔细一点，基本可以让数据差不太多

n*u2013-08-17 07:08

3 楼

单的行不行？他们用的是Multiplexing Sample Preparation
Oligonucleotide Kit，这个好像只能够singal index, 但是他说：
The Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit contains 12 unique
oligonucleotides to tag libraries for pooling in one flow cell lane. Up to
96 samples can be sequenced on a single flow cell in a fully automated way.
一个flow cell是八个lane, 那么一个lane就只能cover 12 samples.
dual indices 就能在一个lane里面cover 96 samples吗？

【在 y*****3 的大作中提到】

: 用dual index可以pool 96个不同的barcodes
: pool的时候仔细一点，基本可以让数据差不太多

c*32013-08-17 07:08

4 楼

16s得话，你这reads长度够么？一般现在不还都是454么？至少要MiSeq吧

700

【在 n**********u 的大作中提到】

: http://www.illumina.com/systems/sequencing.ilmn
: HiSeq 2500/2000 包一个lane 大概有30G的通量，0.3billion的reads，里面可以加
: muliplexing index barcode 用来区分每一个样品，如果加一百个barcode的话，理论
: 上每个样品就有3million个reads,如果我这个是针对16sRNA 全长测序的话（比如说700
: 好了），也足够放在一起overlap成数量可观的tags了（有人有经验吗？3million
: reads 可以reconstruct into how many tags?）但是 barcode 测序有偏向性的风险，
: 实际上如 10 个 barcode样品，一共测 1G 数据量，并不能保证每个 barcode 样品数
: 据均为 100M。 Barcode 越多，样品越混乱，越容易产生 Bias。有做过的人吗？包
: lane的话最多能放进几个barcode呢？

y*32013-08-17 07:08

5 楼

单的好像最多只能24/lane
dual index是一个lane里可以96个样品

【在 n**********u 的大作中提到】

: 单的行不行？他们用的是Multiplexing Sample Preparation
: Oligonucleotide Kit，这个好像只能够singal index, 但是他说：
: The Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit contains 12 unique
: oligonucleotides to tag libraries for pooling in one flow cell lane. Up to
: 96 samples can be sequenced on a single flow cell in a fully automated way.
: 一个flow cell是八个lane, 那么一个lane就只能cover 12 samples.
: dual indices 就能在一个lane里面cover 96 samples吗？

p*b2013-08-17 07:08

6 楼

我有5个样品， 1个control， 4个knockdown，我想对比四个knockdown和control的差
异表达基因，用hiseq2000的话，把5个样品放在一个lane测应该没有问题吧？
我这里的facility说如果我只想看差异表达基因的话，推荐我用miseq，是不是说
miseq得到的reads就足够提供我所需要的信息了啊？
谢谢！

n*u2013-08-17 07:08

7 楼

reads 是不够长，但是可以assembly 到700左右，V3-V6区

【在 c***3 的大作中提到】

: 16s得话，你这reads长度够么？一般现在不还都是454么？至少要MiSeq吧
:
: 700