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怎么查看别的LAB做出来的chip-seq data

怎么查看别的LAB做出来的chip-seq data# Biology - 生物学

d*d2013-09-10 07:09

1 楼

EB-1b, 交了140和485，差不多三个星期受到打指纹的预约。打指纹是背景调查的一部
分吧？通常这个指纹之后还要等多久？
另外，很搞的是，我的预约日期是11月26号，感恩节的后一天（星期五）。那天移民局
的办公室开门吗？打电话也查不到。晕倒！

s*n2013-09-10 07:09

2 楼

情节很紧张激烈
打斗激烈
音乐扣人心弦

e*l2013-09-10 07:09

3 楼

跟Yoga Pro 3比呢？
想试试笔输入，作笔记、当场画图啥的

t*l2013-09-10 07:09

4 楼

Raw data sets have been submitted to the Gene Expression Omnibus data- base
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ and are available under the acces- sion GSE38379. R was used to compute statistics and generate plots.
比如这个。
新手不太会，我们LAB也没人会chip-seq. 我想看看他们的raw data,去了NCBI，搞了半
天也没结果，下载了一个什么sra的文档，mac也打不开。请问有没有user friendly的
软件可以查阅他们的data。还有就是如果用别人的chip-seq做MOTIF discovery
analysis, 这合适吗？
新手求教。谢谢。

d*d2013-09-10 07:09

5 楼

Anyone knows?

s*n2013-09-10 07:09

6 楼

一线警员，看着就精悍

d*b2013-09-10 07:09

7 楼

做工明显的比lenovo yoga好

【在 e*******l 的大作中提到】

: 跟Yoga Pro 3比呢？
: 想试试笔输入，作笔记、当场画图啥的

x*m2013-09-10 07:09

8 楼

SRA is Sequance Read Archive file. you have to convert it into fastq. there
is a tool called sratoolkit for that job. but u have to know linux. find
some bioinfo guys help you...

s*g2013-09-10 07:09

9 楼

mine is the same day 11/26. FP is not in the same building as USCIS local
office here...

t*k2013-09-10 07:09

10 楼

表示同在学习中。。。

F*d2013-09-10 07:09

11 楼

GSE38379 has Supplementary file, probably contains bed file for peaks.
For raw data, you need to re-analyze the data. Basic steps include:
convert SRA to fasta, map to genome, find peaks, map peaks to genes, perform
motif discovery, etc.
There are many software packages (almost all on linux), I recommend Homer,
as it covers all steps including motif analysis.
Alternative, if your lab has funding for this, you can buy analysis service,
e.g.
http://goo.gl/k389Yr

d*72013-09-10 07:09

12 楼

你既然用mac的话，就好办（虽然linux更好）
如果只想看别人chip-seq中的motif，只要把他们的peak calling结果下载下来就行，
就是个BED file，很小。然后从bed file提取dna sequence，这个步骤很多地方都能做
（UCSC table, galaxy, cistrome 什么的好多），提取了sequence后，上传到MEME
chip或者RSAT这种网站，直接就出结果。也可以在你自己的mac上安装Weeder或者HOMER
之类的软件自己找motif
要是想找其他人的raw data，然后和自己的chip seq比较，最好从头做。
下个sratoolkit(这个有pre-compiled mac version)，然后下载.sra文件，用
sratoolkit里的dump-fastq把它转换成fastq文件，然后做mapping，用bowtie很快。
然后peak calling。
以上这些步骤不用很搞的计算机配置，用比较新的macbook pro就能全跑下来，
你想要user-friendly的软件？很可惜，在bioiformatics这个领域里，user-friendly
不存在。。。。。只能自己熟悉linux shell。。。。。

base

【在 t**l 的大作中提到】

: Raw data sets have been submitted to the Gene Expression Omnibus data- base
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ and are available under the acces- sion GSE38379. R was used to compute statistics and generate plots.
: 比如这个。
: 新手不太会，我们LAB也没人会chip-seq. 我想看看他们的raw data,去了NCBI，搞了半
: 天也没结果，下载了一个什么sra的文档，mac也打不开。请问有没有user friendly的
: 软件可以查阅他们的data。还有就是如果用别人的chip-seq做MOTIF discovery
: analysis, 这合适吗？
: 新手求教。谢谢。