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包子请教几个proteomics的术语

包子请教几个proteomics的术语# Biology - 生物学

p*n2014-03-28 07:03

1 楼

各位前辈，我的情况是这样的：
我是在英国读的PhD(top2)，方向是laser microfabrication，有和物理、材料沾边，
不知道算不算火坑专业。本科是上海top2，information technology。
做学术的时候自己还是蛮enjoy的。毕业的时候有8篇Optics Express，Applied
Physics Letters类别的一作文章，还有一些非一作。Nature Science对我们工程专业
比较困难。
因为博士毕业的时候没有想好以后往那条路上发展，就去试了一下投行的面试，后来拿
到offer就去了。目前在投行做quant工作大半年。经历了之后觉得自己更加喜欢自然科
学和研究，感觉做的事情更有意义，也(强烈)喜欢时间自由的工作方式。投行的工作做
几年没问题，但是感觉并不是做一辈子的事业。
因为家人和一些好朋友都是美国，自己也更加喜欢美国。不知道我这种情况去美国，重
回学术圈难度大不大？这一年投行的工作经历对找好的postdoc和以后申请Faculty负面
影响有多大？各位前辈有什么建议呢？
一直在mitbbs潜水很多年，去年才注册账号，这还是发的第一个贴，希望各位前辈能给
一些信息或建议，对我非常重要！谢谢！

c*z2014-03-28 07:03

2 楼

1. how to form a doubly circular list using a binary tree.
2. how to use a stack to form a queue

w*a2014-03-28 07:03

3 楼

本人对proteomics一巧不通，请教一下版上能人下边几个术语是什么意思。先谢过了！
“Putative uncharacterized protein OS”这里边的OS是什么意思？
“Data was extracted from MAGE with a 1E-08 filter”这里的MAGE和那个filter
的具体数据代表什么？
上边所说的data里有FWD、 REV、 FDR这样的术语，它们又是啥？
样品里有“Afer_global sample”和“Afer_Fract sample”这里的Afer_global和Afer
_Fract又是什么意思呢？
蛋白质名字“tr|B7J5A6|B7J5A6_ACIF2”这里的各项都表示什么呀？
里边还有一些看不懂的，比如：N_Peps， SpC， SCX_NET等等，请问都是什么意思？
非常感谢您的帮助！

r*t2014-03-28 07:03

4 楼

我们组最近招博后就正好有个已经在Apple干工程师的来投。非常match的话也会考虑的

a*k2014-03-28 07:03

5 楼

没人re，这里尝试回答一下

OS 后面有没有等于号？如果有的话，表示species （Organism Species）
filter
听起来像是一个software, 不太熟，上下文是？
filter应该是一个statistical significance value，
不知道这个software是怎么计算的，但一般1E-08是一个很显著的cutoff
FWD大概是forward
REV是Reverse
FDR是False discovery rate，一般设计来用做multiple test的校验
Afer
不懂，看软件手册？
tr表示TrEMBL，表示这个B7J5A6是UniprotKB/TrEMBL的ID
后面是基因的scientific name，这个基因应该没有很好的characterize
N_Peps应该是peptide的数目
别的不懂，again，是什么软件的输出？是不是一个mass-spec软件？

【在 w***a 的大作中提到】

: 本人对proteomics一巧不通，请教一下版上能人下边几个术语是什么意思。先谢过了！
: “Putative uncharacterized protein OS”这里边的OS是什么意思？
: “Data was extracted from MAGE with a 1E-08 filter”这里的MAGE和那个filter
: 的具体数据代表什么？
: 上边所说的data里有FWD、 REV、 FDR这样的术语，它们又是啥？
: 样品里有“Afer_global sample”和“Afer_Fract sample”这里的Afer_global和Afer
: _Fract又是什么意思呢？
: 蛋白质名字“tr|B7J5A6|B7J5A6_ACIF2”这里的各项都表示什么呀？
: 里边还有一些看不懂的，比如：N_Peps， SpC， SCX_NET等等，请问都是什么意思？
: 非常感谢您的帮助！

p*n2014-03-28 07:03

6 楼

谢谢回复～quant做的很industry，和我以前学术做的方向和发的文章完全没有任何交
集。学术界基本上不太能找到match。所以我很可能还是需要回原来的方向…不知
道这样中间gap了一年会不会有很大影响…
[在 roygreat (Light be with you.) 的大作中提到：]
:我们组最近招博后就正好有个已经在Apple干工程师的来投。非常match的话也会考虑
的--

j*n2014-03-28 07:03

7 楼

FWD、 REV应该是forward reverse 嘿嘿
其他的不知道汗自己10年前做过proteomics现在居然落伍这么多

B82014-03-28 07:03

8 楼

才一年，找postdoc毫无问题。将来找faculty也没啥影响。但学术界的工作也没想象的
那么美好。

w*a2014-03-28 07:03

9 楼

谢谢LS两位，包子已转，请查收。
另答LS，应该是MASS SPECT的软件。具体是什么软件我也不清楚，老板给发了一EXCEL
，里边有包括上述术语的各种数据，我看着头疼，所以来问问。GOOGLE了一下，那个
SPC，应该是shared peak count,这又是个什么东西？

【在 a******k 的大作中提到】

: 没人re，这里尝试回答一下
:
: OS 后面有没有等于号？如果有的话，表示species （Organism Species）
: filter
: 听起来像是一个software, 不太熟，上下文是？
: filter应该是一个statistical significance value，
: 不知道这个software是怎么计算的，但一般1E-08是一个很显著的cutoff
: FWD大概是forward
: REV是Reverse
: FDR是False discovery rate，一般设计来用做multiple test的校验

r*t2014-03-28 07:03

10 楼

确实，所以我们后来也没招那个Apple的。怕他真来了收入少了2/3受不了，多麻烦。

【在 B8 的大作中提到】

: 才一年，找postdoc毫无问题。将来找faculty也没啥影响。但学术界的工作也没想象的
: 那么美好。

g*y2014-03-28 07:03

11 楼

FDR is false discovery rate

c*u2014-03-28 07:03

12 楼

不走回头路。

【在 p********n 的大作中提到】

: 各位前辈，我的情况是这样的：
: 我是在英国读的PhD(top2)，方向是laser microfabrication，有和物理、材料沾边，
: 不知道算不算火坑专业。本科是上海top2，information technology。
: 做学术的时候自己还是蛮enjoy的。毕业的时候有8篇Optics Express，Applied
: Physics Letters类别的一作文章，还有一些非一作。Nature Science对我们工程专业
: 比较困难。
: 因为博士毕业的时候没有想好以后往那条路上发展，就去试了一下投行的面试，后来拿
: 到offer就去了。目前在投行做quant工作大半年。经历了之后觉得自己更加喜欢自然科
: 学和研究，感觉做的事情更有意义，也(强烈)喜欢时间自由的工作方式。投行的工作做
: 几年没问题，但是感觉并不是做一辈子的事业。

l*12014-03-28 07:03

13 楼

About SPC meaning,
Pls go to below 2001 one paper>PDF link:
>https://proteomics.ucsd.edu/papers/efficiency_of_db_search.pdf
or alternative paper,
>http://downloads.cgdb.op.umcutrecht.nl/Mass%20Spec%202013/Introduction%20to%20Proteomics/Overview%20of%20tandem%20mass%20spectrometry%20(MSMS)%20database%20search%20algorithms..pdf

or ppt slide file,
>http://bix.ucsd.edu/bioalgorithms/presentations/Ch08_MassSpec.ppt
About how to deal with SPC excel table data,
Pls refer,
>http://www.techfak.uni-bielefeld.de/~stoye/dropbox/ukkonen2010.pdf

EXCEL

【在 w***a 的大作中提到】

: 谢谢LS两位，包子已转，请查收。
: 另答LS，应该是MASS SPECT的软件。具体是什么软件我也不清楚，老板给发了一EXCEL
: ，里边有包括上述术语的各种数据，我看着头疼，所以来问问。GOOGLE了一下，那个
: SPC，应该是shared peak count,这又是个什么东西？

l*g2014-03-28 07:03

14 楼

博士后应该没问题，到时候好好解释下，不要让老板觉得你做不了几天就想跑回去

p*n2014-03-28 07:03

15 楼

谢谢回复，可以了解下除了刚开始的时候薪水略低之外，学术界哪些地方没有想象中的
那么美好呢？

【在 B8 的大作中提到】

: 才一年，找postdoc毫无问题。将来找faculty也没啥影响。但学术界的工作也没想象的
: 那么美好。

p*n2014-03-28 07:03

16 楼

谢谢，博士后我想找top学校的牛组，以后也想尽快找到牛校的tenure track，不知道
会不会因为投行的经历导致竞争力不如其他的candidate？

【在 l*****g 的大作中提到】

: 博士后应该没问题，到时候好好解释下，不要让老板觉得你做不了几天就想跑回去

s*g2014-03-28 07:03

17 楼

没问题，我知道还有教授当过电台DJ的

【在 p********n 的大作中提到】

: 谢谢，博士后我想找top学校的牛组，以后也想尽快找到牛校的tenure track，不知道
: 会不会因为投行的经历导致竞争力不如其他的candidate？

h*02014-03-28 07:03

18 楼

我个人见到的，也有我的同学的经历，你的条件还是不错的，至少该试试。

【在 p********n 的大作中提到】

r*t2014-03-28 07:03

19 楼

教授不一样。当教授的以前干过啥的都有，好像有个统计大牛是魔术师出生。但找博后
的问题是老板会觉得你可能已经“心野掉”了。如果水平一样的话多半不会被优先考虑。
我们把APPLE的那个pass掉也就是出于这个考虑。他出生的学校在candidates里算好的
，不过paper是average水平。如果他是从学校里直接过来的或者比别的candidate有明
显优势的话应该能进short list。

【在 s******g 的大作中提到】

: 没问题，我知道还有教授当过电台DJ的

r*t2014-03-28 07:03

20 楼

Postdoc的收入和quant比不止是略低了吧。那是合租Apt和直接买house的区别。可能你
老板都挣得都没quant多。

【在 p********n 的大作中提到】

: 谢谢回复，可以了解下除了刚开始的时候薪水略低之外，学术界哪些地方没有想象中的
: 那么美好呢？

r*t2014-03-28 07:03

21 楼

其实楼主真想去的话在CV上别写quant这段经历就行了。反正也就半年。这次我们short
list上有个就是去年10月毕业的，之后的经历没写。这点大家到无所谓。

p*n2014-03-28 07:03

22 楼

Postdoc只是个过渡阶段嘛，目的并非为了收入，拿到小AP会好些吧~ 学术的吸引力在
于有个长远的理想可以为之奋斗，quant虽然很赚钱，但是感觉只是谋生的手段而已

【在 r******t 的大作中提到】

: Postdoc的收入和quant比不止是略低了吧。那是合租Apt和直接买house的区别。可能你
: 老板都挣得都没quant多。

p*n2014-03-28 07:03

23 楼

如果不写的话，面试的时候大家也会很好奇的问一问吧？最后老板肯定会知道情况？

short

【在 r******t 的大作中提到】

: 其实楼主真想去的话在CV上别写quant这段经历就行了。反正也就半年。这次我们short
: list上有个就是去年10月毕业的，之后的经历没写。这点大家到无所谓。

f*u2014-03-28 07:03

24 楼

投行的工作不会影响你找 FACULTY