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如何通过结构来预测两个蛋白相互结合的可能性

如何通过结构来预测两个蛋白相互结合的可能性# Biology - 生物学

d*e2014-10-20 07:10

1 楼

onsite 后两个礼拜了，中间比较折腾，上个礼拜四还有一个电话面试，所以实际上上
周四所有的人才面完。
本来HR说这个礼拜一能给消息，结果我写信一问，告诉我还没讨论出结果，要周五才能
给结果。
这几天心神不宁，今天无意在网上搜我投的那个职位，发现已经从公司网站上消失了--
我也不知道是使啥时候消失的。
现在好郁闷，怎么也不觉得这个是个好兆头。。。

r*i2014-10-20 07:10

2 楼

目前有两个蛋白A和B都调节同一个重要基因，我现在想知道A和B之间的关系，通过
western发现A和B之间没有什么关系，即基因A KO小鼠，基因B没有什么变化; 基因B KO
小鼠，基因A没有什么变化。
我们还是想从A和B之间的关系挖掘点东西出来。于是就想弄点结构分析，这两个蛋白的
结构都已经有了，看看他们之间是否有相互结合的可能性。因为这是整篇文章中不太重
要的东西，所以也不想去做实验去验证，只是计算机分析即可。
问题，有没有现成的软件通过两个蛋白质的结构数据预测两个蛋白相互结合的可能性。
谢谢

p*22014-10-20 07:10

3 楼

Maybe you are the one they want to hire?

r*i2014-10-20 07:10

4 楼

ding

b*t2014-10-20 07:10

5 楼

很蹊跷，楼主还没收到offer并答复呢

【在 p****2 的大作中提到】

: Maybe you are the one they want to hire?

j*x2014-10-20 07:10

6 楼

protein-protein docking领域的经典命题。
如果两个蛋白不太大，也不存在复杂的变构的话，已有的预测工具还是可以给出一些有
价值的信息的。商业化软件就先不提了，对你而言webserver应该是最理想的选择。
List of leading servers:
ClusPro: http://cluspro.bu.edu/
HADDOCK: http://haddock.science.uu.nl/services/HADDOCK/
SWARMDOCk: http://bmm.cancerresearchuk.org/~SwarmDock/
PIE-DOCK: http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html
ZDOCK: http://zlab.umassmed.edu/zdock/
GRAMM-X: http://vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx/
HEX: http://hex.loria.fr/
PatchDock: http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/
SymmDock: http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/SymmDock/
当然，必须不能少了传说中最变态的
RosettaDock Server: http://rosie.rosettacommons.org/docking2
使用这些webserver并不需要特别深入的生物信息学/结构生物学知识，有些常识即可，
入门很简单。结果的阐释及后续生成出版质量的图片，则可能需要相关专业人士的协助
。一张高质量的protein-protein interaction visulazation,换一个co-author，应该
是双赢的局面。

d*e2014-10-20 07:10

7 楼

现在觉得可能性很小：HR告诉我的是今天还不会讨论出来。。。
另外，我怎么也觉得应该确定Offer放出来被人接受了后才撤广告的吧。唉，反正这个
状态忐忑得很。

r*i2014-10-20 07:10

8 楼

thtank you

protein-protein docking领域的经典命题。
如果两个蛋白不太大，也不存在复杂的变构的话，已有的预测工具还是可以给出一些有
价值的信息的。商业化软件就先不提了，对你而言webserver应该是最理想的选择。
List of leading servers:
ClusPro: http://cluspro.bu.edu/
HADDOCK: http://haddock.science.uu.nl/services/HADDOCK/
SWARMDOCk: http://bmm.cancerresearchuk.org/~SwarmDock/
PIE-DOCK: http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html
ZDOCK: http://zlab.umassmed.edu/zdock/
GRAMM-X: http://vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx/
HEX: http://hex.loria.fr/
PatchDock: http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/
SymmDock: http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/SymmDock/
当然，必须不能少了传说中最变态的
RosettaDock Server: http://rosie.rosettacommons.org/docking2
使用这些webserver并不需要特别深入的生物信息学/结构生物学知识，有些常识即可，
入门很简单。结果的阐释及后续生成出版质量的图片，则可能需要相关专业人士的协助
。一张高质量的protein-protein interaction visulazation,换一个co-author，应该
是双赢的局面。

【在 j****x 的大作中提到】

: protein-protein docking领域的经典命题。
: 如果两个蛋白不太大，也不存在复杂的变构的话，已有的预测工具还是可以给出一些有
: 价值的信息的。商业化软件就先不提了，对你而言webserver应该是最理想的选择。
: List of leading servers:
: ClusPro: http://cluspro.bu.edu/
: HADDOCK: http://haddock.science.uu.nl/services/HADDOCK/
: SWARMDOCk: http://bmm.cancerresearchuk.org/~SwarmDock/
: PIE-DOCK: http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html
: ZDOCK: http://zlab.umassmed.edu/zdock/
: GRAMM-X: http://vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx/

f*a2014-10-20 07:10

9 楼

不一定，我申请的那个职位从我面试完那天就撤销了，我到今天才收到消息说出offer
了

t*m2014-10-20 07:10

10 楼

哪有pymol做张图就换个co-author的好事...
再说现在的docking软件靠谱的极少吧

【在 j****x 的大作中提到】

m*42014-10-20 07:10

11 楼

面试完，写完感谢信，就闪人，去找别的机会。咱也不是人家公司肚子里的蛔虫，瞎琢
磨啥，浪费自己的时间。但是时不时的ｆollow-up还是要的

【在 d******e 的大作中提到】

: onsite 后两个礼拜了，中间比较折腾，上个礼拜四还有一个电话面试，所以实际上上
: 周四所有的人才面完。
: 本来HR说这个礼拜一能给消息，结果我写信一问，告诉我还没讨论出结果，要周五才能
: 给结果。
: 这几天心神不宁，今天无意在网上搜我投的那个职位，发现已经从公司网站上消失了--
: 我也不知道是使啥时候消失的。
: 现在好郁闷，怎么也不觉得这个是个好兆头。。。

j*j2014-10-20 07:10

12 楼

楼主好像不知道这两个蛋白是不是有相互作用(PPI)，如果知道两个蛋白有相互作用，
可以用以下web server做docking，预测一下蛋白质怎么结合。
但是不知道下列的web server对预测蛋白质相互作用的预测准确性怎么样？（理论上，
任何不相关的蛋白都可以docking, 但是docking之后怎么预测binding affinity? 准确
性怎么样？）

【在 j****x 的大作中提到】

r*e2014-10-20 07:10

13 楼

It is true. But it is easy said than done. We can not help but thinking all
the possibilities.

【在 m**********4 的大作中提到】

: 面试完，写完感谢信，就闪人，去找别的机会。咱也不是人家公司肚子里的蛔虫，瞎琢
: 磨啥，浪费自己的时间。但是时不时的ｆollow-up还是要的

W*o2014-10-20 07:10

14 楼

没有靠谱的

【在 t**m 的大作中提到】

: 哪有pymol做张图就换个co-author的好事...
: 再说现在的docking软件靠谱的极少吧

j*j2014-10-20 07:10

15 楼

不能用简单的靠谱，不靠谱来回答吧。。。
对于某些简单的蛋白质complex, docking还是可以做的。。。
对于某些比较难的，如果有一些准确有用的信息，还是可以做的。。。

【在 W***o 的大作中提到】

: 没有靠谱的

W*o2014-10-20 07:10

16 楼

可以做是什么意思啊？

【在 j*********j 的大作中提到】

: 不能用简单的靠谱，不靠谱来回答吧。。。
: 对于某些简单的蛋白质complex, docking还是可以做的。。。
: 对于某些比较难的，如果有一些准确有用的信息，还是可以做的。。。

j*j2014-10-20 07:10

17 楼

问的好，可以做的意思是在有限的时间（小于两天），得到可以接受的精度（e.g.
RMSD<2A or RMSD <5A）。。。

【在 W***o 的大作中提到】

: 可以做是什么意思啊？

W*o2014-10-20 07:10

18 楼

什么软件可以做的这么高的精度？？

【在 j*********j 的大作中提到】

: 问的好，可以做的意思是在有限的时间（小于两天），得到可以接受的精度（e.g.
: RMSD<2A or RMSD <5A）。。。

j*x2014-10-20 07:10

19 楼

其实做global docking的目的之一，就是根据具体结果来判断是否存在decent
physical interaction，这也是每年CAPRI(Critical Assessment of Predicted
Interactions)竞赛项目的核心任务。有兴趣的话可以去参考一下近几年的报告。
当然也有不依赖于结构的相互作用预测方法了，比如单纯基于一维序列分析的，基于
domain interaction mining的，再有就是基于所谓系统生物学整合分析的各种经典
PPIP方法，用来解决你所说的“有”或“无”的问题。这个领域是早年生物信息学的最
热点方向之一，不过随着多种便捷/高通量实验方法的规模化运用及大规模数据的产生
，这个领域逐渐走入数据挖掘的路线。但是这里所指的interaction，往往并不单纯局
限于physical interaction。
楼主当然也可以首先通过这些经典的PPIP方法来判断是否存在相互作用，但无论这部分
结果如何，想进一步通过已知的蛋白精细结构来辅助结果阐释，docking都是必经之路
了。当然我个人也认为离开实验依据的docking很难有真正的说服力（尽管对于小蛋白
而言已经做的相当不错了），而基于FACS的FRET分析方法也已经可以非常便利的在
living cell中分段分析蛋白相互作用，所以首先通过快速的实验方法确定相互作用的
模式及大致的interface区域，再通过docking来进一步辅助结果阐释，是比较理想的组
合。CNS上这样的例子太多，我自己也是被reviewer这么要求之后找人合作建立了实验
方法才最终完美解决。供楼主参考了。

【在 j*********j 的大作中提到】

: 楼主好像不知道这两个蛋白是不是有相互作用(PPI)，如果知道两个蛋白有相互作用，
: 可以用以下web server做docking，预测一下蛋白质怎么结合。
: 但是不知道下列的web server对预测蛋白质相互作用的预测准确性怎么样？（理论上，
: 任何不相关的蛋白都可以docking, 但是docking之后怎么预测binding affinity? 准确
: 性怎么样？）

j*x2014-10-20 07:10

20 楼

docking完了之后不管用啥，能出张出版质量的图，如果这都换不来个co-author（不是
co-first），那通讯作者的人品也太差了吧，呵呵。
在docking领域，也可以套用那句俗话，没有不靠谱的软件，只有不靠谱的人。对于PPI
而言，docking确实主要作为辅助性的预测方法，但如果结合靠谱的实验结果，docking
本身可以很靠谱。

【在 t**m 的大作中提到】

: 哪有pymol做张图就换个co-author的好事...
: 再说现在的docking软件靠谱的极少吧

E*g2014-10-20 07:10

21 楼

给个挂名，我就做，我一直就是这样的，我也擅长，喜欢作图，不需要共一作

【在 t**m 的大作中提到】

: 哪有pymol做张图就换个co-author的好事...
: 再说现在的docking软件靠谱的极少吧

j*j2014-10-20 07:10

22 楼

docking得到的decent physical interaction == protein protein interaction??
可能你通过docking, 会找到目标蛋白和很多其他蛋白有decent physical interaction
, 因为蛋白质的 binding interface 不是很特异。。。（不像enzyme and ligand）
如果通过实验得到PPI的信息(是否有interaction, binding interface的信息)，然后
通过docking来得到PPI的分子模型，理解作用细节，这种方法比较靠谱。。。

【在 j****x 的大作中提到】

: 其实做global docking的目的之一，就是根据具体结果来判断是否存在decent
: physical interaction，这也是每年CAPRI(Critical Assessment of Predicted
: Interactions)竞赛项目的核心任务。有兴趣的话可以去参考一下近几年的报告。
: 当然也有不依赖于结构的相互作用预测方法了，比如单纯基于一维序列分析的，基于
: domain interaction mining的，再有就是基于所谓系统生物学整合分析的各种经典
: PPIP方法，用来解决你所说的“有”或“无”的问题。这个领域是早年生物信息学的最
: 热点方向之一，不过随着多种便捷/高通量实验方法的规模化运用及大规模数据的产生
: ，这个领域逐渐走入数据挖掘的路线。但是这里所指的interaction，往往并不单纯局
: 限于physical interaction。
: 楼主当然也可以首先通过这些经典的PPIP方法来判断是否存在相互作用，但无论这部分

j*j2014-10-20 07:10

23 楼

"没有不靠谱的软件，只有不靠谱的人"，说得太好了！！
不光是docking领域，现在好多领域不靠谱的人太多，导致大家不知道什么靠谱，什么
不靠谱。。。没办法，可能大家都是生活所迫。。。

PPI
docking

【在 j****x 的大作中提到】

: docking完了之后不管用啥，能出张出版质量的图，如果这都换不来个co-author（不是
: co-first），那通讯作者的人品也太差了吧，呵呵。
: 在docking领域，也可以套用那句俗话，没有不靠谱的软件，只有不靠谱的人。对于PPI
: 而言，docking确实主要作为辅助性的预测方法，但如果结合靠谱的实验结果，docking
: 本身可以很靠谱。

j*j2014-10-20 07:10

24 楼

现在什么软件都不能自动的做到（因为我们还没有完全掌握蛋白质相互作用的规律，所
以不可能写出完美解决的软件）
但是如果你能找到靠谱的人(可以根据你的需要，修改现有的方法，或者重新写新方法
的软件)和靠谱的实验信息，高精度的docking结果完全可以做到。

【在 W***o 的大作中提到】

: 什么软件可以做的这么高的精度？？

F*l2014-10-20 07:10

25 楼

结构都解了，直接overexpress做itc，spr这些不好嘛？质粒直接问他们要就好了

KO
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 r*****i 的大作中提到】

: 目前有两个蛋白A和B都调节同一个重要基因，我现在想知道A和B之间的关系，通过
: western发现A和B之间没有什么关系，即基因A KO小鼠，基因B没有什么变化; 基因B KO
: 小鼠，基因A没有什么变化。
: 我们还是想从A和B之间的关系挖掘点东西出来。于是就想弄点结构分析，这两个蛋白的
: 结构都已经有了，看看他们之间是否有相互结合的可能性。因为这是整篇文章中不太重
: 要的东西，所以也不想去做实验去验证，只是计算机分析即可。
: 问题，有没有现成的软件通过两个蛋白质的结构数据预测两个蛋白相互结合的可能性。
: 谢谢