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Affymetrix microarray 只有15个基因有差异,请教可能的原因
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Affymetrix microarray 只有15个基因有差异,请教可能的原因# Biology - 生物学
c*p
1
IC Design
准备发包子,正在向版主咨询。。。
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c*7
2
=。=
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t*h
3
最近,请我们学校microarray core(据称有15年经验)做个Affymetrix microarray
比较正常小鼠和杂合子鼠(有表型)一组织的基因表达谱,他们用的是GeneChip®
Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有15个基因有差异(变化1.5倍以上)。请
教可能的原因。谢谢!
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s*g
4
Congrats!
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B*e
5
左上方还有一张纸漂浮着?
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n*n
6
可能的原因多了去了,有几个replicate吧
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B*1
7
大牛,你不是software engineer吗?咋搞ic去了,浪费啊。
anyway,cong
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j*e
8
上视频
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f*a
9
告诉你mouse gene 1.0 这个chip不出结果太正常了
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d*g
10
赞!
吃!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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r*e
11
哈哈,出名了!

【在 c*******7 的大作中提到】
: =。=
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L*T
12
你说的有表型是指发生在你检测的那个组织/器官么?如果不是的话,我觉得15个基因
差异还能接受。
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P*5
13
con~

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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t*h
14
谢谢以上几位的回复。每组3个样本,共6个。我看过原始数据,每个样本的重复性太
好了。实际上送做micarorray前我做了RT-PCR,至少有一个基因很明显变化(大
于500倍),但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定,杂合子有表型,且就在该
检测的组织。
我也怀疑MTA1.0Chip的问题,但microarray core说,如果是chip问题,会出现差
异基因太多。盼继续指教。谢谢
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p*6
15
congras!
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f*a
16
我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小,但是差异表达也被缩
小了,我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的,这个chip浪费了我们2个
study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
多,比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。

【在 t**h 的大作中提到】
: 谢谢以上几位的回复。每组3个样本,共6个。我看过原始数据,每个样本的重复性太
: 好了。实际上送做micarorray前我做了RT-PCR,至少有一个基因很明显变化(大
: 于500倍),但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定,杂合子有表型,且就在该
: 检测的组织。
: 我也怀疑MTA1.0Chip的问题,但microarray core说,如果是chip问题,会出现差
: 异基因太多。盼继续指教。谢谢

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i*e
17
chi
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y*u
18
who does micro-array anymore
if you have to do micro-array, use agilent Chip, it is much more sensitive
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r*y
19
big cong!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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K*4
20
这15个基因的差异你用PCR能验证出吗
如果是positive,也足够了

microarray
174;

【在 t**h 的大作中提到】
: 最近,请我们学校microarray core(据称有15年经验)做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠(有表型)一组织的基因表达谱,他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有15个基因有差异(变化1.5倍以上)。请
: 教可能的原因。谢谢!

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s*g
21
cong
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s*s
22
用了什么normalization方法?

microarray
174;

【在 t**h 的大作中提到】
: 最近,请我们学校microarray core(据称有15年经验)做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠(有表型)一组织的基因表达谱,他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有15个基因有差异(变化1.5倍以上)。请
: 教可能的原因。谢谢!

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c*p
23
我不牛。。。
我的专业方向是IC design啊。。。
SW只是业余关注,所以知识点不是很系统。。。

【在 B*******1 的大作中提到】
: 大牛,你不是software engineer吗?咋搞ic去了,浪费啊。
: anyway,cong

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t*h
24
core帮数据分析。这个不知道。据core称所有质控数据很正常.

【在 s********s 的大作中提到】
: 用了什么normalization方法?
:
: microarray
: 174;

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n*e
25
cong~

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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m*T
26
是呀,microarray的dynamic range是比ngs差不少,不过成本比起ngs来目前严寒暂有
点儿优势。如果钱不是问题,最好是做ngs

【在 f*******a 的大作中提到】
: 我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小,但是差异表达也被缩
: 小了,我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的,这个chip浪费了我们2个
: study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
: 多,比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。

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W*e
27
Cong!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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s*s
28
你得问问他们啊

【在 t**h 的大作中提到】
: core帮数据分析。这个不知道。据core称所有质控数据很正常.
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y*c
29
cong.请问lz是fresh Ph.D.吗?
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T*G
30
用2.0 或者 430, 要不就RNA seq 吧

microarray
174;

【在 t**h 的大作中提到】
: 最近,请我们学校microarray core(据称有15年经验)做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠(有表型)一组织的基因表达谱,他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有15个基因有差异(变化1.5倍以上)。请
: 教可能的原因。谢谢!

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P*5
31
con,是在湾区吗?

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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D*a
32
cong
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s*c
33
Cong!
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I*l
34
Cong!
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b*a
35
Congratulations !!!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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n*a
36
Congratulations ~

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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P*5
37
con~

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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v*n
38
cong pai chi zan
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g*i
39
cong!
"SW只是业余关注,所以知识点不是很系统。。。" 汗,业余的都那么强
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z*c
40
Cong
等包子
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p*j
41
pai
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m*a
42
包子包子~
沾喜气
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c*y
43
BLESS
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m*o
44
cong, pai.
有木有面经?IC的面经不多啊
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c*o
45
chibaozi
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a*s
46
con~

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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c*p
47
没,在AZ。。

【在 P*******5 的大作中提到】
: con,是在湾区吗?
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o*y
48
big cong!
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s*a
49
恭喜~~
发个面经吧。
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N*r
50
Cong!
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L*d
51
congrats!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
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h*m
52
Cong.

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
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c*g
53
cong!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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w*r
54
cong.
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c*e
55
cong!
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f*i
56
cong!
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w*t
57
GXGX
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c*m
58
cong!
chi!
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R*w
59
cong!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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o*o
60
Cong.

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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c*n
61
cong!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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l*a
62
pai

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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w*e
63
zan!!!
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n*p
64
恭喜~~~~~~~~~
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l*h
65
Cong~
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m*o
66
cong!!

【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子,正在向版主咨询。。。

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l*y
67
niu! Con!
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y*w
68
恭喜
排包子
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s*i
69
CONG
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m*6
70
恭喜楼主了。
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l*x
71
cong,小星星是sw了,以后还要向你请教
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