c*7
2 楼
=。=
t*h
3 楼
最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
教可能的原因。谢谢!
比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
教可能的原因。谢谢!
s*g
4 楼
Congrats!
B*e
5 楼
左上方还有一张纸漂浮着？
n*n
6 楼
可能的原因多了去了，有几个replicate吧
B*1
7 楼
大牛，你不是software engineer吗？咋搞ic去了，浪费啊。
anyway，cong
anyway，cong
j*e
8 楼
上视频
f*a
9 楼
告诉你mouse gene 1.0 这个chip不出结果太正常了
d*g
10 楼
赞！
吃！
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
吃！
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
r*e
11 楼
哈哈,出名了！
【在 c*******7 的大作中提到】
: =。=
【在 c*******7 的大作中提到】
: =。=
L*T
12 楼
你说的有表型是指发生在你检测的那个组织/器官么？如果不是的话，我觉得15个基因
差异还能接受。
差异还能接受。
P*5
13 楼
con～
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
t*h
14 楼
谢谢以上几位的回复。每组３个样本，共６个。我看过原始数据，每个样本的重复性太
好了。实际上送做micarorray前我做了ＲＴ－ＰＣＲ，至少有一个基因很明显变化（大
于500倍），但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定，杂合子有表型，且就在该
检测的组织。
我也怀疑ＭＴＡ1.0Ｃhip的问题，但microarray core说，如果是chip问题，会出现差
异基因太多。盼继续指教。谢谢
好了。实际上送做micarorray前我做了ＲＴ－ＰＣＲ，至少有一个基因很明显变化（大
于500倍），但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定，杂合子有表型，且就在该
检测的组织。
我也怀疑ＭＴＡ1.0Ｃhip的问题，但microarray core说，如果是chip问题，会出现差
异基因太多。盼继续指教。谢谢
p*6
15 楼
congras!
f*a
16 楼
我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小，但是差异表达也被缩
小了，我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的，这个chip浪费了我们2个
study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
多，比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。
【在 t**h 的大作中提到】
: 谢谢以上几位的回复。每组３个样本，共６个。我看过原始数据，每个样本的重复性太
: 好了。实际上送做micarorray前我做了ＲＴ－ＰＣＲ，至少有一个基因很明显变化（大
: 于500倍），但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定，杂合子有表型，且就在该
: 检测的组织。
: 我也怀疑ＭＴＡ1.0Ｃhip的问题，但microarray core说，如果是chip问题，会出现差
: 异基因太多。盼继续指教。谢谢
小了，我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的，这个chip浪费了我们2个
study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
多，比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。
【在 t**h 的大作中提到】
: 谢谢以上几位的回复。每组３个样本，共６个。我看过原始数据，每个样本的重复性太
: 好了。实际上送做micarorray前我做了ＲＴ－ＰＣＲ，至少有一个基因很明显变化（大
: 于500倍），但micoarray结果中该基因没变化。我可以肯定，杂合子有表型，且就在该
: 检测的组织。
: 我也怀疑ＭＴＡ1.0Ｃhip的问题，但microarray core说，如果是chip问题，会出现差
: 异基因太多。盼继续指教。谢谢
i*e
17 楼
chi
y*u
18 楼
who does micro-array anymore
if you have to do micro-array, use agilent Chip, it is much more sensitive
if you have to do micro-array, use agilent Chip, it is much more sensitive
r*y
19 楼
big cong!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
K*4
20 楼
这15个基因的差异你用PCR能验证出吗
如果是positive，也足够了
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
如果是positive，也足够了
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
s*g
21 楼
cong
s*s
22 楼
用了什么normalization方法？
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
c*p
23 楼
我不牛。。。
我的专业方向是IC design啊。。。
SW只是业余关注，所以知识点不是很系统。。。
【在 B*******1 的大作中提到】
: 大牛，你不是software engineer吗？咋搞ic去了，浪费啊。
: anyway，cong
我的专业方向是IC design啊。。。
SW只是业余关注，所以知识点不是很系统。。。
【在 B*******1 的大作中提到】
: 大牛，你不是software engineer吗？咋搞ic去了，浪费啊。
: anyway，cong
t*h
24 楼
core帮数据分析。这个不知道。据core称所有质控数据很正常.
【在 s********s 的大作中提到】
: 用了什么normalization方法？
:
: microarray
: 174;
【在 s********s 的大作中提到】
: 用了什么normalization方法？
:
: microarray
: 174;
n*e
25 楼
cong~
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
m*T
26 楼
是呀，microarray的dynamic range是比ngs差不少，不过成本比起ngs来目前严寒暂有
点儿优势。如果钱不是问题，最好是做ngs
【在 f*******a 的大作中提到】
: 我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小，但是差异表达也被缩
: 小了，我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的，这个chip浪费了我们2个
: study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
: 多，比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。
点儿优势。如果钱不是问题，最好是做ngs
【在 f*******a 的大作中提到】
: 我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小，但是差异表达也被缩
: 小了，我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的，这个chip浪费了我们2个
: study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
: 多，比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。
W*e
27 楼
Cong!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
s*s
28 楼
你得问问他们啊
【在 t**h 的大作中提到】
: core帮数据分析。这个不知道。据core称所有质控数据很正常.
【在 t**h 的大作中提到】
: core帮数据分析。这个不知道。据core称所有质控数据很正常.
y*c
29 楼
cong.请问lz是fresh Ph.D.吗？
T*G
30 楼
用2.0 或者 430， 要不就RNA seq 吧
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
microarray
174;
【在 t**h 的大作中提到】
: 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
: 比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
: Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
: 教可能的原因。谢谢!
P*5
31 楼
con,是在湾区吗？
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
D*a
32 楼
cong
s*c
33 楼
Cong!
I*l
34 楼
Cong!
b*a
35 楼
Congratulations !!!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
n*a
36 楼
Congratulations ~
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
P*5
37 楼
con～
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
v*n
38 楼
cong pai chi zan
g*i
39 楼
cong!
"SW只是业余关注，所以知识点不是很系统。。。" 汗,业余的都那么强
"SW只是业余关注，所以知识点不是很系统。。。" 汗,业余的都那么强
z*c
40 楼
Cong
等包子
等包子
p*j
41 楼
pai
m*a
42 楼
包子包子~
沾喜气
沾喜气
c*y
43 楼
BLESS
m*o
44 楼
cong, pai.
有木有面经？IC的面经不多啊
有木有面经？IC的面经不多啊
c*o
45 楼
chibaozi
a*s
46 楼
con~
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
c*p
47 楼
没，在AZ。。
【在 P*******5 的大作中提到】
: con,是在湾区吗？
【在 P*******5 的大作中提到】
: con,是在湾区吗？
o*y
48 楼
big cong!
s*a
49 楼
恭喜～～
发个面经吧。
发个面经吧。
N*r
50 楼
Cong！
L*d
51 楼
congrats!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
h*m
52 楼
Cong.
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
c*g
53 楼
cong!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
w*r
54 楼
cong.
c*e
55 楼
cong!
f*i
56 楼
cong!
w*t
57 楼
GXGX
c*m
58 楼
cong!
chi!
chi!
R*w
59 楼
cong!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
o*o
60 楼
Cong.
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
c*n
61 楼
cong!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
l*a
62 楼
pai
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
w*e
63 楼
zan!!!
n*p
64 楼
恭喜~~~~~~~~~
l*h
65 楼
Cong~
m*o
66 楼
cong!!
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
【在 c****p 的大作中提到】
: IC Design
: 准备发包子，正在向版主咨询。。。
l*y
67 楼
niu! Con!
y*w
68 楼
恭喜
排包子
排包子
s*i
69 楼
CONG
m*6
70 楼
恭喜楼主了。
l*x
71 楼
cong，小星星是sw了，以后还要向你请教
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