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问个PCR-SEQ的技术问题
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问个PCR-SEQ的技术问题# Biology - 生物学
n*1
1
美国是个市场经济. 不以立场为转移
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D*y
2
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m*D
3
如果PCR的template里包含WT和mutant(十来个Nt不一样,包含一个酶切位点。),PCR
出来的产物有1Kb,mutation就在这个PCR产物的中间。PCR产物用这个酶切后,上gel,
mutant都是两个片段,跑得快;WT没切该不变。分离这些片断就可以sequence.
问题是,就算酶切完全,WT那个band里面会不会有一条链是WT,一条Mutant的DNA分子
?而这样的DNA正好不能被酶切。因为两条链差别不大,在PCR的变形/退火过程里可能
形成这样的一条链是WT,一条Mutant的DNA分子。这样送去sequence,这个WT可能因此不
能被confirm?
碰到了上面的问题,还在为是不是酶切不全,还是这种一条链是WT,一条Mutant的DNA
假设而烦恼。
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m*t
4
站eb2立场会觉得天经地义,站eb3立场会觉得天理不容

【在 n**********1 的大作中提到】
: 美国是个市场经济. 不以立场为转移
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D*y
5
ding
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s*r
6
PCR结束难道额外做了一步变性退火,或者样品放太久了?新做的双链合成结束除非
polymerase error哪里来的hybrid。担心酶切不完全的要做的精细点吧band切出来做ta
cloning送去测序。大款的直接上miseq

PCR
,
DNA

【在 m*********D 的大作中提到】
: 如果PCR的template里包含WT和mutant(十来个Nt不一样,包含一个酶切位点。),PCR
: 出来的产物有1Kb,mutation就在这个PCR产物的中间。PCR产物用这个酶切后,上gel,
: mutant都是两个片段,跑得快;WT没切该不变。分离这些片断就可以sequence.
: 问题是,就算酶切完全,WT那个band里面会不会有一条链是WT,一条Mutant的DNA分子
: ?而这样的DNA正好不能被酶切。因为两条链差别不大,在PCR的变形/退火过程里可能
: 形成这样的一条链是WT,一条Mutant的DNA分子。这样送去sequence,这个WT可能因此不
: 能被confirm?
: 碰到了上面的问题,还在为是不是酶切不全,还是这种一条链是WT,一条Mutant的DNA
: 假设而烦恼。

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C*g
7
降级EB3不一定导致EB3C排期落后。需要看EB3C的每年的需求量离2800究竟有多远。

【在 m*******t 的大作中提到】
: 站eb2立场会觉得天经地义,站eb3立场会觉得天理不容
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q*x
8
300以上3GS都可以买了, 虽然2手。
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m*D
9
到最后那个cycle,不会每个DNA strand都会被用来作template吧?我从gel下来了,送
seq,就那个mutation区间不清楚,所以有此一问。还在作第二次酶切呢。
不就是想省事么。mutant band到还行,没问题。这个不酶切的WT band让我头疼呢。

ta

【在 s******r 的大作中提到】
: PCR结束难道额外做了一步变性退火,或者样品放太久了?新做的双链合成结束除非
: polymerase error哪里来的hybrid。担心酶切不完全的要做的精细点吧band切出来做ta
: cloning送去测序。大款的直接上miseq
:
: PCR
: ,
: DNA

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w*t
10
赞,最好是双赢.

【在 C********g 的大作中提到】
: 降级EB3不一定导致EB3C排期落后。需要看EB3C的每年的需求量离2800究竟有多远。
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D*y
11
哥们,新的跟旧的差价至少一半我想这您肯定比我清楚吧,您觉得花300块买新的
iPhone 2g不如买旧的3gs,那同理干脆大家都别买2万的新Camry,改成同价的二手
Porsche得了。
萝卜青菜各有所爱,一代新iPhone市场价就是3、4百,就是很少有货了。肯定有人宁可
娶一房纯情丑媳妇,也不要那N婚的少妇

【在 q*x 的大作中提到】
: 300以上3GS都可以买了, 虽然2手。
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s*r
12
一般设计实验都是让想看的东西切出来,你设计成看不切的话就省不了事
不切的band是很可能不纯,直接送测吧,说不定就测出来了,fail的话就cloning才测呗
有十几个nt的差别弄两条不一样的pcr引物用pcr鉴定不是更简单直观,还整酶切干吗

【在 m*********D 的大作中提到】
: 到最后那个cycle,不会每个DNA strand都会被用来作template吧?我从gel下来了,送
: seq,就那个mutation区间不清楚,所以有此一问。还在作第二次酶切呢。
: 不就是想省事么。mutant band到还行,没问题。这个不酶切的WT band让我头疼呢。
:
: ta

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z*r
13
EB3升级的时候,EB2也没觉得天理不容啊
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D*y
14
昨天花了大半天给所有一代存货升级到了3.1.3并全部解锁。
3.1.3的2g在功能上和3.1.3的3g一模一样,没什么区别,相当于花更少的钱,买了部解
锁的3.1.3的iPhone 3g。
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D*a
15
PCR永远不会纯,如果是sanger测序法,你一条500的,和一条250的,都会形成sanger
测序的产物。最好你酶切完了跑完胶之后,再nest pcr一下,这样你的酶切断的DNA就
不会形成带,终产物就纯了。而且你没发现pcr都会形成一条亮带么,那就是乱七八糟
的扩增出来的东西。
不过,如果你要用这种方法,不要用35 cycles的终产物稀释n倍,用十来个cycle的产
物,不要跑胶,直接拿去切,切完了直接nest pcr,然后跑胶纯化nest pcr的产物。这
样是为了防止你的pcr造成几个突变分子,而你稀释太多倍就很可能恰好碰到那几个突
变分子。
我们做过类似的测序,不过我们没有酶切这一步。所以酶切这一步是我理论上觉得应该
是这样,如考虑不全面请指正。但是其他的nest pcr和减少cycle都是我们做过的。
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m*n
16
那是因为PERM走了一茬,直接就耗掉8个月多,再加上140,都错开一年去了。高大上的
EB2早拿卡了,人不Care了。
而且EB3C一年份的全都升级才多少,我可以说不到500,连家属1000
要是EB3C不PERM直接升而且同时485,你看EB2不哼哼?
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g*e
17
200的话,还成
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D*a
18
ps 测pcr产物,需要多送几个样品,因为虽然只有少数几个分子有随机突变,不会看出
来,但是因为如果这几个突变恰好在第一二个cycle,你就哭了...
我现在已经忘了当时用的是什么酶了,但是应该不是高保真的酶,因为我们平常做
genotype就用那个,没有新买,而且我记得我老板还特别说过一句没必要用高保真的..
.
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Y*o
19
If there are not that many Eb3 upgraded to EB2 first, it shouldn't take 5
years for Eb2 to be greened (it was 2-3 years before, given the same amount
of H1B every year)
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w*A
20
请教LZ你是最近这两天升级的3.1.3吗?3.1.3固件已经被关了,现在好象任何iphone都
无法升级,恢复和降级到3.1.3固件。就是为了强迫大家用ios4固件,让越狱解锁的
iphone重新变itouch。如果你是这两天升的,你还真是牛人,我很想知道现在升级3.1.
3的技巧,请站内回复,谢谢
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D*a
21
也许可以把10个cycle的和35个cycle的一起跑胶,照着旁边那个的位置切?

sanger

【在 D*a 的大作中提到】
: PCR永远不会纯,如果是sanger测序法,你一条500的,和一条250的,都会形成sanger
: 测序的产物。最好你酶切完了跑完胶之后,再nest pcr一下,这样你的酶切断的DNA就
: 不会形成带,终产物就纯了。而且你没发现pcr都会形成一条亮带么,那就是乱七八糟
: 的扩增出来的东西。
: 不过,如果你要用这种方法,不要用35 cycles的终产物稀释n倍,用十来个cycle的产
: 物,不要跑胶,直接拿去切,切完了直接nest pcr,然后跑胶纯化nest pcr的产物。这
: 样是为了防止你的pcr造成几个突变分子,而你稀释太多倍就很可能恰好碰到那几个突
: 变分子。
: 我们做过类似的测序,不过我们没有酶切这一步。所以酶切这一步是我理论上觉得应该
: 是这样,如考虑不全面请指正。但是其他的nest pcr和减少cycle都是我们做过的。

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l*e
22
贵了!
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m*D
23
我是两个都看的。切出来的是mutant, seq也确认了。想的是wt band就一起从胶上回收
,seq就解决了。结果是在mutation区间太多杂峰。:(。
还试最后一次。不行就克隆去。谢谢!

测呗

【在 s******r 的大作中提到】
: 一般设计实验都是让想看的东西切出来,你设计成看不切的话就省不了事
: 不切的band是很可能不纯,直接送测吧,说不定就测出来了,fail的话就cloning才测呗
: 有十几个nt的差别弄两条不一样的pcr引物用pcr鉴定不是更简单直观,还整酶切干吗

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k*9
24
iphone 4 都出了 还有人用2 ,我昨天在 cragist 买了个翻新带一年保修的32g 3gs
350 , 2g 在ebay价格最多200 ,这个价格笑死我了
avatar
m*D
25
哦,我这个是template里就有两种:wt/mutant。PCR后产物一起digestion,指望
mutant变成两条带,从gel上纯化回收seq. 没切的band也从gel上回收后送seq。如果酶
切完全,又没有一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA(我想这种DNA酶切不了)
,我就省了好多事呢。结果seq出来,在mutation区间有很多杂峰,就怀疑要么酶切不
完全或一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA存在了。
再切一次,不行就只好克隆了。:(。
谢谢!

sanger

【在 D*a 的大作中提到】
: PCR永远不会纯,如果是sanger测序法,你一条500的,和一条250的,都会形成sanger
: 测序的产物。最好你酶切完了跑完胶之后,再nest pcr一下,这样你的酶切断的DNA就
: 不会形成带,终产物就纯了。而且你没发现pcr都会形成一条亮带么,那就是乱七八糟
: 的扩增出来的东西。
: 不过,如果你要用这种方法,不要用35 cycles的终产物稀释n倍,用十来个cycle的产
: 物,不要跑胶,直接拿去切,切完了直接nest pcr,然后跑胶纯化nest pcr的产物。这
: 样是为了防止你的pcr造成几个突变分子,而你稀释太多倍就很可能恰好碰到那几个突
: 变分子。
: 我们做过类似的测序,不过我们没有酶切这一步。所以酶切这一步是我理论上觉得应该
: 是这样,如考虑不全面请指正。但是其他的nest pcr和减少cycle都是我们做过的。

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D*y
26
慢慢笑吧,我卖完收摊回家了。有人青睐朝鲜雏,有人钟爱美国鸡,各有所爱喽

【在 k********9 的大作中提到】
: iphone 4 都出了 还有人用2 ,我昨天在 cragist 买了个翻新带一年保修的32g 3gs
: 350 , 2g 在ebay价格最多200 ,这个价格笑死我了

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D*a
27
我说的就是这个啊,就是因为你pcr分离不可能纯,所以只能靠nest pcr解决,这样让
第二次的pcr产物只有一种,来解决跑胶分离不完全的问题。

【在 m*********D 的大作中提到】
: 哦,我这个是template里就有两种:wt/mutant。PCR后产物一起digestion,指望
: mutant变成两条带,从gel上纯化回收seq. 没切的band也从gel上回收后送seq。如果酶
: 切完全,又没有一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA(我想这种DNA酶切不了)
: ,我就省了好多事呢。结果seq出来,在mutation区间有很多杂峰,就怀疑要么酶切不
: 完全或一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA存在了。
: 再切一次,不行就只好克隆了。:(。
: 谢谢!
:
: sanger

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m*D
28
我不知道你说的“不纯”是指那种情况:1。PCR产生的non-specific product,大小也
和specific产物一样;2。就是我说的那种一个DNA分子的两条链不match,一条是mutant
, 一条是wt。
前者有strategy可以对付:另用一个specific的sequence primer,而不用PCR里用的两
个primers之一。你说的Nested PCR思维上基本差不多,也可以,就多一步PCR。
后者是我担心的,nested PCR不能解决我的问题。我的mutant和wt用同一个非PCR的
specific sequencing primer。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我说的就是这个啊,就是因为你pcr分离不可能纯,所以只能靠nest pcr解决,这样让
: 第二次的pcr产物只有一种,来解决跑胶分离不完全的问题。

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D*a
29
就是你的产物,里面不是说对着500bp的就都是500bp的,其实有很多其他的不是500的
,被trap到里面,最优势的带当然就是你切碎了的了。
都是双链的,而不是说杂合链。

mutant

【在 m*********D 的大作中提到】
: 我不知道你说的“不纯”是指那种情况:1。PCR产生的non-specific product,大小也
: 和specific产物一样;2。就是我说的那种一个DNA分子的两条链不match,一条是mutant
: , 一条是wt。
: 前者有strategy可以对付:另用一个specific的sequence primer,而不用PCR里用的两
: 个primers之一。你说的Nested PCR思维上基本差不多,也可以,就多一步PCR。
: 后者是我担心的,nested PCR不能解决我的问题。我的mutant和wt用同一个非PCR的
: specific sequencing primer。

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m*D
30
理论上讲,gel就是按分子大小来分离DNA的呀。你这种一条链少了几百个bases的,应
该在gel上分开呀。
样品送出去了,这是最后一次。再不成功就换方法。这次的样品是上次酶切gel回收的
样品,再酶切在gel。倒是奇怪,gel上有一条细小的大分子量的条带。希望这是酶bind
上去后切不开,就一直结合在DNA上的,象gel-sift Assay出现的情况,把我担心的那
种一条是mutant,一条是wt的DNA分离出去了。
谢谢讨论!

【在 D*a 的大作中提到】
: 就是你的产物,里面不是说对着500bp的就都是500bp的,其实有很多其他的不是500的
: ,被trap到里面,最优势的带当然就是你切碎了的了。
: 都是双链的,而不是说杂合链。
:
: mutant

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D*a
31
用t7 endonuclease切一下?
avatar
m*D
32
Good idea! 等结果,不行可以试试你这个。这个不match的在中间,切了应该可以在
gel上分离出去。

【在 D***a 的大作中提到】
: 用t7 endonuclease切一下?
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D*a
33
我这不是给你说实际上不是这样的吗?
晕...

【在 m*********D 的大作中提到】
: 理论上讲,gel就是按分子大小来分离DNA的呀。你这种一条链少了几百个bases的,应
: 该在gel上分开呀。
: 样品送出去了,这是最后一次。再不成功就换方法。这次的样品是上次酶切gel回收的
: 样品,再酶切在gel。倒是奇怪,gel上有一条细小的大分子量的条带。希望这是酶bind
: 上去后切不开,就一直结合在DNA上的,象gel-sift Assay出现的情况,把我担心的那
: 种一条是mutant,一条是wt的DNA分离出去了。
: 谢谢讨论!

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m*D
34
塞,我也是委婉地说你这个说法没有理论根据呀。:(。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我这不是给你说实际上不是这样的吗?
: 晕...

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D*a
35
你不信就算了呗...
反正我老板亲自做转基因老鼠的时候是这么做的...
你自己觉得wt/mt杂一起挺稳定也就罢了,你说说一条DNA中间鼓起一块来还能跑得赶上
wt/wt的带的理论依据又是啥?

【在 m*********D 的大作中提到】
: 塞,我也是委婉地说你这个说法没有理论根据呀。:(。
avatar
m*D
36
这这这。。。怎么听起来象小伙伴打架,打不过了就找爹爹一样。。。。:)。你老板
要是新的AP,bench上的你可以听听。拿到tenure后你就随便听听。我老板和学生讨论
bench上的tech,都市线咨询我的。
我的理论依据就是gel按DNA size来分的。单链DNA跑胶的快慢会和二级结构有关,只能
用denatured gel,但双链基本是按size来分的。我这个wt和mutant是九百多个Nt里面中
间有十来个nt变化,应该基本上是维持双链。我还每看有没有G:T配呢,要有几个GT配
,那就差别更小了。

【在 D*a 的大作中提到】
: 你不信就算了呗...
: 反正我老板亲自做转基因老鼠的时候是这么做的...
: 你自己觉得wt/mt杂一起挺稳定也就罢了,你说说一条DNA中间鼓起一块来还能跑得赶上
: wt/wt的带的理论依据又是啥?

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