logo
Redian新闻
>未名空间
>Biology - 生物学
>
RNA电泳前需要热变性，为何随后需要冰上冷却后再电泳？
avatar
RNA电泳前需要热变性，为何随后需要冰上冷却后再电泳？# Biology - 生物学
v*a
1 楼
做rna很久了，一直没有明白这个道理。
无论是化学合成的rna，还是从组织提取的rna，
无论是从－80冰箱刚拿出来的，还是新鲜制备的rna
在跑PAGE之前，需要先热变性，去除RNA高级结构。这个很好理解。
问题是：为何所有的paper上，都将热变性的RNA冰上孵育后再电泳？
avatar
v*m
2 楼
在变性剂里加热？那就是为了完全变性，去除高级结构干扰电泳结果。

【在 v********a 的大作中提到】
: 做rna很久了，一直没有明白这个道理。
: 无论是化学合成的rna，还是从组织提取的rna，
: 无论是从－80冰箱刚拿出来的，还是新鲜制备的rna
: 在跑PAGE之前，需要先热变性，去除RNA高级结构。这个很好理解。
: 问题是：为何所有的paper上，都将热变性的RNA冰上孵育后再电泳？
avatar
r*0
3 楼
正解，变性去结构。
avatar
v*a
4 楼

这个我知道，但是冷却后，按道理应该复性了啊！

【在 v**********m 的大作中提到】
: 在变性剂里加热？那就是为了完全变性，去除高级结构干扰电泳结果。
avatar
v*m
5 楼
样品在什么溶液里？

【在 v********a 的大作中提到】
:
: 这个我知道，但是冷却后，按道理应该复性了啊！
avatar
e*e
6 楼
甲醛或乙二醛分子与RNA分子结合使得其不能复性
avatar
S*r
7 楼
试一下，你会发现不放冰上也没事

【在 v********a 的大作中提到】
: 做rna很久了，一直没有明白这个道理。
: 无论是化学合成的rna，还是从组织提取的rna，
: 无论是从－80冰箱刚拿出来的，还是新鲜制备的rna
: 在跑PAGE之前，需要先热变性，去除RNA高级结构。这个很好理解。
: 问题是：为何所有的paper上，都将热变性的RNA冰上孵育后再电泳？
avatar
v*a
8 楼

就是普通的TBE-Urea PAGE Loading buffer 里面。

【在 v**********m 的大作中提到】
: 样品在什么溶液里？
avatar
v*m
9 楼
urea是变性剂，冷却后不能复性。
RNA复性通常在生理条件加Mg离子。

【在 v********a 的大作中提到】
:
: 就是普通的TBE-Urea PAGE Loading buffer 里面。
avatar
K*S
10 楼
heat --> ice cold (stays denatured)
vs
heat --> gradually cool down (might 复性)

【在 v********a 的大作中提到】
:
: 就是普通的TBE-Urea PAGE Loading buffer 里面。
avatar
b*r
11 楼
我觉得好多国人就是喜欢偷工减料
估计绝大部分时候是没事，但是偶尔结构特殊的，不放冰上可能差别很大，你错了都不
知道

【在 S*****r 的大作中提到】
: 试一下，你会发现不放冰上也没事
avatar
v*m
12 楼
这里有RNase潜在污染的问题，放冰上比较安全。
RNase热稳定性极佳。

【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得好多国人就是喜欢偷工减料
: 估计绝大部分时候是没事，但是偶尔结构特殊的，不放冰上可能差别很大，你错了都不
: 知道
avatar
S*r
13 楼
以前可能比较少，现在做反应都加RNAase inhibitor的吧，有点贵不过用的也很少

【在 v**********m 的大作中提到】
: 这里有RNase潜在污染的问题，放冰上比较安全。
: RNase热稳定性极佳。
avatar
S*r
14 楼
前几次肯定照protocol，但protocol并不是不可逾越的法律，lz多试试就知道差别大不
大了，差别大了再找原因。
能节省一点体力时间当然是有益的，跑个上百孔的shark teeth很累的。

【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得好多国人就是喜欢偷工减料
: 估计绝大部分时候是没事，但是偶尔结构特殊的，不放冰上可能差别很大，你错了都不
: 知道
avatar
b*r
15 楼
同样的标本，做了validation再改当然不一样，不过他说的是 要人家不放冰上，说会
一样的

【在 S*****r 的大作中提到】
: 前几次肯定照protocol，但protocol并不是不可逾越的法律，lz多试试就知道差别大不
: 大了，差别大了再找原因。
: 能节省一点体力时间当然是有益的，跑个上百孔的shark teeth很累的。
avatar
v*a
16 楼

我们的RNA都是经过化学修饰的，加入酶，也不会降解。
所以不懂为何变性之后立即置于冰上。

【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得好多国人就是喜欢偷工减料
: 估计绝大部分时候是没事，但是偶尔结构特殊的，不放冰上可能差别很大，你错了都不
: 知道
avatar
h*o
17 楼
缓慢冷却可能会导致部分复性
这个生化基础上面应该提到过， 对于western也是同样的道理

【在 v********a 的大作中提到】
:
: 我们的RNA都是经过化学修饰的，加入酶，也不会降解。
: 所以不懂为何变性之后立即置于冰上。
avatar
C*5
18 楼
我觉得你其实也没搞清楚为什么要放冰上， 就在这里敢指责“国人”了。你自己不也
是个人云亦云的糊涂蛋吗。照着protocol走是没错，但是也要想想为啥吧？这样做科研
是没出息的。本来做生物就难出头了，再加上这种态度。早点改行吧。

【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得好多国人就是喜欢偷工减料
: 估计绝大部分时候是没事，但是偶尔结构特殊的，不放冰上可能差别很大，你错了都不
: 知道
avatar
f*e
19 楼
前面好几个人都给了正解了。Snap cool 能够保持 heat denatured RNA 维持
denatured 的状态。如果你的 buffer 不是 low salt, 这一步骤非常重要。

【在 v********a 的大作中提到】
:
: 我们的RNA都是经过化学修饰的，加入酶，也不会降解。
: 所以不懂为何变性之后立即置于冰上。
相关阅读
[合集] How to increase washing stringency in IP?[合集] 我以前学生物后来转行,算有经历说两句吧出国还是工作？[合集] ptt好文 zzMath/Systems/Synthetic Biology 人物榜小鼠遗传学即将到来的狂风暴雨[合集] 王晓东的科研思路追踪(综述）[合集] 浓缩蛋白[合集] 能预测一个未知基因的功能吗？[公告] Biology 版的投票结果[合集] 虚心请教一个问题，怎么管理papers?UCSF听觉生理学家Michael Merzenich 给年轻人的建议[合集] 为什么转化后的菌落,提不出质粒DNA今天刚从milwakee回来 和导师说了对生物的concern[合集] 大家对生物要有信心[合集] 提取细菌质粒的时候可以不用PHENOL吗?其实我想说的问题很简单2006年所有期刊影响因子（打印完美版）[合集] 悬浮培养的cell怎么观察phenotype?[合集] 问个Tris-HCl buffer问题
logo
联系我们隐私协议©2024 redian.news
Redian新闻
Redian.news刊载任何文章，不代表同意其说法或描述，仅为提供更多信息，也不构成任何建议。文章信息的合法性及真实性由其作者负责，与Redian.news及其运营公司无关。欢迎投稿，如发现稿件侵权，或作者不愿在本网发表文章，请版权拥有者通知本网处理。