NGS 是噱头还是? - 未名空间MITBBS历史存档

b*e2016-02-12 08:02

1 楼

Got the -797C H1-B received notice (Received Date Dec 2) ,but when check on-
line, system shows " can not find my case status". Since my opt will get
expired in Feb.
Would there any way to " jia kuai" the H-1B processing
Thank you

H*92016-02-12 08:02

2 楼

现在怎么变成了9.5万了?

i*s2016-02-12 08:02

3 楼

这狗狗好像徐锦江的亲戚哈

y*52016-02-12 08:02

4 楼

有高人能解决吗？

t*t2016-02-12 08:02

5 楼

OK, 测序比传统的termination办法快了很多,
fine, sub-1000 genome made possible,
但是, 真有用吗?
从临床的角度看, 进临床实验室还太早, 除了几家专业的lab, 象myriad genetics之类
的, 一般的临床实验室几乎没有买NGS机器测序的.
纯科研实验室会买NGS, 还有一些为科研服务的commercial lab, 象深圳的那家, 但数
量有限, 而且share facility可以买, 大家一起用.
unless进入普通临床实验室, 那么NGS机器的销量有限.
总觉的测序速度快了并不是什么颠覆性的呀, 用原来的办法测不就是慢点贵点吗?
主要business在NGS方面的公司, 比如illumina, 是不是over hype了, 股价太高了?

S*I2016-02-12 08:02

6 楼

pay extra $1225 for PP.

on-

【在 b*******e 的大作中提到】

: Got the -797C H1-B received notice (Received Date Dec 2) ,but when check on-
: line, system shows " can not find my case status". Since my opt will get
: expired in Feb.
: Would there any way to " jia kuai" the H-1B processing
: Thank you

D*E2016-02-12 08:02

7 楼

你不标题是已经回到了吗，那就是有一程不是最便宜的。

【在 H******9 的大作中提到】

: 现在怎么变成了9.5万了?

r*e2016-02-12 08:02

8 楼

还挺像

【在 i****s 的大作中提到】

: 这狗狗好像徐锦江的亲戚哈

l*r2016-02-12 08:02

9 楼

刚开始HTC ONE系列也不行。耐心等吧。

【在 y**********5 的大作中提到】

: 有高人能解决吗？

g*j2016-02-12 08:02

10 楼

怎么没用

b*e2016-02-12 08:02

11 楼

what is PP

【在 S**I 的大作中提到】

: pay extra $1225 for PP.
:
: on-

t*n2016-02-12 08:02

12 楼

因为不是9.5万的最便宜的

【在 H******9 的大作中提到】

: 现在怎么变成了9.5万了?

n*i2016-02-12 08:02

13 楼

Who cares the dog, show the girl!

【在 i****s 的大作中提到】

: 这狗狗好像徐锦江的亲戚哈

g*i2016-02-12 08:02

14 楼

貌似不是tmo的是，而是gs3都不行。
如果运营商要block，手机还是可以发送的，只不过在service router上traffic drop
了

g*j2016-02-12 08:02

15 楼

怎么没用

i*i2016-02-12 08:02

16 楼

premium processing

【在 b*******e 的大作中提到】

: what is PP

l*q2016-02-12 08:02

17 楼

我從來沒見過7萬的……

【在 H******9 的大作中提到】

: 现在怎么变成了9.5万了?

p*r2016-02-12 08:02

18 楼

可以，我回国用了，到这边也可以用啊。主意不要选“高速录音”就好了。

【在 y**********5 的大作中提到】

: 有高人能解决吗？

m*T2016-02-12 08:02

19 楼

您是临床实验室的吗？其实ngs进临床实验室的已经挺多了，据我所知，大多数比较知
名的medical center或hospital要么就是有自己的实验室要么就是外包，另外最大的
几家reference labs也都开始应用ngs了。如果你是指社区一级的医院，那确实还没有
普及。其实这不是因为ngs没有用，而是大多数临床大夫缺乏这方面的知识，不知道如
何把这些东西用的临床上，这是现在一个比较麻烦的问题。
至于你说到的ngs在临床上有没有用，其实这早已经是一个有共识的问题。比如目前在
临床实验室还在普遍使用的FISH技术相对ngs，resolution要低很多。有了新的ngs，以
前有些不能明确论断的现在成为了可能。如果你要是和sanger来比，sanger的成本比起
ngs来不是一般的高，基本上只能做单基因，多基因的检测都得靠ngs
ngs进入临床的速度慢有几方面的原因，一是本身技术上的，二是成本上的，三是fda监
管方面的，四是保险公司等都限制着它进入临床的速度。不过这几方面在近3-5年都已
经有了长足的发展，而且illumina的机器及相应的kit已经通过fda的审批

【在 t**********t 的大作中提到】

: OK, 测序比传统的termination办法快了很多,
: fine, sub-1000 genome made possible,
: 但是, 真有用吗?
: 从临床的角度看, 进临床实验室还太早, 除了几家专业的lab, 象myriad genetics之类
: 的, 一般的临床实验室几乎没有买NGS机器测序的.
: 纯科研实验室会买NGS, 还有一些为科研服务的commercial lab, 象深圳的那家, 但数
: 量有限, 而且share facility可以买, 大家一起用.
: unless进入普通临床实验室, 那么NGS机器的销量有限.
: 总觉的测序速度快了并不是什么颠覆性的呀, 用原来的办法测不就是慢点贵点吗?
: 主要business在NGS方面的公司, 比如illumina, 是不是over hype了, 股价太高了?

b*e2016-02-12 08:02

20 楼

ok thanks，一般H-1B 要多久能批啊

【在 i****i 的大作中提到】

: premium processing

j*y2016-02-12 08:02

21 楼

我1月底回国，AA 7w，飞机上一半都空的

【在 l***q 的大作中提到】

: 我從來沒見過7萬的……

x*r2016-02-12 08:02

22 楼

正解

【在 p****r 的大作中提到】

: 可以，我回国用了，到这边也可以用啊。主意不要选“高速录音”就好了。

t*t2016-02-12 08:02

23 楼

写的大部分我都同意, 但 "sanger的成本比起ngs来不是一般的高，基本上只能做单基
因，多基因的检测都得靠ngs".
NGS不就是快吗? 跟单基因多基因有什么关系? NGS用multiplex同时检测多基因,
sanger也可以呀, 为什么多基因的检测都得靠NGS呢?
大的medical center是有NGS, 但很少是用来发病理报告的, 大部分是用来做科研的.
只是讨论哈.

【在 m***T 的大作中提到】

: 您是临床实验室的吗？其实ngs进临床实验室的已经挺多了，据我所知，大多数比较知
: 名的medical center或hospital要么就是有自己的实验室要么就是外包，另外最大的
: 几家reference labs也都开始应用ngs了。如果你是指社区一级的医院，那确实还没有
: 普及。其实这不是因为ngs没有用，而是大多数临床大夫缺乏这方面的知识，不知道如
: 何把这些东西用的临床上，这是现在一个比较麻烦的问题。
: 至于你说到的ngs在临床上有没有用，其实这早已经是一个有共识的问题。比如目前在
: 临床实验室还在普遍使用的FISH技术相对ngs，resolution要低很多。有了新的ngs，以
: 前有些不能明确论断的现在成为了可能。如果你要是和sanger来比，sanger的成本比起
: ngs来不是一般的高，基本上只能做单基因，多基因的检测都得靠ngs
: ngs进入临床的速度慢有几方面的原因，一是本身技术上的，二是成本上的，三是fda监

i*i2016-02-12 08:02

24 楼

3-6月？

【在 b*******e 的大作中提到】

: ok thanks，一般H-1B 要多久能批啊

g*12016-02-12 08:02

25 楼

说的是Delta 啊

【在 j****y 的大作中提到】

: 我1月底回国，AA 7w，飞机上一半都空的

r*e2016-02-12 08:02

26 楼

哈哈，不错，我还以为是升级4.1.1的问题。把low bit recording去掉就行了。

【在 x**r 的大作中提到】

: 正解

n*72016-02-12 08:02

27 楼

现在还有这个困惑的可以算老古董了

b*e2016-02-12 08:02

28 楼

Ok, 包子 thanks

【在 i****i 的大作中提到】

: 3-6月？

a*e2016-02-12 08:02

29 楼

你什么时候来回？

y*52016-02-12 08:02

30 楼

到哪里去改啊谢谢

【在 r*********e 的大作中提到】

: 哈哈，不错，我还以为是升级4.1.1的问题。把low bit recording去掉就行了。

t*t2016-02-12 08:02

31 楼

进行人身攻击不太好, 而且我确认我的收入至少是你的10倍以上, 虽然我不知道你的职
业, 呵呵
说话的时候, 不要出口就是人身攻击, 这样对你的career不利.

【在 n******7 的大作中提到】

: 现在还有这个困惑的可以算老古董了

l*u2016-02-12 08:02

32 楼

淡季AA促销不经常6 700就往返了

【在 j****y 的大作中提到】

: 我1月底回国，AA 7w，飞机上一半都空的

n*e2016-02-12 08:02

33 楼

setting - general - low bitrate recording

：到哪里去改啊谢谢
：
：
：【在 rottenapple (名媛的最爱) 的大作中提到: 】
：: 哈哈，不错，我还以为是升级4.1.1的问题。把low bit recording去掉就行了。
：
：
……

【在 y**********5 的大作中提到】

: 到哪里去改啊谢谢

m*T2016-02-12 08:02

34 楼

你这问题问得我感觉你可能对ngs基本上不了解，建议你去找个ngs方面的书或资料先看
一看。用ngs做的gene panels, whole exome等流程是怎么实现的及为什么。
现在出报告少主要还是data annotation and interpretation方面有短板，而且另一个
原因就是现在很多临床大夫不懂这些新技术，这也在一定程度上slow down了这个进程
。现在不少地方都在搞data annotation and interpretation方面的工作，包括oracle
，ibm，philips等“外行”公司也在搞。还有非常多的startups就更不用说了。至于最
后的病理报告，也有好几家公司和medical center在做

【在 t**********t 的大作中提到】

: 写的大部分我都同意, 但 "sanger的成本比起ngs来不是一般的高，基本上只能做单基
: 因，多基因的检测都得靠ngs".
: NGS不就是快吗? 跟单基因多基因有什么关系? NGS用multiplex同时检测多基因,
: sanger也可以呀, 为什么多基因的检测都得靠NGS呢?
: 大的medical center是有NGS, 但很少是用来发病理报告的, 大部分是用来做科研的.
: 只是讨论哈.

z*r2016-02-12 08:02

35 楼

95k可以买一程商务一程经济

p*r2016-02-12 08:02

36 楼

不要告诉我你从来没去过“设置”？
我说下中文版，长点儿RP。
“设置”---》“通用”，你会看到“使用高速录音模式”，如果你默认打勾了，祝贺
你，语音用不了。把这项改为不选！
不用谢

【在 y**********5 的大作中提到】

: 到哪里去改啊谢谢

t*t2016-02-12 08:02

37 楼

我前几天去听了个ILLUMINA的宣传会, 所以上来问问,
我是临床的, 在NGS出来之前, oncotype的检测就有了, 也是同时检测好几个基因, 所
以并不是多基因就要用NGS.
oncotype就是gene panel, 还有其它一些gene panel的检测, NGS出来以前早有了.

oracle

【在 m***T 的大作中提到】

: 你这问题问得我感觉你可能对ngs基本上不了解，建议你去找个ngs方面的书或资料先看
: 一看。用ngs做的gene panels, whole exome等流程是怎么实现的及为什么。
: 现在出报告少主要还是data annotation and interpretation方面有短板，而且另一个
: 原因就是现在很多临床大夫不懂这些新技术，这也在一定程度上slow down了这个进程
: 。现在不少地方都在搞data annotation and interpretation方面的工作，包括oracle
: ，ibm，philips等“外行”公司也在搞。还有非常多的startups就更不用说了。至于最
: 后的病理报告，也有好几家公司和medical center在做

b*o2016-02-12 08:02

38 楼

为什么portland到广州或者香港，这边都没有这样的deal

t*t2016-02-12 08:02

39 楼

我个人的感觉是NGS吹的过头了, 不就是比sanger快吗, 老办法用termination, 新办法
用replication, 做个gene panel, 老办法是慢点, 但sensitivity 和 specificity 还
是比NGS要高呀, 临床上可以接受.
我的PHD毕业有些年头了, 一直在做临床, 听了illumina的产品宣传后, 觉的有些困惑,
所以上来问问, 讨论一下哈,
我想知道NGS比sanger在哪些应用上有绝对优势.

c*e2016-02-12 08:02

40 楼

惑,
Yeah, I think you do not know modern oncology.

【在 t**********t 的大作中提到】

: 我个人的感觉是NGS吹的过头了, 不就是比sanger快吗, 老办法用termination, 新办法
: 用replication, 做个gene panel, 老办法是慢点, 但sensitivity 和 specificity 还
: 是比NGS要高呀, 临床上可以接受.
: 我的PHD毕业有些年头了, 一直在做临床, 听了illumina的产品宣传后, 觉的有些困惑,
: 所以上来问问, 讨论一下哈,
: 我想知道NGS比sanger在哪些应用上有绝对优势.

t*t2016-02-12 08:02

41 楼

LOL, I am a medical oncologist!

【在 c********e 的大作中提到】

:
: 惑,
: Yeah, I think you do not know modern oncology.

e*o2016-02-12 08:02

42 楼

卧槽，汽车不就是比走的快么？

e*o2016-02-12 08:02

43 楼

社会分配真不公平。

【在 t**********t 的大作中提到】

: 进行人身攻击不太好, 而且我确认我的收入至少是你的10倍以上, 虽然我不知道你的职
: 业, 呵呵
: 说话的时候, 不要出口就是人身攻击, 这样对你的career不利.

a*k2016-02-12 08:02

44 楼

其实ngs在临床上的应用目前真的有限。

【在 t**********t 的大作中提到】

: LOL, I am a medical oncologist!

t*t2016-02-12 08:02

45 楼

是的, 我感觉是这样. 不是临床医生不懂, molecular pathologist大部分是md/phd,
但病理报告目前还很少是用NGS做的,
illumina是在push临床采用NGS, 但阻力重重, 我看5年内在community hospital是见不
到NGS, 在大的medical center能用上就已经很好了,
我还是觉的NGS没有什么创新性呀, 就是速度快, 可以产生很多的ATGC出来, 然后需要
很多的bioinformatician去试图interpret, 分析出来的结果有用没用是另外一回事.
纯科研来说, coding sequence目前大部分已经知道, 主要就是non-coding sequence,
当然non-coding sequence占决大多数, 但interpret non-coding sequence并不是单纯
的有越多的ATGC的数据就能怎样的
所以我总觉的NGS是不是吹过头了

【在 a********k 的大作中提到】

: 其实ngs在临床上的应用目前真的有限。

O*O2016-02-12 08:02

46 楼

NGS多快好省的测大样本还是很有用的
一百人和一百万人的数据power差远了

,

【在 t**********t 的大作中提到】

: 是的, 我感觉是这样. 不是临床医生不懂, molecular pathologist大部分是md/phd,
: 但病理报告目前还很少是用NGS做的,
: illumina是在push临床采用NGS, 但阻力重重, 我看5年内在community hospital是见不
: 到NGS, 在大的medical center能用上就已经很好了,
: 我还是觉的NGS没有什么创新性呀, 就是速度快, 可以产生很多的ATGC出来, 然后需要
: 很多的bioinformatician去试图interpret, 分析出来的结果有用没用是另外一回事.
: 纯科研来说, coding sequence目前大部分已经知道, 主要就是non-coding sequence,
: 当然non-coding sequence占决大多数, 但interpret non-coding sequence并不是单纯
: 的有越多的ATGC的数据就能怎样的
: 所以我总觉的NGS是不是吹过头了

m*T2016-02-12 08:02

47 楼

宣传会是不能太相信的，一般这咱会上讲的多是sales或marketing的。
看到你是oncologist，失敬。其实我现在的工作就是经常和oncologist还有
pathologist打交道的，当然主要是和大的genome center里的。我对你提到的oncotype
技术不太了解，简单google了一下，似乎是用rt-pcr技术做gene panel的。不谈别的，
仅从成本上来讲，我从wiki上看到的是oncotype的成本大概要4000-5000美圆，是不是
current你应该更清楚。同样的panel在ngs上只要几百就够了，差距还是很大的，而且
ngs成本还在不断下降。另外ngs非常容易scale up，这点相信是oncotype做不到的。现
在能进入临床上的基本上是gene panel和whole exome，全基因组进临床还需要时间，

【在 t**********t 的大作中提到】

: 我前几天去听了个ILLUMINA的宣传会, 所以上来问问,
: 我是临床的, 在NGS出来之前, oncotype的检测就有了, 也是同时检测好几个基因, 所
: 以并不是多基因就要用NGS.
: oncotype就是gene panel, 还有其它一些gene panel的检测, NGS出来以前早有了.
:
: oracle

j*32016-02-12 08:02

48 楼

微积分是噱头，我用99乘法口诀又快又好。

t*t2016-02-12 08:02

49 楼

这个我同意, 但是这世界上需要多少NGS机器来多快好省的测大样本呢?
如果在临床上不能应用, 真看不出整个NGS行业能有多少的revenue出来, 或者说有多少
的revenue growth potential, 因为科研要买的已经接近saturate了

【在 O*O 的大作中提到】

: NGS多快好省的测大样本还是很有用的
: 一百人和一百万人的数据power差远了
:
: ,

t*t2016-02-12 08:02

50 楼

oncotype的4000-5000美圆不是成本, 那是收费标准, 如果用NGS来做同样的panel, 收
费也一样要那么多, 呵呵
全基因组进临床还需要至少10年以上.
目前临床上主要就是测几个有限的基因, BRCA等等. 用传统的multiplex PCR来测一点
问题都没有, 根本不需要快速的NGS. 况且临床上都当心NGS的sensitivity和
specificity.

oncotype

【在 m***T 的大作中提到】

: 宣传会是不能太相信的，一般这咱会上讲的多是sales或marketing的。
: 看到你是oncologist，失敬。其实我现在的工作就是经常和oncologist还有
: pathologist打交道的，当然主要是和大的genome center里的。我对你提到的oncotype
: 技术不太了解，简单google了一下，似乎是用rt-pcr技术做gene panel的。不谈别的，
: 仅从成本上来讲，我从wiki上看到的是oncotype的成本大概要4000-5000美圆，是不是
: current你应该更清楚。同样的panel在ngs上只要几百就够了，差距还是很大的，而且
: ngs成本还在不断下降。另外ngs非常容易scale up，这点相信是oncotype做不到的。现
: 在能进入临床上的基本上是gene panel和whole exome，全基因组进临床还需要时间，

t*t2016-02-12 08:02

51 楼

BTW, oncotype不是一种技术, 只是一个gene panel检测的商业用语.

oncotype

【在 m***T 的大作中提到】

: 宣传会是不能太相信的，一般这咱会上讲的多是sales或marketing的。
: 看到你是oncologist，失敬。其实我现在的工作就是经常和oncologist还有
: pathologist打交道的，当然主要是和大的genome center里的。我对你提到的oncotype
: 技术不太了解，简单google了一下，似乎是用rt-pcr技术做gene panel的。不谈别的，
: 仅从成本上来讲，我从wiki上看到的是oncotype的成本大概要4000-5000美圆，是不是
: current你应该更清楚。同样的panel在ngs上只要几百就够了，差距还是很大的，而且
: ngs成本还在不断下降。另外ngs非常容易scale up，这点相信是oncotype做不到的。现
: 在能进入临床上的基本上是gene panel和whole exome，全基因组进临床还需要时间，

m*T2016-02-12 08:02

52 楼

ngs的定价不会这么高的，最多也就一半不到。如果用multiplex，一次run可以做多个
病人的样本，成本会有显著性下降。我和reference labs以及payer也打过交道。目前
几个已经把ngs纳入保险的公司基本上都是gene panel，甚至还有一个whole exome，没
记错
的话panel定价都是2-300左右。

【在 t**********t 的大作中提到】

: oncotype的4000-5000美圆不是成本, 那是收费标准, 如果用NGS来做同样的panel, 收
: 费也一样要那么多, 呵呵
: 全基因组进临床还需要至少10年以上.
: 目前临床上主要就是测几个有限的基因, BRCA等等. 用传统的multiplex PCR来测一点
: 问题都没有, 根本不需要快速的NGS. 况且临床上都当心NGS的sensitivity和
: specificity.
:
: oncotype

t*t2016-02-12 08:02

53 楼

这种争论并不是NGS后才有的, medical genetics出现后就有了, ABMG有专门的
guideline, 这是属于medical ethics的问题

m*T2016-02-12 08:02

54 楼

对了，一般的panel包括了所有的solid tumor或者是大部分，也有专门血液肿瘤的
panel。当然也有只做某一肿瘤的panel。

m*T2016-02-12 08:02

55 楼

你说的这些象gwas的数据里面的noise太高，没法用于是临床上的。

a*k2016-02-12 08:02

56 楼

美国的定价不是你想象的。一个成本20美分的测试，定价一般20美元。一个PCR反应一
般40美元以上。几十个基因的ngs没有2000美元纯亏本。
我了解的几个md在medical center里面做ngs都是亏本运营

【在 m***T 的大作中提到】

: ngs的定价不会这么高的，最多也就一半不到。如果用multiplex，一次run可以做多个
: 病人的样本，成本会有显著性下降。我和reference labs以及payer也打过交道。目前
: 几个已经把ngs纳入保险的公司基本上都是gene panel，甚至还有一个whole exome，没
: 记错
: 的话panel定价都是2-300左右。

n*72016-02-12 08:02

57 楼

你这不叫人身攻击叫有病

【在 t**********t 的大作中提到】

: 进行人身攻击不太好, 而且我确认我的收入至少是你的10倍以上, 虽然我不知道你的职
: 业, 呵呵
: 说话的时候, 不要出口就是人身攻击, 这样对你的career不利.

s*l2016-02-12 08:02

58 楼

NGS有用，但威力还没有发挥出啦。注要是data解释这块跟不上。一般复杂疾病是多基
因作用的结果。目前用多个mutations建立预测模型是瓶颈。难点在于尽管同一种病，
每个病人的突变基因不同（多种突变基因组合都会导致一个表型，例如某种疾病）。
所以目前23andMe 的报告就是SNP和疾病相关性而已。只有用NGS数据建立预测模型，
NGS才会发威。高兴的是，这种算法已有了，可能会在几个月内我们会看到发表。

T*G2016-02-12 08:02

59 楼

23andMe不是没有自己的model, 是fda 不让它的分析应用在疾病diagnostics上，即使
这样，市面上还出现好多像23andme这样entertain对自己基因感兴趣的population.

【在 s******l 的大作中提到】

: NGS有用，但威力还没有发挥出啦。注要是data解释这块跟不上。一般复杂疾病是多基
: 因作用的结果。目前用多个mutations建立预测模型是瓶颈。难点在于尽管同一种病，
: 每个病人的突变基因不同（多种突变基因组合都会导致一个表型，例如某种疾病）。
: 所以目前23andMe 的报告就是SNP和疾病相关性而已。只有用NGS数据建立预测模型，
: NGS才会发威。高兴的是，这种算法已有了，可能会在几个月内我们会看到发表。

t*t2016-02-12 08:02

60 楼

预测模型也好, GWAS也好, 几十年以前就有好多了, 还记的以前的affymetrix吗?
ARRAY那时候也是hype的不得了, 现在几乎没人提了, 股价更是惨不忍睹
这些东西只能最多只能用于intellectual exercise, 根本就用不了临床.

【在 s******l 的大作中提到】

: NGS有用，但威力还没有发挥出啦。注要是data解释这块跟不上。一般复杂疾病是多基
: 因作用的结果。目前用多个mutations建立预测模型是瓶颈。难点在于尽管同一种病，
: 每个病人的突变基因不同（多种突变基因组合都会导致一个表型，例如某种疾病）。
: 所以目前23andMe 的报告就是SNP和疾病相关性而已。只有用NGS数据建立预测模型，
: NGS才会发威。高兴的是，这种算法已有了，可能会在几个月内我们会看到发表。

T*G2016-02-12 08:02

61 楼

NGS 的 reads deep 的话， sensitivity 和 specificity 都比saner高，实际上ACMG
的会上已经有争论sanger confirmation是不是有必要的，虽然现在NGS的diagnostics
大多centers还要sanger confirmation

惑,

【在 t**********t 的大作中提到】

: 我个人的感觉是NGS吹的过头了, 不就是比sanger快吗, 老办法用termination, 新办法
: 用replication, 做个gene panel, 老办法是慢点, 但sensitivity 和 specificity 还
: 是比NGS要高呀, 临床上可以接受.
: 我的PHD毕业有些年头了, 一直在做临床, 听了illumina的产品宣传后, 觉的有些困惑,
: 所以上来问问, 讨论一下哈,
: 我想知道NGS比sanger在哪些应用上有绝对优势.

s*l2016-02-12 08:02

62 楼

oncotype 就是预测模型之一

x*x2016-02-12 08:02

63 楼

真给medical oncologist丢脸。我们系里面几十个medical oncologists, 没有一个象
你这么SB的。

【在 t**********t 的大作中提到】

: LOL, I am a medical oncologist!

x*x2016-02-12 08:02

64 楼

NGS在Medical Genetics上的应用只是临床应用的一小部分。将来更为广阔的应用是在
肿瘤的测序和液体活检用于肿瘤的早筛和晚期检测预后等等上。现在已经有了相当的应
用，我们系里面至少四分之一的医生都order过Foundation Medicine或者Guardant
Health的NGS检验，用来辅助治疗肿瘤病人，尤其是对一线或二线治疗已经不反应的晚
期病人。不过整体发展依旧受限于技术上的不完善，高成本，还有针对actionable
aberration的化疗以及靶向治疗的药物并不是很多。对于体细胞的突变来指导病人早筛
或者用药，通常需要用更高精度的手段，比如ddPCR来验证，sanger的精度远远不够。

ACMG
diagnostics

【在 T*G 的大作中提到】

: NGS 的 reads deep 的话， sensitivity 和 specificity 都比saner高，实际上ACMG
: 的会上已经有争论sanger confirmation是不是有必要的，虽然现在NGS的diagnostics
: 大多centers还要sanger confirmation
:
: 惑,

c*r2016-02-12 08:02

65 楼

Sanger测序是1977年发明的。从发明到应用在乳腺癌诊断上用了将近27年。
Oncotype 是2004年推出的。（而且至今不是FDA批准的。）
http://time.com/4013180/genetic-test-impact-chemo-choices-in-su
NGS以Illumina为例，他的技术来自Solex, Solex又是收购另一家公司在1997年发明的
技术。
但是由于仪器和成本原因，很久都没能大规模推广。印象里2008年左右才开始逐渐推广
。发明至今才不到20年。再过几年再来质疑NGS的应用也不迟。
而且两者各有优劣，有各自独特的应用，谁都无法完全取代另外一种技术，也没有必要。

【在 t**********t 的大作中提到】

: 我前几天去听了个ILLUMINA的宣传会, 所以上来问问,
: 我是临床的, 在NGS出来之前, oncotype的检测就有了, 也是同时检测好几个基因, 所
: 以并不是多基因就要用NGS.
: oncotype就是gene panel, 还有其它一些gene panel的检测, NGS出来以前早有了.
:
: oracle

t*t2016-02-12 08:02

66 楼

SB一个, 生物千老的特点就是你这样的, 杀完老鼠, 好象自己是系主任一样的, 呵呵
我第一个贴就说了clinical reference lab在用. 但即使在这些实验室, NGS test
menu有非常有限.
目前可以说绝大部分的medical center的molecular pathology division没有用NGS的
测序来发anatomic pathology report. 为什么要送到reference lab去? 因为即使top
medical center的标本量还是不够, in house做的话不合算.
我原贴的意思是在于讨论. 我知道NGS给很多生物千老, 生物统计的, 还有IT的带来了
就业, 所以说NGS是噱头这些人会来攻击.
NGS跟sanger的主要或者唯一区别就是速度快, 在临床目前或者说可以预见的将来很长
一段时间内并不需要whole genome analysis的情况下, 分析几个基因, 用NGS并不比
sanger有多少优越性.
当然对于生物千老来说, 用NGS可以发几篇paper, 然后可以自己沉浸在其中masterbate
, 那NGS带来的价值确实是无限的. 呵呵!

【在 x*x 的大作中提到】

: NGS在Medical Genetics上的应用只是临床应用的一小部分。将来更为广阔的应用是在
: 肿瘤的测序和液体活检用于肿瘤的早筛和晚期检测预后等等上。现在已经有了相当的应
: 用，我们系里面至少四分之一的医生都order过Foundation Medicine或者Guardant
: Health的NGS检验，用来辅助治疗肿瘤病人，尤其是对一线或二线治疗已经不反应的晚
: 期病人。不过整体发展依旧受限于技术上的不完善，高成本，还有针对actionable
: aberration的化疗以及靶向治疗的药物并不是很多。对于体细胞的突变来指导病人早筛
: 或者用药，通常需要用更高精度的手段，比如ddPCR来验证，sanger的精度远远不够。
:
: ACMG
: diagnostics

t*t2016-02-12 08:02

67 楼

这个分析很中肯,
我跟NGS没有任何利益上的关系, 我的收入跟NGS一点关系都没有, 我没有long也没有
short NGS相关的股票.
现在NGS被炒的很热, 让我想起以前的affymetrix
所以我上来看看我理解的NGS应用上是不是漏掉了什么, 到目前为止所有的跟贴并没有
让我感觉otherwise.
这是我在这个thread的最后一个贴子.

要。

【在 c*********r 的大作中提到】

: Sanger测序是1977年发明的。从发明到应用在乳腺癌诊断上用了将近27年。
: Oncotype 是2004年推出的。（而且至今不是FDA批准的。）
: http://time.com/4013180/genetic-test-impact-chemo-choices-in-su
: NGS以Illumina为例，他的技术来自Solex, Solex又是收购另一家公司在1997年发明的
: 技术。
: 但是由于仪器和成本原因，很久都没能大规模推广。印象里2008年左右才开始逐渐推广
: 。发明至今才不到20年。再过几年再来质疑NGS的应用也不迟。
: 而且两者各有优劣，有各自独特的应用，谁都无法完全取代另外一种技术，也没有必要。

x*x2016-02-12 08:02

68 楼

你就是纯SB，不用过多解释。我上一次发言还是六年前，不过这次为了你这个SB破例一
次。
说你是SB，不是因为NGS意见上不一样，是因为你动不动就是什么千老，杀老鼠，十倍
工资，medical oncologist，一副小人得志的嘴脸。在美国的中国医生大部分都是做过
千老，杀过老鼠。我们系里的五个中国医生，四个都是这么过来的，我不是系主任，和
你一样的职业，刚刚出道attending而已。无他，看不惯你这幅SB嘴脸而已，真是没有
见过你这么浅薄的medical oncologist。
至于NGS，根本就没想和你讨论，你对于肿瘤基因组学，医学遗传学，等等，根本没有
任何知识。整天挂在嘴上就是OncotypeDX。Oncotype和真正NGS的应用比起来就和你一
样是一个纯SB。

top

【在 t**********t 的大作中提到】

: SB一个, 生物千老的特点就是你这样的, 杀完老鼠, 好象自己是系主任一样的, 呵呵
: 我第一个贴就说了clinical reference lab在用. 但即使在这些实验室, NGS test
: menu有非常有限.
: 目前可以说绝大部分的medical center的molecular pathology division没有用NGS的
: 测序来发anatomic pathology report. 为什么要送到reference lab去? 因为即使top
: medical center的标本量还是不够, in house做的话不合算.
: 我原贴的意思是在于讨论. 我知道NGS给很多生物千老, 生物统计的, 还有IT的带来了
: 就业, 所以说NGS是噱头这些人会来攻击.
: NGS跟sanger的主要或者唯一区别就是速度快, 在临床目前或者说可以预见的将来很长
: 一段时间内并不需要whole genome analysis的情况下, 分析几个基因, 用NGS并不比

x*x2016-02-12 08:02

69 楼

还有，整个帖子里面，好像只有你自己在masterbate。呵呵，继续，继续，抱着你的
medical oncologist和你的比千老高十倍的工资。不过你masterbate的时候，最好留在
家里，别说自己是个medical oncologist，因为你真的是一个很SB的medical
oncologist，别给我们这个行业里的中国医生丢脸，拜托了。

top

【在 t**********t 的大作中提到】

: SB一个, 生物千老的特点就是你这样的, 杀完老鼠, 好象自己是系主任一样的, 呵呵
: 我第一个贴就说了clinical reference lab在用. 但即使在这些实验室, NGS test
: menu有非常有限.
: 目前可以说绝大部分的medical center的molecular pathology division没有用NGS的
: 测序来发anatomic pathology report. 为什么要送到reference lab去? 因为即使top
: medical center的标本量还是不够, in house做的话不合算.
: 我原贴的意思是在于讨论. 我知道NGS给很多生物千老, 生物统计的, 还有IT的带来了
: 就业, 所以说NGS是噱头这些人会来攻击.
: NGS跟sanger的主要或者唯一区别就是速度快, 在临床目前或者说可以预见的将来很长
: 一段时间内并不需要whole genome analysis的情况下, 分析几个基因, 用NGS并不比

t*t2016-02-12 08:02

70 楼

你这种上来就攻击人的SB, 满嘴赃话的SB, 把你自己的经验generalize在别人身上的SB
, 我跟你说话是降低了身份, 呵呵

【在 x*x 的大作中提到】

: 你就是纯SB，不用过多解释。我上一次发言还是六年前，不过这次为了你这个SB破例一
: 次。
: 说你是SB，不是因为NGS意见上不一样，是因为你动不动就是什么千老，杀老鼠，十倍
: 工资，medical oncologist，一副小人得志的嘴脸。在美国的中国医生大部分都是做过
: 千老，杀过老鼠。我们系里的五个中国医生，四个都是这么过来的，我不是系主任，和
: 你一样的职业，刚刚出道attending而已。无他，看不惯你这幅SB嘴脸而已，真是没有
: 见过你这么浅薄的medical oncologist。
: 至于NGS，根本就没想和你讨论，你对于肿瘤基因组学，医学遗传学，等等，根本没有
: 任何知识。整天挂在嘴上就是OncotypeDX。Oncotype和真正NGS的应用比起来就和你一
: 样是一个纯SB。

T*e2016-02-12 08:02

71 楼

挺好的一个讨论话题，硬是被一些傲慢与偏见给毁了。
[在 thepresident (thepresident) 的大作中提到：]
：OK, 测序比传统的termination办法快了很多,
：
：...........

t*t2016-02-12 08:02

72 楼

你这种上来就攻击人的SB, 满嘴赃话的SB, 把你自己的经验generalize在别人身上的SB
, 我跟你说话是降低了身份, 呵呵
如果你真做个resident和fellow的话, 希望我当时不是你的attending之一. 你的素质
真给oncologist丢脸.
我直觉你就是千老, 你的这素质当不了医生的.

【在 x*x 的大作中提到】

: 还有，整个帖子里面，好像只有你自己在masterbate。呵呵，继续，继续，抱着你的
: medical oncologist和你的比千老高十倍的工资。不过你masterbate的时候，最好留在
: 家里，别说自己是个medical oncologist，因为你真的是一个很SB的medical
: oncologist，别给我们这个行业里的中国医生丢脸，拜托了。
:
: top

x*x2016-02-12 08:02

73 楼

攻击人，满嘴脏话？除了说你是SB，有说什么脏话吗？说你是SB，对于你这种浅薄的人
，那是事实，不叫攻击人。
身份，你这种人有身份？

SB

【在 t**********t 的大作中提到】

: 你这种上来就攻击人的SB, 满嘴赃话的SB, 把你自己的经验generalize在别人身上的SB
: , 我跟你说话是降低了身份, 呵呵
: 如果你真做个resident和fellow的话, 希望我当时不是你的attending之一. 你的素质
: 真给oncologist丢脸.
: 我直觉你就是千老, 你的这素质当不了医生的.

x*x2016-02-12 08:02

74 楼

赫赫，我笑的没有背过气去。你这种浅薄的人也配谈素质？你自己看看自己在这个
thread里发的帖子，谁给oncologist丢脸？幸好我遇到的attending里真的没有像你这
么浅薄的。

SB

【在 t**********t 的大作中提到】

: 你这种上来就攻击人的SB, 满嘴赃话的SB, 把你自己的经验generalize在别人身上的SB
: , 我跟你说话是降低了身份, 呵呵
: 如果你真做个resident和fellow的话, 希望我当时不是你的attending之一. 你的素质
: 真给oncologist丢脸.
: 我直觉你就是千老, 你的这素质当不了医生的.

t*t2016-02-12 08:02

75 楼

你应该去看看心理医生了, 真的!!!
我觉的你应该是当了很长时间的千老, 所以有点心理变态了, 或者还经历了什么人生变
故, 比如老婆跟人跑了之类的.
不管你现在是千老, 还是BC/BE oncologist, 你都应该去接受心理治疗, 这样对你有利
. 看你的回贴, 你应该是当了很久的千老, 估计现在年龄也不小了, 及早去找心理医生
看看吧,
我没时间陪你讨论了. 你好自为止吧.

【在 x*x 的大作中提到】

: 赫赫，我笑的没有背过气去。你这种浅薄的人也配谈素质？你自己看看自己在这个
: thread里发的帖子，谁给oncologist丢脸？幸好我遇到的attending里真的没有像你这
: 么浅薄的。
:
: SB

x*x2016-02-12 08:02

76 楼

我过的还行，工作很忙，但是挺开心，不劳你费心。
不过真心奉劝你一句，做了医生，挣了点钱，没有什么了不起，别跟小孩一样，动不动
比工资。我刚出道，没什么钱，我的Division Head，挣的是我的将近四倍，比任何人
都谦逊，开一辆美国旧车，住不到五十万的房子，照顾病人比谁都认真，研究虽然做得
一般，但是对新事物眼光尖锐，乐于尝试和合作。比较起来，你真的是很浅薄，给医生
丢脸。
再说，你整天嘴里千老千老的，一副不屑的样子。难道你不是千老过来的？就算你不是
，难道你的中国医生同事们都不是？

【在 t**********t 的大作中提到】

: 你应该去看看心理医生了, 真的!!!
: 我觉的你应该是当了很长时间的千老, 所以有点心理变态了, 或者还经历了什么人生变
: 故, 比如老婆跟人跑了之类的.
: 不管你现在是千老, 还是BC/BE oncologist, 你都应该去接受心理治疗, 这样对你有利
: . 看你的回贴, 你应该是当了很久的千老, 估计现在年龄也不小了, 及早去找心理医生
: 看看吧,
: 我没时间陪你讨论了. 你好自为止吧.

m*T2016-02-12 08:02

77 楼

就是一讨论贴，大家就事儿论事儿，有必要骂街吗？大家都是读书人，一点儿互相尊重
的素质还是应该有的吧？
ngs到底如何，大家仁者见仁，智者见智，各抒己见挺好的。大家也最好不要把别人的
不同意见当做是针对自己。另外，说话的时候多点儿语言艺术，每个人对语言的敏感程
度不同，大家互相体谅。

m*T2016-02-12 08:02

78 楼

现在liquid biopsy已经有好几家在做了，除了做血的，还有直接做尿的，当然这目前
还都只停留在LDT level上。Foundation Medicine的panel有几百个gene，基本上
clinical actionable的gene都全了。
除了一线临床的直接应用处，其实ngs在PGx领域的发展近几年也十分显著。看报道，
2014年10到2015年10月的一年中，被fda批准的新的抗肿瘤药物中有超过四分之一的都
是靶向药物，这是大趋势，非常有效地降低了pharma的研发成本和缩短开发周期

【在 x*x 的大作中提到】

: NGS在Medical Genetics上的应用只是临床应用的一小部分。将来更为广阔的应用是在
: 肿瘤的测序和液体活检用于肿瘤的早筛和晚期检测预后等等上。现在已经有了相当的应
: 用，我们系里面至少四分之一的医生都order过Foundation Medicine或者Guardant
: Health的NGS检验，用来辅助治疗肿瘤病人，尤其是对一线或二线治疗已经不反应的晚
: 期病人。不过整体发展依旧受限于技术上的不完善，高成本，还有针对actionable
: aberration的化疗以及靶向治疗的药物并不是很多。对于体细胞的突变来指导病人早筛
: 或者用药，通常需要用更高精度的手段，比如ddPCR来验证，sanger的精度远远不够。
:
: ACMG
: diagnostics

m*T2016-02-12 08:02

79 楼

嗯，其实ngs商业化只有短短10年。网上有张图做的挺直观的就是这十年来ngs的成本走
向，准确率等等。

要。

【在 c*********r 的大作中提到】

: Sanger测序是1977年发明的。从发明到应用在乳腺癌诊断上用了将近27年。
: Oncotype 是2004年推出的。（而且至今不是FDA批准的。）
: http://time.com/4013180/genetic-test-impact-chemo-choices-in-su
: NGS以Illumina为例，他的技术来自Solex, Solex又是收购另一家公司在1997年发明的
: 技术。
: 但是由于仪器和成本原因，很久都没能大规模推广。印象里2008年左右才开始逐渐推广
: 。发明至今才不到20年。再过几年再来质疑NGS的应用也不迟。
: 而且两者各有优劣，有各自独特的应用，谁都无法完全取代另外一种技术，也没有必要。

m*T2016-02-12 08:02

80 楼

显然我对oncotype了解不够，但我看到的报道都是来检测肿瘤复发的，不是论断肿瘤用
的，不知道理解得对不对？如果真是这样，那它的用途很局限呀

m*T2016-02-12 08:02

81 楼

具体的定价我不清楚，但我从和reference labs以及payer的接触来看，应该没有那么
高。而且你说的低于2k会亏本是为什么？主要的cost在哪个方面? 除了ngs机器和试剂
，人工，各种其它的运营成本比如实验室，消耗品等等，还有什么大的吗？

美国的定价不是你想象的。一个成本20美分的测试，定价一般20美元。一个PCR反应一

【在 a********k 的大作中提到】

: 美国的定价不是你想象的。一个成本20美分的测试，定价一般20美元。一个PCR反应一
: 般40美元以上。几十个基因的ngs没有2000美元纯亏本。
: 我了解的几个md在medical center里面做ngs都是亏本运营

N*n2016-02-12 08:02

82 楼

21 三体，HLA tying, 体外受精细胞检测，都比较成熟了。

：OK, 测序比传统的termination办法快了很多,
：

a*k2016-02-12 08:02

83 楼

BBS上不想说那么多。我自己建诊断实验室的，收入从几十万到几千万美元都建过了。
ngs在临床诊断方面一直在增加，但是远远不如风投那么火爆。现在ngs的应用估计也就
PCR的零头吧。

【在 m***T 的大作中提到】

: 具体的定价我不清楚，但我从和reference labs以及payer的接触来看，应该没有那么
: 高。而且你说的低于2k会亏本是为什么？主要的cost在哪个方面? 除了ngs机器和试剂
: ，人工，各种其它的运营成本比如实验室，消耗品等等，还有什么大的吗？
:
: 美国的定价不是你想象的。一个成本20美分的测试，定价一般20美元。一个PCR反应一

a*k2016-02-12 08:02

84 楼

一上来就说人sb。。。何苦呢？

【在 x*x 的大作中提到】

: 真给medical oncologist丢脸。我们系里面几十个medical oncologists, 没有一个象
: 你这么SB的。

a*k2016-02-12 08:02

85 楼

fmi和gh的市场做得很不错，我很好奇那些oncologist对他们产品的反馈怎么样？

【在 x*x 的大作中提到】

: NGS在Medical Genetics上的应用只是临床应用的一小部分。将来更为广阔的应用是在
: 肿瘤的测序和液体活检用于肿瘤的早筛和晚期检测预后等等上。现在已经有了相当的应
: 用，我们系里面至少四分之一的医生都order过Foundation Medicine或者Guardant
: Health的NGS检验，用来辅助治疗肿瘤病人，尤其是对一线或二线治疗已经不反应的晚
: 期病人。不过整体发展依旧受限于技术上的不完善，高成本，还有针对actionable
: aberration的化疗以及靶向治疗的药物并不是很多。对于体细胞的突变来指导病人早筛
: 或者用药，通常需要用更高精度的手段，比如ddPCR来验证，sanger的精度远远不够。
:
: ACMG
: diagnostics

a*k2016-02-12 08:02

86 楼

ngs的火爆不是现在时，是将来时。花街不就看这个吗？至于将来的事情，我们交给市
场去回答家好了。前几年的affy确实类似，但是现在ngs要更牛逼一些，因为affy的很
多短板都没了。

【在 t**********t 的大作中提到】

: 这个分析很中肯,
: 我跟NGS没有任何利益上的关系, 我的收入跟NGS一点关系都没有, 我没有long也没有
: short NGS相关的股票.
: 现在NGS被炒的很热, 让我想起以前的affymetrix
: 所以我上来看看我理解的NGS应用上是不是漏掉了什么, 到目前为止所有的跟贴并没有
: 让我感觉otherwise.
: 这是我在这个thread的最后一个贴子.
:
: 要。

t*t2016-02-12 08:02

87 楼

xsx 就是疯狗一条, 所以我才要他去看心理医生, 千老做久了心理出问题了, 见人就咬
, 呵呵

【在 a********k 的大作中提到】

: 一上来就说人sb。。。何苦呢？

t*t2016-02-12 08:02

88 楼

看FMI的股价, 花街似乎也不太看好呀

【在 a********k 的大作中提到】

: ngs的火爆不是现在时，是将来时。花街不就看这个吗？至于将来的事情，我们交给市
: 场去回答家好了。前几年的affy确实类似，但是现在ngs要更牛逼一些，因为affy的很
: 多短板都没了。

t*t2016-02-12 08:02

89 楼

印象中国内也有很多startup在做用NGS提供的服务, 不知道这些公司发展的怎样, 新3
板和创业板上好象没见过这些公司,
做三方诊断或CRO的本身就没有TMT或者O2O之类的对资本有吸引力, 因为投资回报比较
慢, if any.

【在 a********k 的大作中提到】

: ngs的火爆不是现在时，是将来时。花街不就看这个吗？至于将来的事情，我们交给市
: 场去回答家好了。前几年的affy确实类似，但是现在ngs要更牛逼一些，因为affy的很
: 多短板都没了。

z*t2016-02-12 08:02

90 楼

大哥您说话也注意点，别千老千老的，ls有人委婉提醒了，说的可不止您对家，我就说
的更直接点
您要是不来发帖或者不回帖也就算啦，本来很好的topic，大家也能根据自己的背景各
抒己见，大家好好说话不是挺好吗？

【在 t**********t 的大作中提到】

: xsx 就是疯狗一条, 所以我才要他去看心理医生, 千老做久了心理出问题了, 见人就咬
: , 呵呵

k*i2016-02-12 08:02

91 楼

鄙人在一个 major NGS 仪器厂做研发。。。不才，探讨一下：
1. 目前最先进的NGS系统不止快和便宜，最主要已经有full automation。便宜的一套
下来50W刀，用户手工只需要两次pipette。至于病理报告，已经有国际大厂开始直接出
了，医生不需要熟悉基因学，生物信息学，也不需要担责任
2. NGS在oncology应用还需要时日，主要是FDA管的严. CFDA倒是放手玩，只是国内仪
器上还是受制于美国人。NGS的优势是可以multiplexing大大减低成本，一旦保险公司
认，就大有钱途。除了检测癌症基因，也能检测药物基因，方便选择药物
3. NGS目前最主要的revenue来自于NIPT和药厂。华大一家一年在中国做NIPT的市场已
经是billion级了。美国刚刚开始用NGS做NIPT
4. NGS因为快和便宜，不需要primer，除了癌症，对于infectious disease可以完全取
代和超过传统的qPCR，这个才是目前IVD的应用大热点（其他还有HID）
5. 我认为Illumina不管股价多么高估，也比硅谷的IT公司值多了。你可以看看盖茨基
金会刚刚领投给了他们多少钱。毕竟健康产业和人生活质量真正直接相关，而且目前没
人能在NGS和它直接竞争

i*l2016-02-12 08:02

92 楼

桑格法一次反应600BP，测一个人要多少个反应？
NGS 一个Cartridge不过千八百就能完成了。
另外一点，个人觉得前者必须targeted, you have to know what you are looking
for to design the primers,while non-targeted NGS will tell you a lot more.
Yet how to interpret the NGS results STILL can be challenging to most
doctors.

【在 t**********t 的大作中提到】

: 写的大部分我都同意, 但 "sanger的成本比起ngs来不是一般的高，基本上只能做单基
: 因，多基因的检测都得靠ngs".
: NGS不就是快吗? 跟单基因多基因有什么关系? NGS用multiplex同时检测多基因,
: sanger也可以呀, 为什么多基因的检测都得靠NGS呢?
: 大的medical center是有NGS, 但很少是用来发病理报告的, 大部分是用来做科研的.
: 只是讨论哈.

i*l2016-02-12 08:02

93 楼

sensitivity are the same-----both with resolution of single base
specificity is N/A--------one targeted, the other non-targeted.
it's not "比sanger快", say, it is with much higher capacity (amplification
capacity per reaction) 比sanger

惑,

【在 t**********t 的大作中提到】

: 我个人的感觉是NGS吹的过头了, 不就是比sanger快吗, 老办法用termination, 新办法
: 用replication, 做个gene panel, 老办法是慢点, 但sensitivity 和 specificity 还
: 是比NGS要高呀, 临床上可以接受.
: 我的PHD毕业有些年头了, 一直在做临床, 听了illumina的产品宣传后, 觉的有些困惑,
: 所以上来问问, 讨论一下哈,
: 我想知道NGS比sanger在哪些应用上有绝对优势.

T*G2016-02-12 08:02

94 楼

doctors don't interpret NGS results, ACMG trained directors/geneticist do.
Doctors incorporates these reports to make their diagnosis. And most big
reference centers have in-house variants database and follow ACMG guidelines
to interpret NGS results. It is hard to find a identical variants with
different interpretation between reference labs these days.

【在 i***l 的大作中提到】

: 桑格法一次反应600BP，测一个人要多少个反应？
: NGS 一个Cartridge不过千八百就能完成了。
: 另外一点，个人觉得前者必须targeted, you have to know what you are looking
: for to design the primers,while non-targeted NGS will tell you a lot more.
: Yet how to interpret the NGS results STILL can be challenging to most
: doctors.

t*t2016-02-12 08:02

95 楼

no, that's not true!
because DNA extract is a mixture, i.e., mixture of both mutant and normal
variants, due to 1) tumor tissue is not "pure"; and 2) tumor tissue may be
mixed with the normal tissue.
therefore, the sensitivity refers to how sensitive the reaction can pick up
the mutant variant.
In NGS, you can increase the depth, for example, 100x vs. 10x, to increase
the sensitivity, as someone mentioned correctly in this thread before.

【在 i***l 的大作中提到】

: sensitivity are the same-----both with resolution of single base
: specificity is N/A--------one targeted, the other non-targeted.
: it's not "比sanger快", say, it is with much higher capacity (amplification
: capacity per reaction) 比sanger
:
: 惑,

i*l2016-02-12 08:02

96 楼

agree, sanger sequencing only can detect mutation rate 1-5% or higher as i
recall.

ACMG
diagnostics

【在 T*G 的大作中提到】

: NGS 的 reads deep 的话， sensitivity 和 specificity 都比saner高，实际上ACMG
: 的会上已经有争论sanger confirmation是不是有必要的，虽然现在NGS的diagnostics
: 大多centers还要sanger confirmation
:
: 惑,

t*t2016-02-12 08:02

97 楼

that's not entirely true.
medical genetics MOSTLY does not interpret pathological tissue, they simply
don't
have access to the pathological tissue specimen.
tumor (both solid and blood-borne) genetics are NORMALLY interpreted by the
molecular
pathologist within the pathology department.

guidelines

【在 T*G 的大作中提到】

: doctors don't interpret NGS results, ACMG trained directors/geneticist do.
: Doctors incorporates these reports to make their diagnosis. And most big
: reference centers have in-house variants database and follow ACMG guidelines
: to interpret NGS results. It is hard to find a identical variants with
: different interpretation between reference labs these days.

i*l2016-02-12 08:02

98 楼

agree here
4. NGS因为快和便宜，不需要primer，除了癌症，对于infectious disease可以完全取
代和超过传统的qPCR，这个才是目前IVD的应用大热点

【在 k*****i 的大作中提到】

: 鄙人在一个 major NGS 仪器厂做研发。。。不才，探讨一下：
: 1. 目前最先进的NGS系统不止快和便宜，最主要已经有full automation。便宜的一套
: 下来50W刀，用户手工只需要两次pipette。至于病理报告，已经有国际大厂开始直接出
: 了，医生不需要熟悉基因学，生物信息学，也不需要担责任
: 2. NGS在oncology应用还需要时日，主要是FDA管的严. CFDA倒是放手玩，只是国内仪
: 器上还是受制于美国人。NGS的优势是可以multiplexing大大减低成本，一旦保险公司
: 认，就大有钱途。除了检测癌症基因，也能检测药物基因，方便选择药物
: 3. NGS目前最主要的revenue来自于NIPT和药厂。华大一家一年在中国做NIPT的市场已
: 经是billion级了。美国刚刚开始用NGS做NIPT
: 4. NGS因为快和便宜，不需要primer，除了癌症，对于infectious disease可以完全取

t*t2016-02-12 08:02

99 楼

"华大一家一年在中国做NIPT的市场已经是billion级了"
中国的产前诊断市场看来是块大蛋糕哈!
其实华大上市以后, 看它的年报, 看它是从哪些方面赚钱, 就是最好的NGS应用的
indicator.

【在 k*****i 的大作中提到】

: 鄙人在一个 major NGS 仪器厂做研发。。。不才，探讨一下：
: 1. 目前最先进的NGS系统不止快和便宜，最主要已经有full automation。便宜的一套
: 下来50W刀，用户手工只需要两次pipette。至于病理报告，已经有国际大厂开始直接出
: 了，医生不需要熟悉基因学，生物信息学，也不需要担责任
: 2. NGS在oncology应用还需要时日，主要是FDA管的严. CFDA倒是放手玩，只是国内仪
: 器上还是受制于美国人。NGS的优势是可以multiplexing大大减低成本，一旦保险公司
: 认，就大有钱途。除了检测癌症基因，也能检测药物基因，方便选择药物
: 3. NGS目前最主要的revenue来自于NIPT和药厂。华大一家一年在中国做NIPT的市场已
: 经是billion级了。美国刚刚开始用NGS做NIPT
: 4. NGS因为快和便宜，不需要primer，除了癌症，对于infectious disease可以完全取

T*G2016-02-12 08:02

100 楼

that is so called molecular pathology division in most med schools, and a
significant portion of them are doing anatomic pathology, different from
what NGS is mostly used in NIPT/carrier screen type of diagnosis nowdays (
usually within the pediatrics/genetics department). NGS application in tumor
samples are notoriously slow, partially because heterogeneity of tumor
samples added to the difficulty to interpret results and partially because
those doctors are lack of incentives to do NGS in their routine practice.
And their report doesn't require a geneticist to interpret simply because
they don't need to follow ACMG guideline.

simply
the

【在 t**********t 的大作中提到】

: that's not entirely true.
: medical genetics MOSTLY does not interpret pathological tissue, they simply
: don't
: have access to the pathological tissue specimen.
: tumor (both solid and blood-borne) genetics are NORMALLY interpreted by the
: molecular
: pathologist within the pathology department.
:
: guidelines

l*q2016-02-12 08:02

101 楼

NGS is more sensitive and cost-effective for multi-gene panel testing.
Its clinical application has been well demonstrated in both medical genetics
and clinical cancer genomics.
As many mentioned, the challenges are how to make it cheaper, TAT faster,
and processing and analysis easier.
No doubt, clinical NGS testing will replace many existing gene testing.
Someday, it will even be used as a routine medical screening method.
If you do not believe, just talk to Molecular Diagnostic Lab in your
institution and ask their thoughts. If they are not thinking of NGS, it is
very strange.

up

【在 t**********t 的大作中提到】

: no, that's not true!
: because DNA extract is a mixture, i.e., mixture of both mutant and normal
: variants, due to 1) tumor tissue is not "pure"; and 2) tumor tissue may be
: mixed with the normal tissue.
: therefore, the sensitivity refers to how sensitive the reaction can pick up
: the mutant variant.
: In NGS, you can increase the depth, for example, 100x vs. 10x, to increase
: the sensitivity, as someone mentioned correctly in this thread before.

k*i2016-02-12 08:02

102 楼

其他还有贝瑞和康达安基因等。。。

【在 t**********t 的大作中提到】

: "华大一家一年在中国做NIPT的市场已经是billion级了"
: 中国的产前诊断市场看来是块大蛋糕哈!
: 其实华大上市以后, 看它的年报, 看它是从哪些方面赚钱, 就是最好的NGS应用的
: indicator.

t*t2016-02-12 08:02

103 楼

LOL! Of course anatomic pathologists do not follow ACMG guideline, why
should them? On the other hand, the medical geneticists do not have the
capacity to interpret tumor specimen either, they are not trained to do so.

tumor

【在 T*G 的大作中提到】

: that is so called molecular pathology division in most med schools, and a
: significant portion of them are doing anatomic pathology, different from
: what NGS is mostly used in NIPT/carrier screen type of diagnosis nowdays (
: usually within the pediatrics/genetics department). NGS application in tumor
: samples are notoriously slow, partially because heterogeneity of tumor
: samples added to the difficulty to interpret results and partially because
: those doctors are lack of incentives to do NGS in their routine practice.
: And their report doesn't require a geneticist to interpret simply because
: they don't need to follow ACMG guideline.
:

l*q2016-02-12 08:02

104 楼

I would say, these days, many of molecular diagnostic laboratories in
pathology are run by ABMG-trained clinical molecular geneticists, especially
, if the lab wants to develop complex testings, such as NGS.

【在 t**********t 的大作中提到】

: LOL! Of course anatomic pathologists do not follow ACMG guideline, why
: should them? On the other hand, the medical geneticists do not have the
: capacity to interpret tumor specimen either, they are not trained to do so.
:
:
: tumor

t*t2016-02-12 08:02

105 楼

not at my institution,
the MDx lab in my institution is run by ap/cp pathologists, not a single
medical genetist.

especially

【在 l**********q 的大作中提到】

: I would say, these days, many of molecular diagnostic laboratories in
: pathology are run by ABMG-trained clinical molecular geneticists, especially
: , if the lab wants to develop complex testings, such as NGS.

l*q2016-02-12 08:02

106 楼

Does your institution offer NGS or develop?
Just curious.

【在 t**********t 的大作中提到】

: not at my institution,
: the MDx lab in my institution is run by ap/cp pathologists, not a single
: medical genetist.
:
: especially

T*G2016-02-12 08:02

107 楼

我只是简单说一下为什么NGS在Molecular Pathology 现阶段应用很有限，看来你没接
触过NGS interpretation, NGS reliable的interpretation和database大多应用在
prenatal 和一些遗传疾病的检测，为了不同的reference lab 间对case 有相同的
interpretation, ACMG在业内定了disease interpretation 的guideline。"the
medical geneticists do not have the capacity to interpret tumor specimen
either" This is totally wrong, ARE U NUTS? look at how many labs are doing
tumor NGS in both academia and industry. The major difficulty is not
freaking how you get tumor samples, it is how you interpret the results
because somatic mutations are far complexed as compared to germ line
diseases. Most of these tumor NGS are done by medical geneticists, sorry no
offense.

【在 t**********t 的大作中提到】

: LOL! Of course anatomic pathologists do not follow ACMG guideline, why
: should them? On the other hand, the medical geneticists do not have the
: capacity to interpret tumor specimen either, they are not trained to do so.
:
:
: tumor

t*t2016-02-12 08:02

108 楼

at least not for anatomic pathology report, the pathology dept does have NGS
machine, but I think they use it mostly for research purpose.
look, using NGS data in the anatomic pathology report is a dinosaur nowadays
, I don't see it that often. And I don't think it will be reimbursed by the
insurance company as well.

【在 l**********q 的大作中提到】

: Does your institution offer NGS or develop?
: Just curious.

t*t2016-02-12 08:02

109 楼

dude, all the surgically exercised specimen has to go to the pathology lab,
including the bone marrow aspiration! The molecular pathology or MDx
division will interpret the genetic data out of it if needed.
how does medical geneticist get access to those specimen is beyond my
imagination.
Are you medically qualified? Have you ever worked in a hospital setting
before?

no

【在 T*G 的大作中提到】

: 我只是简单说一下为什么NGS在Molecular Pathology 现阶段应用很有限，看来你没接
: 触过NGS interpretation, NGS reliable的interpretation和database大多应用在
: prenatal 和一些遗传疾病的检测，为了不同的reference lab 间对case 有相同的
: interpretation, ACMG在业内定了disease interpretation 的guideline。"the
: medical geneticists do not have the capacity to interpret tumor specimen
: either" This is totally wrong, ARE U NUTS? look at how many labs are doing
: tumor NGS in both academia and industry. The major difficulty is not
: freaking how you get tumor samples, it is how you interpret the results
: because somatic mutations are far complexed as compared to germ line
: diseases. Most of these tumor NGS are done by medical geneticists, sorry no

t*t2016-02-12 08:02

110 楼

well, unless you say that the medical geneticists are working in the
pathology lab. But again, not in my institution.
Some medical geneticists are not MDs, they are PhDs. That's why I don't
think medical geneticists are trained to interpret tumor genetics. How are
PhD medical geneticist going to issue a pathology report without medical
qualification?

no

【在 T*G 的大作中提到】

: 我只是简单说一下为什么NGS在Molecular Pathology 现阶段应用很有限，看来你没接
: 触过NGS interpretation, NGS reliable的interpretation和database大多应用在
: prenatal 和一些遗传疾病的检测，为了不同的reference lab 间对case 有相同的
: interpretation, ACMG在业内定了disease interpretation 的guideline。"the
: medical geneticists do not have the capacity to interpret tumor specimen
: either" This is totally wrong, ARE U NUTS? look at how many labs are doing
: tumor NGS in both academia and industry. The major difficulty is not
: freaking how you get tumor samples, it is how you interpret the results
: because somatic mutations are far complexed as compared to germ line
: diseases. Most of these tumor NGS are done by medical geneticists, sorry no

l*q2016-02-12 08:02

111 楼

Everybody is using NGS machine for their research.
Top medical centers are offering clinical NGS for cancer patients not
responding to standard of care. IMHO, modern medical oncology better
integrates clinical NGS cancer testing for subgroup of their patients.

NGS
nowadays
the

【在 t**********t 的大作中提到】

: at least not for anatomic pathology report, the pathology dept does have NGS
: machine, but I think they use it mostly for research purpose.
: look, using NGS data in the anatomic pathology report is a dinosaur nowadays
: , I don't see it that often. And I don't think it will be reimbursed by the
: insurance company as well.

l*q2016-02-12 08:02

112 楼

Many reports from Pathology are indeed issued by PhDs.

are

【在 t**********t 的大作中提到】

: well, unless you say that the medical geneticists are working in the
: pathology lab. But again, not in my institution.
: Some medical geneticists are not MDs, they are PhDs. That's why I don't
: think medical geneticists are trained to interpret tumor genetics. How are
: PhD medical geneticist going to issue a pathology report without medical
: qualification?
:
: no

t*t2016-02-12 08:02

113 楼

Not on the anatomic pathology side, AP report has to be from MDs.
Clinical pathology, yes, but who cares about that, LOL!

【在 l**********q 的大作中提到】

: Many reports from Pathology are indeed issued by PhDs.
:
: are

l*q2016-02-12 08:02

114 楼

This is such a strange conversation!
You want to talk about clinical NGS.
I thought you understood MDx/NGS belongs to CP.

【在 t**********t 的大作中提到】

: Not on the anatomic pathology side, AP report has to be from MDs.
: Clinical pathology, yes, but who cares about that, LOL!

t*t2016-02-12 08:02

115 楼

well, I think even for CP reports, most of the reports has to be signed by
MDs, although I am not sure.
If I treat a patient based on a wrong report issued by a PhD, and being a
PhD, this person naturally does not carry medical liability insurance, who's
going to pay the settlement in times of malpractice lawsuit.
That's why I don't think any clinician would want to accept a pathology
report from a PhD.

r*g2016-02-12 08:02

116 楼

http://www.nature.com/nm/journal/v21/n6/abs/nm.3840.html
楼主，有机会读读这篇paper吧~ 如果有时间，再去读读 TA Chan （MSKCC）最近发的
几篇关于check point治疗interindividual variability的文章。
这篇Nat Med文章中，pediatric relapse ALL的case中，有相当多的病人都有同一条
pathway和enzyme的mutation
相信，马上就会有相关pathway，相关enzyme的药物研发。比如10年以后，药物A能靶
向target这个pathway
10年以后，临床上有没有可能，运用NGS的技术，对于病人测序，如果发现pathway
mutation，直
接用药物A加化疗一起呢
至于你可能会考虑的成本问题，保险公司reimbursement，各种ethics的问题，可以
慢慢的解决，对不对？至少10年以后，一个WES成本降到150USD，也是有可能的吧？并
且，以后如果一个公司开一个NGS lab，直接大样本的同时测数百病人的 WES，成本
有可能会很低，reimbursement的问题也能慢慢解决hopefully,对不对？
目前 NGS直接临床运用的情况，我了解的不多。但是，我们学校医院有一台miseq，相
信以后也希望以后运用也会慢慢越来越多。
我希望，有人有能力，能抓住现在这个契机，办起来大型医学检验公司，运用NGS技
术，来提高以后疾病的诊断和治疗。科学带动产业嘛，然后提高医疗治疗咯。

t*t2016-02-12 08:02

117 楼

你说的这些research上很sounded的molecular profiling的文章多的是,
能不能或者多久能运用到临床上是另外一回事.

【在 r******g 的大作中提到】

: http://www.nature.com/nm/journal/v21/n6/abs/nm.3840.html
: 楼主，有机会读读这篇paper吧~ 如果有时间，再去读读 TA Chan （MSKCC）最近发的
: 几篇关于check point治疗interindividual variability的文章。
: 这篇Nat Med文章中，pediatric relapse ALL的case中，有相当多的病人都有同一条
: pathway和enzyme的mutation
: 相信，马上就会有相关pathway，相关enzyme的药物研发。比如10年以后，药物A能靶
: 向target这个pathway
: 10年以后，临床上有没有可能，运用NGS的技术，对于病人测序，如果发现pathway
: mutation，直
: 接用药物A加化疗一起呢

a*k2016-02-12 08:02

118 楼

所以其实大家都在赌将来。。。但是将来真的很难说，免疫疗法和细胞治疗可能是癌症
的未来方向。临床方面根本就没ngs太多事情。

【在 r******g 的大作中提到】

: http://www.nature.com/nm/journal/v21/n6/abs/nm.3840.html
: 楼主，有机会读读这篇paper吧~ 如果有时间，再去读读 TA Chan （MSKCC）最近发的
: 几篇关于check point治疗interindividual variability的文章。
: 这篇Nat Med文章中，pediatric relapse ALL的case中，有相当多的病人都有同一条
: pathway和enzyme的mutation
: 相信，马上就会有相关pathway，相关enzyme的药物研发。比如10年以后，药物A能靶
: 向target这个pathway
: 10年以后，临床上有没有可能，运用NGS的技术，对于病人测序，如果发现pathway
: mutation，直
: 接用药物A加化疗一起呢

t*t2016-02-12 08:02

119 楼

先把你的英文练习好一下, 再用英文说话,
不然的话说中文好些, 至少别人知道你在说什么.
LOL!!!

you
is

【在 c********e 的大作中提到】

:
: 惑,
: Yeah, I think you do not know modern oncology.

c*e2016-02-12 08:02

120 楼

To you, i do not have to.

【在 t**********t 的大作中提到】

: 先把你的英文练习好一下, 再用英文说话,
: 不然的话说中文好些, 至少别人知道你在说什么.
: LOL!!!
:
: you
: is

c*e2016-02-12 08:02

121 楼

Have you seriously read these profiling paper?

【在 t**********t 的大作中提到】

: 你说的这些research上很sounded的molecular profiling的文章多的是,
: 能不能或者多久能运用到临床上是另外一回事.

T*G2016-02-12 08:02

122 楼

回了这么多，其实我是想看看弼马温老师对这个point是怎么看的，今天人家过V day去
了没出来:- (

【在 c********e 的大作中提到】

:
: Have you seriously read these profiling paper?

A*H2016-02-12 08:02

123 楼

10倍以上，哇塞！那岂不是应该几十一百万了。。。太赞了
[出售] Staples Egc 1*200 @0.92[二手市场 FleaMarket]
[出售] staples egc 1*200 @0.92 do NOT take billpay, non-cc paypal ONLY!
作者：thepresident 发表于2015-08-18 18:06:27 0条回复
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作者：thepresident 发表于2014-12-01 21:53:05 0条回复
OBC 在Walmart 算 Grocery 吗?[海外理财 Money]
后知后觉, 刚申请的OBC, 听说在target算discount store, 在walmart算grocery吗?
作者：thepresident 发表于2015-01-05 05:22:03 5条回复
出[email protected]上买的华为P8 Lite, $160, Firm, 要的站内信[掌中宝 PDA]
USPS shipping included 收到EMAIL说已经SHIP出来了, 呵呵
作者：thepresident 发表于2015-11-30 12:37:01 12条回复

【在 t**********t 的大作中提到】

: 进行人身攻击不太好, 而且我确认我的收入至少是你的10倍以上, 虽然我不知道你的职
: 业, 呵呵
: 说话的时候, 不要出口就是人身攻击, 这样对你的career不利.