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招人denovo assembly

招人denovo assembly# Biology - 生物学

h*t2016-03-23 07:03

1 楼

刚从老板那里要来的一个opening。公司在旧金山湾区。项目是denovo assembly。要求
是对bioinformatics略懂，会C++，python编程。
我们组主要目前正在开发denovo assembly的软件，主要目标是能够结合我们公司的测
序技术来组装human genome，希望能够超过现有的assemblers表现，获得高覆盖度低错
误率。职位本身是入门级的，以实现算法开发程序为主，会有相当多的编程任务。
具体的细节HR还在弄，我先提前来收收简历。有兴趣的请站内短信给我。

c*r2016-03-23 07:03

2 楼

如果可以的话，能稍微介绍一下工作和项目的一些信息吗？专门找de novo assembly的
职位还是不多见。
主要用到已有的de novo assembly的pipeline（Trinity，SOAP，oases等）来组装数据
，还是要自己开发？要求会C++，python编程看样子是要开发软件吗？
序列来自人、动物、植物还是微生物？Genome还是transcriptome？测序的技术是
Illumina、PacBio还是其它技术？主要是做基础研究还是有具体应用？我对这几个问题
挺感兴趣主要是想了解一下这个领域趋势。我觉得很多应用已经不能局限在仅使用
reference上，会丢掉不少参考序列里没有的但是可能有价值的信息。de novo
assembly对硬件、运算时间、算法等都要求很高，但是结果会很有价值。
谢谢！

【在 h******t 的大作中提到】

: 刚从老板那里要来的一个opening。公司在旧金山湾区。项目是denovo assembly。要求
: 是对bioinformatics略懂，会C++，python编程。
: 我们组主要目前正在开发denovo assembly的软件，主要目标是能够结合我们公司的测
: 序技术来组装human genome，希望能够超过现有的assemblers表现，获得高覆盖度低错
: 误率。职位本身是入门级的，以实现算法开发程序为主，会有相当多的编程任务。
: 具体的细节HR还在弄，我先提前来收收简历。有兴趣的请站内短信给我。

h*t2016-03-23 07:03

3 楼

抱歉，之前写得比较简略。
我们组主要目前正在开发denovo assembly的软件，主要目标是能够结合我们公司的测
序技术来组装human genome，希望能够超过现有的assemblers表现，获得高覆盖度低错
误率。职位本身是入门级的，以实现算法开发程序为主，会有相当多的编程任务。

【在 c*********r 的大作中提到】

: 如果可以的话，能稍微介绍一下工作和项目的一些信息吗？专门找de novo assembly的
: 职位还是不多见。
: 主要用到已有的de novo assembly的pipeline（Trinity，SOAP，oases等）来组装数据
: ，还是要自己开发？要求会C++，python编程看样子是要开发软件吗？
: 序列来自人、动物、植物还是微生物？Genome还是transcriptome？测序的技术是
: Illumina、PacBio还是其它技术？主要是做基础研究还是有具体应用？我对这几个问题
: 挺感兴趣主要是想了解一下这个领域趋势。我觉得很多应用已经不能局限在仅使用
: reference上，会丢掉不少参考序列里没有的但是可能有价值的信息。de novo
: assembly对硬件、运算时间、算法等都要求很高，但是结果会很有价值。
: 谢谢！

c*r2016-03-23 07:03

4 楼

"希望能够超过现有的assemblers表现"，这个很期待，希望能早日用上你们的软件！
有几个问题想和你再交流交流，还请多多指教。
你们的目标是结合你们公司的测序技术，也就是说你们有自己的测序技术？你们在湾区
的话，你们公司是Illumina，PacBio还是life technologies/Thermo Fisher？那么这
个软件会是商业软件了吧，会不会开源？ ^_^
很好奇你们的软件会只针对一种测序方法还是几种测序方法都通用。各种测序技术产生
的reads都有特点，Illumina通量的大，但是短，而且有bias，组装之后gap很多；
PacBio长，bias小，但是错误率高（可以通过多测几遍来校正），成本高所以不普及（
我觉得以后成本下来了可以和Illumina抢市场）。不知道你们会主要针对哪一种测序技
术？
算法方面你们要开发新的算法？还是基于de Bruijn graphs的算法吗？
如果只针对人的genome的话，会开发或者兼容其他物种genome？不同物种的GC%、复杂
程度都不同，肯定不能用同一套参数来组装。像我们这种不以人为研究对象的，你们会
不会考虑一下照顾照顾我们的需求？^_^
我只用过Trinity组装转录组，感觉Trinity对内存容量要求太高了，有段时间连我们学
校的HPC都没有大内存的queue。而且reads多的话，跑都要跑五六天。所以如果能在普
通服务器上短时间就能跑完而且组装质量好的话，那肯定很受欢迎！
谢谢！

【在 h******t 的大作中提到】

: 抱歉，之前写得比较简略。
: 我们组主要目前正在开发denovo assembly的软件，主要目标是能够结合我们公司的测
: 序技术来组装human genome，希望能够超过现有的assemblers表现，获得高覆盖度低错
: 误率。职位本身是入门级的，以实现算法开发程序为主，会有相当多的编程任务。

n*72016-03-23 07:03

5 楼

我估计转行的用C++的很稀有
就我这些年的经验
C++在bioinfo的研究中用的不多
做pipeline用不上
做methodology往往也是Matlab R Python+Numpy这类开发快速的语言，还有不少java的
就是做aligner这类对性能要求高的用，但是做这块的人相对少很多
身边用C++的都是已经有很强的CS背景
这样的人折腾了这么久，估计也不会只是找个入门级的bioinfo工作

s*s2016-03-23 07:03

6 楼

其实你找的是developer，不是bioinfomatician

【在 h******t 的大作中提到】

l*y2016-03-23 07:03

7 楼

请懂行大牛解惑，做human genome为啥要denovo

v*e2016-03-23 07:03

8 楼

可能做癌症的

【在 l***y 的大作中提到】

: 请懂行大牛解惑，做human genome为啥要denovo

v*e2016-03-23 07:03

9 楼

可能做癌症的

【在 l***y 的大作中提到】

: 请懂行大牛解惑，做human genome为啥要denovo

n*72016-03-23 07:03

10 楼

programmer应该是符合吧
所以我觉得转行的bioinfomatician会C++的不错
而会C++的bioinfomatician 也应该不会对这个入门职位感兴趣

【在 s******s 的大作中提到】

: 其实你找的是developer，不是bioinfomatician

e*62016-03-23 07:03

11 楼

工资大概多少？

【在 n******7 的大作中提到】

: programmer应该是符合吧
: 所以我觉得转行的bioinfomatician会C++的不错
: 而会C++的bioinfomatician 也应该不会对这个入门职位感兴趣

e*o2016-03-23 07:03

12 楼

主要看钱多少
title扯淡语言一个星期就上手了

【在 n******7 的大作中提到】

: programmer应该是符合吧
: 所以我觉得转行的bioinfomatician会C++的不错
: 而会C++的bioinfomatician 也应该不会对这个入门职位感兴趣

n*72016-03-23 07:03

13 楼

最近开始看工作信息
入门==钱很少
去indeed搜 junior xxx可以参考一下

【在 e*********6 的大作中提到】

: 工资大概多少？

e*62016-03-23 07:03

14 楼

我觉得这个岗位要想找个能长期干的不应该低于亚麻的主流工资，不然找来人家也是骑
驴找马

【在 e*******o 的大作中提到】

: 主要看钱多少
: title扯淡语言一个星期就上手了

n*72016-03-23 07:03

15 楼

正经广告的话
title就决定了工资范围和对你的期待
我觉得C++对于那种一直写脚本的bioinformatian们来说
一个星期是搞不定的
特别还要实现xx 算法，对于一直做pipeline和data analysis的也有些挑战
当然，你要是压力不大，我可以说我一天上手
反正边做边学呗

【在 e*******o 的大作中提到】

: 主要看钱多少
: title扯淡语言一个星期就上手了

e*62016-03-23 07:03

16 楼

从低级往高级语言转容易，反之难

【在 n******7 的大作中提到】

: 正经广告的话
: title就决定了工资范围和对你的期待
: 我觉得C++对于那种一直写脚本的bioinformatian们来说
: 一个星期是搞不定的
: 特别还要实现xx 算法，对于一直做pipeline和data analysis的也有些挑战
: 当然，你要是压力不大，我可以说我一天上手
: 反正边做边学呗

n*72016-03-23 07:03

17 楼

对，手动挡换自动挡要容易很多
例外是完全不同的paradigm，比如functional programming
这个我一直有兴趣，可惜bioinfo里面应用不多，一直没有机会学

【在 e*********6 的大作中提到】

: 从低级往高级语言转容易，反之难

c*r2016-03-23 07:03

18 楼

给你站内发短信了。
我有一个哥们儿，Software Engineering和Electrical and
Computer Engineering的硕士，会C/C++, Java, SQL, C#，Python等，懂生物信息，对
这个职位很感兴趣。谢谢！

【在 h******t 的大作中提到】

e*o2016-03-23 07:03

19 楼

有个workflow engine biokepi 是ocaml写的
打车问一下
有没有简单易用的workflow engine？最常用的是snakemake？

【在 n******7 的大作中提到】

: 对，手动挡换自动挡要容易很多
: 例外是完全不同的paradigm，比如functional programming
: 这个我一直有兴趣，可惜bioinfo里面应用不多，一直没有机会学

n*72016-03-23 07:03

20 楼

ocaml很nb
在代码简洁和运行效率两方面综合起来是最好的
可惜library是个大问题
MS的F#就是基于ocaml的，一片好评
可惜是MS的东西，linux下面基本没人用
scala是目前最流行的FP语言
还能支持java package
GATK就有大量的scala代码
可惜太繁杂，很多屎坑
bioinfo的项目/公司，要么在乎performance上c/c++
要么在乎简单可靠上java
scala有些尴尬
clojure我觉得很好玩，但是目前对工作没用的东西都不想花太多时间
workflow engine我没用过
我们这里做过Pegasus 的培训，我看了一下觉得没必要
实在不喜欢过度设计的系统
这里有个讨论，什么情况下用workflow engine
http://programmers.stackexchange.com/questions/103972/when-to-u
最佳回复是：
When you want to use a shiny but clunky wizard UI to and replace simple code
with something hard-to-debug, hard-to-test, and full of opaque error-codes.
.. That's when I recommend to use a workflow engine. – JasonTrue Aug 26 '11
at 17:36

【在 e*******o 的大作中提到】

: 有个workflow engine biokepi 是ocaml写的
: 打车问一下
: 有没有简单易用的workflow engine？最常用的是snakemake？

e*o2016-03-23 07:03

21 楼

我觉得还是有用不过主要问题是试过几个都不好用都是自己的dsl 又没有明确的规范

【在 n******7 的大作中提到】

: ocaml很nb
: 在代码简洁和运行效率两方面综合起来是最好的
: 可惜library是个大问题
: MS的F#就是基于ocaml的，一片好评
: 可惜是MS的东西，linux下面基本没人用
: scala是目前最流行的FP语言
: 还能支持java package
: GATK就有大量的scala代码
: 可惜太繁杂，很多屎坑
: bioinfo的项目/公司，要么在乎performance上c/c++

f*82016-03-23 07:03

22 楼

hg19还是有很多gap的。另外，其实不同的人种都需要自己的reference。
现在的reference genome还是sanger测序搞的（花了好多钱~3B），如果能用illumina
，pacbio/nanopore或者是其他新的测序技术搞出来个新的高质量的reference就nb了。

【在 l***y 的大作中提到】

: 请懂行大牛解惑，做human genome为啥要denovo

e*62016-03-23 07:03

23 楼

我觉得生物版的人特别忧国忧民，都在讨论大趋势。这种帖子都第二页了居然没人问工
资。看类似统计版或者job hunting版都是问工资的。要是工资低了还要被骂

规范

【在 e*******o 的大作中提到】

: 我觉得还是有用不过主要问题是试过几个都不好用都是自己的dsl 又没有明确的规范

c*r2016-03-23 07:03

24 楼

发站内信问了，楼主没理我。。。

【在 e*********6 的大作中提到】

: 我觉得生物版的人特别忧国忧民，都在讨论大趋势。这种帖子都第二页了居然没人问工
: 资。看类似统计版或者job hunting版都是问工资的。要是工资低了还要被骂
:
: 规范

n*72016-03-23 07:03

25 楼

生物版的主题就是逃避现实
要么就是谈论各种跟自己不相关的神仙，指点下江山
要么就是揭露各种黑暗，感叹一下世事艰难
而偶尔有招工的贴，也不是自己努力想申请就可以拿到的
生物人找工作太难，顺便一个职位都拼的刺刀见红
本来BBRC水平就可以胜任的，NCS的人跟你抢
工资比postdoc高估计就成了
就这个贴，专门强调了是入门职位，适合转行人士，我基本确定工资高不了
你要是有兴趣直接问楼主

【在 e*********6 的大作中提到】

e*o2016-03-23 07:03

26 楼

湾区 8万只少不会多

【在 n******7 的大作中提到】

: 生物版的主题就是逃避现实
: 要么就是谈论各种跟自己不相关的神仙，指点下江山
: 要么就是揭露各种黑暗，感叹一下世事艰难
: 而偶尔有招工的贴，也不是自己努力想申请就可以拿到的
: 生物人找工作太难，顺便一个职位都拼的刺刀见红
: 本来BBRC水平就可以胜任的，NCS的人跟你抢
: 工资比postdoc高估计就成了
: 就这个贴，专门强调了是入门职位，适合转行人士，我基本确定工资高不了
: 你要是有兴趣直接问楼主

d*r2016-03-23 07:03

27 楼

湾区不是最近公布贫困线都25万了，在贫困线以下的可以住政府的廉租房吗？
8万简直是塞牙缝都还不够啊，还更少？

【在 e*******o 的大作中提到】

: 湾区 8万只少不会多

h*t2016-03-23 07:03

28 楼

我是楼主。
不知道是换了标题的关系还是周末大家比较有时间，回帖一下多了起来。
水平有限，学术讨论就不参加了。回答几个大家关心的问题。
1. 这个职位是不是程序员？
是。但不是“主流”的程序员。我们不搞手机app，不弄什么网络服务器，我们只是用c
++给公司的测序系统编写基因组装程序。Scientific programmer可能是更合适的title
。组里现在都是programmers，我略微倾向于能够招个有一定生物或者生物信息背景的
，用来丰富团队的组成，拓宽视野。
2. 为什么说是入门级？
主要是不要求一定有相关工作经验，不要求一定有很强背景。这不是一个senior职位。
3. 待遇如何？
我觉得还是不错的。差不多是旧金山湾区的普通程序员的入门级工资。所以应该比别的
行业别的地区的入门级工资要高上那么一些。当然旧金山湾区的生活成本在那里，这个
你自己综合考虑。
这个职位是上周我从大老板那里要来的，HR处理起来可能需要一点时间。去年招人的时
候，网投过来的candidates实在差太远面试了大半年才招了一个，这次贴出来希望能有
更多更好的candidates，也希望给忙于求职的朋友们增加一些机会。

e*o2016-03-23 07:03

29 楼

没有最少只有更少
要是去学校更低包括Stanford

【在 d*****r 的大作中提到】

: 湾区不是最近公布贫困线都25万了，在贫困线以下的可以住政府的廉租房吗？
: 8万简直是塞牙缝都还不够啊，还更少？

s*r2016-03-23 07:03

30 楼

平时用c++干活做bioinfo的都是牛人，应该看不上这种入门职位
直接招个能写c++的算了，实现算法要懂啥生物

【在 h******t 的大作中提到】

F*t2016-03-23 07:03

31 楼

生物的能玩转Ｃ＋＋几乎不可能
生物信息的能玩Ｃ＋＋是高手，页不太可能去干初级职位。
事实上，生物信息用Ｒ,python,perl的是主流
用ｊａｖａ和Ｃ的有一些
用Ｃ＋＋的我还没见过。

用c
title

【在 h******t 的大作中提到】

: 我是楼主。
: 不知道是换了标题的关系还是周末大家比较有时间，回帖一下多了起来。
: 水平有限，学术讨论就不参加了。回答几个大家关心的问题。
: 1. 这个职位是不是程序员？
: 是。但不是“主流”的程序员。我们不搞手机app，不弄什么网络服务器，我们只是用c
: ++给公司的测序系统编写基因组装程序。Scientific programmer可能是更合适的title
: 。组里现在都是programmers，我略微倾向于能够招个有一定生物或者生物信息背景的
: ，用来丰富团队的组成，拓宽视野。
: 2. 为什么说是入门级？
: 主要是不要求一定有相关工作经验，不要求一定有很强背景。这不是一个senior职位。

e*62016-03-23 07:03

32 楼

我是bioinfo我也用c++但我不是牛人。。。。

【在 s******r 的大作中提到】

: 平时用c++干活做bioinfo的都是牛人，应该看不上这种入门职位
: 直接招个能写c++的算了，实现算法要懂啥生物

d*r2016-03-23 07:03

33 楼

学生物的玩转C++的还是很多的。
生物信息玩转C++的也很多，版上某人的PhD老板就是：
http://reducio.princeton.edu/cm/ogt
他们实验室出来直接去花街投行写C++没问题。

【在 F*******t 的大作中提到】

: 生物的能玩转Ｃ＋＋几乎不可能
: 生物信息的能玩Ｃ＋＋是高手，页不太可能去干初级职位。
: 事实上，生物信息用Ｒ,python,perl的是主流
: 用ｊａｖａ和Ｃ的有一些
: 用Ｃ＋＋的我还没见过。
:
: 用c
: title

w*e2016-03-23 07:03

34 楼

come on!
人家是cs 专业的好不好！

【在 d*****r 的大作中提到】

: 学生物的玩转C++的还是很多的。
: 生物信息玩转C++的也很多，版上某人的PhD老板就是：
: http://reducio.princeton.edu/cm/ogt
: 他们实验室出来直接去花街投行写C++没问题。

W*o2016-03-23 07:03

35 楼

元芳你怎么看？这个其实算cs便bioinfo的了

【在 d*****r 的大作中提到】

s*x2016-03-23 07:03

36 楼

Olga是计算机系的。

【在 d*****r 的大作中提到】

d*r2016-03-23 07:03

37 楼

她不是招了很多生物学本科背景的学生吗，而且他们都后来出路都不错。
不要纠结于生物系还是计算机系，其实都是一回事。

【在 s*********x 的大作中提到】

: Olga是计算机系的。

s*a2016-03-23 07:03

38 楼

@demoner: 其实都是一回事
That's true but only to top talents. Most people are not in that category.