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【问】CRISPR gRNA 的设计,有好的program可以用来排除脱靶效应吗?
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【问】CRISPR gRNA 的设计,有好的program可以用来排除脱靶效应吗?# Biology - 生物学
N*g
1
☆─────────────────────────────────────☆
jaydige (可不可以就让一切尽在不言中) 于 (Thu Jul 30 14:07:55 2009, 美东) 提到:
online下了两个pickup,一个是裸laptop,一个按cd90的傻瓜药方下的。都收到
confirmation and ready to pickup的通知了,也都charaged,然后今天去BB,那只有
一台裸的laptop是给我准备好的,他说因为一张卡只能下一个这个电脑,另一个单子就
不能pickup了。问题另一个单子的另一台printer和30gc都说shipped了啊,那我现在怎
么办?等printer和gc到了以后,打电话让他退整个单子的钱?printer和gc我白落下了

☆─────────────────────────────────────☆
enz (拗二哥) 于 (Thu Jul 30 14:10:15 2009, 美东) 提到:
想得美。没电脑,prniter charge原价
如果只让买一个,你为什么不pick up哪个不裸的?
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w*a
2
关于CRISPR gRNA 的设计,针对细菌的,有好的program可以用来避免脱靶效应吗?
真核的已经有很多程序和软件了,不知道针对细菌的有没有?难道就是自己简单的
BLAST吗?
谢谢!
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w*a
4
Thank you very much!

【在 h**********r 的大作中提到】
: http://www.rgenome.net/cas-designer/
: http://www.rgenome.net/cas-offinder/
: Target Sequence
: Insert any sequence(s) where you want to search for RGEN targets (raw
: sequence or FASTA format, maximum 1000 chars)
: Send request for a new organism
: I didn't use it before. Hopefully it can help you.

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h*r
5
http://www.rgenome.net/cas-designer/
select others
Caenorhabditis elegans (ce10)
Aspergillus niger ATCC 1015 (ASPNI v3.0)
Escherichia coli (K-12, MG1655)
Komagataella pastoris (from Ensemble Fungi release 23)
Leishmania major (ASM272v2)
Paracoccus denitrificans PD1222 (GCA_000203895.1)
Metarhizium anisopliae BRIP 53293 (ASM42696v1)
Metarhizium anisopliae (JNNZ01)
Rhodococcus sp. RHA1 (2006-11-01, from Rhodococcus Genome Project website)
Klebsiella pneumoniae MGH 78578 (NCBI Assembly ID 168878)
Plasmodium falciparum 3D7 (PlasmoDB release 25)
Lactobacillus mucosae LM1 (ASM24809v3)
Caenorhabditis elegans (WBcel235)
Phaeodactylum tricornutum (Phatr2)
Synechococcus elgonatus (ASM1252v1)
Corynebacterium glutamicum (ASM1132v1)
Mycobacterium tuberculosis (ASM19595v2)
Leishmania braziliensis (ASM284v2)
Staphylococcus aureus Newman (AP009351.1)
Pseudomonas putida KT2440 (NC_002947.3)
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (NC_003030.1)
Burkholderia sacchari (JTDB01)
Trypanosoma cruzi (DM28)
Lotmaria passim (AHIJ00000000.1)
Debaryomyces hansenii (CBS767)
Human herpesvirus 5 strain TB40/E clone TB40-BAC4 (PT2)
Dictyostelium discoiduem (Dicty Base) - amoeba
Villosiclava virens (JHTR01)
Synechococcus sp. UTEX 2973 (v1)
Human papillomavirus 16 (HPV16)
Schistosoma mansoni (ASM23792v2)
Listeria monocytogenes (PRJEB4153)
Volvox cateri (v2.1)
Bombyx mori (BABH01) - domestic silkworm
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z*t
6
有一个online program叫crisprscan相当好用

【在 w********a 的大作中提到】
: 关于CRISPR gRNA 的设计,针对细菌的,有好的program可以用来避免脱靶效应吗?
: 真核的已经有很多程序和软件了,不知道针对细菌的有没有?难道就是自己简单的
: BLAST吗?
: 谢谢!

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h*r
7
请教楼主一个问题。构建sgRNA表达的时候,是不是转录起点之后尽量少加额外的序列
?我的顾虑是很多启动子的转录起点其实不是特别清楚。在做基因表达的时候,找ATG
就行了。但是不清楚多余的5‘序列对整个Crispr-cas9效率的影响。
我附上了一个简图供参考。多谢!

【在 w********a 的大作中提到】
: 关于CRISPR gRNA 的设计,针对细菌的,有好的program可以用来避免脱靶效应吗?
: 真核的已经有很多程序和软件了,不知道针对细菌的有没有?难道就是自己简单的
: BLAST吗?
: 谢谢!

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