大部分生物信息者只会用别人的包 - 未名空间MITBBS历史存档

大部分生物信息者只会用别人的包# Biology - 生物学

k*e2017-05-31 07:05

1 楼

关键字是：EB-3可能五六月就后退了。
如果下个月初宣布June EB3 Unavailable的话，请问USCIS是立刻就停下手中所有的485
审批呢，还是会一直批485到五月底为止？
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Employment Based 3rd Preference China (EB-3):
• Many Chinese nationals who were waiting in the EB-2 category have
been filing to "downgrade" from EB-2 to EB-3, and the result of these
requests will be reflected in the coming months.
• High demand is expected to continue in this category and a
correction may be reflected as early as the May or June Visa Bulletin,
depending on demand.
• If China FB-2A retrogresses because of the WW FB-2A retrogression
discussed above, the unused FB demand could be used by China EB-3.
PRACTICE POINTER: Do not delay on filing I-485 adjustment of status cases.
China EB-3 could retrogress as early as May or June, so encourage your
clients to file their cases now if their priority dates are current. The
category may not be available as early as May.

j*g2017-05-31 07:05

2 楼

包里没有的功能，就说做不了。
从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
易。
这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

p*x2017-05-31 07:05

3 楼

Oh no~~~~~
苦逼了

f*n2017-05-31 07:05

4 楼

有那个水平的，直接CS去了

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

s*c2017-05-31 07:05

5 楼

到五月底，但到现在为止没有迹象表明六月会退。

485
have

【在 k******e 的大作中提到】

: 关键字是：EB-3可能五六月就后退了。
: 如果下个月初宣布June EB3 Unavailable的话，请问USCIS是立刻就停下手中所有的485
: 审批呢，还是会一直批485到五月底为止？
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f*92017-05-31 07:05

6 楼

开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失，
性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别人
的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

m*y2017-05-31 07:05

7 楼

听着悬

485
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【在 k******e 的大作中提到】

: 关键字是：EB-3可能五六月就后退了。
: 如果下个月初宣布June EB3 Unavailable的话，请问USCIS是立刻就停下手中所有的485
: 审批呢，还是会一直批485到五月底为止？
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s*y2017-05-31 07:05

8 楼

你让那些脑子里连逼格O的概念都没有的人去开发新包？弄出来你是想累死人啊，还是想
累死机器

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

n*a2017-05-31 07:05

9 楼

我的理解是立即停掉，知道下一个财年，下面是 AILA 上次2012年 U 后贴出的解释：
D. CHINA-MAINLAND AND INDIA EMPLOYMENT SECOND PREFERENCE CATEGORY IS
UNAVAILABLE
Despite the retrogression of the China and India Employment Second
preference cut-off date to August 15, 2007, demand for numbers by applicants
with priority dates earlier than that date remained excessive. Such demand
is primarily based on cases which had originally been filed with the U.S.
Citizenship and Immigration Services (USCIS) for adjustment of status in the
Employment Third preference category, and are now eligible to be upgraded
to Employment Second preference status. The potential amount of such “
upgrade” demand is not currently being reported, but it was evident that
the continued availability of Employment Second preference numbers for
countries other than China and India was being jeopardized. Therefore, it
was necessary to make the China and India Employment Second preference
category “Unavailable” in early April, and it will remain so for the
remainder of FY-2012.
Numbers will once again be available for China and India Employment Second
preference cases beginning October 1, 2012 under the FY-2013 annual
numerical limitations. Every effort will be made to return the China and
India Employment Second preference cut-off date to the May 1, 2010 date
which had been reached in April 2012. Readers should be advised that it is
impossible to accurately estimate how long that may take, but current
indications are that it would definitely not occur before spring 2013.
USCIS has indicated that it will continue accepting China and India
Employment Second preference I-485 filings during May, based on the
originally announced May cut-off date.

485
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【在 k******e 的大作中提到】

: 关键字是：EB-3可能五六月就后退了。
: 如果下个月初宣布June EB3 Unavailable的话，请问USCIS是立刻就停下手中所有的485
: 审批呢，还是会一直批485到五月底为止？
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f*n2017-05-31 07:05

10 楼

非常赞同。
维护一个包，需要的是整个团队，比如Broad的那些软件；背后的团队要强大，然后1st
-author要坚定搞学术
不过我们只需要经典的包好用，不停updated就可以啦

【在 f*******9 的大作中提到】

: 开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失，
: 性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别人
: 的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

y*02017-05-31 07:05

11 楼

这些预测不都是来自奥本么？
不是发了一个帖子澄清了一下么？
http://www.mitbbs.com/article_t0/EB23/32067249.html
怎么又发？

c*62017-05-31 07:05

12 楼

Bioinformatics is just a tool.
Bioinformatics to learn biological mechanism is just a joke.

k*e2017-05-31 07:05

13 楼

不好意思，之前的帖子没看。如果是重复了，麻烦版主把我这个帖子给删了吧。谢谢。

【在 y******0 的大作中提到】

: 这些预测不都是来自奥本么？
: 不是发了一个帖子澄清了一下么？
: http://www.mitbbs.com/article_t0/EB23/32067249.html
: 怎么又发？

l*62017-05-31 07:05

14 楼

能开发算法的，基本都是CS毕业的；而且开发周期会很长，开发的算法，本来就是独立
项目。指望做生物实验的博士去搞算法，这是天方夜谭。他们连怎么验证算法的有效性
，如何减少时间复杂度，减少资源消耗的概念都没有。
有工具包的方向，在IT里，都是屌丝方向，因为技术壁垒已经被前人解决了，自然含金
量就下降了。生物系的生物信息，就是用现成的工具包，分析一下；而且由于短视，他
们中不少人会觉得自己已经是IT领域了。其实，还差得很远。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

j*g2017-05-31 07:05

15 楼

写新的计算方法一定要有一个包吗
把一些工具用脚本组合一下就可以了

：开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失
，性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别
人的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

【在 f*******9 的大作中提到】

: 开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失，
: 性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别人
: 的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

x*u2017-05-31 07:05

16 楼

把一些工具用脚本组合一下就不能算是新的计算方法了。
Bioinformatics的用处是快速的选择适合的包，以及正确解释结果。
长远来看，这个应该和PCR一样，最终要普及到每个人。
12年时，我预测这一行（NGS）还有5-10年的寿命。应该快了。不过总有新的东西出来
可以转过去。我看好Bio－ML :-)

: 写新的计算方法一定要有一个包吗

: 把一些工具用脚本组合一下就可以了

: ：开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得
不偿失

: ，性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼
西凑别

: 人的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 写新的计算方法一定要有一个包吗
: 把一些工具用脚本组合一下就可以了
:
: ：开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失
: ，性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别
: 人的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

s*o2017-05-31 07:05

17 楼

那估计是你所在的实验室或学校太烂了吧。
新算法类的包的确难，程序方面的包不难啊。

e*62017-05-31 07:05

18 楼

个人觉得，大部分和算法一起发的包，都是作为验证用的，真要重复实验很多时候要重
新写。

：能开发算法的，基本都是CS毕业的；而且开发周期会很长，开发的算法，本来就是独
立项目。指望做生物实验的博士去搞算法，这是天方夜谭。他们连怎么验证算法的有效
性，如何减少时间复杂度，减少资源消耗的概念都没有。
：有工具包的方向，在IT里，都是屌丝方向，因为技术壁垒已经被前人解决了，自然含
金量就下降了。生物系的生物信息，就是用现成的工具包，分析一下；而且由于短视，
他们中不少人会觉得自己已经是IT领域了。其实，还差得很远。

f*92017-05-31 07:05

19 楼

当然不是。一般来说新包不得不开发是因为你无论如何组合旧包都不管用,算法是其次
，主要是输入输出。很多旧包的耦合性太强，改一个地方得动全局，如果文档不清晰的
话，与其全改，不如自己写新包。而且学术型软件往往假设理想情况，缺少容错处理。
这些都是比较失败的软件。要写一个包容性强，文档清晰，易于维护的软件，必须得有
十万行以上的代码量，科班出身最好，不一定非要CS，分析类，工程类的都可以。生物
出身的需要大量代码经验。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 写新的计算方法一定要有一个包吗
: 把一些工具用脚本组合一下就可以了
:
: ：开发一个新包，加上后期维护的时间，比起直接用别人的包来发文章绝对是得不偿失
: ，性价比太低。所以你看现在生物信息各种软件琳琅满目，其实大多数都是东拼西凑别
: 人的包，组合一下，好点的给你开发个界面，更多的就是各种pipeline。

P*i2017-05-31 07:05

20 楼

说得简单

n*d2017-05-31 07:05

21 楼

生物的搞的是硬件，cs搞软件。不过我感觉生物计算比同体积的电子计算机强大太多了。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

e*62017-05-31 07:05

22 楼

要这种包，要花多少钱，谁来出钱？有什么收益？

：当然不是。一般来说新包不得不开发是因为你无论如何组合旧包都不管用,算法是其次
：，主要是输入输出。很多旧包的耦合性太强，改一个地方得动全局，如果文档不清晰
的话，与其全改，不如自己写新包。而且学术型软件往往假设理想情况，缺少容错处理
。这些都是比较失败的软件。要写一个包容性强，文档清晰，易于维护的软件，必须得
有十万行以上的代码量，科班出身最好，不一定非要CS，分析类，工程类的都可以。生
物出身的需要大量代码经验。

K*n2017-05-31 07:05

23 楼

赚不了多少钱

其次

【在 e*********6 的大作中提到】

: 要这种包，要花多少钱，谁来出钱？有什么收益？
:
: ：当然不是。一般来说新包不得不开发是因为你无论如何组合旧包都不管用,算法是其次
: ：，主要是输入输出。很多旧包的耦合性太强，改一个地方得动全局，如果文档不清晰
: 的话，与其全改，不如自己写新包。而且学术型软件往往假设理想情况，缺少容错处理
: 。这些都是比较失败的软件。要写一个包容性强，文档清晰，易于维护的软件，必须得
: 有十万行以上的代码量，科班出身最好，不一定非要CS，分析类，工程类的都可以。生
: 物出身的需要大量代码经验。

j*g2017-05-31 07:05

24 楼

做实验买抗体不花钱？

：要这种包，要花多少钱，谁来出钱？有什么收益？

【在 e*********6 的大作中提到】

: 要这种包，要花多少钱，谁来出钱？有什么收益？
:
: ：当然不是。一般来说新包不得不开发是因为你无论如何组合旧包都不管用,算法是其次
: ：，主要是输入输出。很多旧包的耦合性太强，改一个地方得动全局，如果文档不清晰
: 的话，与其全改，不如自己写新包。而且学术型软件往往假设理想情况，缺少容错处理
: 。这些都是比较失败的软件。要写一个包容性强，文档清晰，易于维护的软件，必须得
: 有十万行以上的代码量，科班出身最好，不一定非要CS，分析类，工程类的都可以。生
: 物出身的需要大量代码经验。

g*x2017-05-31 07:05

25 楼

大部分开车的都不会造车，修车师傅驾驶技术也未必高，有啥问题么？
如果每个人都要自己造轮子，只能说明这个领域还没经过充分发展

病。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

h*c2017-05-31 07:05

26 楼

大部分化学家只会用别人的玻璃瓶玻璃罐

e*62017-05-31 07:05

27 楼

写一个界面友好文档全面的包，雇三个程序员，一年60万，一个产品经理，一年15万，
一年耗费75万，和抗体比呢？

【在 j*********g 的大作中提到】

: 做实验买抗体不花钱？
:
: ：要这种包，要花多少钱，谁来出钱？有什么收益？

p*s2017-05-31 07:05

28 楼

不能简单而论大部分cs 硕士甚至博士都不具备研究能力
职场需要的大部分是framework 修修补补做网页前后台
楼主所说的implement algorithms from scratch 本身需要既要懂数学又要会快速编
码这种人不多如果要求写新的algorithms 大学教授这种比较多但是写出来的东西大
部分没球用。
李恒除外他还是写了不少好用朴实的东西
[在 flareon () 的大作中提到：]
:有那个水平的，直接CS去了

c*e2017-05-31 07:05

29 楼

病。
生信这是鸡肋行业，没有动力的是常见。你要开发个新算法，能象pagerank算法那样挣
钱吗？

【在 j*********g 的大作中提到】

: 包里没有的功能，就说做不了。
: 从来不肯自己思考一下，写点新的计算方法，满足实验的需求。写出来，分析方法也能
: 发篇纯计算的文章。但是人家的回答就是太复杂，不会做。那当然，用别人的包当然容
: 易。
: 这种情况的生信研究人员我见过一个生信博后、两个在读生信博士。不知道是不是通病。
: 所以有些人只能当千老也是活该。哀其不幸怒其不争啊。

c*e2017-05-31 07:05

30 楼

算法上数学，统计，工程，生物，CS都可以的，合作开发比较好。算法实现需要懂CS多
一点。

【在 l********6 的大作中提到】

: 能开发算法的，基本都是CS毕业的；而且开发周期会很长，开发的算法，本来就是独立
: 项目。指望做生物实验的博士去搞算法，这是天方夜谭。他们连怎么验证算法的有效性
: ，如何减少时间复杂度，减少资源消耗的概念都没有。
: 有工具包的方向，在IT里，都是屌丝方向，因为技术壁垒已经被前人解决了，自然含金
: 量就下降了。生物系的生物信息，就是用现成的工具包，分析一下；而且由于短视，他
: 们中不少人会觉得自己已经是IT领域了。其实，还差得很远。

C*s2017-05-31 07:05

31 楼

不知道楼主开出了什么样的工资雇的生信博士后或是在读博士。如果是只是“合作”的
话，能开口让人给写一个包的都是很罕见的。自己开发算法，写包解决问题的工业界生
信专业人士我见过不少，没有年薪低于10万的。

j*g2017-05-31 07:05

32 楼

不写一个包，只是根据新问题写新算法、计算已有的数据之类的，也不行啊

：不知道楼主开出了什么样的工资雇的生信博士后或是在读博士。如果是只是“合作”
的话，能开口让人给写一个包的都是很罕见的。自己开发算法，写包解决问题的工业界
生信专业人士我见过不少，没有年薪低于10万的。

【在 C*****s 的大作中提到】

: 不知道楼主开出了什么样的工资雇的生信博士后或是在读博士。如果是只是“合作”的
: 话，能开口让人给写一个包的都是很罕见的。自己开发算法，写包解决问题的工业界生
: 信专业人士我见过不少，没有年薪低于10万的。

m*t2017-05-31 07:05

33 楼

CS 博士不具备研究能力？！你开玩笑？！CS的hypothesis - test的circle走的多快？
5年phd，类似的循环要走几百个吧。
对生物PhD来说，尤其是跑western的，连基本的科研概念都不懂，甚至连实验不能重复
都认为合理？这叫会科研，别侮辱“科研”二字好不

【在 p***s 的大作中提到】

: 不能简单而论大部分cs 硕士甚至博士都不具备研究能力
: 职场需要的大部分是framework 修修补补做网页前后台
: 楼主所说的implement algorithms from scratch 本身需要既要懂数学又要会快速编
: 码这种人不多如果要求写新的algorithms 大学教授这种比较多但是写出来的东西大
: 部分没球用。
: 李恒除外他还是写了不少好用朴实的东西
: [在 flareon () 的大作中提到：]
: :有那个水平的，直接CS去了

y*i2017-05-31 07:05

34 楼

你得举个例子，什么叫新算法 , BWT算法这种肯定是没能力自创。但是诸如用python,
perl 进行各种格式转换（不借助其他生信包），仿写类似fastqc, Trimmomatic,
seqtk 这种的简化功能应该问题不大吧。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 不写一个包，只是根据新问题写新算法、计算已有的数据之类的，也不行啊
:
: ：不知道楼主开出了什么样的工资雇的生信博士后或是在读博士。如果是只是“合作”
: 的话，能开口让人给写一个包的都是很罕见的。自己开发算法，写包解决问题的工业界
: 生信专业人士我见过不少，没有年薪低于10万的。

l*y2017-05-31 07:05

35 楼

隔壁cs版都是鄙视重新造轮子的，到这变优越感了