j*g
2 楼
至少500million起?有效的reads不足10%吧。
如果测若干个样品,比如WT vs 两种KO/处理,加上重复,还是很贵吧。
有人说说么……
如果测若干个样品,比如WT vs 两种KO/处理,加上重复,还是很贵吧。
有人说说么……
e*6
4 楼
看你要多高的分辨率了啊
y*u
5 楼
美,古典美!
N*t
9 楼
人家眼明明不小
脸那么小一点,眼再大就占没了
脸那么小一点,眼再大就占没了
j*g
10 楼
target /promoter Hi-C不错,实验难度不大,只是需要合成特殊的probe。
但是测序深度也不低,需要500million reads得到1kb的分辨率
请教TADs有多层结构,一般指哪些?
:你可以考虑一些特殊的HiC衍生品,在测序之前,通过某些方法做了一步过滤,比如说
:,只有某蛋白质binding的,才会被过滤留下了。
:搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低,但是,好像实验难
:度还挺高,尤其是用抗体进行过滤这一步。
:TADs 其实有好多层的结构,看你需要看到那层了。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品,在测序之前,通过某些方法做了一步过滤,比如说
: ,只有某蛋白质binding的,才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低,但是,好像实验难
: 度还挺高,尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构,看你需要看到那层了。
但是测序深度也不低,需要500million reads得到1kb的分辨率
请教TADs有多层结构,一般指哪些?
:你可以考虑一些特殊的HiC衍生品,在测序之前,通过某些方法做了一步过滤,比如说
:,只有某蛋白质binding的,才会被过滤留下了。
:搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低,但是,好像实验难
:度还挺高,尤其是用抗体进行过滤这一步。
:TADs 其实有好多层的结构,看你需要看到那层了。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品,在测序之前,通过某些方法做了一步过滤,比如说
: ,只有某蛋白质binding的,才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低,但是,好像实验难
: 度还挺高,尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构,看你需要看到那层了。
R*n
12 楼
m*u
17 楼
美!蜜咪的眼睛明明很大的。多多跟我家包子很象,眼睛确实不大——其实多多的眼睛
还大些。
还大些。
e*6
18 楼
tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
:target /promoter Hi-C不错,实验难度不大,只是需要合成特殊的probe。
:
:target /promoter Hi-C不错,实验难度不大,只是需要合成特殊的probe。
:
K*t
19 楼
我也去找个小眼照片贴贴~~~
e*6
20 楼
两个位置相互靠近是个概率事件,和真正的功能相互作用有关,但是,也有很多噪音和
误差
:我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法,比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据,但是不太清楚如何设计in-
:vitro试验。
误差
:我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法,比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据,但是不太清楚如何设计in-
:vitro试验。
j*g
22 楼
proximal ligation assay (PLA)
分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域,用streptavidin的抗体检测,两个抗体只
有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
就是结合原位DNA-ISH和PLA (proximity ligation assay)。两个特定区域的biotin
标记的DNA探针,如果结合的足够近(<40nm),用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
【在 R****n 的大作中提到】
: 这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
:
: in-
分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域,用streptavidin的抗体检测,两个抗体只
有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
就是结合原位DNA-ISH和PLA (proximity ligation assay)。两个特定区域的biotin
标记的DNA探针,如果结合的足够近(<40nm),用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
【在 R****n 的大作中提到】
: 这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
:
: in-
e*6
26 楼
一个大tad里有5个中tad, 一个中tad里有5个小的,如果分辨率提高,里边可能还有更
小的。具体数字不一定是5,举例而已
:就是TAD套TAD?
:有什么规律吗
小的。具体数字不一定是5,举例而已
:就是TAD套TAD?
:有什么规律吗
R*n
28 楼
就是我做的,后来觉得这个试验的问题很多。可不可以用FRET做,最好是live imaging
.这样可以在时间轴上统计接触频率。
biotin
【在 j*********g 的大作中提到】
: proximal ligation assay (PLA)
: 分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域,用streptavidin的抗体检测,两个抗体只
: 有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
: 就是结合原位DNA-ISH和PLA (proximity ligation assay)。两个特定区域的biotin
: 标记的DNA探针,如果结合的足够近(<40nm),用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:
: :这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
.这样可以在时间轴上统计接触频率。
biotin
【在 j*********g 的大作中提到】
: proximal ligation assay (PLA)
: 分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域,用streptavidin的抗体检测,两个抗体只
: 有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
: 就是结合原位DNA-ISH和PLA (proximity ligation assay)。两个特定区域的biotin
: 标记的DNA探针,如果结合的足够近(<40nm),用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:
: :这个后期筛细胞时间太长了吧,有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
h*d
29 楼
这华丽丽的两身皮毛, 啧啧
o*a
35 楼
都不小,鉴定完毕,kaka
Q*A
36 楼
只要是蓝眼睛,大小都无敌!
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