怎么得到一个最小基因组的老鼠？# Biology - 生物学
j*g
1 楼
设想在胚胎干细胞里面，利用大片段删除基因沙漠区域，直到得到一个稳定的有最小基
因组的胚胎干细胞／甚至老鼠。
比如只有10亿个碱基对的老鼠，没有明显的表型。
可行么？
因组的胚胎干细胞／甚至老鼠。
比如只有10亿个碱基对的老鼠，没有明显的表型。
可行么？
g*n
2 楼
理论上可以。 这要看你的“可行”是什么意思。试一千次，试一万次？
a*r
3 楼
所谓沙漠区域删了你就知道不是沙漠了
j*g
4 楼
成千上万次就不可行了吧。
有什么方法，能把预测（例如根据TADs）、筛选结合起来，大片段删除，最终得到一个
10亿碱基对的没有明显表型的老鼠？
【在 g*****n 的大作中提到】
: 理论上可以。 这要看你的“可行”是什么意思。试一千次，试一万次？
有什么方法，能把预测（例如根据TADs）、筛选结合起来，大片段删除，最终得到一个
10亿碱基对的没有明显表型的老鼠？
【在 g*****n 的大作中提到】
: 理论上可以。 这要看你的“可行”是什么意思。试一千次，试一万次？
a*n
5 楼
构建多个gRNA表达的construct，共转染干细胞，在成活细胞中筛选删除片段，然后后
代老鼠杂交，F2代筛选最小基因组
窃以为这个idea有点奇怪，因为没用的基因会在进化中丢失掉
代老鼠杂交，F2代筛选最小基因组
窃以为这个idea有点奇怪，因为没用的基因会在进化中丢失掉
m*o
6 楼
too old。。。已经有人在做啦
w*a
7 楼
为啥会丢失，基因组比人大的低等生物多了去了。
一测完，全是重复序列。要是argue那些两栖类或者开花植物基因组里的垃圾序列都是
必须的，偶就只能赫赫了。
【在 a*********n 的大作中提到】
: 构建多个gRNA表达的construct，共转染干细胞，在成活细胞中筛选删除片段，然后后
: 代老鼠杂交，F2代筛选最小基因组
: 窃以为这个idea有点奇怪，因为没用的基因会在进化中丢失掉
一测完，全是重复序列。要是argue那些两栖类或者开花植物基因组里的垃圾序列都是
必须的，偶就只能赫赫了。
【在 a*********n 的大作中提到】
: 构建多个gRNA表达的construct，共转染干细胞，在成活细胞中筛选删除片段，然后后
: 代老鼠杂交，F2代筛选最小基因组
: 窃以为这个idea有点奇怪，因为没用的基因会在进化中丢失掉
w*a
8 楼
这么大的工作量，几百个postdoc扑上去都搞不定，我看属于毫无意义的那类project。
i*3
9 楼
这个用酵母来做不难，你可以去仔细看看酵母synthesis genome的那个项目，只是做了
有什么目的，这个你得先想清楚。
有什么目的，这个你得先想清楚。
j*g
10 楼
没错，文特尔可以de novo合成一个细菌、现在可以de novo合成一个酵母，以后说不定
更高等。这是从一个维度接近合成生命这个问题。
那么，能否从另一个维度？通过删除，接近合成生命这个问题（查出来到底哪些基因有
用）。（能合成，有助于理解；或者，理解，才能合成。相辅相成）。
最后说不定两个角度的行军，会师。
目的、意义，显而易见。如果真的能搞出来一个10亿碱基对且没有明显表型的老鼠，
100%上BBC、纽约时报头条。
【在 i******3 的大作中提到】
: 这个用酵母来做不难，你可以去仔细看看酵母synthesis genome的那个项目，只是做了
: 有什么目的，这个你得先想清楚。
更高等。这是从一个维度接近合成生命这个问题。
那么，能否从另一个维度？通过删除，接近合成生命这个问题（查出来到底哪些基因有
用）。（能合成，有助于理解；或者，理解，才能合成。相辅相成）。
最后说不定两个角度的行军，会师。
目的、意义，显而易见。如果真的能搞出来一个10亿碱基对且没有明显表型的老鼠，
100%上BBC、纽约时报头条。
【在 i******3 的大作中提到】
: 这个用酵母来做不难，你可以去仔细看看酵母synthesis genome的那个项目，只是做了
: 有什么目的，这个你得先想清楚。
j*g
11 楼
一个哲学问题：如果肝脏移植了，你还是你；肾脏移植了，你还是你；手臂移植了，你
还是你 .... 一直替换下去，到哪一刻，你就不再是你了？
老鼠，基因组一直删下去，或者用新合成的基因片段替补，到哪一刻，它就不再是原来
的老鼠（物种）了？
还是你 .... 一直替换下去，到哪一刻，你就不再是你了？
老鼠，基因组一直删下去，或者用新合成的基因片段替补，到哪一刻，它就不再是原来
的老鼠（物种）了？
w*a
12 楼
问题是，“你”的定义是啥？
【在 j*********g 的大作中提到】
: 一个哲学问题：如果肝脏移植了，你还是你；肾脏移植了，你还是你；手臂移植了，你
: 还是你 .... 一直替换下去，到哪一刻，你就不再是你了？
: 老鼠，基因组一直删下去，或者用新合成的基因片段替补，到哪一刻，它就不再是原来
: 的老鼠（物种）了？
【在 j*********g 的大作中提到】
: 一个哲学问题：如果肝脏移植了，你还是你；肾脏移植了，你还是你；手臂移植了，你
: 还是你 .... 一直替换下去，到哪一刻，你就不再是你了？
: 老鼠，基因组一直删下去，或者用新合成的基因片段替补，到哪一刻，它就不再是原来
: 的老鼠（物种）了？
w*a
13 楼
基因沙漠最大的好处是抗突变吧，
要不然受精卵早期复制，随便一个出错就挂掉了。
要不然受精卵早期复制，随便一个出错就挂掉了。
j*g
14 楼
对的，是不是有点类似Dan Graur的观点，如果70-80%的所谓垃圾基因组有用的话（像
Encode计划宣称的），那突变的概率太大了。这篇文章 https://arxiv.org/abs/1601.
06047
【在 w***a 的大作中提到】
: 基因沙漠最大的好处是抗突变吧，
: 要不然受精卵早期复制，随便一个出错就挂掉了。
Encode计划宣称的），那突变的概率太大了。这篇文章 https://arxiv.org/abs/1601.
06047
【在 w***a 的大作中提到】
: 基因沙漠最大的好处是抗突变吧，
: 要不然受精卵早期复制，随便一个出错就挂掉了。
w*a
15 楼
点突变概率确实不会随genome大小变化，但是还有deletion，insertion，
Double-Strand DNA Breaks，virus infection呢，
有个大的基因组抗住这些意外事件发生的能力肯定强过全是
essential DNA sequence的小genome。
Double-Strand DNA Breaks，virus infection呢，
有个大的基因组抗住这些意外事件发生的能力肯定强过全是
essential DNA sequence的小genome。
j*g
16 楼
从头合成，反复删除，都是跟合成生物学有关的，最后可能会师于某一点。
一个是做加法，一个是做减法。
一个是做加法，一个是做减法。
z*q
17 楼
xiaofang的问题非常有意思，现在能够合成酵母染色体了，随着技术的发展，成本的降
低，也许可以合成哺乳动物的染色体，合成精简版的染色体，一条一条替换，也许最后
能够得到一个基因组减小几倍甚至几十倍的小鼠。
低，也许可以合成哺乳动物的染色体，合成精简版的染色体，一条一条替换，也许最后
能够得到一个基因组减小几倍甚至几十倍的小鼠。
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