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spearman correlation coefficient
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spearman correlation coefficient# Biology - 生物学
c*y
1 楼
在做RNAseq data analysis. 有一个differentially expressed gene list (大概两千
基因)，想看看这些基因表达趋势是否相过，所以简单run了一个spearman correlation
. 看了下between-gene correlation coefficient, 发现很多都是1. 这种数据正常吗？
多谢了！
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c*e
2 楼
你把=1的都开一下，你就明白为什么会这样了。
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e*6
3 楼
你的每一组有几对样品啊？
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c*y
4 楼
什么是 “开一下”，能详细解释吗？
多谢了！

【在 c**********e 的大作中提到】
: 你把=1的都开一下，你就明白为什么会这样了。
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c*y
5 楼
只有一个genelist, 想看的是两两基因之间表达变化是否有相关性

【在 e*********6 的大作中提到】
: 你的每一组有几对样品啊？
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e*6
6 楼
对这种correlation，不都是2个vector直接进行计算吗，比如我们算X1和X2直接的
correlation，X1和X2要是一样的大小。我问的对你的情况，X1和X2的size是多大？

【在 c***y 的大作中提到】
: 只有一个genelist, 想看的是两两基因之间表达变化是否有相关性
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c*y
7 楼
哦，size 是6. 难道这个有关系吗？

【在 e*********6 的大作中提到】
: 对这种correlation，不都是2个vector直接进行计算吗，比如我们算X1和X2直接的
: correlation，X1和X2要是一样的大小。我问的对你的情况，X1和X2的size是多大？
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c*y
8 楼
哦，size 是6. 难道这个有关系吗？

【在 e*********6 的大作中提到】
: 对这种correlation，不都是2个vector直接进行计算吗，比如我们算X1和X2直接的
: correlation，X1和X2要是一样的大小。我问的对你的情况，X1和X2的size是多大？
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e*6
9 楼
如果只有6个，那两组的大小排序完全一样也很正常啊。并且，这个数据量这么小，
spearman是否合适啊？

：哦，size 是6. 难道这个有关系吗？
：
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c*y
10 楼
通常多的的数据量适于spearman呢？

【在 e*********6 的大作中提到】
: 如果只有6个，那两组的大小排序完全一样也很正常啊。并且，这个数据量这么小，
: spearman是否合适啊？
:
: ：哦，size 是6. 难道这个有关系吗？
: ：
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e*6
11 楼
具体问题具体分析了。不过这种基因表达，大部分趋势应该是一样的，可以先把
spearman不是1的挑出来看看

：通常多的的数据量适于spearman呢？
：
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c*y
12 楼
其实现在想看的到是这些是1的，也许是一个基因表达module

【在 e*********6 的大作中提到】
: 具体问题具体分析了。不过这种基因表达，大部分趋势应该是一样的，可以先把
: spearman不是1的挑出来看看
:
: ：通常多的的数据量适于spearman呢？
: ：
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