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snp density 的 问题# Biology - 生物学
r*z
1
大概需要多久?
难道还要回原来上学的州去办啊?
我在现在的地方才3年的话.....
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c*y
2
genome 一段800 bp 的区间, 有十几个snp, 有同事说太多了。到底多少正常啊?
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s*c
3
为什么要这个,没指纹?
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h*y
4
点突变不叫SNP,SNP需要占一定的群体比例(比如>1%)。
你说“一段800 bp 的区间, 有十几个snp”,假如每个SNP都是独立的,这基本上不大
可能。
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r*z
5
我得case转到LOCAL了 我估计是指纹的问题啊
其实我打指纹的时候有个手指就没显示出来 那个人给我打了10几次 都没成功..就叫我
走了
..
我想先办好无犯罪证明再说把
和原来的警察局联系还需要时间啊..

【在 s********c 的大作中提到】
: 为什么要这个,没指纹?
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c*y
6
感觉现在很多paper不再提这个1%的标准了:
http://www.sciencedirect.com.proxy-um.researchport.umd.edu/science/article/pii/S1877959X12000751?_rdoc=1&_fmt=high&_origin=gateway&_docanchor=&md5=b8429449ccfc9c30159a5f9aeaa92ffb&ccp=y
这里说 1 snp/14 base, 而且这里还提到“The mosquito Culex pipiens has the
highest SNP density so far reported, with one SNP per 7 bases (Lee et al.,
2012).”
所以一直在犹豫如何描述这种情形

【在 h******y 的大作中提到】
: 点突变不叫SNP,SNP需要占一定的群体比例(比如>1%)。
: 你说“一段800 bp 的区间, 有十几个snp”,假如每个SNP都是独立的,这基本上不大
: 可能。

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c*o
7
去HLA那里看下,你可以发现什么都正常了

【在 c***y 的大作中提到】
: genome 一段800 bp 的区间, 有十几个snp, 有同事说太多了。到底多少正常啊?
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c*y
8
能具体说说吗?
我是刚开始接触snp data, 很多概念还很糊涂。。。

【在 c******o 的大作中提到】
: 去HLA那里看下,你可以发现什么都正常了
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c*o
9
snp 多的发指,有些区域maping经常会出问题

【在 c***y 的大作中提到】
: 能具体说说吗?
: 我是刚开始接触snp data, 很多概念还很糊涂。。。

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c*y
10
如果不是基于mapping, 而是k-mer的SNP call呢?

【在 c******o 的大作中提到】
: snp 多的发指,有些区域maping经常会出问题
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c*o
11
一个probe的长度内可能有多个SNP,有的位点在人群中两种以上

【在 c***y 的大作中提到】
: 如果不是基于mapping, 而是k-mer的SNP call呢?
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