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求一维Lennard-Jones分子模拟的思路，付代码，有包子 (转载)
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求一维Lennard-Jones分子模拟的思路，付代码，有包子 (转载)# Chemistry - 化学
t*3
1 楼
刚挖完坑。昨天换了半仓600497到600135,赌一把.
乐凯胶片或许正面临两项重大的关联选择。一是乐凯集团在央企层面的重组，二是合肥
乐凯科技公司的液晶薄膜资产将被注入上市公司。王亚伟4年坚守赌的正是乐凯胶片的
重组与资产注入两张底牌。
王亚伟前期已经出货，因为上头说了，你不卖，我不重组。
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a*e
2 楼
一个软件，只买了一个license，可是给好几个公司同事电脑安装了，都是公司电脑。
当然不是我私下安装的。
要追究起来，谁责任啊？
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v3
3 楼
没得个奖啥的？
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f*i
4 楼
【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: fantastli (早晨从中午开始), 信区: Physics
标 题: 求一维Lennard-Jones分子模拟的思路，付代码，有包子
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 8 21:26:02 2010, 美东)
需要模拟一维空间下Lennard-Jones system的分子运动，现在程序写了一半，但是没有思路，求
达人指点一下，给个思路就可以。
我目前的思路是用离散的时间点，来描述分子的运动。取dt=0.001秒，然后每个阶段时间，来记录
一下分子间的距离（用于后期制作RDF用）。
我是用Lennard-Jones Force在每个时间点的变化来求加速度，然后再求出每个分子运动的轨
迹。
但是，现在的问题是，我不知道用什么条件来约束分子的运动。比如，当两个小球距离很近的时候，
其排斥力应该是很大的，此时应该怎么用程序来描述，之后小球又该如何改变运动，这一点实在是没
有头绪。
我贴出部分代码，matlab：
%Define the properties of the particles
x=zeros(50,1);
y=zeros(50,1);
v=zeros(50,1);
psize=13;
Diameter=1;
Mass=1;
%Define the particle number
N=input('Please input the particle number (N should be no larger than
50): N=');
%Define Sigma
sig=input('Please input the Sigma: sig=');
%Define Epsilon
eps=input('Please input the Epsilon: eps=');
%Define the intial collision time
CCount=0;
%Define the initial velocity and posistion for each particle
for i=1:N
x(i)=2*(i-1);
y(i)=1;
v(i)=2*randn(1)-1;
end
%Define the initial velocity of the first and last particle
v(1)=0;
v(N)=0;

%Define the initial time
t=0;
t_incr=1;
t_prev=0;
dt=0.001; %Use the scatter time line
while CCount<300 %Define the collision times
%Define the acceleration of each particle
for i=2:N-1; %The first and the last particle do not move
force(i)=0;
for j=1:N;
if(j~=i)
force(i)=force(i)+(2*(sig^12/(x(i)-x(j))^13)-
(sig^6/(x(i)-x(j))^7));
end
end
force(i)=force(i)*(-24)*eps; %Define the Lennard-Jones force for
each particle
a(i)=force(i)/Mass;
end

force(1)=0;
force(N)=0;
%For each dt, renew the velocity and position for each particle
for i=2:N-1
v(i)=v(i)+a(i)*dt;
x(i)=x(i)+v(i)*dt;
end

以下部分，我就觉得不对了。
%Detect whether the collision happens or not
for j=1:N-1
if (x(j+1)-x(j))<=Diameter
if j==1
v(2)=-v(2);
else
if j==N-1
v(N-1)=-v(N-1);
else
v_dum=v(j+1);
v(j+1)=v(j);
v(j)=v_dum;
end
end
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t*3
5 楼
开盘抛光另外一半497，全仓600135
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t*y
6 楼
your company is cheap. however if you did not do it, do not worry, it is not
your problem.

【在 a**e 的大作中提到】
: 一个软件，只买了一个license，可是给好几个公司同事电脑安装了，都是公司电脑。
: 当然不是我私下安装的。
: 要追究起来，谁责任啊？
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z*n
7 楼
就是这一项，original score

【在 v3 的大作中提到】
: 没得个奖啥的？
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j*m
8 楼

有思路，求
时间，来记录
运动的轨
离很近的时候，
google
verlet algorithm

【在 f*******i 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
: 发信人: fantastli (早晨从中午开始), 信区: Physics
: 标 题: 求一维Lennard-Jones分子模拟的思路，付代码，有包子
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 8 21:26:02 2010, 美东)
: 需要模拟一维空间下Lennard-Jones system的分子运动，现在程序写了一半，但是没有思路，求
: 达人指点一下，给个思路就可以。
: 我目前的思路是用离散的时间点，来描述分子的运动。取dt=0.001秒，然后每个阶段时间，来记录
: 一下分子间的距离（用于后期制作RDF用）。
: 我是用Lennard-Jones Force在每个时间点的变化来求加速度，然后再求出每个分子运动的轨
: 迹。
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t*3
9 楼
真及时，一天里外里差5个半点
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a*e
10 楼
可是现在老板让我继续在几台新机器上安装，难道我不安装？
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A*n
11 楼
同喜欢！
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f*i
12 楼
那个只能提供更好的速度模拟
我的问题是，用什么方法，或者物理性质来约束小球的运动范围？
假如我一排有5个小球，开始时时均匀分布，假定第一个和最后一个小球不动。中间三
个小球各有一个随
机的初始速度和运动方向。
那么中间三个小球中的任何一个，就会在其他四个小球的lennard-jones的叠加作用力
下进行运动。
那么该如何限定这三个小球的运动范围呢？比如用哪个物理性质来约束他们。
能给个思路吗？

【在 j*********m 的大作中提到】
:
: 有思路，求
: 时间，来记录
: 运动的轨
: 离很近的时候，
: google
: verlet algorithm
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t*3
13 楼
18.3 sold all 135
10.25 buy 000543
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g*g
14 楼
The purchase is made in the name of your or the company?
I think it's fine even if you buy it and the company reimburses it.

【在 a**e 的大作中提到】
: 一个软件，只买了一个license，可是给好几个公司同事电脑安装了，都是公司电脑。
: 当然不是我私下安装的。
: 要追究起来，谁责任啊？
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A*n
15 楼
得奖啦！
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j*m
16 楼

LJ 在近距离的排斥是无穷大的，中间三个球是无法越过最旁边的固定的两个的，只要
你的积分时间足够
小

【在 f*******i 的大作中提到】
: 那个只能提供更好的速度模拟
: 我的问题是，用什么方法，或者物理性质来约束小球的运动范围？
: 假如我一排有5个小球，开始时时均匀分布，假定第一个和最后一个小球不动。中间三
: 个小球各有一个随
: 机的初始速度和运动方向。
: 那么中间三个小球中的任何一个，就会在其他四个小球的lennard-jones的叠加作用力
: 下进行运动。
: 那么该如何限定这三个小球的运动范围呢？比如用哪个物理性质来约束他们。
: 能给个思路吗？
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a*e
17 楼
of course The purchase is made in the name of the company
thank you
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a*e
18 楼
support

【在 v3 的大作中提到】
: 没得个奖啥的？
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S*M
19 楼
你看看lennard jones potential长啥样不就知道了

【在 f*******i 的大作中提到】
: 那个只能提供更好的速度模拟
: 我的问题是，用什么方法，或者物理性质来约束小球的运动范围？
: 假如我一排有5个小球，开始时时均匀分布，假定第一个和最后一个小球不动。中间三
: 个小球各有一个随
: 机的初始速度和运动方向。
: 那么中间三个小球中的任何一个，就会在其他四个小球的lennard-jones的叠加作用力
: 下进行运动。
: 那么该如何限定这三个小球的运动范围呢？比如用哪个物理性质来约束他们。
: 能给个思路吗？
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b*g
20 楼
You need to read the license agreement to see if your company has purchased
one standalone license or one site license.

【在 a**e 的大作中提到】
: 一个软件，只买了一个license，可是给好几个公司同事电脑安装了，都是公司电脑。
: 当然不是我私下安装的。
: 要追究起来，谁责任啊？
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n*y
21 楼
very well deserved the award
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f*i
22 楼
我有两点不明白，请指教一下：
1.因为LJ系统里的小球是soft sphere，那么如果在一维空间中，比如我按照顺序定义
为1，2，3，4，5号球，那么3号球，是否会发生在其他四个球的合力作用下，也不会越
过2号与4号球？
2. 根据LJ定义，sigma是两个球势能为0的时候，那么我该如何定义两个小球在距离很
近的时候，排斥力是无穷大？ 比如如何定义那个距离？ 还有如何定义排斥力？
因为排斥力和吸引力都是两个小球之间距离r的参变量，所以一开始都是连续变化的，
那么根据LJ的势能和LJ force的表达式，是否能够得到当两个小球的距离小于等于
sigma的时候，其LJ force也是逐渐快速变化到无穷大？

【在 j*********m 的大作中提到】
:
: LJ 在近距离的排斥是无穷大的，中间三个球是无法越过最旁边的固定的两个的，只要
: 你的积分时间足够
: 小
avatar
g*t
23 楼
公司的责任。私下里提醒老板一下，如果老板装不知道，就装呗。

【在 a**e 的大作中提到】
: 一个软件，只买了一个license，可是给好几个公司同事电脑安装了，都是公司电脑。
: 当然不是我私下安装的。
: 要追究起来，谁责任啊？
avatar
t*o
24 楼
当时在电影院的时候就被这音乐感动的一塌糊涂
avatar
j*m
25 楼

1.是
2.一切都在力的表达式里，什么都不用定义...
classical MD,只要学会了Verlet,其他的东西都是很自然的

【在 f*******i 的大作中提到】
: 我有两点不明白，请指教一下：
: 1.因为LJ系统里的小球是soft sphere，那么如果在一维空间中，比如我按照顺序定义
: 为1，2，3，4，5号球，那么3号球，是否会发生在其他四个球的合力作用下，也不会越
: 过2号与4号球？
: 2. 根据LJ定义，sigma是两个球势能为0的时候，那么我该如何定义两个小球在距离很
: 近的时候，排斥力是无穷大？ 比如如何定义那个距离？ 还有如何定义排斥力？
: 因为排斥力和吸引力都是两个小球之间距离r的参变量，所以一开始都是连续变化的，
: 那么根据LJ的势能和LJ force的表达式，是否能够得到当两个小球的距离小于等于
: sigma的时候，其LJ force也是逐渐快速变化到无穷大？
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e*r
26 楼
最感动的，信箱上的手印。。。。
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f*i
27 楼
请问，我如果应用如下Verlet表达式，是否贴切？
位置更新：r(t+dt) = r(t) + v(t) * dt + 1/2 a(t) * dt^2
速度更新：v(t+dt) = v(t) + 1/2 * [a(t) + a(t+dt)] * dt

【在 j*********m 的大作中提到】
:
: 1.是
: 2.一切都在力的表达式里，什么都不用定义...
: classical MD,只要学会了Verlet,其他的东西都是很自然的
avatar
j*m
28 楼

你写的是velocity verlet， 一般的verlet只需要积一个方程就够了

【在 f*******i 的大作中提到】
: 请问，我如果应用如下Verlet表达式，是否贴切？
: 位置更新：r(t+dt) = r(t) + v(t) * dt + 1/2 a(t) * dt^2
: 速度更新：v(t+dt) = v(t) + 1/2 * [a(t) + a(t+dt)] * dt
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f*i
29 楼
能否明示一下？
我不是做MD的，所以很多东西都是边查资料，边做的

【在 j*********m 的大作中提到】
:
: 你写的是velocity verlet， 一般的verlet只需要积一个方程就够了
avatar
j*m
30 楼

x(t+dt)=2x(t)-x(t-dt)+a(t)dt^2
你可以去wiki看，verlet是最简单的守恒能量的解牛顿方程的方法，而且长时间误差也小
good night, thank you for baozi

【在 f*******i 的大作中提到】
: 能否明示一下？
: 我不是做MD的，所以很多东西都是边查资料，边做的
avatar
f*i
31 楼
多谢指教~

也小

【在 j*********m 的大作中提到】
:
: x(t+dt)=2x(t)-x(t-dt)+a(t)dt^2
: 你可以去wiki看，verlet是最简单的守恒能量的解牛顿方程的方法，而且长时间误差也小
: good night, thank you for baozi
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