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自己组装cluster，可行吗？

自己组装cluster，可行吗？# Hardware - 计算机硬件

c*n2015-11-20 08:11

1 楼

我有兴趣自己组装一台可以当cluster使的计算机，6+ cores 即可, 10+ cores更好。
装linux centOS或类似系统，需要支持多用户远程登陆(用ssh)。主要用于模拟计算，
暂时没有图形处理的需求。
可有什么好推荐？预算大概多少？USD 2000左右能配成什么样子？
什么地方能找到DIY指导？

l*z2015-11-20 08:11

2 楼

自己装个乞丐版cluster还不如买一台强力CPU＋大内存台式机。

m*n2015-11-20 08:11

3 楼

不知道你内存要多少。要求不高，按32g算。硬盘按常规做法，没多少钱。
单cpu选2011V3，6核，700-1000；8核，800-1200基本是瓶颈了。再提高500的预算，性
能也就加个5%
dual cpu，配2011 V1。大概能配到最合适的也就2670，16核1000多预算到头。做节约
的搞版上800多能下来。2680频率高0.1ghz，一个cpu价格贵150，dual贵300。也可以
考虑。
预算用不了2000。这时候cpu再往上走一点点，马上光一个cpu都1000了，性能提高一丢
丢，没意思。可以把预算加到硬盘，还有显示器这些周边上

d*a2015-11-20 08:11

4 楼

老兄，你这个不叫cluster。多台机器联网在一起，装上cluster软件，才叫cluster。
你要装的，是单机服务器吧。
选一台计算性能好的台式机，工作站，或tower server，装上Linux，再装上相应的计
算软件，就可以了。想自己组装硬件，比较方便的是买barebone server，再买处理器
等装上。
多用户支持和ssh server，这些在Unix类系统上都是最基本的功能。花点时间学习一下
Unix/Linux入门指南就可以了。

【在 c****n 的大作中提到】

: 我有兴趣自己组装一台可以当cluster使的计算机，6+ cores 即可, 10+ cores更好。
: 装linux centOS或类似系统，需要支持多用户远程登陆(用ssh)。主要用于模拟计算，
: 暂时没有图形处理的需求。
: 可有什么好推荐？预算大概多少？USD 2000左右能配成什么样子？
: 什么地方能找到DIY指导？

h*g2015-11-20 08:11

5 楼

cluster 一般是指 high performance computing (HPC)

a*s2015-11-20 08:11

6 楼

cluster是多台计算机通过网络连接进行并行计算。通常网络连接是10G以太网或
infiniband，软件层使用openMPI之类的并行运算库或者sungrid之类的网格计算软件。

【在 c****n 的大作中提到】

y*b2015-11-20 08:11

7 楼

没错，先要搞清概念。
现在超级计算机单节点都有36核了，估计快到上限了。

【在 a******s 的大作中提到】

: cluster是多台计算机通过网络连接进行并行计算。通常网络连接是10G以太网或
: infiniband，软件层使用openMPI之类的并行运算库或者sungrid之类的网格计算软件。

a*s2015-11-20 08:11

8 楼

单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

【在 y**b 的大作中提到】

: 没错，先要搞清概念。
: 现在超级计算机单节点都有36核了，估计快到上限了。

t*z2015-11-20 08:11

9 楼

这也太强了吧，你要运行什么软件啊？

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

G*Y2015-11-20 08:11

10 楼

10个core还搞个P的cluster呀。
30个cores以内现在都是直接买台workstation。

【在 c****n 的大作中提到】

G*Y2015-11-20 08:11

11 楼

奢侈呀，呵呵

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

d*a2015-11-20 08:11

12 楼

这个是baby size的cluster。:)
开开玩笑。对一个研究小组来说，有自己专用的机器很不错。
我单位上有一个cluster，256个节点，每节点双处理器，16个核32线程，一共4096个核
。但用的人也不少，并不能保证随时能用上。

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

S*12015-11-20 08:11

13 楼

请问你在哪里买的？我工作中也需要一台此类高性能工作站。

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

S*12015-11-20 08:11

14 楼

请问你在哪里买的？我工作中也需要一台此类高性能工作站。

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

s*d2015-11-20 08:11

15 楼

还是GPU更给力

a*s2015-11-20 08:11

16 楼

是thinkmate，在他们的网站上可以直接配置。

【在 S****1 的大作中提到】

: 请问你在哪里买的？我工作中也需要一台此类高性能工作站。

a*s2015-11-20 08:11

17 楼

当初买的理由是RNA-seq的de-novo assemble.

【在 t*****z 的大作中提到】

: 这也太强了吧，你要运行什么软件啊？

a*22015-11-20 08:11

18 楼

你这个要求随便上个单机工作站就可以搞定了。我们单位用的HP Z800工作站，完全满
足你的要求。价钱也不到2000。

y*b2015-11-20 08:11

19 楼

这个厉害，72core，带宽够吗，不知道效率怎么样
比如运行72个线程的并行程序，效率能到xx%？

【在 a******s 的大作中提到】

: 单位刚买来给我做基因组分析的四台supermicro，每台4个E7-8870v3，单机72个物理
: cores，144 hyperthreads，基本上目前最高配置了。

a*s2015-11-20 08:11

20 楼

这个要看基因组的大小和测序深度，我曾经在一台32core 128G RAM的server上花了一
个月de-novo assembly烟草RNA-seq data。

【在 a********2 的大作中提到】

: 你这个要求随便上个单机工作站就可以搞定了。我们单位用的HP Z800工作站，完全满
: 足你的要求。价钱也不到2000。

m*52015-11-20 08:11

21 楼

没看懂，你这个明显不是cluster

【在 c****n 的大作中提到】