Re: 翻案了！NgAgo真的能编辑基因 (转载) - 未名空间MITBBS历史存档

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Re: 翻案了！NgAgo真的能编辑基因 (转载)

Re: 翻案了！NgAgo真的能编辑基因 (转载)# Joke - 肚皮舞运动

t*e2019-04-11 07:04

1 楼

我们公司一华裔小码工。UCSD毕业。当年也是本地亚裔居多的所谓好学区S的高中毕业
。估计高中成绩不算拔尖，所以去了UCSD。但人小伙学了CS。在我们公司当码工小几年
。薪水也六位数了，还有股票。
他女朋友呢。高中的Sweet Heart。某藤校英语系毕业。当年大概他只有仰视的份吧:)
现在她在弯曲一个比较普通的高中教书。职业理想是去Harker或其他好点的高中当老师
。薪水嘛只有小伙子的一半。家里为了大藤四年还多出了二十万学费。
两人结婚的房子就得靠小伙发财了。
所以常言男怕入错行，没有说男怕选错校。现在时代不同了。男女都一样。

H*g2019-04-11 07:04

2 楼

【以下文字转载自 Military 讨论区】
发信人: asso (asso), 信区: Military
标题: Re: 翻案了！NgAgo真的能编辑基因
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 01:39:01 2019, 美东)
看原文。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/597237v1

j*c2019-04-11 07:04

3 楼

他女朋友呢。高中的Sweet Heart。某藤校英语系毕业。
这女的怎么没找个高富帅？

H*g2019-04-11 07:04

4 楼

看摘要只说了本文证明这个酶在大肠杆菌里有剪切活性还提到该蛋白在非嗜盐菌里很
难折叠大部分失活
不过从细菌里有活性到哺乳细胞里有实用价值主要还是个工程问题如果肯投很多钱
把它修得可以用也不是不可能
Prokaryotic Argonautes (pAgos) have been proposed as more flexible tools for
gene-editing as they do not require sequence motifs adjacent to their
targets for function, unlike popular CRISPR/Cas systems. One promising pAgo
candidate, from the halophilic archaeon Natronobacterium gregoryi (NgAgo),
however, has been subject to intense debate regarding its potential in
eukaryotic systems. Here, we revisit this enzyme and characterize its
function in prokaryotes. NgAgo expresses poorly in non-halophilic hosts with
the majority of protein being insoluble and inactive even after refolding.
However, we report that the soluble fraction does indeed act as a DNA
endonuclease. Structural homology modelling revealed that NgAgo shares
canonical domains with other catalytically active pAgos but also contains a
previously unrecognized single stranded DNA binding domain (repA). Both repA
and the canonical PIWI domain participate in DNA cleavage activities. We
also found that these endonuclease activities are essential for enhanced
NgAgo-guided homologous recombination, or gene-editing, in E. coli.
Collectively, our results provide insight into the poorly characterized
NgAgo for subsequent gene-editing tool development and sheds new light on
seemingly contradictory reports.

【在 H********g 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Military 讨论区】
: 发信人: asso (asso), 信区: Military
: 标题: Re: 翻案了！NgAgo真的能编辑基因
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 01:39:01 2019, 美东)
: 看原文。
: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/597237v1

H*g2019-04-11 07:04

5 楼

这个质疑没什么水平。NgAgo本来就是在它的老窝干切DNA这个工作的，移动到大肠杆菌
里还可以有些活性并不是什么革命性的发现。这个酶的关键问题是在哺乳动物细胞里活
性还够不够高，要不要大规模修饰才能有足够活性。韩春雨的结果是：直接拿来用就可
以，只要技术高。
再说出了韩春雨这档子事还要在这个上面说假话，支持extraordinary claim，是不是
太讲义气了
===
发信人: wsbioguy2 (postdog), 信区: Military
标题: 怀疑普渡结果的来了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 01:56:15 2019, 美东)
Is the 'notorious' NgAgo cutting DNA after all? The data seems a bit
preliminary for my taste

H*g2019-04-11 07:04

6 楼

看看，本来就是嗜盐细菌拿来切DNA的东西。也许春雨养细胞的时候正在吃咸带鱼。
https://en.wikipedia.org/wiki/NgAgo
Jump to navigationJump to search
NgAgo is a single-stranded DNA (ssDNA)-guided Argonaute endonuclease, an
acronym for Natronobacterium gregoryi Argonaute. NgAgo binds 5′
phosphorylated ssDNA of ~24 nucleotides (gDNA) to guide it to its target
site and will make DNA double-strand breaks at the gDNA site. Like the
CRISPR/Cas system, NgAgo was reported to be suitable for genome editing,[1]
but this has not been replicated. In contrast to Cas9, the NgAgo–gDNA
system does not require a protospacer adjacent motif (PAM).

H*g2019-04-11 07:04

7 楼

这个说的跟我从摘要里看到的一致
军版的啦博客12 34是不是带任务的睁眼说瞎话
==
Bear
smallbite (一小口)
1 208.* 4/11/19, 8:24:33 AM (237')
我虽然没有系统性研究过NgAgo，但也大概知道几点
1.NgAgo切DNA并不是韩春雨最先提出来的，之前早有文章发表
2.问题的关键是能不能在生理条件下哺乳动物细胞内切。韩春雨说能。他想做第二个张
锋，张锋并不是第一个发现Cas9切DNA的人，他第一个实现了生理条件下哺乳动物细胞
内Cas9切DNA
3.韩春雨的文章毫无疑问是完全作假。让大家兴奋的新文章（我只看了摘要）看起来也
只实现了大肠杆菌内的功能，韩的结果仍然没有人实现
4.新文章看起来提出了一个解释，即NgAgo很难表达，大部分变性沉淀，这可能是为什
么大家都做不出来的重要原因
你们这些外行不要再妄想韩春雨翻案了。他的案例和以前韩国人黄禹锡是一样的。黄禹
锡说他能用捐献卵子做出人ES细胞，这个确实应该可以实现，问题是黄禹锡并没有实现
却说谎。即使后来有人真做出来了也替他翻不了案，韩春雨也一样！
另，NgAgo可能确实是DNA guided endonuclease。据我所知还有人有比普渡实验室更好
的结果，不过没有发表。

m*n2019-04-11 07:04

8 楼

所以咱可以植入叶绿素了？

d*y2019-04-11 07:04

9 楼

还不行
植物有气孔冒泡，你冒不了

【在 m********n 的大作中提到】

: 所以咱可以植入叶绿素了？

H*g2019-04-11 07:04

10 楼

植入绿素简单要合成葡萄糖要植入的东西就太多了而且容易得糖尿病长得太甜还
容易引别人来吃要解决的科学问题和社会问题都比较重大

【在 m********n 的大作中提到】

: 所以咱可以植入叶绿素了？

m*n2019-04-11 07:04

11 楼

能不能在肾脏前面加个纳米滤网，不让糖分子进入，这样就不会糖尿了吧？

【在 H********g 的大作中提到】

: 植入绿素简单要合成葡萄糖要植入的东西就太多了而且容易得糖尿病长得太甜还
: 容易引别人来吃要解决的科学问题和社会问题都比较重大

H*g2019-04-11 07:04

12 楼

糖尿病实际应该叫血糖病病的主要问题是血糖不受控制不是尿太甜所以不能在肾
那里治

【在 m********n 的大作中提到】

: 能不能在肾脏前面加个纳米滤网，不让糖分子进入，这样就不会糖尿了吧？

H*g2019-04-11 07:04

13 楼

你的D盘直接拔了插SSD即可何必折腾操作系统

【在 m********n 的大作中提到】

: 能不能在肾脏前面加个纳米滤网，不让糖分子进入，这样就不会糖尿了吧？

m*n2019-04-11 07:04

14 楼

现在都用云盘了，本地都不需要有东西的，只折腾操作系统就够了。

【在 H********g 的大作中提到】

: 你的D盘直接拔了插SSD即可何必折腾操作系统

H*g2019-04-11 07:04

15 楼

你机器不是可以带两个硬盘吗留着现在的128G 系统盘不是简单些吗

【在 m********n 的大作中提到】

: 现在都用云盘了，本地都不需要有东西的，只折腾操作系统就够了。

m*n2019-04-11 07:04

16 楼

跟叶绿素有啥关系？为啥在这个帖里说这个事情？

【在 H********g 的大作中提到】

: 你机器不是可以带两个硬盘吗留着现在的128G 系统盘不是简单些吗

H*g2019-04-11 07:04

17 楼

乐部检修

【在 m********n 的大作中提到】

: 跟叶绿素有啥关系？为啥在这个帖里说这个事情？

m*n2019-04-11 07:04

18 楼

会不会是正给用滤网清理反油言论？

【在 H********g 的大作中提到】

: 乐部检修

H*g2019-04-11 07:04

19 楼

谁知道邢某的行为不能以常理度之

【在 m********n 的大作中提到】

: 会不会是正给用滤网清理反油言论？

m*n2019-04-11 07:04

20 楼

盘二是机械的，要换SSD貌似要弄转换插头？影响速度和性能？

【在 H********g 的大作中提到】

: 你机器不是可以带两个硬盘吗留着现在的128G 系统盘不是简单些吗

H*g2019-04-11 07:04

21 楼

否
ssd 只要是小盒子形状的也是sata 就是外形比一般的机械盘薄一点而已直接插进去
如果不稳的话塞个橡胶管即可不会有性能损失
你拔了盘二也只能空出来一个sata口不用这个口的话你的笔记本主板上就必须要有
m.2插槽关于m.2又有点小问题要注意：m.2槽有两种界面 sata和pcie（nvme）很多笔
记本为了降成本用的是sata only 好一点的又可能是nvme only
所以如果你打算换m.2 ssd 买前得先搞清主板上的m.2到底是不是存在到底是sata界
面还是pcie（NVMe）界面
假如笔记本上的m.2实际也是sata界面的话跟小盒子形ssd的sata比没有任何优势还
得开壳这样的话直接拿小盒子ssd取代机械盘即可
如果主板上的m.2是pcie（NVMe）界面会比sata快一倍但这样的ssd也贵拿来换机械
硬盘步子大了一点

【在 m********n 的大作中提到】

: 盘二是机械的，要换SSD貌似要弄转换插头？影响速度和性能？

H*g2019-04-11 07:04

22 楼

发信人: wep (买不到鸡蛋了！), 信区: Military
标题: Re: 本来NgAgo可以成为改开40年最辉煌的生物科研成果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 13:12:57 2019, 美东)
我靠，我现在觉得你是高级黑了。

发信人: wep (买不到鸡蛋了！), 信区: Military
标题: Re: 为啥又开始说韩春雨的事儿？实验能重复出来了？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 13:13:35 2019, 美东)
如果普渡拿这个献礼，那普渡可以关门了

m*n2019-04-11 07:04

23 楼

1 TB 2.5-Inch SATA Hard Drive (7200 RPM)
128GB M.2 Solid State Drive
所以我觉得直接换一个到主盘那里省事儿。

: 否

: ssd 只要是小盒子形状的也是sata 就是外形比一般的机械盘薄一点而已直接
插进去

: 如果不稳的话塞个橡胶管即可不会有性能损失

: 你拔了盘二也只能空出来一个sata口不用这个口的话你的笔记本主板上就必
须要有

: m.2插槽关于m.2又有点小问题要注意：m.2槽有两种界面 sata和pcie（nvme）
很多笔

: 记本为了降成本用的是sata only 好一点的又可能是nvme only

: 所以如果你打算换m.2 ssd 买前得先搞清主板上的m.2到底是不是存在到底是
sata界

: 面还是pcie（NVMe）界面

: 假如笔记本上的m.2实际也是sata界面的话跟小盒子形ssd的sata比没有任何优
势还

: 得开壳这样的话直接拿小盒子ssd取代机械盘即可

【在 H********g 的大作中提到】

: 发信人: wep (买不到鸡蛋了！), 信区: Military
: 标题: Re: 本来NgAgo可以成为改开40年最辉煌的生物科研成果
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 13:12:57 2019, 美东)
: 我靠，我现在觉得你是高级黑了。
:
: 发信人: wep (买不到鸡蛋了！), 信区: Military
: 标题: Re: 为啥又开始说韩春雨的事儿？实验能重复出来了？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 11 13:13:35 2019, 美东)
: 如果普渡拿这个献礼，那普渡可以关门了

r*s2019-04-11 07:04

24 楼

普渡这个文章间接地引用了韩主席的文章，看样子还是受到韩主席的启发
Cyranoski, D. Authors retract controversial NgAgo gene-editing study. Nature
News, 355 doi:10.1038/nature.2017.22412 (2017).

w*p2019-04-11 07:04

25 楼

蝗虫厉害

【在 H********g 的大作中提到】

: 这个说的跟我从摘要里看到的一致
: 军版的啦博客12 34是不是带任务的睁眼说瞎话
: ==
: Bear
: smallbite (一小口)
: 1 208.* 4/11/19, 8:24:33 AM (237')
: 我虽然没有系统性研究过NgAgo，但也大概知道几点
: 1.NgAgo切DNA并不是韩春雨最先提出来的，之前早有文章发表
: 2.问题的关键是能不能在生理条件下哺乳动物细胞内切。韩春雨说能。他想做第二个张
: 锋，张锋并不是第一个发现Cas9切DNA的人，他第一个实现了生理条件下哺乳动物细胞

H*g2019-04-11 07:04

26 楼

换到1TB那里省事
换到主盘的话你得先查清主板上的m.2槽支持sata 还是nvme 然后再买SSD
换机械盘的话可以闭着眼睛直接买 Samsung 860 而且退下来的机械盘可以干别的
直接插到大机器 esata usb盘盒等等都行如果换m.2的话换下来的盘没这么多自由

【在 m********n 的大作中提到】

: 1 TB 2.5-Inch SATA Hard Drive (7200 RPM)
: 128GB M.2 Solid State Drive
: 所以我觉得直接换一个到主盘那里省事儿。
:
:
: 否
:
: ssd 只要是小盒子形状的也是sata 就是外形比一般的机械盘薄一点而已直接
: 插进去
:
: 如果不稳的话塞个橡胶管即可不会有性能损失
:
: 你拔了盘二也只能空出来一个sata口不用这个口的话你的笔记本主板上就必
: 须要有

H*g2019-04-11 07:04

27 楼

主席这事情闹得很大估计是绕不过去的

Nature

【在 r*s 的大作中提到】

: 普渡这个文章间接地引用了韩主席的文章，看样子还是受到韩主席的启发
: Cyranoski, D. Authors retract controversial NgAgo gene-editing study. Nature
: News, 355 doi:10.1038/nature.2017.22412 (2017).