简单谈谈我对PACB的看法 - 未名空间MITBBS历史存档

简单谈谈我对PACB的看法# Stock

E*r2013-11-23 08:11

1 楼

今早有人问我对于PACB的看法，不好意思，今天蛮多事情，还来不及马上回复。说实
在对于下一代测序本人不是专家，不过也随便讲几句。其实Mutate大牛是搞测序的，具
体可以问他。我曾经到过Ion Torrent看过他们一个Demo，不过感觉比Illumina的方法
差一些。PACB的话，我以前有一个同事在那边工作，后来离开了，问他原因，他说
Bored。至于长片段有没有用，我的观点是肯定好一些，但不是绝对的。下一代测序是
把短片段通过软件接起来，目前大概Ion Torrent的小片段就100多个碱基，然后串成整
个Genome Sequence。长片段连接的准确率高，短的就差一些，不过还要看软件怎么写。
值得一提的是，测序在临床上的使用还只是开始，能够解决的问题不多，主要是遗传性
疾病，最大的用途是找SNP，现在的Pharmacogenomics很热，也所谓的个体化医疗方案
。现今了解到不少疾病或者药物反应和某些SNP有很大的关系，因此筛选SNP成为分子诊
断非常重要的一个环节。不过测序有点用牛刀，有些东西，一个RT-PCR就可以解决，
Luminex也有专门筛选SNP的检测法，我帮他们做过Validation Assay，很好用。如果
真的Target一个SNP，传统的测序法足够了，也就5美元测一次，几个小时可以做完。
个人对于下一代测序在临床上的使用报谨慎的态度，我们医院最新规定减少使用分子诊
断的方法，因为那只是做一些预测，想必听到过疾病基因的检测，这些都是胡扯蛋的事
情。临床讲究的是Diagnosis而不是Prediction。

PACB这种公司苟且偷生可以，要想有大发展的话大概也是白日做梦了！

d*d2013-11-23 08:11

2 楼

赞内行！

写。

【在 E*********r 的大作中提到】

: 今早有人问我对于PACB的看法，不好意思，今天蛮多事情，还来不及马上回复。说实
: 在对于下一代测序本人不是专家，不过也随便讲几句。其实Mutate大牛是搞测序的，具
: 体可以问他。我曾经到过Ion Torrent看过他们一个Demo，不过感觉比Illumina的方法
: 差一些。PACB的话，我以前有一个同事在那边工作，后来离开了，问他原因，他说
: Bored。至于长片段有没有用，我的观点是肯定好一些，但不是绝对的。下一代测序是
: 把短片段通过软件接起来，目前大概Ion Torrent的小片段就100多个碱基，然后串成整
: 个Genome Sequence。长片段连接的准确率高，短的就差一些，不过还要看软件怎么写。
: 值得一提的是，测序在临床上的使用还只是开始，能够解决的问题不多，主要是遗传性
: 疾病，最大的用途是找SNP，现在的Pharmacogenomics很热，也所谓的个体化医疗方案
: 。现今了解到不少疾病或者药物反应和某些SNP有很大的关系，因此筛选SNP成为分子诊

v*s2013-11-23 08:11

3 楼

我一个姐们儿上月开conference同 Dr. Stephen Turner Ph.D.
Co-Founder and Chief Technology Officer吃了午饭，她说Turner说了好多反驳外界
对他们测序错误的批评，说实际上他们的错误率很低，而且强调他们的niche。我不懂
生物，但姐们儿说他们是有潜力的，缺点是太学术。

写。

【在 E*********r 的大作中提到】

: 今早有人问我对于PACB的看法，不好意思，今天蛮多事情，还来不及马上回复。说实
: 在对于下一代测序本人不是专家，不过也随便讲几句。其实Mutate大牛是搞测序的，具
: 体可以问他。我曾经到过Ion Torrent看过他们一个Demo，不过感觉比Illumina的方法
: 差一些。PACB的话，我以前有一个同事在那边工作，后来离开了，问他原因，他说
: Bored。至于长片段有没有用，我的观点是肯定好一些，但不是绝对的。下一代测序是
: 把短片段通过软件接起来，目前大概Ion Torrent的小片段就100多个碱基，然后串成整
: 个Genome Sequence。长片段连接的准确率高，短的就差一些，不过还要看软件怎么写。
: 值得一提的是，测序在临床上的使用还只是开始，能够解决的问题不多，主要是遗传性
: 疾病，最大的用途是找SNP，现在的Pharmacogenomics很热，也所谓的个体化医疗方案
: 。现今了解到不少疾病或者药物反应和某些SNP有很大的关系，因此筛选SNP成为分子诊

E*r2013-11-23 08:11

4 楼

下一代测序目前还是停留在学术上，用在临床上比较少，最有名的就是通过孕妇静脉血
来检测胎儿是否患有唐氏综合症。以前都是羊水穿刺来检测，有千分之一流产的概率
。随着全基因组测序的完成，一个大的理论认为这样科学家就可以搞清许多疾病的来
源。于是乎出现了一些靠测序谋生的公司，记得在Davis，CA有一家公司，名字好像是
AvegeNix，好几年以前开的，当时据说是全基因测序，然后可以把病人所有可能患的
疾病都预测出来。听上去很Cool的一个Idea，但是生意很一般，三年后关掉了。我想其
中的原因就是有些疾病可能要到几十年之后才发作，究竟发还是不法，也只是个概率的
问题。如果发了，可以说这个办法很准，如果不发，公司也可以Argue，说是也有20-30
%的概率不发。那这种检测的意义就不大了。
随着个体化医疗的推进，测序可以在这个领域发挥作用，还有在病毒感染，微生物感染
上也可以有所作为，不过如果认为搞清楚人体的所有基因就可以包治百病，那就太过于
天真了。以前大家都觉得所有疾病都是由基因控制和遗传的，这种观点持续了好几十年
。随着Stanley Prusiner发现了Prion Protein，并证明出疾病也可以通过蛋白控制和
遗传后，上述观点完全改变了，Stanley Prusiner是我们学校的，他也因此在1997年获
得诺贝尔奖。

【在 v**s 的大作中提到】

: 我一个姐们儿上月开conference同 Dr. Stephen Turner Ph.D.
: Co-Founder and Chief Technology Officer吃了午饭，她说Turner说了好多反驳外界
: 对他们测序错误的批评，说实际上他们的错误率很低，而且强调他们的niche。我不懂
: 生物，但姐们儿说他们是有潜力的，缺点是太学术。
:
: 写。

v*s2013-11-23 08:11

5 楼

谢谢分析！
再问个问题： Fluidigm Corporation (FLDM) 的single cell genomics是否有大的发
展空间，目前好像growth很猛。

E*r2013-11-23 08:11

6 楼

hehe，我5年前差点拿到Fluidigm的一个Offer，做Field Application Scientist。后
来去年去一家公司兼职，楼下就是Fluidigm，他们是做Microfluidics的，不是很清楚
具体做啥，据说是可以在很小体积的情况下测很多Analytes，不过当时问他们，说是CV
%也高，现在或许有所改进了。他们有一台仪器，在新加坡作的，就是配套自己的技术
。听说是公司的发展很迅速，不过技术平台还没有进入主流，也算是个Niche的技术吧
。医院临床最多的还是Chemistry Analyzer，Flow Cytometer，Densitomer,
Turbidimeter, Mass Spectromer, HPLC, UPLC, GC, PCR等，我主要是负责做质谱和色
谱的，这一块东西不花哨，但是很实用，分析化学就靠它了。我有时也做一些分子生物
的东西，那是我的老本行。

v*s2013-11-23 08:11

7 楼

FLDM我有小量position，希望他们进入主流。
看来你是Bill Ackman 的粉丝，他近来是花街大佬的围堵对象，你没跟他投吧？

E*r2013-11-23 08:11

8 楼

没有，呵呵，我觉得他气质不错，讲话慢条斯理，很有风度。
值得一提的是，现在的生物领域，作蛋白的前途比作DNA的广阔，当然难度更大。据说
Fluidigm打算搞蛋白方向的Microfluidics。

v*s2013-11-23 08:11

9 楼

Bill长得很精神，但太固执，太自信。不知道如何得罪了这帮大佬，看起来他们要把他
赶尽杀绝，他好像赔了投资人的钱也不在乎，真不应该呀。
以后生物方面还要多请教你。谢谢

E*r2013-11-23 08:11

10 楼

有些内幕的东西我们不是太清楚，不过有钱人固执自信的多得去了，你看看上次Ichahn
在电话里臭骂Ackman时候，说话傲慢难听得多，Ackman也是彬彬有礼回复了。没有办法
Ichahn有钱得多。总体而言，潘兴广场还是会赚钱的，大佬们只是局部和他有冲突，
大面子上还是各做各的。
谈不上请教，一起讨论很有趣。

【在 v**s 的大作中提到】

: Bill长得很精神，但太固执，太自信。不知道如何得罪了这帮大佬，看起来他们要把他
: 赶尽杀绝，他好像赔了投资人的钱也不在乎，真不应该呀。
: 以后生物方面还要多请教你。谢谢

m*r2013-11-23 08:11

11 楼

写。
大牛，halo咋样？

【在 E*********r 的大作中提到】

: 今早有人问我对于PACB的看法，不好意思，今天蛮多事情，还来不及马上回复。说实
: 在对于下一代测序本人不是专家，不过也随便讲几句。其实Mutate大牛是搞测序的，具
: 体可以问他。我曾经到过Ion Torrent看过他们一个Demo，不过感觉比Illumina的方法
: 差一些。PACB的话，我以前有一个同事在那边工作，后来离开了，问他原因，他说
: Bored。至于长片段有没有用，我的观点是肯定好一些，但不是绝对的。下一代测序是
: 把短片段通过软件接起来，目前大概Ion Torrent的小片段就100多个碱基，然后串成整
: 个Genome Sequence。长片段连接的准确率高，短的就差一些，不过还要看软件怎么写。
: 值得一提的是，测序在临床上的使用还只是开始，能够解决的问题不多，主要是遗传性
: 疾病，最大的用途是找SNP，现在的Pharmacogenomics很热，也所谓的个体化医疗方案
: 。现今了解到不少疾病或者药物反应和某些SNP有很大的关系，因此筛选SNP成为分子诊

E*r2013-11-23 08:11

12 楼

对于制药公司我不是很了解，不好意思。

h*r2013-11-23 08:11

13 楼

看来还是忽悠多。
今天FDA刚警告了23 and me，就是google Brin 前妻开的店？
FDA Tells 23andMe to Halt Marketing Personal Genome Service
The Food and Drug Administration has told 23andMe that it must stop
marketing its spit test and genome service to consumers because it has
failed to address FDA's questions about the clinical and analytical validity
of the product.

写。

【在 E*********r 的大作中提到】

: 今早有人问我对于PACB的看法，不好意思，今天蛮多事情，还来不及马上回复。说实
: 在对于下一代测序本人不是专家，不过也随便讲几句。其实Mutate大牛是搞测序的，具
: 体可以问他。我曾经到过Ion Torrent看过他们一个Demo，不过感觉比Illumina的方法
: 差一些。PACB的话，我以前有一个同事在那边工作，后来离开了，问他原因，他说
: Bored。至于长片段有没有用，我的观点是肯定好一些，但不是绝对的。下一代测序是
: 把短片段通过软件接起来，目前大概Ion Torrent的小片段就100多个碱基，然后串成整
: 个Genome Sequence。长片段连接的准确率高，短的就差一些，不过还要看软件怎么写。
: 值得一提的是，测序在临床上的使用还只是开始，能够解决的问题不多，主要是遗传性
: 疾病，最大的用途是找SNP，现在的Pharmacogenomics很热，也所谓的个体化医疗方案
: 。现今了解到不少疾病或者药物反应和某些SNP有很大的关系，因此筛选SNP成为分子诊

E*r2013-11-23 08:11

14 楼

我知道23AndMe一些事情，以前他们还有人过来想和我们医院合作，但是我们不感兴趣
。 Brin的前妻根本对这个领域不了解，烧了那么多钱，真是一根鸡毛都没搞出来。
我上面提到Davis一家公司搞类似的Personal Genome Service,三年后倒闭。我预估
23AndMe也差不多的命运。光有钱还是不行的，这个市场是好看不重用。呵呵，她连
Clinical and Analytical Validation 都没弄好就去忽悠了？哈哈哈，真是搞笑。

validity

【在 h*********r 的大作中提到】

: 看来还是忽悠多。
: 今天FDA刚警告了23 and me，就是google Brin 前妻开的店？
: FDA Tells 23andMe to Halt Marketing Personal Genome Service
: The Food and Drug Administration has told 23andMe that it must stop
: marketing its spit test and genome service to consumers because it has
: failed to address FDA's questions about the clinical and analytical validity
: of the product.
:
: 写。

h*r2013-11-23 08:11

15 楼

呵呵，不过普通老百姓挺容易被忽悠的。我有不少朋友都掏钱做了23 and me 的测试。
我跟他们说你还不如看家里的族谱更靠谱，比如什么心脏病，糖尿病基因，还有是亚裔
还是高加索人，难道需要测？

【在 E*********r 的大作中提到】

: 我知道23AndMe一些事情，以前他们还有人过来想和我们医院合作，但是我们不感兴趣
: 。 Brin的前妻根本对这个领域不了解，烧了那么多钱，真是一根鸡毛都没搞出来。
: 我上面提到Davis一家公司搞类似的Personal Genome Service,三年后倒闭。我预估
: 23AndMe也差不多的命运。光有钱还是不行的，这个市场是好看不重用。呵呵，她连
: Clinical and Analytical Validation 都没弄好就去忽悠了？哈哈哈，真是搞笑。
:
: validity

E*r2013-11-23 08:11

16 楼

这种检测都不靠谱，告诉你怎么做的吧！公司先是找一些病人的数据，譬如糖尿病，心
脏病，癌症，把一些相关基因的序列输入一个软件，通过对比搞出一套Algorithm，然
后把待测病人的序列和那个去比，就得出一个所谓的得病概率说。基本属于胡扯蛋。去
做就是去送钱。你大概还听到过测端粒长度可以预测寿命等说法吧，都是大忽悠。这
些东西没有太多生物学或者医学支持，属于统计学的范畴，但是又无法考虑进以后生活
的许多变量。