mouse epigenetic data availability# Biology - 生物学
p*e
1 楼
宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
t*l
2 楼
每个类别的70%?
而不 是整个140000的70%?
这样对我们有否有利些?
而不 是整个140000的70%?
这样对我们有否有利些?
d*g
3 楼
http://cgi.ebay.com/ws/eBayISAPI.dll?ViewItem&item=300507387453
价格合理，US seller发货快。质量很好，做工精细，触感舒服，比图片上感觉好多了
，拿到之后觉得实在超值
不能接受真皮的可以选仿皮，只便宜几刀，而且据我的经验是仿皮质量差太多。曾经10
刀买过一个Kindle仿皮套，那山寨的感觉，永世难忘啊
价格合理，US seller发货快。质量很好，做工精细，触感舒服，比图片上感觉好多了
，拿到之后觉得实在超值
不能接受真皮的可以选仿皮，只便宜几刀，而且据我的经验是仿皮质量差太多。曾经10
刀买过一个Kindle仿皮套，那山寨的感觉，永世难忘啊
R*d
4 楼
请问mouse是否有system level epigenetic data可供下载？我主要指histone
modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
好比人里面这样的数据：
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
多谢了
modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
好比人里面这样的数据：
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
多谢了
b*j
5 楼
牛！
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
a*x
6 楼
能。你想咋样都可以。
【在 t*********l 的大作中提到】
: 每个类别的70%?
: 而不 是整个140000的70%?
: 这样对我们有否有利些?
【在 t*********l 的大作中提到】
: 每个类别的70%?
: 而不 是整个140000的70%?
: 这样对我们有否有利些?
c*x
7 楼
看起来不错
R*d
8 楼
如果有人的T细胞（CD4+算T细胞吧）以外其他细胞类型的sytem level histone
modification
data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
包子伺候。多谢了。
【在 R******d 的大作中提到】
: 请问mouse是否有system level epigenetic data可供下载？我主要指histone
: modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
: 好比人里面这样的数据：
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
: 多谢了
modification
data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
包子伺候。多谢了。
【在 R******d 的大作中提到】
: 请问mouse是否有system level epigenetic data可供下载？我主要指histone
: modification那部分，非DNA methylation的数据。最好来自同一个研究组的。
: 好比人里面这样的数据：
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcellacetylation.aspx
: http://dir.nhlbi.nih.gov/papers/lmi/epigenomes/hgtcell.aspx
: 多谢了
a*l
9 楼
Zan
b*r
10 楼
http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml
目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
子，确实没看到
【在 R******d 的大作中提到】
: 如果有人的T细胞（CD4+算T细胞吧）以外其他细胞类型的sytem level histone
: modification
: data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
: 包子伺候。多谢了。
目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
子，确实没看到
【在 R******d 的大作中提到】
: 如果有人的T细胞（CD4+算T细胞吧）以外其他细胞类型的sytem level histone
: modification
: data，也欢迎提供文章和数据下载地址。
: 包子伺候。多谢了。
f*t
11 楼
太赞了～～！
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
R*d
12 楼
多谢第一个回复，发了5个包子。
的。
【在 b****r 的大作中提到】
: http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml
: 目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
: 老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
: 子，确实没看到
的。
【在 b****r 的大作中提到】
: http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml
: 目前人的genome CHIP data应该这里都全了，直接可以在UCSC genome browser里看的。
: 老鼠的epigenome好像还真没有，反正我没听过。看在你发包子的面子上我还搜了一阵
: 子，确实没看到
y*c
13 楼
看上去是齐白石的大作啊，牛
R*d
14 楼
再问一句吧：
Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
l*u
15 楼
天才宝宝啊！
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
【在 p*****e 的大作中提到】
: 宝宝马上就三岁了。今天又作画一副。
: 她说画里的宝宝手拉手在little gym玩。他们都没穿鞋子，因为天太热了。他们都带了
: 墨镜（脸上的那条线）。看着宝宝的作品，很高兴，和大家一起分享。
b*r
16 楼
没有吗，那个表里有两个CD4阳性细胞的，难道不是他的？
包子很爽！
【在 R******d 的大作中提到】
: 再问一句吧：
: Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
: 他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
包子很爽！
【在 R******d 的大作中提到】
: 再问一句吧：
: Keji Zhao CD4+ T cell的数据是不是没有提交到这个数据库？
: 他做了那么多种histone modification，这里都没有记录。
y*1
17 楼
You can search " Keji Zhao" in PubMed SRA (Sequence Read Archive) database.
Here's one of the results: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX003809?report=full
Here's one of the results: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX003809?report=full
h*l
18 楼
some examples:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds
GSE24165
Title Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and
predicts developmental state
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE24164
Title ChIP-Seq of chromatin marks at distal enhancers in Mouse Embryonic
Stem Cells and adult tissues.
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE15519
Title Expression and ChIP-seq analyses of embryonic stem cells,
extraembryonic endoderm stem cells, and trophoblast stem cells
Organism Mus musculus
Lab Dr. Janet Rossant
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds
GSE24165
Title Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and
predicts developmental state
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE24164
Title ChIP-Seq of chromatin marks at distal enhancers in Mouse Embryonic
Stem Cells and adult tissues.
Organism Mus musculus
Lab Jaenisch
GSE15519
Title Expression and ChIP-seq analyses of embryonic stem cells,
extraembryonic endoderm stem cells, and trophoblast stem cells
Organism Mus musculus
Lab Dr. Janet Rossant
R*d
19 楼
包子先发了，回头再看，有问题再请教。
多谢了
多谢了
R*d
20 楼
我看了一下，这些数据好分散。每个人用不同的细胞做几种histone modification，不
太方便把数据整合起来。
有没人其他人像keji zhao一样做resources的，一次批量做很多，然后提供数据下载。
比较统一和规整。
人或小鼠的都行。多谢了。包子伺候。
另，http://www.genboree.org这个网站很有用，不过keji zhao的数据不在这里，这个网站好像只收集了几个学校的数据，可能属于一个大的合作项目吧。
还有一个问题是这里面的数据变化很大。
比如：Adult_Liver---Histone_H3K4me3
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.4.bed.gz
和
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.5.bed.gz
这应该是同一个单位，同一个东西做了两批，文件一个90m，一个330m。数据量相差也
太大了吧，都不知道怎么选。
太方便把数据整合起来。
有没人其他人像keji zhao一样做resources的，一次批量做很多，然后提供数据下载。
比较统一和规整。
人或小鼠的都行。多谢了。包子伺候。
另，http://www.genboree.org这个网站很有用，不过keji zhao的数据不在这里，这个网站好像只收集了几个学校的数据，可能属于一个大的合作项目吧。
还有一个问题是这里面的数据变化很大。
比如：Adult_Liver---Histone_H3K4me3
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.4.bed.gz
和
http://www.genboree.org/EdaccData/Release-2/sample-experiment/Adult_Liver/Histone_H3K4me3/BI.Adult_Liver.H3K4me3.5.bed.gz
这应该是同一个单位，同一个东西做了两批，文件一个90m，一个330m。数据量相差也
太大了吧，都不知道怎么选。
g*d
21 楼
mark a good topics and helpful discussion
j*7
22 楼
makr
b*r
23 楼
这个问题去openhelix的blog问吧，专门回答这类genome的问题的
我觉得目前最全的整理好的功能基因组的数据应该是UCSC genome里了，主要是标有
encode的那些track
我觉得目前最全的整理好的功能基因组的数据应该是UCSC genome里了，主要是标有
encode的那些track
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