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今天有一个mm给了个pp 的job talk
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今天有一个mm给了个pp 的job talk# Biology - 生物学
M*U
1
借着今天的coupon 买了Alienware Area 51 refurbished
i7-930 6gb 1333 1TB HD ATI 5970 2GB
加上买的24寸ultrasharp,呵呵
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M*n
2
有关zebrafish的,very impressive.
PS: 俺老婆认为人家talk很pp, 但是不能说人家mm很pp.
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a*k
3
给个link 看一下吧
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p*m
4
8g8g?

【在 M*****n 的大作中提到】
: 有关zebrafish的,very impressive.
: PS: 俺老婆认为人家talk很pp, 但是不能说人家mm很pp.

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d*t
5
米人,这个得几米啊

【在 M****U 的大作中提到】
: 借着今天的coupon 买了Alienware Area 51 refurbished
: i7-930 6gb 1333 1TB HD ATI 5970 2GB
: 加上买的24寸ultrasharp,呵呵

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M*n
6
咱不喜欢8g.
只知道是北医的MD, Baylor的PhD, 然后Children's Hospital Boston的postdoc

【在 p*****m 的大作中提到】
: 8g8g?
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p*m
8
我就是说学术8g阿 做啥的 做了多少年 哪个lab 之类的。。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 咱不喜欢8g.
: 只知道是北医的MD, Baylor的PhD, 然后Children's Hospital Boston的postdoc

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M*U
9
Alienware一点都不贵呀?不是有coupon吗? 和自己装差不多吧。
一共1600, 我给你算算
i7-930 CPU $250
mother board $150
1TB $100
6GB $100
W7 $100
Alienware Tact mouse+keyboard $150
ATI 5970 2gb $550
alienware机箱,制冷,加1000瓦 $200

【在 d**********t 的大作中提到】
: 米人,这个得几米啊
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M*n
10
mm年纪不大,估计2005博士毕业吧。
当然是大鱼lab出来的,Children's Hospital的

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我就是说学术8g阿 做啥的 做了多少年 哪个lab 之类的。。
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c*l
11
实在想不通,
有这个钱能在newegg上攒更梦幻的配置了

【在 M****U 的大作中提到】
: 借着今天的coupon 买了Alienware Area 51 refurbished
: i7-930 6gb 1333 1TB HD ATI 5970 2GB
: 加上买的24寸ultrasharp,呵呵

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p*m
12
I see...忘了你是做fish的了。我知道是谁了

【在 M*****n 的大作中提到】
: mm年纪不大,估计2005博士毕业吧。
: 当然是大鱼lab出来的,Children's Hospital的

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r*o
13
自己配也配不出更好的,配出来稳定性也成问题,
DELL每台机器设计的时候做过多少测试?自己买一堆零件难保匹配不会出问题
我下一台目标就是Alienware了

【在 c********l 的大作中提到】
: 实在想不通,
: 有这个钱能在newegg上攒更梦幻的配置了

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X*n
14
看了她的研究计划,完全是博后的工作,看来老板很支持啊。如果是跟个小老板,怎么
会让你把这些都带走啊。
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c*l
15
本来我不认为版上有"托"这种职业
现在我改变主意了

【在 r***o 的大作中提到】
: 自己配也配不出更好的,配出来稳定性也成问题,
: DELL每台机器设计的时候做过多少测试?自己买一堆零件难保匹配不会出问题
: 我下一台目标就是Alienware了

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X*n
16
看了她的研究计划,完全是博后的工作,看来老板很支持啊。如果是跟个小老板,怎么
会让你把这些都带走啊。
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p*o
17

自己配为的是折腾的快感...买装好的就没意思了。其实真正根据需求来说的话,电脑
根本不需要更新那
么快

【在 r***o 的大作中提到】
: 自己配也配不出更好的,配出来稳定性也成问题,
: DELL每台机器设计的时候做过多少测试?自己买一堆零件难保匹配不会出问题
: 我下一台目标就是Alienware了

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a*d
18
from Leonard Zon's lab?
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r*o
19
装机器也就是一民工干的活,有啥好折腾的

【在 p*******o 的大作中提到】
:
: 自己配为的是折腾的快感...买装好的就没意思了。其实真正根据需求来说的话,电脑
: 根本不需要更新那
: 么快

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c*r
20
这个mm拿到好多interview的,羡慕不来哈。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 有关zebrafish的,very impressive.
: PS: 俺老婆认为人家talk很pp, 但是不能说人家mm很pp.

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M*U
21
高端显卡600+,看的上眼的机箱也要300了
梦配个啥呀.图个好看的机箱吧

【在 c********l 的大作中提到】
: 实在想不通,
: 有这个钱能在newegg上攒更梦幻的配置了

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M*n
22
her project is very cool.
indeed, when I was interviewed for a postdoc position years ago, a similar
project was discussed with my boss, but unfortunately we did not pursue it
due to many reasons.
it is very pitiful to know that someone has worked it out.
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d*t
23
我不是说不划算,这个价格肯定对得起他的配置了
不过1600哎...
上5970的都是有钱人

【在 M****U 的大作中提到】
: Alienware一点都不贵呀?不是有coupon吗? 和自己装差不多吧。
: 一共1600, 我给你算算
: i7-930 CPU $250
: mother board $150
: 1TB $100
: 6GB $100
: W7 $100
: Alienware Tact mouse+keyboard $150
: ATI 5970 2gb $550
: alienware机箱,制冷,加1000瓦 $200

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X*n
24
现在只要是个做鱼的,最后的研究计划都要写小分子筛选,看来大家都觉得这是个比较
好的筛选模型。
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d*t
25
这个钱在newegg上也就这样了,高端硬件的价格摆在那里的
折腾主要的好处就是每个配件都用好牌子,省钱没多大意思,当然你要是蹲一年的deal
那确实省不少钱了

【在 c********l 的大作中提到】
: 实在想不通,
: 有这个钱能在newegg上攒更梦幻的配置了

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h*y
26
The Zon Lab的

【在 M*****n 的大作中提到】
: mm年纪不大,估计2005博士毕业吧。
: 当然是大鱼lab出来的,Children's Hospital的

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d*e
27
恩 这个配置这个价格要是不是refurb 不贵了
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j*l
28
这里做fish的能科普和展望一下此organism的优劣么?是不是最近做得人越来越多了?
最基本的engineering tools是什么?如果用它做quantitative live imaging可行否?
洗耳恭听

【在 h******y 的大作中提到】
: The Zon Lab的
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y*y
29
口水啊 哥下个就是这个了
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O*e
30
她publications简洁明了啊,04一篇EMBO,10一篇Cell,呵呵

【在 a****d 的大作中提到】
: from Leonard Zon's lab?
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a*a
31
你没装过机?

【在 r***o 的大作中提到】
: 自己配也配不出更好的,配出来稳定性也成问题,
: DELL每台机器设计的时候做过多少测试?自己买一堆零件难保匹配不会出问题
: 我下一台目标就是Alienware了

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S*l
32
这么多candidate,此mm能胜出么?

【在 O******e 的大作中提到】
: 她publications简洁明了啊,04一篇EMBO,10一篇Cell,呵呵
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s*t
33
为何老板不让带走课题?
我觉得大牛实验室可以做的课题太多了,关键是有人去做出来啊。

【在 X******n 的大作中提到】
: 看了她的研究计划,完全是博后的工作,看来老板很支持啊。如果是跟个小老板,怎么
: 会让你把这些都带走啊。

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M*n
34
why not?

【在 S**********l 的大作中提到】
: 这么多candidate,此mm能胜出么?
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p*m
35
这个门槛实在是不高吧 买个library就能做 呵呵 要我写我也propose这个。不过想要
做的很好其实也不容易,很多东西可能是纸面上看比实际操作好得多。

【在 X******n 的大作中提到】
: 现在只要是个做鱼的,最后的研究计划都要写小分子筛选,看来大家都觉得这是个比较
: 好的筛选模型。

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X*n
36
有K99,有文章,有牛老板,做的东西也很好,应该没有问题吧。
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M*n
37
小菜,你有没有申请俺们这儿的faculty?

【在 c****r 的大作中提到】
: 这个mm拿到好多interview的,羡慕不来哈。
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l*h
38
number of publications is not that important. when i got my first grant, i
had only one published article in a different field.

【在 S**********l 的大作中提到】
: 这么多candidate,此mm能胜出么?
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M*n
39
关键是devise一个high-throughput assay.
不过现在鱼市已经很挤了,连bile duct都有人研究了(有人拿了个k99),可见没啥东
西剩下的了。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个门槛实在是不高吧 买个library就能做 呵呵 要我写我也propose这个。不过想要
: 做的很好其实也不容易,很多东西可能是纸面上看比实际操作好得多。

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p*m
40
这个问题我不懂 fish作为developmental bio也许是很挤了,不过fish作为其他topic
的题材还基本是真空啊,比如说,generally, physiology。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 关键是devise一个high-throughput assay.
: 不过现在鱼市已经很挤了,连bile duct都有人研究了(有人拿了个k99),可见没啥东
: 西剩下的了。

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M*n
41
who cares fish physiology if it is not the same as human?
my first grant proposal was shot down because of this.

topic

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个问题我不懂 fish作为developmental bio也许是很挤了,不过fish作为其他topic
: 的题材还基本是真空啊,比如说,generally, physiology。

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M*n
42
nakedly BSO.

【在 l*h 的大作中提到】
: number of publications is not that important. when i got my first grant, i
: had only one published article in a different field.

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p*m
43
then who should care worm/fly physiology? 事实是有无穷多的Lab在用fly和worm做
physiology,而且贡献了很多的东西出来。

【在 M*****n 的大作中提到】
: who cares fish physiology if it is not the same as human?
: my first grant proposal was shot down because of this.
:
: topic

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s*r
44
跟fly,worm比,fish还是麻烦的多吧,而且也贵不少。

then who should care worm/fly physiology? 事实是有无穷多的Lab在用fly和worm做
physiology,而且贡献了很多的东西出来。

【在 p*****m 的大作中提到】
: then who should care worm/fly physiology? 事实是有无穷多的Lab在用fly和worm做
: physiology,而且贡献了很多的东西出来。

avatar
p*m
45
这是个问题 说大点就是fish有点不尴不尬的,如果说做保守的东西还不如fly/worm又快
又便宜 reagent也发达;如果说一定要接近人,那fish和mammal还是差的挺多的,就连
frog都不如。说了20多年还是坐定一个所谓的研究vertebrate发育的model来用,我一个
门外汉的感觉就是有点为了搞个model system而model system的意思。
我感觉现在可以慢慢的用fish做一点本来设计之外的东东了 说不定可以更好地利用fis
h的优点。比如说,体外受精这个好处是不是可以用来系统的做epigenetic control,甚
至做reprograming的东西(如果frog不方便的话)?还有,larvae早期脑袋还是透明的
,用来搞很fancy的neural circuitry study会不会很爽?用来做neurodegeneration/r
egeneration会不会很方便?更不要说drug screen了,如果能想出好的assay来潜力非常
大啊,最近几个用fish做的发育之外的screen都很有意思,一个sleep的,一个optomot
or response的,一个heart beat的。

【在 s******r 的大作中提到】
: 跟fly,worm比,fish还是麻烦的多吧,而且也贵不少。
:
: then who should care worm/fly physiology? 事实是有无穷多的Lab在用fly和worm做
: physiology,而且贡献了很多的东西出来。

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G*m
46
a lot physiologist now turn to fish for neural circuit study. LoL

又快
一个
fis
/r
非常
optomot

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这是个问题 说大点就是fish有点不尴不尬的,如果说做保守的东西还不如fly/worm又快
: 又便宜 reagent也发达;如果说一定要接近人,那fish和mammal还是差的挺多的,就连
: frog都不如。说了20多年还是坐定一个所谓的研究vertebrate发育的model来用,我一个
: 门外汉的感觉就是有点为了搞个model system而model system的意思。
: 我感觉现在可以慢慢的用fish做一点本来设计之外的东东了 说不定可以更好地利用fis
: h的优点。比如说,体外受精这个好处是不是可以用来系统的做epigenetic control,甚
: 至做reprograming的东西(如果frog不方便的话)?还有,larvae早期脑袋还是透明的
: ,用来搞很fancy的neural circuitry study会不会很爽?用来做neurodegeneration/r
: egeneration会不会很方便?更不要说drug screen了,如果能想出好的assay来潜力非常
: 大啊,最近几个用fish做的发育之外的screen都很有意思,一个sleep的,一个optomot

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p*m
47
也没那么多吧 不过这个我觉得应该是个发展方向

【在 G*****m 的大作中提到】
: a lot physiologist now turn to fish for neural circuit study. LoL
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r
: 非常
: optomot

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M*n
48
你这个见解应该去问那个fly lady,
问问他为啥当年不专心研究Drosophila, 反而要转行搞zebrafish genetics.

又快
一个
fis
/r
非常
optomot

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这是个问题 说大点就是fish有点不尴不尬的,如果说做保守的东西还不如fly/worm又快
: 又便宜 reagent也发达;如果说一定要接近人,那fish和mammal还是差的挺多的,就连
: frog都不如。说了20多年还是坐定一个所谓的研究vertebrate发育的model来用,我一个
: 门外汉的感觉就是有点为了搞个model system而model system的意思。
: 我感觉现在可以慢慢的用fish做一点本来设计之外的东东了 说不定可以更好地利用fis
: h的优点。比如说,体外受精这个好处是不是可以用来系统的做epigenetic control,甚
: 至做reprograming的东西(如果frog不方便的话)?还有,larvae早期脑袋还是透明的
: ,用来搞很fancy的neural circuitry study会不会很爽?用来做neurodegeneration/r
: egeneration会不会很方便?更不要说drug screen了,如果能想出好的assay来潜力非常
: 大啊,最近几个用fish做的发育之外的screen都很有意思,一个sleep的,一个optomot

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M*n
49
peoplem对zebrafish 知道点,但是不多。

【在 G*****m 的大作中提到】
: a lot physiologist now turn to fish for neural circuit study. LoL
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r
: 非常
: optomot

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z*t
50
circuit有人做了吧,用opticgenetics控制larva的游动方向。
关于epigenetics的话fish有没有imprinting这种现象?要做的话做什么呢?Histone
modification? DNA methylation?Histone modification还好说,因为整套系统相对比
较保守的,但DNA methylation 上因为genome GC含量的不同fish和mammal差的还是挺
多的。您有什么好的idea呢?

又快
一个
fis
/r
非常
optomot

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这是个问题 说大点就是fish有点不尴不尬的,如果说做保守的东西还不如fly/worm又快
: 又便宜 reagent也发达;如果说一定要接近人,那fish和mammal还是差的挺多的,就连
: frog都不如。说了20多年还是坐定一个所谓的研究vertebrate发育的model来用,我一个
: 门外汉的感觉就是有点为了搞个model system而model system的意思。
: 我感觉现在可以慢慢的用fish做一点本来设计之外的东东了 说不定可以更好地利用fis
: h的优点。比如说,体外受精这个好处是不是可以用来系统的做epigenetic control,甚
: 至做reprograming的东西(如果frog不方便的话)?还有,larvae早期脑袋还是透明的
: ,用来搞很fancy的neural circuitry study会不会很爽?用来做neurodegeneration/r
: egeneration会不会很方便?更不要说drug screen了,如果能想出好的assay来潜力非常
: 大啊,最近几个用fish做的发育之外的screen都很有意思,一个sleep的,一个optomot

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M*n
51
难道fish 没有imprinting?
不可能吧。
BTW, 你也晚了点了,今天来jobtalk的那位,人家已经开始研究epigenetics了

【在 z*t 的大作中提到】
: circuit有人做了吧,用opticgenetics控制larva的游动方向。
: 关于epigenetics的话fish有没有imprinting这种现象?要做的话做什么呢?Histone
: modification? DNA methylation?Histone modification还好说,因为整套系统相对比
: 较保守的,但DNA methylation 上因为genome GC含量的不同fish和mammal差的还是挺
: 多的。您有什么好的idea呢?
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r

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p*m
52
这个是两码事。一个牛人做一个领域做到功成名就换个方向是常事,这不说明伊换的就
一定是对的呀。事实上fish field近30年没有贡献特别巨大的breakthrough,这个话可
不是我说的;相比之下,phage, ecoli, yeast,worm,fly,sea urchin,arabidopsis,
mouse,blabla 甚至monkey,这些个model system都贡献过超出系统本身的影响啊。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 你这个见解应该去问那个fly lady,
: 问问他为啥当年不专心研究Drosophila, 反而要转行搞zebrafish genetics.
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r
: 非常
: optomot

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p*m
53
我没说没人做啊 我说的每个方向都是看到Paper我才说的 我又没有牛b到要在这里
project什么东西回火

【在 z*t 的大作中提到】
: circuit有人做了吧,用opticgenetics控制larva的游动方向。
: 关于epigenetics的话fish有没有imprinting这种现象?要做的话做什么呢?Histone
: modification? DNA methylation?Histone modification还好说,因为整套系统相对比
: 较保守的,但DNA methylation 上因为genome GC含量的不同fish和mammal差的还是挺
: 多的。您有什么好的idea呢?
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r

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M*n
54
你写一个letter 给science/nature吧。
fly lady遗祸子孙啊。NIH应该stop funding fish projects.

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个是两码事。一个牛人做一个领域做到功成名就换个方向是常事,这不说明伊换的就
: 一定是对的呀。事实上fish field近30年没有贡献特别巨大的breakthrough,这个话可
: 不是我说的;相比之下,phage, ecoli, yeast,worm,fly,sea urchin,arabidopsis,
: mouse,blabla 甚至monkey,这些个model system都贡献过超出系统本身的影响啊。

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p*m
55
愿闻其祥?比如说我哪点说的不对你尽管说呀 本来就是学习的

【在 M*****n 的大作中提到】
: peoplem对zebrafish 知道点,但是不多。
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M*n
56
据你的理解,fish 的advantage是什么?
只有回答了这个问题在知道这个model还有没有必要存在。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 愿闻其祥?比如说我哪点说的不对你尽管说呀 本来就是学习的
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p*m
57
你要是这么说就没劲了。我的意思很简单,fish这个系统的潜力还没发掘出来(尤其是
developmental bio之外的),你要觉得被offend了 觉得fish已经尽善尽美 fish做
developmental bio物尽其用 那就算我没说。事实上这次去了趟东边visit了几个fish
大佬,他们也都同意我这个观点。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 你写一个letter 给science/nature吧。
: fly lady遗祸子孙啊。NIH应该stop funding fish projects.

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s*r
58
那他是为什么呢?

你这个见解应该去问那个fly lady,
问问他为啥当年不专心研究Drosophila, 反而要转行搞zebrafish genetics.
又快
一个
fis
/r
非常
optomot

【在 M*****n 的大作中提到】
: 你这个见解应该去问那个fly lady,
: 问问他为啥当年不专心研究Drosophila, 反而要转行搞zebrafish genetics.
:
: 又快
: 一个
: fis
: /r
: 非常
: optomot

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p*m
59
我自己方向相关的:
透明,能看,能操作,能实时观察neuron in vivo;
drug screen非常方便
over

【在 M*****n 的大作中提到】
: 据你的理解,fish 的advantage是什么?
: 只有回答了这个问题在知道这个model还有没有必要存在。

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M*n
60
你meet了哪些大佬?

fish

【在 p*****m 的大作中提到】
: 你要是这么说就没劲了。我的意思很简单,fish这个系统的潜力还没发掘出来(尤其是
: developmental bio之外的),你要觉得被offend了 觉得fish已经尽善尽美 fish做
: developmental bio物尽其用 那就算我没说。事实上这次去了趟东边visit了几个fish
: 大佬,他们也都同意我这个观点。

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z*t
61
really?愿闻其详

【在 M*****n 的大作中提到】
: 难道fish 没有imprinting?
: 不可能吧。
: BTW, 你也晚了点了,今天来jobtalk的那位,人家已经开始研究epigenetics了

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M*n
62
看neuron, drosophila worm都可以,不能算是fish 的advantage.
drug screening 比较靠谱,因为worm和fly的physiology与人比还是太远了,作为drug
screening俺觉得不是太合适,比鱼高等的model有,比如老鼠,但是large-scale drug screen的cost可能太大,所以现在fish 的最大的survival area就是chemical screening.
这个是本人的理解。所以fish 目前的方向就是disease modeling 和drug screening.
所谓发育生物学,那是上个世纪的事儿了,当然最近可是往regenerative/stem cell
biology 方向靠了,还是有点发展前途的。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我自己方向相关的:
: 透明,能看,能操作,能实时观察neuron in vivo;
: drug screen非常方便
: over

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z*t
63
不好意思,我只想问您对用fish做epigenetics有什么想法没有。
得罪的话,请多包涵:)

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我没说没人做啊 我说的每个方向都是看到Paper我才说的 我又没有牛b到要在这里
: project什么东西回火

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M*n
64
搞epigenetics的基础理论和mechanism, 我觉得鱼没有优势。

【在 z*t 的大作中提到】
: 不好意思,我只想问您对用fish做epigenetics有什么想法没有。
: 得罪的话,请多包涵:)

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p*m
65
我觉得fish做这个最大的好处 就是IVF。从single cell stage开始就能获取到细胞,
以后每个阶段都可以取道细胞。这个在mammal里几乎是不可能的:因为在妈妈肚子里呢。
同样的理由,这几年用拟南芥作epigenetics也是风生水起的。
只是我一点门外汉的理解 仅供参考把。另外你也没得罪我啊:)

【在 z*t 的大作中提到】
: 不好意思,我只想问您对用fish做epigenetics有什么想法没有。
: 得罪的话,请多包涵:)

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p*m
66
这个不好说吧。。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 你meet了哪些大佬?
:
: fish

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p*m
67
这个不一样啊,worm是透明的,但是worm的nervous system差得太远了(没有action
potential,无比多的电突触)又不能作电生理,非常局限。果蝇就不透明了,做起来显
然没有透明的方便。因此我才说fish有独特的优势
drug screen也是我的偏向之一。不过drug screen的麻烦在于接下来怎么做。毕竟没办
法很方便的找出target(cell line或者fly就要好得多)。当然如果设计的好直接出
drug那自然很完美,这个不那么现实就是了。

drug
drug screen的cost可能太大,所以现在fish 的最大的survival area就是chemical
screening.

【在 M*****n 的大作中提到】
: 看neuron, drosophila worm都可以,不能算是fish 的advantage.
: drug screening 比较靠谱,因为worm和fly的physiology与人比还是太远了,作为drug
: screening俺觉得不是太合适,比鱼高等的model有,比如老鼠,但是large-scale drug screen的cost可能太大,所以现在fish 的最大的survival area就是chemical screening.
: 这个是本人的理解。所以fish 目前的方向就是disease modeling 和drug screening.
: 所谓发育生物学,那是上个世纪的事儿了,当然最近可是往regenerative/stem cell
: biology 方向靠了,还是有点发展前途的。

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c*r
68
悲剧了,血淋淋的。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 小菜,你有没有申请俺们这儿的faculty?
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M*n
69
indeed it is bloody competition.
have you heard anything from UPITT? i think your research interest fits their
position. Good luck!

【在 c****r 的大作中提到】
: 悲剧了,血淋淋的。
avatar
M*n
70
用鱼screen drug最大的优点就是直接就是in vivo.
俺觉得这个是鱼的最大的potential. zebrafish 的niche就剩这么点了。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个不一样啊,worm是透明的,但是worm的nervous system差得太远了(没有action
: potential,无比多的电突触)又不能作电生理,非常局限。果蝇就不透明了,做起来显
: 然没有透明的方便。因此我才说fish有独特的优势
: drug screen也是我的偏向之一。不过drug screen的麻烦在于接下来怎么做。毕竟没办
: 法很方便的找出target(cell line或者fly就要好得多)。当然如果设计的好直接出
: drug那自然很完美,这个不那么现实就是了。
:
: drug
: drug screen的cost可能太大,所以现在fish 的最大的survival area就是chemical
: screening.

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f*u
71
来得有点晚了,好像错过了不少讨论。
我觉得fish有一个优点是作为vertebrate,还是可以做genetic screen的。
这个又接到之前的另一个话题了,我记得看到过用鱼来做forward screen筛隐性突变体
的。
不过这个还是局限在发育的范畴,不过如果能用鱼把脊椎动物的发育搞清楚也很好。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 据你的理解,fish 的advantage是什么?
: 只有回答了这个问题在知道这个model还有没有必要存在。

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M*n
72
还是fugu好啊。
没有那么多gene duplication.

【在 f**u 的大作中提到】
: 来得有点晚了,好像错过了不少讨论。
: 我觉得fish有一个优点是作为vertebrate,还是可以做genetic screen的。
: 这个又接到之前的另一个话题了,我记得看到过用鱼来做forward screen筛隐性突变体
: 的。
: 不过这个还是局限在发育的范畴,不过如果能用鱼把脊椎动物的发育搞清楚也很好。

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f*u
73
我倒是觉得zebrafish这个东西在发育领域之外可以有用武之地的地方可能不多。
筛药什么的这方面我不懂,所以就不多说了。
如果说不局限在zebra本身,鱼类作为一个整体,我觉得可能是未来Evo-Devo研究的主
力。
现在的Evo-Devo研究最大的问题就是都在做形态方面的研究,完全没有考虑生态。
很多很著名的例子都是找到了哪些基因的什么变化导致了物种形态的变化,
stickleback这种鱼也算是做出了一些贡献。
我觉得以后Evo-Devo一定会考虑生态和性选择,cichlids这类鱼应该是一大热点。

fish

【在 p*****m 的大作中提到】
: 你要是这么说就没劲了。我的意思很简单,fish这个系统的潜力还没发掘出来(尤其是
: developmental bio之外的),你要觉得被offend了 觉得fish已经尽善尽美 fish做
: developmental bio物尽其用 那就算我没说。事实上这次去了趟东边visit了几个fish
: 大佬,他们也都同意我这个观点。

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M*n
74
说道genetic screening
去年有关的RO1 FO已经expire了,
而且估计不会re-issue了。

【在 f**u 的大作中提到】
: 来得有点晚了,好像错过了不少讨论。
: 我觉得fish有一个优点是作为vertebrate,还是可以做genetic screen的。
: 这个又接到之前的另一个话题了,我记得看到过用鱼来做forward screen筛隐性突变体
: 的。
: 不过这个还是局限在发育的范畴,不过如果能用鱼把脊椎动物的发育搞清楚也很好。

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M*n
75
evo-devo的研究谁来投资?DOE?DoD? NSF?
能跟NIH比吗?制药是NIH的投资方向。
zebrafish 的春天快来了。

【在 f**u 的大作中提到】
: 我倒是觉得zebrafish这个东西在发育领域之外可以有用武之地的地方可能不多。
: 筛药什么的这方面我不懂,所以就不多说了。
: 如果说不局限在zebra本身,鱼类作为一个整体,我觉得可能是未来Evo-Devo研究的主
: 力。
: 现在的Evo-Devo研究最大的问题就是都在做形态方面的研究,完全没有考虑生态。
: 很多很著名的例子都是找到了哪些基因的什么变化导致了物种形态的变化,
: stickleback这种鱼也算是做出了一些贡献。
: 我觉得以后Evo-Devo一定会考虑生态和性选择,cichlids这类鱼应该是一大热点。
:
: fish

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p*m
76
in vivo当然是巨大优点。但是drug screen的难关不在screen,而在下面干什么。如果
要找target,在fish里基本只有做affinity purification一条路(除非能猜出来),这
个难度不是一般的大,而在cell line里或者worm/fly里可以上RNAi screen找target。
如果不找target而是直接希望找到药,那就更悬乎了,现在用fish看Phenotype得到的m
olecule成千上万了吧,上了clinical trial的是不是就Zon lab的一个药?还不知道能
不能活到Phase III。
然后剩下的就是纯学术用途了。用已知target的library找相关pathway,或者干脆就是
screen到molecule用来替代GoF/LoF。这个市场就很小了。
我现在就是困惑出路到底在哪里。是应该大规模得上量寄希望于真的找到几个药,还是
要安心当成一个research tool就算。后者可没什么希望拿到太大笔的钱 呵呵

【在 M*****n 的大作中提到】
: 用鱼screen drug最大的优点就是直接就是in vivo.
: 俺觉得这个是鱼的最大的potential. zebrafish 的niche就剩这么点了。

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p*m
77
用鱼screen,其实也screen了挺多年了,我作为一个不做鱼的人 其实都不知道screen
出来的gene有多大程度是全新的。或者说,我们现在对动物发育的理解,有多少是从
fish里来的(尤其是相比worm, fly, mouse)?我觉得这是个问题。。。鱼screen起来
我是觉得技术问题太多了,拿到一个Mutant,map出来的难度只怕比mouse还要大吧(更
不要说mouse现在可以deep seq了)

【在 f**u 的大作中提到】
: 来得有点晚了,好像错过了不少讨论。
: 我觉得fish有一个优点是作为vertebrate,还是可以做genetic screen的。
: 这个又接到之前的另一个话题了,我记得看到过用鱼来做forward screen筛隐性突变体
: 的。
: 不过这个还是局限在发育的范畴,不过如果能用鱼把脊椎动物的发育搞清楚也很好。

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p*m
78
evo-devo我也觉得挺有意思 不过这个为什么一定要在fish里做呢?现在在fly和rodent
里做就不错呀

【在 f**u 的大作中提到】
: 我倒是觉得zebrafish这个东西在发育领域之外可以有用武之地的地方可能不多。
: 筛药什么的这方面我不懂,所以就不多说了。
: 如果说不局限在zebra本身,鱼类作为一个整体,我觉得可能是未来Evo-Devo研究的主
: 力。
: 现在的Evo-Devo研究最大的问题就是都在做形态方面的研究,完全没有考虑生态。
: 很多很著名的例子都是找到了哪些基因的什么变化导致了物种形态的变化,
: stickleback这种鱼也算是做出了一些贡献。
: 我觉得以后Evo-Devo一定会考虑生态和性选择,cichlids这类鱼应该是一大热点。
:
: fish

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M*n
79
Zon Lab的药,俺觉得希望还是很大的。
对于筛药你的思路可以开阔一点。俺的idea暂时不能告诉你啊,否则俺的饭碗就没了。

的m

【在 p*****m 的大作中提到】
: in vivo当然是巨大优点。但是drug screen的难关不在screen,而在下面干什么。如果
: 要找target,在fish里基本只有做affinity purification一条路(除非能猜出来),这
: 个难度不是一般的大,而在cell line里或者worm/fly里可以上RNAi screen找target。
: 如果不找target而是直接希望找到药,那就更悬乎了,现在用fish看Phenotype得到的m
: olecule成千上万了吧,上了clinical trial的是不是就Zon lab的一个药?还不知道能
: 不能活到Phase III。
: 然后剩下的就是纯学术用途了。用已知target的library找相关pathway,或者干脆就是
: screen到molecule用来替代GoF/LoF。这个市场就很小了。
: 我现在就是困惑出路到底在哪里。是应该大规模得上量寄希望于真的找到几个药,还是
: 要安心当成一个research tool就算。后者可没什么希望拿到太大笔的钱 呵呵

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p*m
80
好啊 那你大概说说有啥可能的思路?具体idea不用说啊 学习学习

【在 M*****n 的大作中提到】
: Zon Lab的药,俺觉得希望还是很大的。
: 对于筛药你的思路可以开阔一点。俺的idea暂时不能告诉你啊,否则俺的饭碗就没了。
:
: 的m

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a*k
81
大家都讨论这么多了。。。
这个niche有很大的问题的,因为screen都是在larval stage做,能做的都是些影响早
期发
育的东西。发育上面的病其实还真没啥好治的。胚胎发育畸形,死亡的用药都不容易,
而且这些疾病不靠gene therapy基本就是治标不治本,后果只能是突变积累导致更多的
遗传病。要我看,fish的screen只能是target到一定的protein,但是那样和cell里面
的screen真没啥太大区别,成本还高。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 用鱼screen drug最大的优点就是直接就是in vivo.
: 俺觉得这个是鱼的最大的potential. zebrafish 的niche就剩这么点了。

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c*r
82
某天我们组的人和两位fish大牛吃饭,一gg说forward genetic screen是waste of
time, chemical screen才是王道,两位老人家气得脸都绿了。
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M*n
83
这个case by case,
看你研究什么病了。
恐怕没有generally applicable 的idea。
俺觉得俺们研究的病,以及俺设计的model就是考虑到你提出的那些困难问题了。
in vitro或者in vivo筛药最大的区别就是药物的代谢问题吧。cell culture-based
screen没办法解决代谢的问题。所以俺对fishing drug还是抱有希望的,。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 好啊 那你大概说说有啥可能的思路?具体idea不用说啊 学习学习
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M*n
84
这个case by case,
看你研究什么病了。
恐怕没有generally applicable 的idea。
俺觉得俺们研究的病,以及俺设计的model就是考虑到你提出的那些困难问题了。
in vitro或者in vivo筛药最大的区别就是药物的代谢问题吧。cell culture-based
screen没办法解决代谢的问题。所以俺对fishing drug还是抱有希望的,。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 好啊 那你大概说说有啥可能的思路?具体idea不用说啊 学习学习
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p*m
85
所以我想换换 弄点physiology的screen。我觉得david prober他们做的sleep screen就
可以呀。当然behavior screen总会有无穷的false positive就是了,抛开这个不说,如
果找到了真的改善睡眠的drug还是可以玩玩的,这个也不一定就会和发育相关。
我前一段还想去做个筛jet lag的screen,方法也很简单 看circadian rhythm就行了。
。。

【在 a********k 的大作中提到】
: 大家都讨论这么多了。。。
: 这个niche有很大的问题的,因为screen都是在larval stage做,能做的都是些影响早
: 期发
: 育的东西。发育上面的病其实还真没啥好治的。胚胎发育畸形,死亡的用药都不容易,
: 而且这些疾病不靠gene therapy基本就是治标不治本,后果只能是突变积累导致更多的
: 遗传病。要我看,fish的screen只能是target到一定的protein,但是那样和cell里面
: 的screen真没啥太大区别,成本还高。

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M*n
86
你透露一下哪两大牛,以后俺如果碰到他们,也好口有遮拦。

【在 c****r 的大作中提到】
: 某天我们组的人和两位fish大牛吃饭,一gg说forward genetic screen是waste of
: time, chemical screen才是王道,两位老人家气得脸都绿了。

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M*n
87
这个sleep,俺觉得挺玄乎的。

screen就
,如

【在 p*****m 的大作中提到】
: 所以我想换换 弄点physiology的screen。我觉得david prober他们做的sleep screen就
: 可以呀。当然behavior screen总会有无穷的false positive就是了,抛开这个不说,如
: 果找到了真的改善睡眠的drug还是可以玩玩的,这个也不一定就会和发育相关。
: 我前一段还想去做个筛jet lag的screen,方法也很简单 看circadian rhythm就行了。
: 。。

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p*m
88
你是说你有些具体措施使得找target更容易?或者干脆不管target?那是挺有意思的。
。。
我在想一个可能的思路就是直接screen某个target对应的药物,比如说吧,就把某huma
n disease protein放到fish里,引发didease,然后screen drug。这样就不需要担心t
arget问题了(做个WT fish control就行)。这样虽然很artificial,但是正像你说的至
少提供了药代方面的in vivo control,比cell line好。
不过这个算下来成本和in vitro screen+mouse model比哪个划算也不好说

【在 M*****n 的大作中提到】
: 这个case by case,
: 看你研究什么病了。
: 恐怕没有generally applicable 的idea。
: 俺觉得俺们研究的病,以及俺设计的model就是考虑到你提出的那些困难问题了。
: in vitro或者in vivo筛药最大的区别就是药物的代谢问题吧。cell culture-based
: screen没办法解决代谢的问题。所以俺对fishing drug还是抱有希望的,。

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a*k
89
genetic screen对3dpf之前的发育有局限,因为有maternal RNA的存在,所以找到的大
多是morphogene,因为这玩意靠gradient影响。对5dpf之后的东西也有局限,因为无数
基因会影响鱼鳔的发育,影响游泳,8dpf之后就死了。死之前的secondary自然不属于
genetic screen感兴趣的了。作为basic research的用途,我同意你关于epigenetics
的意见。epigentics对早期发育,至少在我看来,只有fish能解决。

screen

【在 p*****m 的大作中提到】
: 用鱼screen,其实也screen了挺多年了,我作为一个不做鱼的人 其实都不知道screen
: 出来的gene有多大程度是全新的。或者说,我们现在对动物发育的理解,有多少是从
: fish里来的(尤其是相比worm, fly, mouse)?我觉得这是个问题。。。鱼screen起来
: 我是觉得技术问题太多了,拿到一个Mutant,map出来的难度只怕比mouse还要大吧(更
: 不要说mouse现在可以deep seq了)

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M*n
90
gene therapy是上个century的故事了。
后果不看设想,而且没有大钱可赚。
如果弄个药,吃一辈子能把遗传病人治了,能创造多少GDP?

【在 a********k 的大作中提到】
: 大家都讨论这么多了。。。
: 这个niche有很大的问题的,因为screen都是在larval stage做,能做的都是些影响早
: 期发
: 育的东西。发育上面的病其实还真没啥好治的。胚胎发育畸形,死亡的用药都不容易,
: 而且这些疾病不靠gene therapy基本就是治标不治本,后果只能是突变积累导致更多的
: 遗传病。要我看,fish的screen只能是target到一定的protein,但是那样和cell里面
: 的screen真没啥太大区别,成本还高。

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X*n
91
Circadian clock已经有几个大lab在screen了,目前看来,还没有很好的结
果。听说有lab想用fish来做,不知道怎么样了。
avatar
p*m
92
我们这一个lab从药厂拿了一大笔钱 做这个circadian rhythm的fish screen。不过我
很奇怪这个东西为啥有药厂关心。。按说要做这个还不如jet lag市场大吧

【在 X******n 的大作中提到】
: Circadian clock已经有几个大lab在screen了,目前看来,还没有很好的结
: 果。听说有lab想用fish来做,不知道怎么样了。

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M*n
93
one more caveat of cell-culture based screen:
what if there is no good cultured cell line for the particular disease?
not every cell type can be cultured in vitro, while fish represents the in
vivo system for all cell/organ systems.

huma
心t
的至

【在 p*****m 的大作中提到】
: 你是说你有些具体措施使得找target更容易?或者干脆不管target?那是挺有意思的。
: 。。
: 我在想一个可能的思路就是直接screen某个target对应的药物,比如说吧,就把某huma
: n disease protein放到fish里,引发didease,然后screen drug。这样就不需要担心t
: arget问题了(做个WT fish control就行)。这样虽然很artificial,但是正像你说的至
: 少提供了药代方面的in vivo control,比cell line好。
: 不过这个算下来成本和in vitro screen+mouse model比哪个划算也不好说

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M*n
94
sleep disorder, huge pharma market!

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我们这一个lab从药厂拿了一大笔钱 做这个circadian rhythm的fish screen。不过我
: 很奇怪这个东西为啥有药厂关心。。按说要做这个还不如jet lag市场大吧

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p*m
95
嗯 这个有道理。尤其是某些病如果涉及到organ-specific的某蛋白的话,弄个
artificial fish model还是有意义的。我一直在想的一个是neurodegeneration。其实
ALS这种已经有人搞了。弄个human SOD1 mutant fish,screen就行。。

【在 M*****n 的大作中提到】
: one more caveat of cell-culture based screen:
: what if there is no good cultured cell line for the particular disease?
: not every cell type can be cultured in vitro, while fish represents the in
: vivo system for all cell/organ systems.
:
: huma
: 心t
: 的至

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X*n
96
说道药物作用位点,如果比较保守的话,是不是可以用比较简单的模型找到可能的位点
,然后再在fish里面去验证呢?
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p*m
97
那应该去做sleep screen呀, circadian rhythm和sleep还是不太一样的

【在 M*****n 的大作中提到】
: sleep disorder, huge pharma market!
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p*m
98
单纯验证的话 用mouse不就得了

【在 X******n 的大作中提到】
: 说道药物作用位点,如果比较保守的话,是不是可以用比较简单的模型找到可能的位点
: ,然后再在fish里面去验证呢?

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a*k
99
算了,我也是悲观主义者,遗传病这事,治比不治事情多。在我看来是得不偿失的。
多说几句,现在美国无数的genetic diseases都有prescreen,特别是代谢病。如果你
有list上的遗传病,依靠药物和饮食控制,很多情况下是可以让你活得挺好的,结婚生
子也不是啥难事。直接后果是个人生活医疗成本急剧上升(当然都是靠医保分摊到全国
人民头上的),而且这样的遗传突变不断得到积累。现在很多病人都有儿女了,有些都
快有孙子了。出现了不少极端例子。有一个就是他的染色体缺失可以通过FISH screen
,然后用screen过的人工授精胚胎生育的子女就不会有syndrome了。可是这哥们觉得这
个syndrome是他们家族的特征,如果医院要screen就必须保留染色体突变,不然就不
screen。。。这样的例子不是一个两个。

【在 M*****n 的大作中提到】
: gene therapy是上个century的故事了。
: 后果不看设想,而且没有大钱可赚。
: 如果弄个药,吃一辈子能把遗传病人治了,能创造多少GDP?

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M*n
100
no good.
there is a lack of fish model for your proposed test.

【在 X******n 的大作中提到】
: 说道药物作用位点,如果比较保守的话,是不是可以用比较简单的模型找到可能的位点
: ,然后再在fish里面去验证呢?

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a*k
101
circadian rhythm?为啥不用fly之类的做?larvae里面这玩意儿做得不清不楚的,没
觉得有啥前途啊

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我们这一个lab从药厂拿了一大笔钱 做这个circadian rhythm的fish screen。不过我
: 很奇怪这个东西为啥有药厂关心。。按说要做这个还不如jet lag市场大吧

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p*m
102
sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情

screen

【在 a********k 的大作中提到】
: 算了,我也是悲观主义者,遗传病这事,治比不治事情多。在我看来是得不偿失的。
: 多说几句,现在美国无数的genetic diseases都有prescreen,特别是代谢病。如果你
: 有list上的遗传病,依靠药物和饮食控制,很多情况下是可以让你活得挺好的,结婚生
: 子也不是啥难事。直接后果是个人生活医疗成本急剧上升(当然都是靠医保分摊到全国
: 人民头上的),而且这样的遗传突变不断得到积累。现在很多病人都有儿女了,有些都
: 快有孙子了。出现了不少极端例子。有一个就是他的染色体缺失可以通过FISH screen
: ,然后用screen过的人工授精胚胎生育的子女就不会有syndrome了。可是这哥们觉得这
: 个syndrome是他们家族的特征,如果医院要screen就必须保留染色体突变,不然就不
: screen。。。这样的例子不是一个两个。

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p*m
103
还是fish弄drug方便吧。不过我确实是不知道他们期待找到什么就是了

【在 a********k 的大作中提到】
: circadian rhythm?为啥不用fly之类的做?larvae里面这玩意儿做得不清不楚的,没
: 觉得有啥前途啊

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M*n
104
美国人的mentality跟咱们不一样。
咱们才不care小孩子的遗传病呢。死了最多再生一个
但是老外就不一样了,治不了的遗传病还是想办法维持着,实在不行给小孩子移植肝脏
,肾脏,这个全是保险公司买单,社会负担,所以你知道为啥NIH要研究这些病了吧。
俺老板总跟咱们说小孩子多可怜啊,基因坏了,也没要治,所以天天跟俺们说要筛药,
为了那些得了遗传病的小孩子。
如果你自己买单,你还要保留那个染色体缺失吗?估计你也没那么多钱来保留。

screen

【在 a********k 的大作中提到】
: 算了,我也是悲观主义者,遗传病这事,治比不治事情多。在我看来是得不偿失的。
: 多说几句,现在美国无数的genetic diseases都有prescreen,特别是代谢病。如果你
: 有list上的遗传病,依靠药物和饮食控制,很多情况下是可以让你活得挺好的,结婚生
: 子也不是啥难事。直接后果是个人生活医疗成本急剧上升(当然都是靠医保分摊到全国
: 人民头上的),而且这样的遗传突变不断得到积累。现在很多病人都有儿女了,有些都
: 快有孙子了。出现了不少极端例子。有一个就是他的染色体缺失可以通过FISH screen
: ,然后用screen过的人工授精胚胎生育的子女就不会有syndrome了。可是这哥们觉得这
: 个syndrome是他们家族的特征,如果医院要screen就必须保留染色体突变,不然就不
: screen。。。这样的例子不是一个两个。

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a*k
105
不现实吧。。。larvae就那么几天,所有细胞分裂都很快。就算有个cancer,疯长你都
不好检测。不过这个有人在试就是

【在 p*****m 的大作中提到】
: sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
: 话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情
:
: screen

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s*r
106
那你这个还是真cancer吗?
或者算是儿童cancer?

sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情
screen

【在 p*****m 的大作中提到】
: sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
: 话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情
:
: screen

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M*n
107
这个俺正在试,不过没成功。

【在 p*****m 的大作中提到】
: sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
: 话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情
:
: screen

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a*k
108
只是说一个细胞意义上的cancer呗,用来做disease model至少比cell line好无数倍。

【在 s******r 的大作中提到】
: 那你这个还是真cancer吗?
: 或者算是儿童cancer?
:
: sigh,有时候想想技术进步是不是要带来生物性倒退啊 呵呵
: 话说如果能在larvae引发cancer,是不是还是蛮酷的事情
: screen

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p*m
109
哇 原来albertmwk说的就是你啊!
i am just kidding...

【在 M*****n 的大作中提到】
: 这个俺正在试,不过没成功。
avatar
p*m
110
我再问个无关话题吧:
有人告诉我说 fish申NIH funding不比worm/fly好 因为mammalian people一般还是觉
得fish算不上接近人的model system。这一说可靠否?

【在 M*****n 的大作中提到】
: 美国人的mentality跟咱们不一样。
: 咱们才不care小孩子的遗传病呢。死了最多再生一个
: 但是老外就不一样了,治不了的遗传病还是想办法维持着,实在不行给小孩子移植肝脏
: ,肾脏,这个全是保险公司买单,社会负担,所以你知道为啥NIH要研究这些病了吧。
: 俺老板总跟咱们说小孩子多可怜啊,基因坏了,也没要治,所以天天跟俺们说要筛药,
: 为了那些得了遗传病的小孩子。
: 如果你自己买单,你还要保留那个染色体缺失吗?估计你也没那么多钱来保留。
:
: screen

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a*g
111
请问好了多少倍啊?
tissue specificity?

【在 a********k 的大作中提到】
: 只是说一个细胞意义上的cancer呗,用来做disease model至少比cell line好无数倍。
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a*k
112
呵呵,有这个idea的人不少。我见过有哥们ko+oe一起搞了,都不行的。不过不妨碍有
某种组合能干出来,我觉得是可能的,只是检测可能麻烦点。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 哇 原来albertmwk说的就是你啊!
: i am just kidding...

avatar
M*n
113
靠谱。
mice eats fish, fish eats flies/worms.
it is tough to sell fish to NIH.

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我再问个无关话题吧:
: 有人告诉我说 fish申NIH funding不比worm/fly好 因为mammalian people一般还是觉
: 得fish算不上接近人的model system。这一说可靠否?

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a*k
114
不知道zon lab那种level是不是,至少我觉得是。期待牛人答疑~~

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我再问个无关话题吧:
: 有人告诉我说 fish申NIH funding不比worm/fly好 因为mammalian people一般还是觉
: 得fish算不上接近人的model system。这一说可靠否?

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a*k
115
俺不知道诶,不过如果in vivo的cancer drug screen可以做到比in vitro便宜的话。
。。你觉得呢?

【在 a*****g 的大作中提到】
: 请问好了多少倍啊?
: tissue specificity?

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a*k
116
fish eats fly/worm? 说实话没觉得。basic science的话最多同等level,因为没有
mechanistic insight。。。筛药另当别论

【在 M*****n 的大作中提到】
: 靠谱。
: mice eats fish, fish eats flies/worms.
: it is tough to sell fish to NIH.

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p*m
117
我觉得这么说吧:现实中大概超过95%的lead compound在preclinical和phase I被kill
掉吧(我记不住了 也许更多)。主要原因一是药代有问题,比如说到不了该去的organ
,或者进了细胞被golgi修饰了被lysosome讲解了,blabla;第二个是safety,直接把动物
搞死了再有用也不行。这两点在cell based screen里都解决不了。
如果用fish替代cell based screen的话,这两方面都会有进步。药代肯定要好得多,至
少细胞内修饰问题应该是保守的;safety方面,这个要看做出来的结果fish和mammal有
多大相关性了。今年fish meeting我看到有两个pharma再尝试validate fish as a tox
icity model,其中一个是pfizer还有一个忘了,还没有什么结果倒是,但是如果相关性
不错的话这方面fish也有优势。

【在 a********k 的大作中提到】
: 俺不知道诶,不过如果in vivo的cancer drug screen可以做到比in vitro便宜的话。
: 。。你觉得呢?

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M*n
118
跟lab/PI有关系
但是最关键俺觉得还是跟你研究的system有关系。
Zon lab 研究的blood development在zebrafish里面搞了N年了,丫的弟子门人无数,
而且这个system被大多数peer都接受了,所以不是特别难的sell
如果你搞一个新的system, 没有人搞过,初始阶段一定很困难,必须convince NIH来投
资你的system。
我估计Zon开始的时候一定也挺困难的,不过那时候美国可能钱还比较多,不是太难受。
现在NIH的钱越来越少,要搞新东西,一定加倍困难。

【在 a********k 的大作中提到】
: 不知道zon lab那种level是不是,至少我觉得是。期待牛人答疑~~
avatar
a*g
119
不知道将来的人是不是都泡在药汤里治病的?

【在 a********k 的大作中提到】
: 俺不知道诶,不过如果in vivo的cancer drug screen可以做到比in vitro便宜的话。
: 。。你觉得呢?

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f*u
120
Evo-Devo现在主要是NSF和HHMI,NIH也给一些。当然基础研究拿钱永远比筛药难。

【在 M*****n 的大作中提到】
: evo-devo的研究谁来投资?DOE?DoD? NSF?
: 能跟NIH比吗?制药是NIH的投资方向。
: zebrafish 的春天快来了。

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f*u
121
不太了解药物筛选流程的细节,没太看明白你说的这种筛法。
难道不是先要从基础研究里面找到靶点,然后建立动物模型,然后再筛选化合物吗?
怎么会有靶点的问题?
你说得phenotype筛选,也就是用正常的鱼去筛,然后选想要的表型?
我的理解除了睡眠节律什么的,其他好像不好筛吧。

的m

【在 p*****m 的大作中提到】
: in vivo当然是巨大优点。但是drug screen的难关不在screen,而在下面干什么。如果
: 要找target,在fish里基本只有做affinity purification一条路(除非能猜出来),这
: 个难度不是一般的大,而在cell line里或者worm/fly里可以上RNAi screen找target。
: 如果不找target而是直接希望找到药,那就更悬乎了,现在用fish看Phenotype得到的m
: olecule成千上万了吧,上了clinical trial的是不是就Zon lab的一个药?还不知道能
: 不能活到Phase III。
: 然后剩下的就是纯学术用途了。用已知target的library找相关pathway,或者干脆就是
: screen到molecule用来替代GoF/LoF。这个市场就很小了。
: 我现在就是困惑出路到底在哪里。是应该大规模得上量寄希望于真的找到几个药,还是
: 要安心当成一个research tool就算。后者可没什么希望拿到太大笔的钱 呵呵

avatar
c*m
122
好歹zebrafish算是vertebrate, 还是要比fly/worm进化了的。

【在 a********k 的大作中提到】
: fish eats fly/worm? 说实话没觉得。basic science的话最多同等level,因为没有
: mechanistic insight。。。筛药另当别论

avatar
c*m
123
一般是先把鱼搞得不正常(phenotype),再拿去筛药,看哪个药能把鱼搞回正常。
靶点现在只能靠猜,就算猜出了pathway,可能的靶蛋白也至少有几百种,所以验证起来
问题很多,成本很高。

【在 f**u 的大作中提到】
: 不太了解药物筛选流程的细节,没太看明白你说的这种筛法。
: 难道不是先要从基础研究里面找到靶点,然后建立动物模型,然后再筛选化合物吗?
: 怎么会有靶点的问题?
: 你说得phenotype筛选,也就是用正常的鱼去筛,然后选想要的表型?
: 我的理解除了睡眠节律什么的,其他好像不好筛吧。
:
: 的m

avatar
z*t
124
问个问题
可不可以在fish里做tissue specific cancer,比如brain tumor,可以在神经系统里特
异KO/overexpress tumor supressor/oncogene来建立cancer model,我知道有人
manipulate fly glia,成功的在fly里引入了glioma模型。fish目前有类似mice的cre-
loxP系统么?

【在 M*****n 的大作中提到】
: 这个俺正在试,不过没成功。
avatar
a*d
125
偶之前也想过用fish来搞neurodegeneration study, 不过不知道能否建立可以
survival的fish model,比如类似parkinson's disease 或者Alzheimer's disease的
fish model,担心影响motor system后fish不能正常游泳,呼吸,摄食等等。。。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 嗯 这个有道理。尤其是某些病如果涉及到organ-specific的某蛋白的话,弄个
: artificial fish model还是有意义的。我一直在想的一个是neurodegeneration。其实
: ALS这种已经有人搞了。弄个human SOD1 mutant fish,screen就行。。

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f*u
126
还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?

【在 c******m 的大作中提到】
: 一般是先把鱼搞得不正常(phenotype),再拿去筛药,看哪个药能把鱼搞回正常。
: 靶点现在只能靠猜,就算猜出了pathway,可能的靶蛋白也至少有几百种,所以验证起来
: 问题很多,成本很高。

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a*d
127
ENU induced mutation?

【在 f**u 的大作中提到】
: 还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?
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L*O
128
我弱弱的问,你是哪里的?。。。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 小菜,你有没有申请俺们这儿的faculty?
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p*m
129
这个没什么关系吧 fish的drug screen,也不是说drug就一定是从皮肤渗透进去的吧。
。。另外参见我一帖

【在 a*****g 的大作中提到】
: 不知道将来的人是不是都泡在药汤里治病的?
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p*m
130
首先,有n多的病不知道靶点,要是真知道了就好了
第二,可以用外因在WT animal induce病,不一定就是在WT fish上直接搞

【在 f**u 的大作中提到】
: 不太了解药物筛选流程的细节,没太看明白你说的这种筛法。
: 难道不是先要从基础研究里面找到靶点,然后建立动物模型,然后再筛选化合物吗?
: 怎么会有靶点的问题?
: 你说得phenotype筛选,也就是用正常的鱼去筛,然后选想要的表型?
: 我的理解除了睡眠节律什么的,其他好像不好筛吧。
:
: 的m

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p*m
131
有cre-loxp报道了,但是没有用他做cKO的,原因么,现在还没人能在fish里做KI

【在 z*t 的大作中提到】
: 问个问题
: 可不可以在fish里做tissue specific cancer,比如brain tumor,可以在神经系统里特
: 异KO/overexpress tumor supressor/oncogene来建立cancer model,我知道有人
: manipulate fly glia,成功的在fly里引入了glioma模型。fish目前有类似mice的cre-
: loxP系统么?

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c*m
132
什么方法都行啊,化学方法(drug),物理方法(disturb),生物方法(KO)。下药投毒
棒打电击,凡是能让鱼不正常的方法都可以用上,

【在 f**u 的大作中提到】
: 还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?
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s*r
133
比如转个mutant基因。

还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?

【在 f**u 的大作中提到】
: 还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?
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X*n
134
我的意思是说如果你用fish筛到了一个化合物,你想知道作用靶点,可是目前在fish里
面又很难找到其作用位点,是不是可以尝试用一些简单的模型帮助找到一些candidates
,再用fish去验证。当然最终你还是要在一些更高级的模型上验证了。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 单纯验证的话 用mouse不就得了
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O*e
135
这个好无数倍的结论有待商榷啊。再artificial,它还是人体细胞带着人类基因啊。

【在 a********k 的大作中提到】
: 只是说一个细胞意义上的cancer呗,用来做disease model至少比cell line好无数倍。
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O*e
136
^_^,俺作为一mammalian person,觉得三个都差不多

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我再问个无关话题吧:
: 有人告诉我说 fish申NIH funding不比worm/fly好 因为mammalian people一般还是觉
: 得fish算不上接近人的model system。这一说可靠否?

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b*r
137
鱼没有imprinting
只有哺乳动物和一些植物有imprinting
基本上来说大家认为imprinting是子代长在母体上较长时间时,母亲的基因和父亲的基
因互相
fight。父亲的基因希望子代多吸收母体营养将来好生存,哪怕母体瘦成一条柴,他再
找个老婆就
行了。而母亲的基因则希望她的每一个子代都获得不多不少的营养,这样她可以在将来
能尽可能
地多产生一些子代。
所以只要是卵生的动物都没有imprinting
另外,我不知道鱼对于爪蛙有啥优势?爪蛙似乎更容易养,更接近人,而且发育各个阶
段也都是
ex vivo的。再一个卵要大一些吧,注射核酸更方便。不过发育过程中不太透明可能是
个问题。

【在 M*****n 的大作中提到】
: 难道fish 没有imprinting?
: 不可能吧。
: BTW, 你也晚了点了,今天来jobtalk的那位,人家已经开始研究epigenetics了

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a*k
138
这个。。。你确认你不是信口开河?
虽然俺不做fish imprinted gene,但是听说很多mammalian的imprinted chromosome的
synteny在鱼里面也都是保守的。当然别人paper作假另当别论。你那个imprinting的机制
,没有哪个能证明吧。。。至少俺是没看见过,等高人答疑。
鱼对于Xenopus的优势无非就是genetics那一点点,能够有很多的突变体,能够做
transgenic fish。injection难度忽略不计,因为每个人都能做,速度不比蛙慢。
microdisection会难很多,但是dissect出来那点点东西不能用来做imprinting吧。另
外就是xenopus个大,产卵却不比鱼多多少,卵黄太多,不太好做生化。
当然,鱼比起老鼠的那一点点优势也就在于能做发育早期一个很小的window,xenopus
在我看来是更没啥可取的,连那一点点window都因为不好做fluorescence消失殆尽。

【在 b****r 的大作中提到】
: 鱼没有imprinting
: 只有哺乳动物和一些植物有imprinting
: 基本上来说大家认为imprinting是子代长在母体上较长时间时,母亲的基因和父亲的基
: 因互相
: fight。父亲的基因希望子代多吸收母体营养将来好生存,哪怕母体瘦成一条柴,他再
: 找个老婆就
: 行了。而母亲的基因则希望她的每一个子代都获得不多不少的营养,这样她可以在将来
: 能尽可能
: 地多产生一些子代。
: 所以只要是卵生的动物都没有imprinting

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a*k
139
恩,确实是的。做了一段时间鱼,俺也快成mammalian fan了

【在 O******e 的大作中提到】
: 这个好无数倍的结论有待商榷啊。再artificial,它还是人体细胞带着人类基因啊。
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K*n
140
赞题目
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a*k
141
你看楼层就知道题目nb了。

【在 K****n 的大作中提到】
: 赞题目
avatar
K*n
142
我仔细勘查了一下儿,确定不是我前几天漏看了,而是今天一天盖得楼

【在 a********k 的大作中提到】
: 你看楼层就知道题目nb了。
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a*d
143
genomic imprinting目前确实只在placental mammals 和 flowering plants中有报道。

机制
xenopus

【在 a********k 的大作中提到】
: 这个。。。你确认你不是信口开河?
: 虽然俺不做fish imprinted gene,但是听说很多mammalian的imprinted chromosome的
: synteny在鱼里面也都是保守的。当然别人paper作假另当别论。你那个imprinting的机制
: ,没有哪个能证明吧。。。至少俺是没看见过,等高人答疑。
: 鱼对于Xenopus的优势无非就是genetics那一点点,能够有很多的突变体,能够做
: transgenic fish。injection难度忽略不计,因为每个人都能做,速度不比蛙慢。
: microdisection会难很多,但是dissect出来那点点东西不能用来做imprinting吧。另
: 外就是xenopus个大,产卵却不比鱼多多少,卵黄太多,不太好做生化。
: 当然,鱼比起老鼠的那一点点优势也就在于能做发育早期一个很小的window,xenopus
: 在我看来是更没啥可取的,连那一点点window都因为不好做fluorescence消失殆尽。

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f*u
144
第一点我很同意。第二点,如果你已经可以诱导出病了,也就是有疾病模型了,
那还关心靶点什么的干吗,直接关心药效不就可以了。
FDA批准有不需要你把作用机理搞清楚,只要安全又有效就可以了。
所以你上面说chemical screen的关键不在screen,而在之后靶点什么的把我搞晕了。
筛药不外乎top down或者bottom up两个思路。
如果是top down,你不知道靶点但是能搞出疾病模型,那么用鱼就直接筛药好了。
如果是bottom up,你先研究疾病搞清了靶点,然后根据这个靶点建立转基因鱼模型,
这样也就没什么靶点不靶点的问题了。
我觉得还是疾病模型最重要,不管你用什么方法,只要能建立可靠的模型就成功一半了。
我不是很了解具体情况,如果问题问得可笑请别见怪。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 首先,有n多的病不知道靶点,要是真知道了就好了
: 第二,可以用外因在WT animal induce病,不一定就是在WT fish上直接搞

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f*u
145
这些我都可以理解,但是既然已经有了疾病模型还关心靶点干什么。

【在 c******m 的大作中提到】
: 什么方法都行啊,化学方法(drug),物理方法(disturb),生物方法(KO)。下药投毒
: 棒打电击,凡是能让鱼不正常的方法都可以用上,

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f*u
146
这个最好理解了。但这种情况肯定是靶点已经了解得比较清楚了

【在 s******r 的大作中提到】
: 比如转个mutant基因。
:
: 还是不完全明白。你怎么把鱼搞不正常?

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f*u
147
点点点。
如果真是这样,有些人的dreaming career就这么完蛋了。

道。

【在 a****d 的大作中提到】
: genomic imprinting目前确实只在placental mammals 和 flowering plants中有报道。
:
: 机制
: xenopus

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a*d
148
according to Catherine Dulac from Harvard, that's truth for now.

【在 f**u 的大作中提到】
: 点点点。
: 如果真是这样,有些人的dreaming career就这么完蛋了。
:
: 道。

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O*e
149
嘿嘿,说句你们不爱听的话:除非是重大进展,俺几乎是不看鱼啊
果蝇啊这类文章滴。。。
俺太局限了,自我批评,自我批评。。。

【在 a********k 的大作中提到】
: 恩,确实是的。做了一段时间鱼,俺也快成mammalian fan了
avatar
O*e
150
你不觉得peoplem的思路还是着重在研究机理上,至于疾病其实是顺带着的?

了。

【在 f**u 的大作中提到】
: 第一点我很同意。第二点,如果你已经可以诱导出病了,也就是有疾病模型了,
: 那还关心靶点什么的干吗,直接关心药效不就可以了。
: FDA批准有不需要你把作用机理搞清楚,只要安全又有效就可以了。
: 所以你上面说chemical screen的关键不在screen,而在之后靶点什么的把我搞晕了。
: 筛药不外乎top down或者bottom up两个思路。
: 如果是top down,你不知道靶点但是能搞出疾病模型,那么用鱼就直接筛药好了。
: 如果是bottom up,你先研究疾病搞清了靶点,然后根据这个靶点建立转基因鱼模型,
: 这样也就没什么靶点不靶点的问题了。
: 我觉得还是疾病模型最重要,不管你用什么方法,只要能建立可靠的模型就成功一半了。
: 我不是很了解具体情况,如果问题问得可笑请别见怪。

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a*e
151
幸好还没说不看虫子的文章.

【在 O******e 的大作中提到】
: 嘿嘿,说句你们不爱听的话:除非是重大进展,俺几乎是不看鱼啊
: 果蝇啊这类文章滴。。。
: 俺太局限了,自我批评,自我批评。。。

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O*e
152
忘啦说啦,^_^

【在 a***e 的大作中提到】
: 幸好还没说不看虫子的文章.
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M*n
153
人家懒得提起虫子
可见虫子比鱼更不招待见

【在 O******e 的大作中提到】
: 忘啦说啦,^_^
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b*r
154
imprinting的很多基因 确实不是什么新的基因,比如胰岛素生长因子,都不知道进化
出来多少年

它基本是对已有的一些基因新出现的一种调节方式,目前看起来主要是epigenetic 修
饰为主,染
色体片段进化上保守毫不奇怪。
当然,目前还只能说“基本上来说大家认为” imprinting为了让父母竞争控制营养分
配。到底是不
是这种机制目前也有一些争论,也有少量证个据不支持这个假说。呵呵其实这些玩意
wiki一下你就
知道了
imprinting不是啥热门,做啥不好,做这个干嘛?
另外请教一下,为什么说鱼比爪蛙在mutation和trangenic方面有优势?爪蛙不是两者
都可以做
到吗?


机制
xenopus

【在 a********k 的大作中提到】
: 这个。。。你确认你不是信口开河?
: 虽然俺不做fish imprinted gene,但是听说很多mammalian的imprinted chromosome的
: synteny在鱼里面也都是保守的。当然别人paper作假另当别论。你那个imprinting的机制
: ,没有哪个能证明吧。。。至少俺是没看见过,等高人答疑。
: 鱼对于Xenopus的优势无非就是genetics那一点点,能够有很多的突变体,能够做
: transgenic fish。injection难度忽略不计,因为每个人都能做,速度不比蛙慢。
: microdisection会难很多,但是dissect出来那点点东西不能用来做imprinting吧。另
: 外就是xenopus个大,产卵却不比鱼多多少,卵黄太多,不太好做生化。
: 当然,鱼比起老鼠的那一点点优势也就在于能做发育早期一个很小的window,xenopus
: 在我看来是更没啥可取的,连那一点点window都因为不好做fluorescence消失殆尽。

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p*m
155
我是两个意思,就是首先搞出靶点不容易,如果你想知道的话;
其次就是 如果直接用WT fish model然后筛药,这个成功概率是很低的,因为你不知道
target的话你就不太容易在更高级的动物模型上验证这个药的作用,毕竟不是什么动物
你都能搞出一个类似的model的。当然了,其实我自己是很喜欢这种phenotypic screen
的策略的,但是我也不是很确信这个成功率

了。

【在 f**u 的大作中提到】
: 第一点我很同意。第二点,如果你已经可以诱导出病了,也就是有疾病模型了,
: 那还关心靶点什么的干吗,直接关心药效不就可以了。
: FDA批准有不需要你把作用机理搞清楚,只要安全又有效就可以了。
: 所以你上面说chemical screen的关键不在screen,而在之后靶点什么的把我搞晕了。
: 筛药不外乎top down或者bottom up两个思路。
: 如果是top down,你不知道靶点但是能搞出疾病模型,那么用鱼就直接筛药好了。
: 如果是bottom up,你先研究疾病搞清了靶点,然后根据这个靶点建立转基因鱼模型,
: 这样也就没什么靶点不靶点的问题了。
: 我觉得还是疾病模型最重要,不管你用什么方法,只要能建立可靠的模型就成功一半了。
: 我不是很了解具体情况,如果问题问得可笑请别见怪。

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f*e
156
Everybody in this post is from um?

【在 M*****n 的大作中提到】
: why not?
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p*m
157
除了LZ我看似乎都不是

【在 f*********e 的大作中提到】
: Everybody in this post is from um?
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f*e
158
赫赫,怎么觉得好像大家都看了这个mm得简历一样~~

【在 p*****m 的大作中提到】
: 除了LZ我看似乎都不是
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p*m
159
呵呵 互联网时代啦

【在 f*********e 的大作中提到】
: 赫赫,怎么觉得好像大家都看了这个mm得简历一样~~
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f*e
160
但是根据第一叶的信息,没有办法搜索这个mm的简历。我碰巧看见了简历,转发给我死
党看,所以才想起原来大家说的是这个mm~~~~

【在 p*****m 的大作中提到】
: 呵呵 互联网时代啦
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p*m
161
我一个不做fish的人看了LZ提供的信息都能查出来是谁啊。。

【在 f*********e 的大作中提到】
: 但是根据第一叶的信息,没有办法搜索这个mm的简历。我碰巧看见了简历,转发给我死
: 党看,所以才想起原来大家说的是这个mm~~~~

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f*e
162
牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我一个不做fish的人看了LZ提供的信息都能查出来是谁啊。。
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s*r
163
你不知道,作为一个外国人,每换一个地址都有义务报告移民局吗?

牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

【在 f*********e 的大作中提到】
: 牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
: 的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

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M*n
164
如果你吐一口唾沫,俺们还可以把你的genetic background 也查个89不离十呢。

【在 f*********e 的大作中提到】
: 牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
: 的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

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f*e
165
又不是我的,为什么要report呢。。。。
就是感慨强大~~~

【在 s******r 的大作中提到】
: 你不知道,作为一个外国人,每换一个地址都有义务报告移民局吗?
:
: 牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
: 的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

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f*e
166
我也想啊。。。我深刻怀疑自己缺乏alcohol dehydrogenase,不知道哪个lab可以免费
查查我的代谢~~

【在 M*****n 的大作中提到】
: 如果你吐一口唾沫,俺们还可以把你的genetic background 也查个89不离十呢。
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s*r
167
那你男朋友有工作吧,有SSN吧,缴税吧,这里面哪一个没有地址,
美国人虽然没有户口,介绍信,对人口的控制水平一点也不落后。

又不是我的,为什么要report呢。。。。
就是感慨强大~~~

【在 f*********e 的大作中提到】
: 又不是我的,为什么要report呢。。。。
: 就是感慨强大~~~

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O*e
168
我一做老鼠的都知道是谁了。。。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我一个不做fish的人看了LZ提供的信息都能查出来是谁啊。。
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O*e
169
她不会啥事情都是男朋友包办吧。。。

【在 s******r 的大作中提到】
: 你不知道,作为一个外国人,每换一个地址都有义务报告移民局吗?
:
: 牛~~~~原来普通民众人肉都如此强大了。。。最近看background check report, 强大
: 的搜索agent竟然可以查出6年前bf apt 地址调查criminal record...

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f*e
170
哈,早升级了,是lg~~~

【在 O******e 的大作中提到】
: 她不会啥事情都是男朋友包办吧。。。
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m*p
171
痛恨做鱼的, 很多genes在老鼠里没有phenotype,但在鱼里有。不公平啊!
avatar
m*p
172
It is efficient for them to use homologous recombination to get Cre-loxp
fish?

【在 p*****m 的大作中提到】
: 有cre-loxp报道了,但是没有用他做cKO的,原因么,现在还没人能在fish里做KI
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O*e
173
这对他们来说也不是啥好事儿

【在 m*p 的大作中提到】
: 痛恨做鱼的, 很多genes在老鼠里没有phenotype,但在鱼里有。不公平啊!
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k*o
174
感觉又有个泡泡吹起来了,希望我感觉是错的。
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w*y
175
什么泡泡? 展开谈谈?

【在 k****o 的大作中提到】
: 感觉又有个泡泡吹起来了,希望我感觉是错的。
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