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为啥diagnostics ppl那么fan FISH？

为啥diagnostics ppl那么fan FISH？# Biology - 生物学

w*e2011-02-08 08:02

1 楼

测biomarker OE的话，ELISA不够精确？还是ab在lysate里不work？还是
有OE的细胞占整体比重太少？感觉FISH对操作的要求太高啊呵呵
另外请教imaging牛人，为啥还没有nb 软件能代替人眼看FISH、IF image呢？
我哥们前段时间做ctc staining，整天对着显微镜简直要瞎

b*r2011-02-08 08:02

2 楼

biomarker OE是啥，over expression？那和FISH有啥关系啊
fish不是看染色体的吗，怎么和蛋白搅和到一起了，你说的神马俺都看不懂诶
FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下，graduate student比软件便宜多了

w*e2011-02-08 08:02

3 楼

nb的FISH可以看RNA还能quantify，从RNA OE推出protein OE。
别问我为啥搞这么间接，我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧

【在 b****r 的大作中提到】

: biomarker OE是啥，over expression？那和FISH有啥关系啊
: fish不是看染色体的吗，怎么和蛋白搅和到一起了，你说的神马俺都看不懂诶
: FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下，graduate student比软件便宜多了

t*d2011-02-08 08:02

4 楼

为什么不 rt-pcr？ FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里？

【在 w******e 的大作中提到】

: nb的FISH可以看RNA还能quantify，从RNA OE推出protein OE。
: 别问我为啥搞这么间接，我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧

w*e2011-02-08 08:02

5 楼

in situ

【在 t*d 的大作中提到】

: 为什么不 rt-pcr？ FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里？

s*s2011-02-08 08:02

6 楼

精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
怎么防止reverse transcription的干扰？就算做dPCR，能够对每一个细胞分开统计？

【在 t*d 的大作中提到】

: 为什么不 rt-pcr？ FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里？

w*e2011-02-08 08:02

7 楼

FISH的好处确实如你所说，可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦？
是sample太heterogenous？还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏？还是其他？
另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗？有没有一个generally
applicable rule，比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍？
thx

【在 s******s 的大作中提到】

: 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
: 怎么防止reverse transcription的干扰？就算做dPCR，能够对每一个细胞分开统计？

s*s2011-02-08 08:02

8 楼

RNA和Protein的corellation当然没那么强，不过不管是精度还是效率上
来说， FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔
板养的细胞，每个孔同时检测五六个marker的表达，就算要换一组基因看
也就换点probe, 多方便啊。

【在 w******e 的大作中提到】

: FISH的好处确实如你所说，可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦？
: 是sample太heterogenous？还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏？还是其他？
: 另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗？有没有一个generally
: applicable rule，比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍？
: thx

w*e2011-02-08 08:02

9 楼

多谢指点。同时检测5、6个如何实现？全用不同颜色？？@@

【在 s******s 的大作中提到】

: RNA和Protein的corellation当然没那么强，不过不管是精度还是效率上
: 来说， FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔
: 板养的细胞，每个孔同时检测五六个marker的表达，就算要换一组基因看
: 也就换点probe, 多方便啊。

s*s2011-02-08 08:02

10 楼

affimetrix好像现在是4－plex，用不同颜色
那个啥公司来着，我忘了名字了，N-plex的，用不用的barcode，不过要裂解细胞先

【在 w******e 的大作中提到】

: 多谢指点。同时检测5、6个如何实现？全用不同颜色？？@@

w*e2011-02-08 08:02

11 楼

thx. 那个啥公司，如果是proteomics的话，估计是luminex？号称有100种组合呵呵

【在 s******s 的大作中提到】

: affimetrix好像现在是4－plex，用不同颜色
: 那个啥公司来着，我忘了名字了，N-plex的，用不用的barcode，不过要裂解细胞先

t*d2011-02-08 08:02

12 楼

谢谢！
有必要对没一个细胞分开统计么？ FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts？
我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics，看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
还可以检测 RNA 表到量。

【在 s******s 的大作中提到】

: 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
: 怎么防止reverse transcription的干扰？就算做dPCR，能够对每一个细胞分开统计？

c*r2011-02-08 08:02

13 楼

我感觉前边几位在讨论RNA的荧光原位杂交，你说的是染色体的荧光原位杂交。
有时候确实需要区别一下这两个不同的实验，同样的名字。。。

【在 t*d 的大作中提到】

: 谢谢！
: 有必要对没一个细胞分开统计么？ FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts？
: 我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics，看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
: 还可以检测 RNA 表到量。

s*s2011-02-08 08:02

14 楼

nnanostring

【在 w******e 的大作中提到】

: thx. 那个啥公司，如果是proteomics的话，估计是luminex？号称有100种组合呵呵

s*s2011-02-08 08:02

15 楼

最新的技术可以。
有没有必要，要看你打算研究什么了。
比如你想看各个细胞间的variation，用realtime就不行了把。
又比如你的细胞是个mixed的population,一起realtime显然不行。
当然你可以说我Flow，但是flow也不能看不同细胞间的相互关系

【在 t*d 的大作中提到】