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how to find the promoter region

how to find the promoter region# Biology - 生物学

S*f2011-02-16 08:02

1 楼

☆─────────────────────────────────────☆
njty1982 (御风行) 于 (Sat Mar 27 21:05:50 2010, 美东) 提到:
刚才看那个《我已经爱你到骨头里了——《蜗居》有感》的合集，忽然很有感触。
当时看完《蜗居》，觉得不错，直为小贝不值，看着宋思明觉着恶心。不过倒也没有特别震惊，这样
的事情似乎一直都有。
后来看到国内新浪还是搜狐上的一个网友投票，问会选小贝还是宋思明，居然有75%以上的选宋思
明。我很惊讶，觉得国内风气真是变了，居然选宋思明的成主流了。不过还是觉得可能这些网友可能
跟我的朋友圈不是一个群体吧。
那天打电话给一个今年刚刚海归的朋友，比我稍小一点，也是P大毕业的，从大投行回去的，我一直
引为知己。我在电话里跟她感慨我在网上看到的调查，觉得现在中国风气变了好多，她沉默了好久，
回答说，如果是我我也选宋思明。
我一下傻了，愣了一下，尴尬的说，不会吧，我觉得和小贝那样的男人一起奋斗争取成功也挺好的
啊，又不是没有那个能力。。。
她又沉默了一下，说，你的思维已经不是中国人的思维了。
这下我彻底无语了。敷衍了几

q*n2011-02-16 08:02

2 楼

下面为一段爱恩斯坦对佛教的看法。当然他的看法也不是完全到位准确，但至少比现在
的许多所谓科学家、科学推崇迷信科学者高明许多。“天上方一日，地上已千年”。在
佛教中，这种时间相对性是普遍的。爱恩斯坦有没有从佛教中得到启发，不得而知。但
现代近代不少大物理学家对宗教，特别是佛教感兴趣，想从中得到些启发，这是事实。
研究科学，也不是网上许多人的那种研究方法。响鼓不用重锤。
做科学实验，只要其中出现某一个不能用当前科学解释的现象，就应该重视了。敏锐的
科学家就会探索发展科学。而现在网上的科学推崇迷信者，就把注意力放在这质疑这不
能解释的现象上，认为它的是假的，反正自己没有见过，我不能认为它是真。
看看佛学修持者，看看我国的历史书，高僧传等等，高僧们的神奇事迹都是编出来逗你
们玩的？都是假的。你要坚持认为是假的，我无言了。多言就是愚昧。
ZT --------------------------------------------
（注：下面的中文翻译，“作为一个有意义的统一体”，感觉放的地方与原文有点不一
之。）
爱因斯坦关于佛教的评论原文出自这里：
未来的宗教将是一种宇宙宗教。它将是一种超越人格化神，远离一切教条和神学的宗教
。这种宗教，包容自然和精神两个方面，作为一个有意义的统一体，必定是建立在由对
事物的——无论是精神，还是自然的——实践与体验而产生的宗教观念之上的。佛教符
合这种特征。——爱因斯坦
原文如下：
"The religion of the future will be a cosmic religion. "Buddhism has the
characteristics of what would be expected in a cosmic religion for the
future: it transcends a personal God, avoids dogmas and theology; it covers
both the natural & spiritual, and it is based on a religious sense aspiring
from the experience of all things, natural and spiritual, as a meaningful
unity. Buddhism answers this description. If there is any religion that
would cope with modern scientific needs, it would be Buddhism."- Albert
Einstein
[1954, from Albert Einstein:The Human Side, edited by Helen Dukas and Banesh
Hoffman, Princeton University Press]
出自1954年普林斯顿大学出版社出版的《Albert Einstein: The Human Side》一书

w*u2011-02-16 08:02

3 楼

最近老板让找一个基因的调控序列，说是promoter在genome上。但是不知道如何来找，
请高手指教！有什么软件或者程序吗？多谢

i*y2011-02-16 08:02

4 楼

咋我认识的国内的mm都很有骨气捏？还是人不同吧。

o*h2011-02-16 08:02

5 楼

老爱的这句语的出处似乎有问题，下面网址是关于这一段的来源的调查：
http://tricycleblog.wordpress.com/2007/10/26/einsteins-quotes-o

e*t2011-02-16 08:02

6 楼

你们老板很搞笑。promoter当然在genome上，难不成在protein上？
你先去genbank search一下这个gene promoter，如果有人已经找到，你就不用费时间
了。如果没有，下载这个gene 5‘end的序列，去genomatrix，他们会给你预测。
或者你找到这个gene在别的speices的5 end序列，做一个alignment，很保守的区域应
该是跟gene regulation相关的elements。

w*r2011-02-16 08:02

7 楼

佛学量子论玩过了, 可能有人又要想玩佛学相对论了, 大家搬板凳去吧.

【在 o****h 的大作中提到】

: 老爱的这句语的出处似乎有问题，下面网址是关于这一段的来源的调查：
: http://tricycleblog.wordpress.com/2007/10/26/einsteins-quotes-o

Z*52011-02-16 08:02

8 楼

去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
果是在一起，那就非常准确了。
然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。

q*n2011-02-16 08:02

9 楼

出处是没有问题的，是那些人脑袋有问题。至于他们还要歪曲，从书中自然可看出这是
爱恩斯坦的原话，是他的文稿中的话。
这书，当然是别人编的，但话是爱恩斯坦的话，是他的文稿。这书，许多好的大学里有。
他们所谓的证据：
“Now, this book is subtitled New Glimpses From His Archives and is not by
Einstein ”

【在 o****h 的大作中提到】

: 老爱的这句语的出处似乎有问题，下面网址是关于这一段的来源的调查：
: http://tricycleblog.wordpress.com/2007/10/26/einsteins-quotes-o

b*r2011-02-16 08:02

10 楼

楼上两位都回答精彩

o*h2011-02-16 08:02

11 楼

我看过的中文三卷版的老爱文集确实有这么一段类似的话．
不过我还是有点疑问老爱是怎么了解到佛学的，然后说这些话的．
说道这里，突然想起一件事情来，
以前跟一个台湾的信日莲宗的人打交道．
据他说，老爱当年访日，
曾经跟日本华严宗的一个大和尚谈了很长时间，
内容就是华严思想和相对论．
也许来源于这里吧．
不知道老爱当年去上海碰到中国道士没有．

有。

【在 q****n 的大作中提到】

: 出处是没有问题的，是那些人脑袋有问题。至于他们还要歪曲，从书中自然可看出这是
: 爱恩斯坦的原话，是他的文稿中的话。
: 这书，当然是别人编的，但话是爱恩斯坦的话，是他的文稿。这书，许多好的大学里有。
: 他们所谓的证据：
: “Now, this book is subtitled New Glimpses From His Archives and is not by
: Einstein ”

e*t2011-02-16 08:02

12 楼

实验和bioinfo的方法都有了。呵呵

w*r2011-02-16 08:02

13 楼

也许碰到过青帮的弟兄.

【在 o****h 的大作中提到】

: 我看过的中文三卷版的老爱文集确实有这么一段类似的话．
: 不过我还是有点疑问老爱是怎么了解到佛学的，然后说这些话的．
: 说道这里，突然想起一件事情来，
: 以前跟一个台湾的信日莲宗的人打交道．
: 据他说，老爱当年访日，
: 曾经跟日本华严宗的一个大和尚谈了很长时间，
: 内容就是华严思想和相对论．
: 也许来源于这里吧．
: 不知道老爱当年去上海碰到中国道士没有．
:

w*u2011-02-16 08:02

14 楼

Thank you for those two replied.
However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合?
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks

o*h2011-02-16 08:02

15 楼

别说，老爱确实有黑社会老大的气势，黑手党教父的形象．
说不来真的是杜月笙接待的．

【在 w*****r 的大作中提到】

: 也许碰到过青帮的弟兄.

b*n2011-02-16 08:02

16 楼

学习了。

w*r2011-02-16 08:02

17 楼

不知道青帮后来有啥帮规可以跟相对论连起来不.

【在 o****h 的大作中提到】

: 别说，老爱确实有黑社会老大的气势，黑手党教父的形象．
: 说不来真的是杜月笙接待的．

s*s2011-02-16 08:02

18 楼

nice. 学习了

【在 Z******5 的大作中提到】

: 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
: 合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
: 果是在一起，那就非常准确了。
: 然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。

o*h2011-02-16 08:02

19 楼

只有青帮影响老爱的理，
没有老爱影响青帮的事．

【在 w*****r 的大作中提到】

: 不知道青帮后来有啥帮规可以跟相对论连起来不.

Z*52011-02-16 08:02

20 楼

1）However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结合?
A.这个说起来比较复杂。
a. 和转录起始位置相关的一些组蛋白修饰看这篇文献 The mammalian epigenome.
Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81.
b. 聚合酶2的我忘了哪篇文献了，不过很好理解，基因的转录肯定需要聚合酶2的
结合，自然就会有聚合酶2的结合ChIP数据。你可以去UCSC随便找几个熟悉的基因看看
，比如GAPDH等。
c. 转录因子的ChIP在UCSC genome browser上的数据是有限的，现在已经有几十个
转录因子了吧，这个只是参考。还是那句话，找个你熟悉的基因，看看周围的结合情况
就知道了。
d. 再提一下RIKEN的问题，你可以参考下面几篇文献
Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of
transcriptional starting point and identification of promoter usage. Proc
Natl Acad Sci U S A. 2003 Dec 23;100(26):15776-81. Epub 2003 Dec 8.
The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to
its dynamic regulation. Genome Biol. 2009;10(4):R40. Epub 2009 Apr 19.
Update of the FANTOM web resource: from mammalian transcriptional
landscape to its dynamic regulation. Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database
issue):D856-60. Epub 2010 Nov 12.
值得注意的是，看以上这些数据时，要注意所使用的细胞系，因为基因的表达有组织时
空特异性。
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
你说的这个问题我看到过，不过没有仔细想过。ATG前面还有5’UTR的。不过对于一般
的protein coding genes来说，这个5‘UTR就是300bp左右吧，貌似最多也有2kb的（记
不清了，而且应该是极个别现象）。总之不长。
你说的不同的转录本，我估计是在不同组织或发育不同时期所使用的不一样吧。这个你
可以查查或问问，确定你要研究的sample所使用的转录本。或者实在找不到就只好做5'
RACE看转录起始位点了。（当然这个前提是确定是转录导致的差异，而不是转录后剪
切导致的差异）
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks
同上

w*r2011-02-16 08:02

21 楼

不好说, 说不定肚月身也搞个老爱的变形MJ去招摇一翻也不一定, 黑社会干大了, 都想
装正神.

【在 o****h 的大作中提到】

: 只有青帮影响老爱的理，
: 没有老爱影响青帮的事．

Z*52011-02-16 08:02

22 楼

此外，上面提到的是大致确定promoter和转录起始位点的方法。关于找调控序列/因子
的方法，目前有很多基于序列的预测软件，但是我觉得都不太靠谱。可信度最高的还
是UCSC上面那些已经做了ChIP的转录因子。要注意的是这种结合也有可能是间接的。
当然，如果你要研究的转录因子还没有这些数据，就只能去做一些基于序列的预测了。
我建议最好再结合功能的推测和GEO上表达的情况的分析会更好一些。

S*U2011-02-16 08:02

23 楼

佛经译为欧洲文字已有一百多年。叔本华是第一个受到佛法影响的西方哲学家，爱老书
里有提到叔本华。

【在 o****h 的大作中提到】

x*72011-02-16 08:02

24 楼

去 cold spring harbor laboratory mammalian promoter database

o*h2011-02-16 08:02

25 楼

今天八卦上头了，
叔本华据说桌子上就摆放着释迦牟尼佛，
王国维为这事情还大呼呢．
不过老爱那种人，
三教九流接触的多，
看法不一定是从书中来．

【在 S**U 的大作中提到】

: 佛经译为欧洲文字已有一百多年。叔本华是第一个受到佛法影响的西方哲学家，爱老书
: 里有提到叔本华。

w*u2011-02-16 08:02

26 楼

Thanks . Where is cold spring harbor laboratory mammalian promoter database.
Could you send the link for that?

J*s2011-02-16 08:02

27 楼

他得接触会英文的和尚和道士，看法才好自己的来的。

【在 o****h 的大作中提到】

: 今天八卦上头了，
: 叔本华据说桌子上就摆放着释迦牟尼佛，
: 王国维为这事情还大呼呢．
: 不过老爱那种人，
: 三教九流接触的多，
: 看法不一定是从书中来．

d*y2011-02-16 08:02

28 楼

强人，学习了。

【在 Z******5 的大作中提到】

w*r2011-02-16 08:02

29 楼

不用吧, 找个走日的当翻译就行了.

【在 J******s 的大作中提到】

: 他得接触会英文的和尚和道士，看法才好自己的来的。

m*s2011-02-16 08:02

30 楼

google
promoter database

o*h2011-02-16 08:02

31 楼

胡锦涛不讲英文，
也可以了解美英阿，可以形成看法阿．

【在 J******s 的大作中提到】

: 他得接触会英文的和尚和道士，看法才好自己的来的。

J*s2011-02-16 08:02

32 楼

胡锦涛有翻译吗？胡专业是啥？胡职业是啥？了解英美难道不是自己天天得干的？
老爱干啥的？和尚干啥的？领域跨越大了一点点，所以光翻译不行。必须有语言对话。
嘿

【在 o****h 的大作中提到】

: 胡锦涛不讲英文，
: 也可以了解美英阿，可以形成看法阿．

J*s2011-02-16 08:02

33 楼

他跟老爱当提鞋的人家都不干的，haha

【在 w*****r 的大作中提到】

: 不用吧, 找个走日的当翻译就行了.

o*h2011-02-16 08:02

34 楼

我跟你交流，
你觉得很费力吗？
你我背景应该很不同的阿．

【在 J******s 的大作中提到】

: 胡锦涛有翻译吗？胡专业是啥？胡职业是啥？了解英美难道不是自己天天得干的？
: 老爱干啥的？和尚干啥的？领域跨越大了一点点，所以光翻译不行。必须有语言对话。
: 嘿

w*r2011-02-16 08:02

35 楼

不大, 佛跟量子跨越都不大, 为啥跟相对论就太大呢?

【在 J******s 的大作中提到】

J*s2011-02-16 08:02

36 楼

赞俩母语一样的吧。难道你不觉得某些时候咱俩交流不畅？
zozozo咋说的，交流咋就那么困难呢。haha

【在 o****h 的大作中提到】

: 我跟你交流，
: 你觉得很费力吗？
: 你我背景应该很不同的阿．

o*h2011-02-16 08:02

37 楼

谈洛伦兹变换，
和尚犯晕，
但不影响老爱装文青，
谈思想啊．
光谈思想，
那语言当然很容易组织的浅显易懂了阿．
佛教思想，单纯玩名词，那当然高深了，
翻也翻不来了．
如果理解了话，
那也是很简单就可以表达出来的啊．
所以平常翻译就可以了．

【在 J******s 的大作中提到】

: 赞俩母语一样的吧。难道你不觉得某些时候咱俩交流不畅？
: zozozo咋说的，交流咋就那么困难呢。haha