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RNA-seq结果分析求助

RNA-seq结果分析求助# Biology - 生物学

g*r2011-07-13 07:07

1 楼

刚看到中国第一狗仔卓伟的专访。卓伟发现郭德纲虽然是天津人但从来不提他在天津的
事，觉得有问题，就去调查。发现郭德纲在天津红桥文化馆工作的时候，曾经贪污了一
万多单位的装修款，他爹是公安局的，把他保下来了。后来郭德纲被他师父介绍到别的
公司工作，又发现他偷人家抽屉里的钱，又被开除了。
这新闻咋没看过？应该被老郭买下了吧。

A*e2011-07-13 07:07

2 楼

请问诸位，RNA-SEQ结果该用什么软件分析，五千万个reads左右，需要什么样的运行平
台和硬件配置？我是做bench的，粗通bioinfo，NGS刚刚开始接触，请各位多指点。

g*r2011-07-13 07:07

3 楼

看了他的访谈才知道，原来几乎所有比较有名的明星八卦都是他拍的。敢情中国现在就
他们一家狗仔队。

z*82011-07-13 07:07

4 楼

现在很多人用CLC workbench station.口杯不错，就是要钱的！

I*S2011-07-13 07:07

5 楼

以前听说过。

s*x2011-07-13 07:07

6 楼

use tophat to map, and cufflinks to call rpkm on gene expression.

t*d2011-07-13 07:07

7 楼

现在是个带 8G 内存的台式机都可以跑。没有什么难的。
如果要跑的快，可以买个带更多 CPU，更高内存的机器。

S*l2011-07-13 07:07

8 楼

这个在笔记本上跑一下就行了。

【在 A*******e 的大作中提到】

: 请问诸位，RNA-SEQ结果该用什么软件分析，五千万个reads左右，需要什么样的运行平
: 台和硬件配置？我是做bench的，粗通bioinfo，NGS刚刚开始接触，请各位多指点。

A*e2011-07-13 07:07

9 楼

真的吗？如此则有指望了，我的电脑刚升级过，4G的内存看样也能勉强。测得结果还
没有回来，想自己也找点练练，从GEO下载了SRA file练手，这个下载后转换了一堆
fastq，下一步我就不知道怎么办了，要从零开始了

S*s2011-07-13 07:07

10 楼

这么贵的实验都做了，你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求
买一台牛的！

【在 A*******e 的大作中提到】

: 真的吗？如此则有指望了，我的电脑刚升级过，4G的内存看样也能勉强。测得结果还
: 没有回来，想自己也找点练练，从GEO下载了SRA file练手，这个下载后转换了一堆
: fastq，下一步我就不知道怎么办了，要从零开始了

d*y2011-07-13 07:07

11 楼

比对软件有。也有免费得软件包。我们用python作为主程序来算的。你去论坛之类的地
方泡一泡。对硬件要求较高。看看学校啊能接CS系的服务器算一下。

s*22011-07-13 07:07

12 楼

请教下这用什么软件在什么操作系统下？谢谢

【在 S**********l 的大作中提到】

: 这个在笔记本上跑一下就行了。

s*22011-07-13 07:07

13 楼

您是指 Genomics Workbench 还是 Main Workbench？谢谢

【在 z*********8 的大作中提到】

: 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错，就是要钱的！

M*n2011-07-13 07:07

14 楼

用CLC作RNA=seq是不是一个专门的module?
俺们有CLC不过是做genome分析的，要作RNA-seq是不是还要买这个功能？

【在 z*********8 的大作中提到】

: 现在很多人用CLC workbench station.口杯不错，就是要钱的！

b*n2011-07-13 07:07

15 楼

可以试试google trinity，只要会用几个程序就可以用了。
我现在做ChIPseq，也是NGS，不过一般都连到学校cluster上面处理数据。

A*e2011-07-13 07:07

16 楼

说来话长，实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了，他是从来不原意在我的
实验上花什么钱的，这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就
会找上我，这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混，肯定要用到这些，还
不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点，熬过这阵子，以后就好过多了

【在 S*****s 的大作中提到】

: 这么贵的实验都做了，你老板肯定愿意出钱买台新电脑分析数据。告诉他情况然后要求
: 买一台牛的！

z*82011-07-13 07:07

17 楼

我自己没有用过，看到别人用过，clc genomic workbench station. 我自己大概看了
下网站，好像可以有免费30天的试用，就是不知道是不是同样功能的。

S*s2011-07-13 07:07

18 楼

你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的
是时间，多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相
关的软件免费提供，建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你，运气
好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验，不过我们学校的 core 可以
做，我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成
，如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。

多了

【在 A*******e 的大作中提到】

: 说来话长，实验室的烂事最令人心烦。你真是高看我老板了，他是从来不原意在我的
: 实验上花什么钱的，这是为另外一个博厚的实验做的。一贯他碰到自己搞不定的事情就
: 会找上我，这不已经暗示让我分析了。我想着只要以后在这行混，肯定要用到这些，还
: 不如现在趁这个机会学学以后好少求人。所以还请多指点，熬过这阵子，以后就好过多了

e*e2011-07-13 07:07

19 楼

how many cores does your laptop have?
for fastx and bowtie, 50M reads is barely OK, if you do tophat, it's not
enough...

【在 A*******e 的大作中提到】

e*e2011-07-13 07:07

20 楼

right, better use ubuntu or unix in mac.
things like galaxy is not powerful enough to handle 50M reads.

【在 S*****s 的大作中提到】

: 你这个想法蛮好。我也觉得刚开始的时候多做一点对自己有好处。反正年轻的时候有的
: 是时间，多学一门手艺将来指不定能用上。一般做这个实验的 core facility 会有相
: 关的软件免费提供，建议你和他们的 director 联系一下让他推荐一个软件给你，运气
: 好的话说不定他们还会提供相关的培训。我没做这个实验，不过我们学校的 core 可以
: 做，我参加过他们的 seminar。我印象里面这个实验的数据分析可以在 Linux 下完成
: ，如果你的电脑连 Linux 都运行不了那还是建议你让博后和老板申请一台电脑的好。
:
: 多了

y*e2011-07-13 07:07

21 楼

这贴一定要mark~~~~

A*e2011-07-13 07:07

22 楼

去年在我的万般要求下，老板配了一台linux，配置还算可以。我这里的facility 还没
有做到这块，等他们出马那也要到猴年马月。现在看来我的硬件配置勉强吧，打算刚开
始学的时候把总reads数人工减少，等学会了再折腾大的