怎么克隆出未知基因，真心请教各位牛人们 - 未名空间MITBBS历史存档

怎么克隆出未知基因，真心请教各位牛人们# Biology - 生物学

y*o2011-12-07 08:12

1 楼

我申请的OPT开始时间（I-20上显示的）是 2/15/2010-2/14/2011
按理说90d of unemployment 到 5/10/2010就到期了。我需要在这之前有工作的。
但是因为第一次寄出去的材料的I-20忘记签名了（汗一下），所以补寄了一次。中间大
概有一个星期的
gap。到现在还没有收到卡。查USCIS说我的card是 05/11/2010 issue/production的。
我想问我现在应该怎样做？需要通知USCIS加急？还是应该和学校的i-center说情况
呢？
最近也有一个比较重要的面试，如果拿到offer却没有EAD卡，又该如何办理加急手续呢
？

c*32011-12-07 08:12

2 楼

【以下文字转载自 WorldNews 讨论区】
发信人: controlitok (粗鄙无文的工科生), 信区: WorldNews
标题: Re: 印度12岁女中学生当小学校长教授50名学生
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 20 11:37:36 2010, 美东)
我在一农村里给我一学校钱,我现在还怀疑是不是被骗了..

j*w2011-12-07 08:12

3 楼

实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
相关的东西。
有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
多谢了！

y*o2011-12-07 08:12

4 楼

版上没有大虾知道吗

y*n2011-12-07 08:12

5 楼

至少比文盲强点啊。

m*52011-12-07 08:12

6 楼

这情况做个southern first

【在 j***w 的大作中提到】

: 实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
: 在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
: 做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
: 相关的东西。
: 有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
: 我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
: PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
: 多谢了！

N*d2011-12-07 08:12

7 楼

同问，没人知道吗？

h*n2011-12-07 08:12

8 楼

用BAC 做PCR

y*o2011-12-07 08:12

9 楼

我晕，下午状态还是 Document production or Oath Ceremony
现在竟然变成了 Post-Decision Activity
还能倒退的呢？？？

m*52011-12-07 08:12

10 楼

楼主的问题是不知道要订哪个bac吧

【在 h*****n 的大作中提到】

: 用BAC 做PCR

w*n2011-12-07 08:12

11 楼

can you clone by function/complementation?
if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype.

b*n2011-12-07 08:12

12 楼

如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
月工资）
拿到contig之后都不用gap closure
直接用已知的真菌交配功能基因去blast
这个策略基本上能搞定
不要以为是高射炮打蚊子
基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

【在 j***w 的大作中提到】

: 实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
: 在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
: 做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
: 相关的东西。
: 有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
: 我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
: PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
: 多谢了！

b*n2011-12-07 08:12

13 楼

在真菌中操作估计比在E.coli中效率低太多了

phenotype.

【在 w*****n 的大作中提到】

: can you clone by function/complementation?
: if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
: prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
: library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype.

t*p2011-12-07 08:12

14 楼

nod。
花那么多时间折腾的钱，不如这个实惠。

【在 b******n 的大作中提到】

: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

m*52011-12-07 08:12

15 楼

很酷，学到了

【在 b******n 的大作中提到】

: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

s*s2011-12-07 08:12

16 楼

nice.
btw, 如果有facility的话就更便宜了，听说我们系是library+seq也就800不到，
不知道是指那台机器，不过就算gaII也够了

【在 b******n 的大作中提到】

: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

d*m2011-12-07 08:12

17 楼

LS几位说的很好啊，这年头，用genomic walking克隆未知基因效率太低了，以前用这
种方法花3年克隆出几个基因，研究下功能，发个牛文章了。
现在就算花一年PCR克隆出来也不值啊，老板也不太乐意接受的。直接测序吧

s*l2011-12-07 08:12

18 楼

这样测个序一片文章，基因克隆出来一片文章，那也太过分了吧。

【在 b******n 的大作中提到】

: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

j*w2011-12-07 08:12

19 楼

真菌全序列测序这么便宜？如果是真的可以考虑叫老板联合其他老板申请funding来做。
其实研究这个菌的人还听多的，不知道为啥至今没有全序列，我原来也想过，以为很贵
就没考虑。
谢谢

【在 b******n 的大作中提到】

: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章

s*s2011-12-07 08:12

20 楼

给你设计pcr做引物那就很便宜啦，如果构建基因组序列那要贵点

做。

【在 j***w 的大作中提到】

: 真菌全序列测序这么便宜？如果是真的可以考虑叫老板联合其他老板申请funding来做。
: 其实研究这个菌的人还听多的，不知道为啥至今没有全序列，我原来也想过，以为很贵
: 就没考虑。
: 谢谢