学术贴：关于microarray analysis样品，统计意义和实际上，哪种方法更好？# Biology - 生物学
g*0
1 楼
实际情况是：
我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
合并成3个呢？还是随机选3个？
所有的样品都已经预检测过，都没问题。
我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
合并成3个呢？还是随机选3个？
所有的样品都已经预检测过，都没问题。
s*s
2 楼
没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
否则MM里面还要墨迹半天
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
否则MM里面还要墨迹半天
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
T*t
3 楼
如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
g*0
4 楼
请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
MM是什么？
【在 s******s 的大作中提到】
: 没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
: 否则MM里面还要墨迹半天
MM是什么？
【在 s******s 的大作中提到】
: 没做过array，就瞎说。统计上当然合并了好，实际上还是随便挑三个吧，
: 否则MM里面还要墨迹半天
g*0
5 楼
是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
计吗？
【在 T**********t 的大作中提到】
: 如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
: 这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
: 如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
计吗？
【在 T**********t 的大作中提到】
: 如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
: 这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
: 如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别
T*t
6 楼
如果是几个individual在一组，那么它们就是biological replicates
生物之间存在biological variation（个体差异）
如果你pool了，就看不到这样的差异
这个问题你应该弄明白
设计的实验的时候 应该有biological replicates和technique replicates
【在 g****0 的大作中提到】
: 是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
: 计吗？
生物之间存在biological variation（个体差异）
如果你pool了，就看不到这样的差异
这个问题你应该弄明白
设计的实验的时候 应该有biological replicates和technique replicates
【在 g****0 的大作中提到】
: 是想找mechanism。 为什么用individual samples好？为什么对发文章好？因为好做统
: 计吗？
K*4
7 楼
随机各选3个
不要混合，
不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
吧。
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
不要混合，
不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
吧。
【在 g****0 的大作中提到】
: 实际情况是：
: 我有6个样品（每组），可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并，6个
: 合并成3个呢？还是随机选3个？
: 所有的样品都已经预检测过，都没问题。
c*g
8 楼
没错。
microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
个体。
【在 g****0 的大作中提到】
: 请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
: MM是什么？
microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
个体。
【在 g****0 的大作中提到】
: 请问为什么统计上合并会好？因为降低了variation吗？
: MM是什么？
g*0
9 楼
谢谢提醒，这些RNA样品是用realtime pcr检验过的（已知下游），所以已经留了cDNA
了。
【在 K**4 的大作中提到】
: 随机各选3个
: 不要混合，
: 不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
: 吧。
了。
【在 K**4 的大作中提到】
: 随机各选3个
: 不要混合，
: 不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control，6 treatment。刚刚够
: 吧。
g*0
10 楼
是的，我不打算作technical duplicates。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 没错。
: microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
: 两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
: 个体。
【在 c*****g 的大作中提到】
: 没错。
: microarray技术已经很成熟了，technical variation都很小。如果你只能做三个，两
: 两pool是最好的。这样也是biological replicates，只要pool和pool之间没有相同的
: 个体。
c*g
11 楼
你听我的，两两pool。我可以肯定的说统计上，这个是比随机选三个更好的设计，你的
统计power要大不少。原因就是你讲的，variation减小了。
【在 g****0 的大作中提到】
: 是的，我不打算作technical duplicates。
统计power要大不少。原因就是你讲的，variation减小了。
【在 g****0 的大作中提到】
: 是的，我不打算作technical duplicates。
d*y
12 楼
microarray sucks.用RNAseq吧
g*0
13 楼
能否展开说说RNAseq？好在哪里？有推荐的公司吗？测6个样品（3X2组），要花多少钱？
我听说不同的样品之间定量不好，是吗？
【在 d***y 的大作中提到】
: microarray sucks.用RNAseq吧
我听说不同的样品之间定量不好，是吗？
【在 d***y 的大作中提到】
: microarray sucks.用RNAseq吧
相关阅读
施一公在清华2015开学典礼的演讲：少年壮志不言愁 (转载)当年Watson也是偷了别人地idea然后发现DNA双螺旋GU招收自费生化博士怎么用做business的方式做science？Job Position available- Research Associate or Research Tec (转载)科学技术为什么爆发在近三百年？求推荐肿瘤方向访问学者机会电转问题 大神们解答一下哈paper help, thanks!谢灿这么重要的发现还面临被北大赶走的危险生物学界为什么不先发arXiv再投稿面包与爱情两个问题：多谢指导RAP vs 药厂薄厚清华张生家的真实爆料（知乎）波士顿单家庭向阳房间带独立卫生间出租求代购 Gibco FBS 16000-044，付报酬山东大学一生物博士后疑性虐上吊身亡zz11公为什么不喜欢读paper？Paper help, thanks