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如何用imageJ来quantify fluorescence intensity？

如何用imageJ来quantify fluorescence intensity？# Biology - 生物学

g*y2012-05-21 07:05

1 楼

之前在the Gift Chain中了一个可以分享的AMEX 25刀的gift card，但是只分享了一次
。之后再点进去就分享不了了，剩下的两个25刀有点浪费了……
今天给AMEX客服的三哥三妹发信了，不知道结果怎么样，有消息了就及时给大伙儿通知
一声~

g*72012-05-21 07:05

2 楼

【以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区】
发信人: fengzhongdi (fzd), 信区: SanFrancisco
标题: 和女朋友的一个争论，请大家来做个裁判。。。。。散包子求助
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 28 03:57:57 2010, 美东)
今天晚上和女朋友在床上闲聊，聊到一个这样的话题：争论不下，命题如下，请大家给
个判断！
有两个女生，A 和 B,A的家里有2000w的资产，她在01年的时候，拿了家里600W,然后
到了08年，她赚到了1200W.
B是从一个父母初中毕业的家庭出来的，本科到了一个二本的最烂的学校，后来拿到了
美国专业排名第二的一个学校的AD出来读书。
请问A 和 B,哪一个人更优秀？
我的观点：
A优秀，因为不是每一个人都可以在短时间内赚到这笔大钱。她的大局观和投资方式超
过常人,所以,是值得敬佩的.
B呢，是很不容易，但是也就这样了，就是周围很普通的一个人，没有什么好敬佩的。
结论：A 比B优秀。
我女朋友的观点：
A在7年的时间赚600w, 并且国内的房价在近几年之内疯长了4-5倍。A女的背后有没有

H*32012-05-21 07:05

3 楼

因果会错吗？
问：我是管院马克思主义基本原理专业的博士生。
有这么一则故事：和尚和屠夫每天早起，一个去营生，一个去念佛，他们相约，谁起得
早就要叫另一个人起床。后来他们死后，屠夫上了天堂，和尚下了地狱。和尚不明白，
“为什么我要下地狱？”上帝说：“因为你叫他起床是为了杀生，而屠夫叫你起床，是
为了念佛普度众生。”但马克思说：“人类的一切活动都是为了利益。”
就这个故事我想请问，以藏传佛教的理念，如何解释这种行为与果报？
索达吉堪布上师答：假设如你所说，和尚下地狱，是因为他叫屠夫起床去杀生，而屠夫
上天堂，是因为他叫和尚去念佛，即便如此，根据佛教的认识，他们也不会永远呆在那
儿。
他们会以前世最主要的业，成熟另外一种果报：和尚受完苦，以其念佛的功德会上天堂
；屠夫享乐后，以其杀生的罪业会下地狱。这是更深层面的因果。
因果是佛教的基本课题，什么因感什么果，哪种因先感果，哪种因后感果，都有讲述。
重要的是，佛教是在一个极为漫长的生死连续中建立因果的。所以，假使这个故事是真
的，我们也不应该把它当作“行善不得好报”的佐证。
因果是不虚的。我们看连续片时，这一集是这样，但广告之后，还有下一集。
——苏州大学佛学问答
1 美国菩提学会（BICW）：http://www.bicw.org
2 国际佛学网：http://www.buddhistweb.org
3 智悲佛网：http://www.zhibeifw.com/cn/

b*e2012-05-21 07:05

4 楼

RT
感觉不值得换新的整机，但是CPU有点吃力了。可以单独升级CPU吗？

J*y2012-05-21 07:05

5 楼

小妹前两天发现电脑电源那里有焦味，就去买了一个一般的350W的电源换上，换的过程
中也有把cpu拆下来又装上去了。开机后一切正常，也能打开文档。但是过不久机器就
出问题了，之后再开机，风扇以及硬盘会运作1－2秒，随后便自动转慢直到不动，然后
又会自动再转起来，如果不切断电源，它会不断的循环。思来想去不知道哪里出了问题
。电脑其实还挺新的。

r*e2012-05-21 07:05

6 楼

终于出了一个稍微像样的
另外 non-KSO版的kindle也可以通过升级软件订阅special offers了

n*w2012-05-21 07:05

7 楼

有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
想知道如何quantify intensity.
试了一下imageJ里set measurements，用mean gray scale，但是不对。
求指点。
非常感谢！

z*82012-05-21 07:05

8 楼

太好了，楼主好人

k*i2012-05-21 07:05

9 楼

胸大的优秀

【在 g******7 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区】
: 发信人: fengzhongdi (fzd), 信区: SanFrancisco
: 标题: 和女朋友的一个争论，请大家来做个裁判。。。。。散包子求助
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 28 03:57:57 2010, 美东)
: 今天晚上和女朋友在床上闲聊，聊到一个这样的话题：争论不下，命题如下，请大家给
: 个判断！
: 有两个女生，A 和 B,A的家里有2000w的资产，她在01年的时候，拿了家里600W,然后
: 到了08年，她赚到了1200W.
: B是从一个父母初中毕业的家庭出来的，本科到了一个二本的最烂的学校，后来拿到了
: 美国专业排名第二的一个学校的AD出来读书。

a*y2012-05-21 07:05

10 楼

现在CPU都过剩
你说说现在啥配置吧

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 b****e 的大作中提到】

: RT
: 感觉不值得换新的整机，但是CPU有点吃力了。可以单独升级CPU吗？

p*i2012-05-21 07:05

11 楼

换电源需要把cpu拆下来吗? CPU的散热器有没有装好? 检查一下CPU的温度是否正常
被替换的电源<=350W?

【在 J***y 的大作中提到】

: 小妹前两天发现电脑电源那里有焦味，就去买了一个一般的350W的电源换上，换的过程
: 中也有把cpu拆下来又装上去了。开机后一切正常，也能打开文档。但是过不久机器就
: 出问题了，之后再开机，风扇以及硬盘会运作1－2秒，随后便自动转慢直到不动，然后
: 又会自动再转起来，如果不切断电源，它会不断的循环。思来想去不知道哪里出了问题
: 。电脑其实还挺新的。

T*n2012-05-21 07:05

12 楼

普通版用户终于不被歧视了

【在 r*******e 的大作中提到】

: 终于出了一个稍微像样的
: 另外 non-KSO版的kindle也可以通过升级软件订阅special offers了

s*j2012-05-21 07:05

13 楼

split channels first. then measure.

【在 n***w 的大作中提到】

: 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
: 想知道如何quantify intensity.
: 试了一下imageJ里set measurements，用mean gray scale，但是不对。
: 求指点。
: 非常感谢！

K*s2012-05-21 07:05

14 楼

支持！
等更新，hoho~

【在 g*****y 的大作中提到】

: 之前在the Gift Chain中了一个可以分享的AMEX 25刀的gift card，但是只分享了一次
: 。之后再点进去就分享不了了，剩下的两个25刀有点浪费了……
: 今天给AMEX客服的三哥三妹发信了，不知道结果怎么样，有消息了就及时给大伙儿通知
: 一声~

l*k2012-05-21 07:05

15 楼

7年是短时间么？而且正好是中国房地产猛涨的这7年

【在 g******7 的大作中提到】

m*s2012-05-21 07:05

16 楼

可以

RT感觉不值得换新的整机，但是CPU有点吃力了。可以单独升级CPU吗？

【在 b****e 的大作中提到】

: RT
: 感觉不值得换新的整机，但是CPU有点吃力了。可以单独升级CPU吗？

y*j2012-05-21 07:05

17 楼

换电源拆CPU。。。干啥
是不是CPU没重新涂散热膏？

【在 J***y 的大作中提到】

b*g2012-05-21 07:05

18 楼

how to do it? thanks

【在 r*******e 的大作中提到】

: 终于出了一个稍微像样的
: 另外 non-KSO版的kindle也可以通过升级软件订阅special offers了

m*h2012-05-21 07:05

19 楼

split the channel,
choose 32 or 16bit,
subtract the background,
measure

h*e2012-05-21 07:05

20 楼

我写信把失败的链接找回来了。。如果这种也能找回来。。我也再去写封信哈哈

p*o2012-05-21 07:05

21 楼

从个人付出来说, B 付出的努力可能要比A大. 而从结果来说... 很可能最后 B 是 A
手下的打工妹...

b*e2012-05-21 07:05

22 楼

【在 a***y 的大作中提到】

: 现在CPU都过剩
: 你说说现在啥配置吧
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

J*y2012-05-21 07:05

23 楼

正是。刚刚买了POST回来一监测，发现code是C0，原来是CPU里的cache on and off.
哭了，原来拿下电源时感觉不把CPU拆了没法拿下来，其实是我不敢用力，跟CPU无关。
其实我拆的只是CPU的风扇。刚刚网上查了，原来应该要重新涂散热膏的。
请问大侠，CPU看上去没烧，重新涂散热膏会有用吗？多谢多谢！

【在 y***j 的大作中提到】

: 换电源拆CPU。。。干啥
: 是不是CPU没重新涂散热膏？

r*e2012-05-21 07:05

24 楼

升级到最新版软件
然后到amazon，my account/manage kindle/subscribe

【在 b******g 的大作中提到】

: how to do it? thanks

D*a2012-05-21 07:05

25 楼

confocal images出来不都是一张一张的么，3个channels的应该是前期处理过的了吧。
有原始的么，你确定不是叠加了Z之后的。

g*y2012-05-21 07:05

26 楼

Dear XXX XXX,
I checked with our Account services team and they informed that you will not
be able to use the link again, once it is shared.
However, as a goodwill gesture, I have issued a credit of $25.00. You will
see the credit in 24 hrs and it will reflect on your upcoming statement.
We warmly welcome you to American Express family and assure you the best of
our services throughout.
Sincerely,
Sukhpreet Kaur
Email Servicing Team
American Express Interactive Services

B*e2012-05-21 07:05

27 楼

看谁的B比较优秀吧。

a*y2012-05-21 07:05

28 楼

可以吗？不知道哦

【在 m********s 的大作中提到】

: 可以
:
: RT感觉不值得换新的整机，但是CPU有点吃力了。可以单独升级CPU吗？

d*32012-05-21 07:05

29 楼

CPU过热好办，重新涂匀再安上去就是了

【在 J***y 的大作中提到】

: 正是。刚刚买了POST回来一监测，发现code是C0，原来是CPU里的cache on and off.
: 哭了，原来拿下电源时感觉不把CPU拆了没法拿下来，其实是我不敢用力，跟CPU无关。
: 其实我拆的只是CPU的风扇。刚刚网上查了，原来应该要重新涂散热膏的。
: 请问大侠，CPU看上去没烧，重新涂散热膏会有用吗？多谢多谢！

w*y2012-05-21 07:05

30 楼

现在CONFOCAL出来的IMAGE可以只保存叠加的，然后在IMAGE J里面可以SPLIT 然后分析
的。

【在 D*a 的大作中提到】

: confocal images出来不都是一张一张的么，3个channels的应该是前期处理过的了吧。
: 有原始的么，你确定不是叠加了Z之后的。

l*g2012-05-21 07:05

31 楼

也很不错啊，赞rp

not
of

【在 g*****y 的大作中提到】

: Dear XXX XXX,
: I checked with our Account services team and they informed that you will not
: be able to use the link again, once it is shared.
: However, as a goodwill gesture, I have issued a credit of $25.00. You will
: see the credit in 24 hrs and it will reflect on your upcoming statement.
: We warmly welcome you to American Express family and assure you the best of
: our services throughout.
: Sincerely,
: Sukhpreet Kaur
: Email Servicing Team

s*e2012-05-21 07:05

32 楼

找gf比贤惠谁比优秀呀？
不过外貌胸部以及其他都一样的前提下，A一般性格比较好。不选A的都是傻x

a*y2012-05-21 07:05

33 楼

不如上SSD

【在 b****e 的大作中提到】

f*p2012-05-21 07:05

34 楼

这费劲，再买一台不就完了。又是台式机，至于这么费劲么。

【在 J***y 的大作中提到】

z*62012-05-21 07:05

35 楼

就像楼上们说的，split先...
前阵子王同学做fret，我学习了一下imagej，如果你要批量处理，我可以帮忙...

a*32012-05-21 07:05

36 楼

不用写信啊，没分享的重新点下邮件里面那个链接就可以了啊

n*i2012-05-21 07:05

37 楼

J Point: Two losers are arguing.

A*02012-05-21 07:05

38 楼

mark

H*V2012-05-21 07:05

39 楼

saying already claimed, i.e., only could claim once

【在 a******3 的大作中提到】

: 不用写信啊，没分享的重新点下邮件里面那个链接就可以了啊

c*o2012-05-21 07:05

40 楼

你这个assumption基本上是空谈。

【在 s*******e 的大作中提到】

: 找gf比贤惠谁比优秀呀？
: 不过外貌胸部以及其他都一样的前提下，A一般性格比较好。不选A的都是傻x

G*e2012-05-21 07:05

41 楼

请教一下这位批量高手
怎么选择region of interest？
我想对细胞核内的546频道的信号进行定量，
某位高手叫我用手拿着鼠标描着dapi画的
非常考验美术细胞
有什么绝招吗？

【在 z*******6 的大作中提到】

: 就像楼上们说的，split先...
: 前阵子王同学做fret，我学习了一下imagej，如果你要批量处理，我可以帮忙...

g*n2012-05-21 07:05

42 楼

版上前几天有怎样找回分享链接的帖子啊

【在 H*V 的大作中提到】

: saying already claimed, i.e., only could claim once

s*e2012-05-21 07:05

43 楼

5555555555555
好吧，胸大貌美身材好的优秀

【在 c*******o 的大作中提到】

: 你这个assumption基本上是空谈。

m*h2012-05-21 07:05

44 楼

1, threshod dapi chanel
2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
3，回到546chanel，重选这个ROI。
4， Ctrl + M。

H*V2012-05-21 07:05

45 楼

hi, can you please share the email address? thanks

【在 g*****y 的大作中提到】

c*o2012-05-21 07:05

46 楼

nod

5555555555555
好吧，胸大貌美身材好的优秀

【在 s*******e 的大作中提到】

: 5555555555555
: 好吧，胸大貌美身材好的优秀

G*e2012-05-21 07:05

47 楼

多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
不过即使这样做，批量也挺辛苦的
可能image分析都是很需要人力的
有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量

【在 m******h 的大作中提到】

: 1, threshod dapi chanel
: 2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
: 3，回到546chanel，重选这个ROI。
: 4， Ctrl + M。

g*y2012-05-21 07:05

48 楼

这个没有email地址啊，你就进你AMEX官网的账户，然后点contact us，再点email us
，然后你就可以给他们写信了~

【在 H*V 的大作中提到】

: hi, can you please share the email address? thanks

a*52012-05-21 07:05

49 楼

都是闲的
一个蛋疼,一个弹疼

【在 g******7 的大作中提到】

s*j2012-05-21 07:05

50 楼

你帖一个 sample image 上来看看.

【在 G********e 的大作中提到】

: 多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
: 不过即使这样做，批量也挺辛苦的
: 可能image分析都是很需要人力的
: 有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
: 比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
: 可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量

n*z2012-05-21 07:05

51 楼

请问你这个信都说了些什么内容？表达了怎样的心情？使用了什么华丽的辞藻？信发到
哪个部门了？？
我也准备写一封过去要钱了。。。。。

【在 g*****y 的大作中提到】

G*e2012-05-21 07:05

52 楼

比如说这个文章中的
好像他们自己设计软件来做
http://jcs.biologists.org/content/early/2009/09/22/jcs.052555.f

【在 s*****j 的大作中提到】

: 你帖一个 sample image 上来看看.

f*c2012-05-21 07:05

53 楼

那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法，可以一下子得出一个field
里面的平均intensity?

【在 m******h 的大作中提到】

: 1, threshod dapi chanel
: 2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
: 3，回到546chanel，重选这个ROI。
: 4， Ctrl + M。

s*j2012-05-21 07:05

54 楼

filtering your DAPI signal (mean or median, "Process"->"Filter")
threshold to mask, "Image"->"Adjust"->"threshold"
get rid of holes in DAPI. "Process"->"Binary" -< "Fill Holes"
if needed, watershed to seperate attached DAPI ROI "Process"->"Binary"-?"
watershed"
use partical analyzer to add all DAPI ROIs in the ROI manager "Analyze"->"
Analyze partcles"
use "Process"-"bianry"-> "dilate"/"erode" to get outer region of nuclear.
set parameters in "Process"->"binary"->"options" on how you want to "shrink
" the nuclear.
use "process" -"binary" -"distance map" if you want accurate "shrinked"
region.

【在 G********e 的大作中提到】

s*j2012-05-21 07:05

55 楼

use "Analyze" -> " Analyze particles"
check "add to manager" box.

field

【在 f*c 的大作中提到】

: 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法，可以一下子得出一个field
: 里面的平均intensity?

f*c2012-05-21 07:05

56 楼

还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？

【在 s*****j 的大作中提到】

: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field

G*e2012-05-21 07:05

57 楼

WOW!
Real expert, and really helpful!

shrink

【在 s*****j 的大作中提到】

: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field

G*e2012-05-21 07:05

58 楼

save the ROI to ROI manager
and then apply the saved ROI into other channel?

用？

【在 f*c 的大作中提到】

: 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？

f*c2012-05-21 07:05

59 楼

貌似可以了，我再折腾折腾，谢谢

【在 s*****j 的大作中提到】

: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field

G*e2012-05-21 07:05

60 楼

再赞一下！
顺便再请教一下这种分析需要多少个个体才能比较有说服力
30？50？100？1k？

shrink

【在 s*****j 的大作中提到】

: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field

s*j2012-05-21 07:05

61 楼

apply the ROIs on raw data channl, check "Show All" box in ROI Manager
there is a Measure" button in ROI manager
use "Analyze"->"Set Measurement" to set what kinds of measurements you need.
you can save the ROIs in "More"->"Save" for future reference. the file
type is xxx.zip. directly drag the .zip file into ImageJ menu window to
open the ROIs.

用？

【在 f*c 的大作中提到】

: 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？