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生物背景学编程如何入手?
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生物背景学编程如何入手?# Biology - 生物学
T*4
1
炒出来是这样的
地里长着是这样的
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s*g
2
大概没比我这个更坑爹的:
话说当年,老板让俺给他的iphone ios从3升级到4,俺当时胆子也忒大,直接拿过来,
就在俺的小破机子上开干。结果,把他手机里几百个电话联系都删掉了。从sim卡上也
可恢复,但只有区区十几个。到现在俺也不明白,sim卡里面恢复的和机器硬盘里面储
存的为什么有这么大区别,这狗屁恢复有狗屁用?
当时就打电话给苹果,麻痹的要买它家的服务才帮我把那些电话联系找回来。当时哥急
啊,2,30刀也不太多,就同意了。更坑爹的是,麻痹的根本就帮不了哥。
这时候,google就是你最好的朋友了。结果一google,哥忍不住笑了,给这样坑过的人
海了去了。最后结果就是,哥把它给完全恢复了,没花一毛钱,大概搞了一天时间。又
打电话给苹果,大骂麻痹的一通,让Y把钱给我退了。
这事到现在一想起来还很汗。你说我要是不能把这些联系电话恢复了,老板指不定就把
我给灭了。现在看到有人说被itunes坑了,把自己的歌曲神马的给删了,其实这都是是浮云罢了。俺也浮云过,都不稀罕说。
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B*l
3
新的project需要有一些编程的技能,主要是Computational design方面的,不知道那
个语言比较容易入手?
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t*x
4
鱼腥草

【在 T*******4 的大作中提到】
: 炒出来是这样的
: 地里长着是这样的

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a*w
5
zan 技术活啊
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s*a
6
"Computational design" of WHAT?
A number of factors to take into consideration:
#1 What other people use in the field. At some point of your career,
leverage of such resources will become important.
#2 Project requirement. If performance matters, go C/C++. But you may get by
with something like Scipy or MatLab toolbox.
#3 How good you are at it. R or Matlab may have shallower learning curves.
#4 How good you want to be. R would be a good choice if you just need to get
something down quick and often dirty. But It takes a lot more in other
languages to become a good programmer.
#5 What else you really need. If you have to be good at UNIX Shell - Perl
can be a package deal.
#6 Availability of local support. There will be plenty of times that you
wish I sit in your next office...
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m*i
7
折耳根
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D*a
8
这个破烂玩意itune也只有铁杆果轮还当个宝一样的拥护. 我每次同步iphone都战战兢
兢的,一个不小心就可能将你的联系人全部干掉,音乐已经被它删掉好几次了
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j*p
9
project用来解决什么问题?主要在哪些地方用到programming?
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T*4
10
我还没吃过鱼腥草呢

【在 t*****x 的大作中提到】
: 鱼腥草
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e*y
11
还是用iphone直接sync google contacts吧, 如果不是google hater
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B*l
12
谢谢ls的答复,
project主要是computational design of protein,主要是improve thermostability
和specificity方面。对整个设计流程有些了解,但没有经验,所以想请教如何入手。
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p*e
13
现在还挖的到这个啊,是吃起来甜甜的吗。小时候没好吃的时候嚼过类似的

【在 T*******4 的大作中提到】
: 我还没吃过鱼腥草呢
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x*q
14
害怕被删,不想同步完全可以用itools之类的管理联系人,音乐之类的,
喜欢方便的用itunes,按一下全部搞定。世界上的人本来就不可能想法一致。
如果不想同步还用itunes只能说是自虐,下一个免费的itools很难吗

【在 D***a 的大作中提到】
: 这个破烂玩意itune也只有铁杆果轮还当个宝一样的拥护. 我每次同步iphone都战战兢
: 兢的,一个不小心就可能将你的联系人全部干掉,音乐已经被它删掉好几次了

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i*r
15
well you should choose language depends on which one suits your research.
you may want to ask you boss.
i you have no idea you may want to try Python. watch youtube should get you
started pretty quickly.
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T*4
16
待我狗一下折耳根是什么样子的先

【在 m**i 的大作中提到】
: 折耳根
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l*s
17
Strong re!
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B*l
18
谢谢!
如果用Rosetta来做呢?
还有就是别人说的“script”是什么东东?是不是一些命令集合?
菜鸟一个,不要见怪。

you

【在 i***r 的大作中提到】
: well you should choose language depends on which one suits your research.
: you may want to ask you boss.
: i you have no idea you may want to try Python. watch youtube should get you
: started pretty quickly.

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T*m
19
你种地里了?

【在 T*******4 的大作中提到】
: 待我狗一下折耳根是什么样子的先
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p*c
20
都在骂iTunes,你夸itools,就是说你也同意楼主嘛。。。了解

【在 x***q 的大作中提到】
: 害怕被删,不想同步完全可以用itools之类的管理联系人,音乐之类的,
: 喜欢方便的用itunes,按一下全部搞定。世界上的人本来就不可能想法一致。
: 如果不想同步还用itunes只能说是自虐,下一个免费的itools很难吗

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l*n
21
你要自己做方法么, 只是做应用的话用别人的程序就行了, 不需要
自己编程了.

thermostability

【在 B*****l 的大作中提到】
: 谢谢ls的答复,
: project主要是computational design of protein,主要是improve thermostability
: 和specificity方面。对整个设计流程有些了解,但没有经验,所以想请教如何入手。

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T*4
22
反正是菜地里挖的,不是野外挖的

【在 T*******m 的大作中提到】
: 你种地里了?
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B*l
23
我只是用程序做design

【在 l******n 的大作中提到】
: 你要自己做方法么, 只是做应用的话用别人的程序就行了, 不需要
: 自己编程了.
:
: thermostability

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f*g
24
茅草根呗。
你在哪儿整的?

【在 T*******4 的大作中提到】
: 反正是菜地里挖的,不是野外挖的
avatar
l*n
25
所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
awk这些最好了解点.

【在 B*****l 的大作中提到】
: 我只是用程序做design
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T*4
26
你领不着包子了

【在 f******g 的大作中提到】
: 茅草根呗。
: 你在哪儿整的?

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B*l
27
这两个是做什么的?

【在 l******n 的大作中提到】
: 所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
: awk这些最好了解点.

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f*g
28
外,外,外。。。
我根本就没看别人的回帖。。。给包子吧,你,赶紧的,双簧的
你的照片照的太棒了,勾起了俺小时候的回忆。

【在 T*******4 的大作中提到】
: 你领不着包子了
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j*p
29
赞同。如果只需要做一些design,把一串别人写好的应用程序接起来,完成你的
project,那么shell script 最有用。
shell script 简单的说呢,按照我的理解,就是在linux系统下逐步完成一些应用。比
如说,你的project需要逐步用到三个应用程序,A,B 和C,每一个完成一个小目标,
但是A,B和C不能自然链接在一起,最简单的情况就是 the output of A can not be
used directly as the input of B, and so as for B and C, and the only concern
is file formats do not match. Therefore, you can use shell script or awk or
perl or python to write command lines or simple scripts to change file
format and make the connection smooth.
in the end you will generate a, for example "project.sh" file, when you run
this script, it automatically completes A, B and C sequentially for you. If
you want to make things more complicated such as change parameters you can
write those options either in a file or soft coded in your script.

【在 l******n 的大作中提到】
: 所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
: awk这些最好了解点.

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L*A
30
没见过的能领包子不?
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B*l
31
十分感谢!
这个就是我要问的,之前有个合作者说他有些scripts可以给我用,因为我才疏学浅以
为是编程,所以才来这里问。

concern
or
run

【在 j*p 的大作中提到】
: 赞同。如果只需要做一些design,把一串别人写好的应用程序接起来,完成你的
: project,那么shell script 最有用。
: shell script 简单的说呢,按照我的理解,就是在linux系统下逐步完成一些应用。比
: 如说,你的project需要逐步用到三个应用程序,A,B 和C,每一个完成一个小目标,
: 但是A,B和C不能自然链接在一起,最简单的情况就是 the output of A can not be
: used directly as the input of B, and so as for B and C, and the only concern
: is file formats do not match. Therefore, you can use shell script or awk or
: perl or python to write command lines or simple scripts to change file
: format and make the connection smooth.
: in the end you will generate a, for example "project.sh" file, when you run

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T*4
32
没一个答对的,包括你
所以包子肯定是没有的
叫外婆也没有

【在 f******g 的大作中提到】
: 外,外,外。。。
: 我根本就没看别人的回帖。。。给包子吧,你,赶紧的,双簧的
: 你的照片照的太棒了,勾起了俺小时候的回忆。

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s*e
33
长远来看,推荐python.
不过看样子楼主对linux都不是很熟悉,先学习学习vim/emacs,写两个shell script也
不错。
另外,不太了解楼主课题的关键是什么, 是design特定蛋白或者突变,然后做试验验
证,还是在方法上的创新。

【在 B*****l 的大作中提到】
: 十分感谢!
: 这个就是我要问的,之前有个合作者说他有些scripts可以给我用,因为我才疏学浅以
: 为是编程,所以才来这里问。
:
: concern
: or
: run

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T*4
34
答对了有大包子

【在 L****A 的大作中提到】
: 没见过的能领包子不?
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B*l
35
是啊,正在开始学习中,一直使用Windows系统,开始转MacOS(据说和Linux相似?)。
我不做方法学,只是用Rosetta做一些“简单”突变筛选,然后做实验验证。

【在 s***e 的大作中提到】
: 长远来看,推荐python.
: 不过看样子楼主对linux都不是很熟悉,先学习学习vim/emacs,写两个shell script也
: 不错。
: 另外,不太了解楼主课题的关键是什么, 是design特定蛋白或者突变,然后做试验验
: 证,还是在方法上的创新。

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w*y
36
朝鲜族的狗宝?
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d*7
37
不要犹豫,先学一个入门再说,比如这个
http://itunes.apple.com/us/itunes-u/introduction-to-computer-sc
iTunes University,纯免费,完整视频,针对毫无变成经验的人开放,教python,看
看,再练练
这是主页:http://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-00-introduction-to-computer-science-and-programming-fall-2008/

【在 B*****l 的大作中提到】
: 新的project需要有一些编程的技能,主要是Computational design方面的,不知道那
: 个语言比较容易入手?

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T*4
38
狗宝是个啥玩意?

【在 w********y 的大作中提到】
: 朝鲜族的狗宝?
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B*l
39
Thank you all so much!
我准备开始学,应该有很多的问题,到时候再上来向各位请教!

【在 d****7 的大作中提到】
: 不要犹豫,先学一个入门再说,比如这个
: http://itunes.apple.com/us/itunes-u/introduction-to-computer-sc
: iTunes University,纯免费,完整视频,针对毫无变成经验的人开放,教python,看
: 看,再练练
: 这是主页:http://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-00-introduction-to-computer-science-and-programming-fall-2008/

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l*u
40
就是狗肠胃感冒时特有的异性便便?和陕西人喜欢吃的猪痔疮并列极品。

【在 T*******4 的大作中提到】
: 狗宝是个啥玩意?
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l*1
41
Python:
LZ please refer
pdf document link:
//www.avatar.se/python/Python_course.pdf
of Powerpoint ppt file link withnin:
//www.avatar.se/python/index.html
more about Python
please,
//www.avatar.se/links/index.html
more NGS bioinformatics tools
please,
//www.avatar.se/xref/wr/index

【在 B*****l 的大作中提到】
: 新的project需要有一些编程的技能,主要是Computational design方面的,不知道那
: 个语言比较容易入手?

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f*g
42
我绝对答对了,你就赖着不想给包子吧

【在 T*******4 的大作中提到】
: 没一个答对的,包括你
: 所以包子肯定是没有的
: 叫外婆也没有

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A*0
43
mark.
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w*y
44
不知道,就是有种腌制的凉拌菜,好像是草根,还是什么根的。 俗称狗宝。 也是白的

【在 T*******4 的大作中提到】
: 狗宝是个啥玩意?
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K*n
45
shell的问题是咋跨平台
python的问题是虽然支持但是不太流行oop,oop都是浸透在module和现成开源code里的
难道入手不都是学java c#的吗?学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
不是说要最快能实现东西,而是得能顺带着多搞明白一些东西,否则装个机都看不懂
debug咋办涅。上c++,一次性把oop搞明白了,自己manage memory,要performance有
performance,以后转别的language都是简单滴
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T*4
46
我会公布答案的,如果都猜不对的话

【在 f******g 的大作中提到】
: 我绝对答对了,你就赖着不想给包子吧
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B*l
47
Thanks!

【在 l**********1 的大作中提到】
: Python:
: LZ please refer
: pdf document link:
: //www.avatar.se/python/Python_course.pdf
: of Powerpoint ppt file link withnin:
: //www.avatar.se/python/index.html
: more about Python
: please,
: //www.avatar.se/links/index.html
: more NGS bioinformatics tools

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l*d
48
篱蒿根
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B*l
49
谢谢你的建议!

【在 K****n 的大作中提到】
: shell的问题是咋跨平台
: python的问题是虽然支持但是不太流行oop,oop都是浸透在module和现成开源code里的
: 难道入手不都是学java c#的吗?学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
: 不是说要最快能实现东西,而是得能顺带着多搞明白一些东西,否则装个机都看不懂
: debug咋办涅。上c++,一次性把oop搞明白了,自己manage memory,要performance有
: performance,以后转别的language都是简单滴

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T*4
50
恶!

【在 l*****u 的大作中提到】
: 就是狗肠胃感冒时特有的异性便便?和陕西人喜欢吃的猪痔疮并列极品。
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l*1
51
Sure
plus
文章阅读:C++面试题目分享(2)
[同主题阅读] [版面: 待字闺中] [作者:skydoor] , 2010年04月28日
http://www.mitbbs.com/article/JobHunting/31590025_0.html
more just intraGoogle mitbbs with
//www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-
8%2F&q=Collins+&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-ab&q=C%2B%2B面试题目分享
+++site%3Awww.mitbbs.com&oq=C%2B%2B面试题目分享
+++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_l=serp.12...145482.154746.12.155958.30.30.0.0.0.0.111
.1844.29j1.30.0...0.0.hx9H4asD8B4&pbx=1&bav=on.2,or.r_gc.r_pw.r_qf.,cf.osb&fp=40cd220864dd3c81&
biw=1137&bih=596
and about how to performance debugging:
please try free package:
//logging.apache.org/log4j/1.2/
>
Developing the computational environment
ignored
We also incorporate Java 3D™ API (Oracle, Redwood Shores, CA) for 3D programming purposes
and the Log4j package http://logging.apache.org/log4j/1.2 to log all the runtime messages
for the purpose of debugging.
cited from
Liu G. et al.
Module-based multiscale simulation of angiogenesis in skeletal muscle (2011)
Theor Biol Med Model. 8:6.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21463529

【在 K****n 的大作中提到】
: shell的问题是咋跨平台
: python的问题是虽然支持但是不太流行oop,oop都是浸透在module和现成开源code里的
: 难道入手不都是学java c#的吗?学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
: 不是说要最快能实现东西,而是得能顺带着多搞明白一些东西,否则装个机都看不懂
: debug咋办涅。上c++,一次性把oop搞明白了,自己manage memory,要performance有
: performance,以后转别的language都是简单滴

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g*e
52
照理现在的藜蒿根没有冬天肥嫩。

【在 l*********d 的大作中提到】
: 篱蒿根
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l*u
53
同意。今天正好路过一个店看见卖猫便咖啡豆,赞叹了一把。

【在 T*******4 的大作中提到】
: 恶!
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T*4
54
还有猜神马神秘东东的没有?大包子别错过了
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T*4
55
自由龙你可以挑个大腿抱

【在 f******g 的大作中提到】
: 我绝对答对了,你就赖着不想给包子吧
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w*y
56
狗宝(桔梗)
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T*4
57
都下肚了
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T*4
58
长地里时候是这样的,俺今天把底下的都挖出来了,大约有两磅多,可以炒两大盘,今
天晚上炒了一盘,很快见底,甜脆,比杆子好吃多了

【在 T*******4 的大作中提到】
: 都下肚了
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T*4
59
吃个大包子吧
刚刚吃半个

【在 l*********d 的大作中提到】
: 篱蒿根
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c*p
60
木吃过,看起来很像折耳根
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T*4
61
已经公布答案了,抱刚刚大腿永远不会错

【在 c***p 的大作中提到】
: 木吃过,看起来很像折耳根
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f*g
62
我刚才已经抱上刚刚的大腿了,但是submit的时候,死机了,帖子没发出去。。。
也赏个双簧包呗

【在 T*******4 的大作中提到】
: 已经公布答案了,抱刚刚大腿永远不会错
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T*4
63
刚刚也才半个,你就想诈双黄?

【在 f******g 的大作中提到】
: 我刚才已经抱上刚刚的大腿了,但是submit的时候,死机了,帖子没发出去。。。
: 也赏个双簧包呗

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y*8
64
进来学习篱蒿长什么样的,没看过没吃过。地上是绿的,摘下来怎么是白的。
avatar
l*d
65
她这个不算肥,但是挺嫩的。

【在 g***e 的大作中提到】
: 照理现在的藜蒿根没有冬天肥嫩。
avatar
l*d
66
我是第一个猜中的,为毛只给我半个?

【在 T*******4 的大作中提到】
: 刚刚也才半个,你就想诈双黄?
avatar
l*d
67
看错了,是给刚刚吃半个,那另一半给小黑了?

【在 l*********d 的大作中提到】
: 我是第一个猜中的,为毛只给我半个?
avatar
d*7
68
这就是折耳根呀。看着好像挺好吃
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B*a
69
这不是五花肉么!

【在 T*******4 的大作中提到】
: 刚刚也才半个,你就想诈双黄?
avatar
f*c
70
看起是真的好象折耳根的,还准备讨要点根来栽呢,结果.......
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J*l
71
这个好吃
想家了,每年春天的家常菜
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d*s
72
不是,想吃折耳根,打飞的来我家吧。

【在 d********7 的大作中提到】
: 这就是折耳根呀。看着好像挺好吃
avatar
r*w
73
你。。。。。。。你。。。你这个吃货,难怪连头像都是吃的,人家都吃茎,再不济吃
嫩叶子,你竟然连人家根都挖出来吃了,来年不想种啦?
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r*w
74
另外再问下,你这个当初是多少颗开种的?长成这样要几年光景啊?
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f*c
75
讨点根来种哈

【在 d*****s 的大作中提到】
: 不是,想吃折耳根,打飞的来我家吧。
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T*4
76
2012年11月收到 本版小番茄最可爱的人寄来的 11根4厘米左右长的牙签粗细的泥豪杆
子种了 ,12月就吃上了。中间移栽一次,现在挖了再移栽,吃的都是嫩根和杆子,剩的
老根和杆子还能栽一亩地呐

【在 r****w 的大作中提到】
: 另外再问下,你这个当初是多少颗开种的?长成这样要几年光景啊?
avatar
r*i
77
没有见过的

【在 T*******4 的大作中提到】
: 2012年11月收到 本版小番茄最可爱的人寄来的 11根4厘米左右长的牙签粗细的泥豪杆
: 子种了 ,12月就吃上了。中间移栽一次,现在挖了再移栽,吃的都是嫩根和杆子,剩的
: 老根和杆子还能栽一亩地呐

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